genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  82  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20825958--20826142	79	2.3	82	82	7	220	25	28	22	23	2.00
20828078--20828146	32	2.2	32	91	0	111	23	8	15	52	1.71
20828583--20828617	13	2.7	13	100	0	70	40	0	17	42	1.49
20828635--20828686	10	5.1	10	83	2	59	23	5	1	69	1.20
20828635--20828684	20	2.5	20	83	6	66	22	6	2	70	1.20
20831242--20831402	45	3.6	45	92	0	268	45	18	14	21	1.84
20831242--20831427	45	4.1	44	84	5	221	45	17	15	21	1.85
20831233--20831440	90	2.3	90	84	1	238	46	16	15	21	1.83
20833768--20834036	39	6.9	39	94	0	448	20	31	23	24	1.98
20836067--20836167	29	3.6	29	87	5	143	26	15	32	24	1.96
20843921--20843990	29	2.6	28	88	8	101	27	15	30	27	1.96
20890717--20890773	15	3.8	15	86	6	80	8	28	26	36	1.86
20951759--20951847	42	2.1	42	100	0	178	47	17	28	6	1.73
20951760--20951832	24	3.3	24	67	21	77	45	17	28	8	1.77
21055742--21055771	15	2.0	15	100	0	60	26	13	0	60	1.34
21068583--21068624	19	2.2	19	87	8	59	11	7	0	80	0.88
21083597--21083665	20	3.5	20	88	7	97	65	1	10	23	1.31
21083597--21083664	10	6.8	10	85	11	86	64	1	10	23	1.32
21092969--21093029	32	1.9	32	100	0	122	44	11	6	37	1.67
21093235--21093306	23	3.0	22	84	13	81	25	25	18	31	1.97
21096839--21096904	25	2.7	24	69	4	60	16	25	16	40	1.89
21096839--21096916	24	3.2	24	70	10	68	16	26	19	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21097655--21097714	29	2.1	29	100	0	120	33	6	16	43	1.74
21100387--21100524	39	3.5	39	85	0	186	25	5	23	45	1.73
21103985--21104345	46	7.8	46	71	15	278	29	28	20	22	1.98
21103992--21104350	93	3.9	93	93	0	610	28	28	20	22	1.98
21104039--21104298	47	5.6	47	73	12	248	29	27	19	23	1.98
21110287--21110823	42	12.7	42	87	1	709	30	25	20	22	1.98
21128164--21128493	42	7.8	42	85	1	428	31	25	20	23	1.98
21134074--21134109	17	2.1	17	94	0	63	44	0	8	47	1.33
21136101--21136138	20	1.9	19	85	15	51	36	13	23	26	1.91
21140836--21140876	21	2.0	21	95	0	73	43	9	2	43	1.50
21141203--21141252	25	2.0	24	81	14	57	56	2	10	32	1.44
21141491--21141530	21	2.0	20	85	5	53	25	0	27	47	1.52
21142531--21142660	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
21142493--21142660	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
21149153--21149282	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
21149115--21149282	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
21155738--21155905	40	4.2	40	79	8	164	25	23	26	23	2.00
21168321--21168488	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
21170583--21170624	16	2.6	16	100	0	84	33	26	9	30	1.88
21175885--21175932	25	1.9	25	91	0	78	33	27	14	25	1.94
21175971--21176027	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
21175969--21176039	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21175980--21176034	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
21176090--21176205	23	5.0	23	92	4	196	26	22	20	30	1.98
21176085--21176227	24	6.0	23	87	5	189	29	21	20	27	1.98
21176084--21176205	47	2.6	47	96	0	217	29	22	19	28	1.98
21188858--21188966	37	2.9	36	90	2	155	28	30	17	23	1.97
21189112--21189250	52	2.8	47	83	8	179	30	25	7	36	1.83
21189098--21189249	48	3.1	48	80	10	189	30	26	7	35	1.85
21189220--21189392	47	3.7	47	90	0	265	25	28	12	33	1.92
21189173--21189384	94	2.2	95	85	5	279	25	28	12	33	1.92
21202800--21202832	11	3.0	11	100	0	66	27	27	9	36	1.87
21204650--21204804	24	6.4	24	91	2	247	28	20	20	31	1.97
21204650--21204804	73	2.1	72	93	2	265	28	20	20	31	1.97
21204656--21204804	49	3.1	49	91	0	246	28	18	20	32	1.96
21204854--21204920	20	3.3	20	87	0	107	31	20	13	34	1.92
21204957--21205004	25	1.9	25	91	0	78	25	18	25	31	1.98
21205263--21205302	16	2.5	16	100	0	80	22	37	32	7	1.82
21207756--21207813	30	1.9	30	86	6	82	55	13	17	13	1.70
21207777--21207817	15	2.7	15	84	0	55	56	17	17	9	1.67
21217730--21217808	26	3.1	26	65	26	69	60	2	18	17	1.47
21224151--21224181	7	4.6	7	92	8	55	74	12	0	12	1.08
21236131--21236178	13	4.0	12	80	15	55	66	8	2	22	1.29
21236368--21236462	13	7.2	13	73	15	79	72	2	4	21	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21236368--21236461	17	5.4	17	77	20	88	72	2	4	21	1.12
21236413--21236471	21	2.8	21	76	20	61	74	0	5	20	1.00
21241798--21241963	90	1.8	90	85	5	237	43	15	16	24	1.86
21241757--21241940	45	4.1	45	76	10	171	44	14	16	24	1.86
21245489--21245646	68	2.3	68	96	0	289	24	29	13	32	1.94
21249883--21249950	15	4.7	15	84	10	88	60	11	14	13	1.60
21252392--21252563	46	3.7	45	78	11	179	29	27	20	22	1.98
21252397--21252567	93	1.8	93	92	0	288	28	28	20	22	1.98
21254775--21254812	17	2.4	17	86	8	53	15	23	7	52	1.69
21256865--21256965	22	4.6	22	80	4	123	19	28	31	19	1.97
21259921--21260056	23	6.0	23	80	8	154	34	19	22	22	1.97
21259921--21260056	45	3.0	45	82	11	170	34	19	22	22	1.97
21265070--21265102	16	2.1	16	94	0	57	54	6	33	6	1.50
21288786--21288887	32	3.2	32	97	1	188	36	20	5	37	1.77
21294446--21294499	26	2.1	26	96	0	99	37	20	11	31	1.88
21295241--21295284	23	2.0	22	86	4	61	43	6	2	47	1.42
21298534--21298669	23	6.0	23	80	8	154	34	19	22	22	1.97
21298534--21298669	45	3.0	45	82	11	170	34	19	22	22	1.97
21299182--21299208	14	1.9	14	100	0	54	33	7	14	44	1.73
21301270--21301311	22	1.9	22	85	9	59	45	11	21	21	1.84
21303909--21303934	11	2.4	11	100	0	52	73	0	0	26	0.84
21311939--21311968	8	3.8	8	90	0	51	60	0	40	0	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21318336--21318375	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
21318437--21318576	27	5.2	28	88	5	175	35	22	23	18	1.96
21320195--21320304	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
21326037--21326071	4	8.8	4	100	0	70	51	22	0	25	1.48
21326952--21326978	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
21328756--21328896	57	2.4	58	79	5	135	27	21	20	30	1.98
21330465--21330507	21	2.0	21	91	8	70	53	13	9	23	1.69
21333217--21333246	15	2.0	15	100	0	60	33	20	13	33	1.91
21346073--21346147	37	2.0	37	100	0	150	10	21	2	65	1.36
21348335--21348371	18	2.1	18	100	0	74	45	5	21	27	1.73
21357471--21357527	21	2.7	21	77	20	64	14	35	26	24	1.93
21358557--21358617	25	2.4	25	80	0	68	26	16	22	34	1.95
21359995--21360201	24	8.6	24	96	0	342	36	25	17	20	1.95
21361681--21361726	24	1.9	24	100	0	92	41	13	15	30	1.85
21364204--21364356	49	3.1	49	97	0	279	33	8	27	30	1.87
21364429--21364515	37	2.3	36	92	5	138	19	19	34	26	1.96
21369490--21369568	25	3.3	25	61	10	65	32	29	5	32	1.79
21369440--21369760	49	6.7	48	92	2	459	28	29	9	33	1.88
21390117--21390212	43	2.2	43	100	0	192	28	25	7	39	1.82
21393227--21393287	30	2.1	29	87	3	86	40	4	24	29	1.76
21395116--21395198	30	2.7	31	81	7	100	21	25	20	32	1.98
21395412--21395489	25	3.1	25	83	3	77	28	20	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21395429--21395489	25	2.4	27	86	10	92	27	22	21	27	1.99
21395537--21395574	11	3.6	11	86	13	62	28	18	13	39	1.88
21397622--21397772	39	3.8	39	91	0	230	25	22	29	22	1.99
21404878--21405029	39	3.9	39	92	0	232	23	21	31	23	1.98
21404878--21405059	39	4.6	39	88	0	211	23	21	31	23	1.98
21409989--21410071	30	2.7	31	88	3	125	22	25	20	31	1.98
21413996--21414056	30	2.1	29	87	3	86	39	4	24	31	1.77
21414763--21414909	64	2.2	66	81	8	163	31	17	29	21	1.96
21414787--21414970	67	2.8	64	77	8	194	28	16	30	23	1.96
21422220--21422393	49	3.6	49	76	11	135	23	28	21	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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