genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  259  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74303320--74303545	50	4.5	50	72	6	215	27	18	24	29	1.98
74303757--74303787	16	1.9	16	93	0	53	41	3	19	35	1.67
74307499--74307601	29	3.6	29	74	12	86	20	17	33	28	1.95
74324233--74324284	20	2.6	20	77	14	54	71	5	3	19	1.22
74329976--74330059	34	2.5	34	94	5	145	38	8	2	51	1.45
74335372--74335556	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
74335373--74335564	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
74341240--74341454	49	4.4	49	97	0	385	29	9	31	29	1.88
74341556--74341677	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
74347334--74347518	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
74347335--74347526	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
74347334--74347551	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
74349804--74349885	33	2.4	34	78	13	89	26	26	20	25	1.99
74353937--74353969	15	2.2	16	89	10	52	33	0	3	63	1.10
74354004--74354056	25	2.0	26	85	7	72	45	5	3	45	1.45
74358336--74358495	43	3.7	44	79	9	179	30	25	18	26	1.98
74358336--74358495	86	1.9	85	85	6	225	30	25	18	26	1.98
74364741--74365017	50	5.5	50	80	3	270	30	28	16	23	1.97
74364741--74364967	101	2.3	101	84	1	278	29	28	18	23	1.98
74364789--74364970	101	1.8	101	91	0	301	28	27	18	25	1.98
74367728--74367772	15	3.0	14	81	12	54	62	15	6	15	1.52
74373675--74373771	42	2.3	42	80	3	106	31	15	20	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74376541--74376588	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
74376721--74376922	24	8.4	24	93	0	332	29	20	22	28	1.98
74396012--74396141	43	3.0	43	78	8	165	26	15	27	30	1.96
74399280--74399382	31	3.3	31	94	0	170	31	24	14	30	1.95
74399406--74399497	42	2.2	42	98	0	175	33	19	14	32	1.92
74400497--74400561	27	2.4	27	79	5	69	21	24	16	36	1.94
74400615--74400670	27	2.1	26	87	9	78	37	10	12	39	1.78
74400683--74400772	27	3.3	27	90	0	135	28	8	21	41	1.83
74400612--74400772	54	3.0	54	77	6	155	32	9	18	38	1.84
74400804--74401001	27	7.3	27	86	0	261	41	8	22	27	1.82
74400804--74401001	81	2.4	81	88	1	299	41	8	22	27	1.82
74402712--74402800	34	2.6	34	86	10	128	24	25	23	25	2.00
74404010--74404109	6	16.3	6	72	15	80	49	13	19	19	1.80
74404036--74404106	19	3.8	19	78	10	92	45	14	22	18	1.85
74404019--74404109	37	2.5	37	92	0	146	49	12	19	18	1.79
74404227--74404307	27	3.0	26	85	5	90	35	22	24	17	1.95
74404394--74404456	22	2.9	22	83	9	83	34	20	23	20	1.96
74404970--74405185	27	8.0	27	86	0	279	24	20	18	36	1.95
74404970--74405185	81	2.7	81	89	0	324	24	20	18	36	1.95
74405177--74405280	27	3.9	27	70	5	93	33	8	22	35	1.85
74430923--74431119	55	3.7	53	80	4	207	37	16	24	21	1.94
74430923--74431130	53	3.9	54	81	4	213	36	15	25	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74434765--74434917	40	3.8	40	79	9	143	26	28	22	22	1.99
74436999--74437059	26	2.3	26	91	0	95	31	26	19	22	1.98
74437067--74437139	23	3.2	24	72	18	66	38	20	21	19	1.94
74437067--74437157	23	4.0	23	70	12	62	37	18	21	21	1.94
74439543--74439663	42	2.9	42	73	9	111	32	27	14	25	1.95
74441762--74441925	42	3.9	42	82	1	202	31	22	14	31	1.94
74443745--74443821	13	5.7	14	73	22	67	45	2	14	37	1.59
74446291--74446432	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
74446329--74446458	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
74454308--74454458	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
74454345--74454474	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
74461167--74461317	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
74468525--74468691	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
74476530--74476696	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
74482110--74482277	40	4.2	40	84	5	189	26	26	22	24	2.00
74482110--74482277	80	2.1	80	84	4	223	26	26	22	24	2.00
74488612--74488819	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
74488614--74488819	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
74496662--74496869	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
74496664--74496869	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
74501214--74501273	30	2.0	30	87	6	86	40	6	25	28	1.80
74503991--74504089	29	3.7	26	70	19	62	64	1	11	23	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74507127--74507192	22	3.2	22	67	20	70	22	10	25	40	1.86
74507118--74507197	39	2.1	39	97	0	151	21	10	23	45	1.82
74516163--74516244	25	3.2	25	62	21	60	24	24	14	36	1.93
74516019--74516268	108	2.3	107	86	2	340	21	24	16	37	1.93
74516019--74516268	53	4.6	53	84	4	304	21	24	16	37	1.93
74516231--74516456	47	4.8	47	76	10	189	22	25	18	34	1.96
74519189--74519248	29	2.1	29	84	6	77	45	1	15	38	1.56
74519205--74519263	13	4.3	13	77	16	57	40	1	15	42	1.57
74521387--74521435	20	2.3	20	79	6	53	36	10	18	34	1.85
74524541--74524813	48	5.7	48	76	10	213	23	30	19	26	1.98
74524542--74524810	96	2.8	94	80	4	279	23	30	18	27	1.98
74531167--74531342	46	3.8	46	81	10	223	21	21	28	28	1.98
74531163--74531334	93	1.8	93	94	0	308	20	22	29	27	1.98
74539274--74539553	47	6.0	47	91	0	434	32	11	29	26	1.92
74539303--74539374	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
74539711--74539817	36	3.0	36	87	8	157	23	18	30	27	1.98
74541083--74541390	40	7.8	40	90	2	462	24	22	28	25	1.99
74545610--74545888	47	6.0	47	88	0	398	33	10	29	26	1.90
74545639--74545710	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
74545639--74545888	93	2.7	94	94	0	430	33	12	29	25	1.92
74545610--74545896	140	2.0	141	87	0	423	33	10	29	27	1.90
74545777--74545852	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74546051--74546159	37	2.9	37	90	0	164	22	18	31	27	1.97
74547429--74547488	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
74554395--74554565	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
74554390--74554562	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
74554991--74555050	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
74556637--74556723	39	2.2	39	89	4	131	22	21	25	29	1.99
74557798--74557971	96	1.8	96	88	2	269	24	30	19	25	1.98
74557798--74557984	48	3.9	48	81	1	196	25	30	19	25	1.98
74564422--74564474	26	2.0	26	85	7	72	20	15	22	41	1.89
74565719--74565850	24	5.5	24	88	2	194	21	38	5	34	1.76
74569609--74569840	49	4.7	49	83	3	275	31	27	16	24	1.97
74583054--74583161	40	2.7	39	84	8	128	25	16	25	31	1.97
74583394--74583428	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
74587191--74587306	28	4.3	27	79	9	128	23	22	19	34	1.97
74587207--74587306	27	3.7	25	81	15	96	25	23	18	34	1.96
74592748--74592908	29	5.6	29	89	0	223	25	15	33	25	1.95
74600784--74600944	29	5.6	29	89	0	223	25	15	33	25	1.95
74605694--74605935	24	10.1	24	96	0	414	36	25	18	20	1.95
74613691--74613931	24	10.1	24	94	1	396	36	25	18	20	1.95
74613691--74613931	71	3.4	72	94	1	414	36	25	18	20	1.95
74613697--74613931	95	2.5	95	93	2	409	35	25	18	20	1.95
74622082--74622174	36	2.5	37	80	3	116	26	21	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74624535--74624630	39	2.5	39	94	0	165	47	12	9	30	1.73
74624535--74624654	39	3.0	38	87	7	159	46	12	10	30	1.74
74626235--74626260	10	2.6	10	100	0	52	15	19	0	65	1.27
74628638--74628693	28	2.0	29	96	3	105	42	12	10	33	1.77
74631308--74631461	42	3.6	42	78	5	159	29	16	24	28	1.97
74641093--74641310	40	5.5	40	90	2	316	27	23	27	22	1.99
74649065--74649265	40	5.2	40	91	5	324	24	21	27	25	1.99
74649059--74649265	77	2.7	79	90	6	334	25	22	27	25	2.00
74651194--74651436	24	10.1	24	97	0	423	20	18	25	36	1.95
74659189--74659431	24	10.1	24	94	0	396	20	18	25	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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