genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  210  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59073417--59073576	87	1.8	87	82	2	205	29	15	30	24	1.96
59073416--59073635	29	7.6	29	79	5	185	26	15	32	25	1.95
59074732--59074766	16	2.2	16	100	0	70	31	20	37	11	1.88
59077666--59077739	29	2.6	29	97	0	139	27	29	14	28	1.95
59079710--59079844	27	5.0	27	81	0	153	23	22	19	34	1.97
59079711--59079851	54	2.6	54	85	0	183	25	21	17	34	1.96
59082007--59082225	39	5.6	39	83	10	250	26	27	21	25	1.99
59082005--59082225	79	2.8	79	83	10	283	26	27	21	24	1.99
59082801--59082883	42	2.0	42	100	0	166	37	28	16	16	1.91
59090113--59090293	40	4.6	39	82	9	217	25	27	22	24	2.00
59090116--59090293	78	2.3	80	86	7	249	25	27	22	24	2.00
59099504--59099553	25	2.0	25	96	0	91	30	20	22	28	1.98
59099510--59099603	25	3.8	25	70	20	70	31	22	18	27	1.97
59101838--59101913	37	2.1	37	97	0	143	35	9	11	43	1.73
59106624--59106700	37	2.1	37	97	0	145	24	14	25	35	1.93
59109897--59109937	20	2.0	21	90	4	66	19	4	7	68	1.32
59115834--59115881	21	2.3	21	85	0	60	56	2	2	39	1.23
59115827--59115918	10	9.4	9	74	14	60	55	1	1	42	1.14
59115890--59115948	30	2.0	30	83	6	75	50	1	3	44	1.28
59116296--59116324	14	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
59116292--59116338	20	2.3	20	85	7	60	63	0	2	34	1.06
59122900--59122977	34	2.3	34	88	4	113	28	6	24	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59126550--59126769	51	4.3	51	79	2	201	27	17	25	30	1.97
59126550--59126734	50	3.6	50	80	2	154	27	18	24	29	1.98
59126550--59126800	51	4.9	51	78	4	195	27	16	25	29	1.97
59126691--59126829	51	2.7	51	83	4	156	27	15	29	28	1.96
59130976--59131067	26	3.4	27	88	8	134	44	25	9	20	1.82
59135710--59135805	27	3.5	28	88	7	135	43	25	10	20	1.83
59141068--59141228	38	4.3	38	91	0	261	22	29	23	23	1.99
59144327--59144546	51	4.3	51	77	1	181	25	15	26	31	1.96
59152895--59153114	46	4.8	46	85	10	297	20	22	29	27	1.98
59159313--59159376	30	2.2	30	94	2	112	31	6	14	48	1.68
59159871--59159919	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
59165435--59165499	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
59165605--59165667	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
59165615--59165678	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
59166131--59166169	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
59168320--59168479	39	4.1	39	84	4	178	21	19	32	26	1.97
59168320--59168475	79	2.0	79	85	2	215	22	19	32	25	1.97
59168330--59168512	79	2.3	78	81	6	199	24	20	31	24	1.98
59171926--59172041	13	8.7	13	69	16	76	42	2	20	34	1.66
59171986--59172041	27	2.1	27	89	0	85	44	0	23	32	1.53
59171920--59172023	40	2.6	39	86	3	154	41	2	19	36	1.66
59174361--59174425	29	2.2	29	94	0	112	24	27	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59175589--59175644	24	2.3	24	84	9	69	7	16	1	75	1.11
59194353--59194520	40	4.2	40	83	3	214	27	27	20	23	1.99
59200906--59201077	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
59200898--59201073	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
59203458--59203546	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
59203458--59203537	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
59203469--59203546	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
59206456--59206627	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
59206448--59206623	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
59210165--59210342	40	4.5	40	85	4	236	25	28	22	23	1.99
59219231--59219391	53	3.0	53	84	5	198	22	25	18	34	1.96
59219367--59219485	47	2.5	46	93	5	202	24	25	13	36	1.92
59219624--59219708	44	1.9	44	80	4	100	25	25	11	36	1.90
59226324--59226495	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
59226316--59226491	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
59228749--59228837	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
59228749--59228828	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
59228760--59228837	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
59231783--59231954	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
59231775--59231950	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
59233407--59233561	42	3.7	42	80	5	143	30	25	16	27	1.96
59237152--59237371	40	5.5	40	85	7	252	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59237152--59237409	80	3.2	80	82	8	235	25	21	26	25	2.00
59241954--59241989	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
59242173--59242205	17	1.9	17	100	0	66	45	12	18	24	1.83
59247851--59248002	42	3.6	42	78	8	148	28	20	17	32	1.96
59252882--59252980	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
59260564--59260662	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
59262730--59262767	19	2.0	19	89	0	58	36	15	21	26	1.93
59264528--59264713	40	4.7	40	82	5	191	26	22	24	26	2.00
59269393--59269438	16	2.8	17	74	9	51	26	2	28	43	1.66
59273216--59273258	7	5.6	7	80	20	50	30	0	2	67	1.03
59280066--59280184	35	3.2	38	76	22	121	29	22	12	35	1.91
59280092--59280221	35	3.7	35	84	1	161	31	22	13	33	1.92
59286924--59287271	48	7.4	48	71	14	258	30	18	22	28	1.97
59286916--59287295	141	2.7	141	89	0	591	30	18	22	28	1.98
59294353--59294693	48	7.4	48	69	20	212	26	20	24	28	1.99
59294432--59294716	141	2.0	141	90	2	448	26	20	24	28	1.99
59296616--59296676	28	2.2	27	80	11	70	36	9	21	32	1.86
59296981--59297034	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
59297263--59297501	100	2.4	98	85	3	309	25	18	26	28	1.98
59297268--59297505	49	4.8	50	81	5	277	26	18	26	28	1.98
59299690--59299853	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
59299690--59299887	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59307270--59307433	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
59307270--59307467	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
59312279--59312312	16	2.1	16	100	0	68	64	0	17	17	1.29
59313103--59313156	27	2.0	27	85	0	72	40	7	12	38	1.72
59313388--59313625	49	4.8	50	80	6	259	27	17	25	29	1.97
59316487--59316544	25	2.3	25	87	0	80	22	25	22	29	1.99
59317641--59317676	14	2.5	15	90	4	56	36	30	25	8	1.85
59317723--59317833	42	2.6	42	81	0	123	26	22	30	20	1.98
59326363--59326526	38	4.3	38	87	3	229	21	22	26	29	1.99
59326498--59326600	43	2.5	42	80	3	118	14	22	33	30	1.94
59328552--59328603	25	2.1	24	89	3	77	30	21	19	28	1.97
59331351--59331550	46	4.3	45	72	8	141	28	17	28	26	1.97
59333349--59333451	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
59341383--59341485	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
59343779--59343858	41	2.0	40	85	9	108	21	22	38	17	1.93
59356067--59356236	46	3.6	46	76	11	141	25	17	32	24	1.97
59360046--59360086	22	1.9	22	85	5	57	68	9	19	2	1.29
59365287--59365320	8	4.4	8	92	7	61	11	8	0	79	0.94
59365291--59365322	15	2.1	15	100	0	64	12	6	0	81	0.87
59366608--59366725	54	2.2	55	83	3	141	19	25	27	27	1.99
59367424--59367487	22	2.9	22	88	0	92	40	28	15	15	1.88
59367475--59367548	38	1.9	38	83	0	94	31	29	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59376064--59376427	94	3.9	92	76	8	297	26	19	29	24	1.98
59376200--59376324	47	2.7	46	86	8	166	23	18	32	25	1.97
59376298--59376427	49	2.7	48	82	10	149	29	20	26	23	1.99
59377175--59377280	55	1.9	55	90	0	167	20	21	31	26	1.98
59380192--59380236	12	3.9	12	75	19	51	44	4	15	35	1.67
59380184--59380232	21	2.3	21	96	0	89	48	4	12	34	1.59
59393686--59393719	17	2.0	17	88	0	50	64	2	11	20	1.39
59404176--59404228	19	2.8	20	85	8	74	43	15	26	15	1.85
59404192--59404230	19	2.1	19	100	0	78	41	23	20	15	1.90
59419403--59419462	30	2.0	30	96	0	111	40	15	13	31	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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