genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13119904--13119954	13	3.9	13	75	7	50	33	5	23	37	1.79
13125560--13125600	21	2.0	21	85	0	55	24	2	2	70	1.11
13130584--13130688	3	35.3	3	68	12	56	35	1	4	58	1.30
13130587--13130627	19	2.2	19	91	8	66	29	0	2	68	1.03
13130584--13130720	11	11.7	11	68	21	66	33	3	3	59	1.33
13133047--13133087	17	2.4	17	87	0	55	29	0	14	56	1.39
13133056--13133092	17	2.2	17	95	0	65	18	0	16	64	1.29
13136636--13136718	31	2.6	32	80	3	87	60	19	4	15	1.53
13139960--13140116	40	3.9	41	83	7	196	23	23	19	33	1.97
13139960--13140112	81	1.9	82	85	6	213	24	24	19	32	1.98
13140739--13140786	18	2.6	18	78	18	53	64	2	2	31	1.16
13141657--13142076	141	3.0	140	88	2	601	29	10	25	34	1.89
13147132--13147162	8	3.8	8	95	4	53	48	0	0	51	1.00
13150262--13150334	31	2.4	31	88	4	112	46	8	34	10	1.69
13154073--13154099	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
13154332--13154373	21	2.0	22	85	4	59	23	2	19	54	1.55
13158277--13158302	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
13160163--13160206	17	2.6	17	92	0	70	27	22	9	40	1.84
13161858--13161903	23	2.0	23	82	0	56	21	13	15	50	1.78
13163720--13163760	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
13164004--13164097	48	2.0	48	93	0	161	34	4	14	46	1.64
13165426--13165534	54	2.0	54	98	0	209	34	14	22	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13171869--13171901	16	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
13172058--13172123	34	1.9	34	90	0	105	28	15	13	42	1.85
13173614--13173638	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
13174956--13175025	34	2.1	34	100	0	140	31	17	14	37	1.89
13182300--13182330	15	2.1	15	100	0	62	41	25	0	32	1.56
13195113--13195153	21	2.0	21	95	0	73	48	21	9	19	1.77
13196635--13196682	25	2.0	24	88	12	71	29	20	2	47	1.61
13201137--13201209	36	2.0	36	82	10	87	21	8	1	68	1.23
13207812--13207875	31	2.1	31	88	8	96	57	15	3	23	1.52
13209245--13209280	18	1.9	19	88	5	56	38	0	27	33	1.57
13214561--13214622	21	3.0	21	82	0	61	41	16	22	19	1.89
13214789--13214827	17	2.3	17	86	8	53	46	20	0	33	1.51
13214832--13214864	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
13214907--13214941	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
13223679--13223804	50	2.5	50	96	0	234	34	13	25	26	1.93
13223679--13223821	50	3.0	46	89	8	166	34	13	25	25	1.93
13223792--13223897	31	3.4	31	83	10	153	24	20	27	27	1.99
13223930--13224102	49	3.6	48	80	6	147	28	12	26	32	1.92
13224068--13224172	42	2.5	43	87	4	151	30	14	26	28	1.95
13227317--13227380	30	2.1	30	100	0	128	34	23	6	35	1.80
13229974--13230057	41	2.0	41	90	0	132	38	15	17	28	1.91
13230868--13230901	15	2.2	15	89	5	50	38	0	5	55	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13231542--13231571	13	2.3	13	100	0	60	40	6	16	36	1.75
13237935--13237974	11	3.6	11	79	0	53	7	12	20	60	1.56
13237938--13237989	22	2.4	22	80	0	59	9	15	17	57	1.64
13237981--13238184	102	2.0	102	93	0	345	25	8	10	55	1.62
13241942--13242085	43	3.4	43	75	8	134	28	14	27	29	1.95
13249989--13250034	23	2.0	23	95	0	83	36	21	17	23	1.94
13250012--13250563	61	9.3	61	77	7	481	32	16	20	30	1.95
13250019--13250495	183	2.6	182	82	4	543	32	16	20	30	1.95
13250450--13250543	49	1.9	48	86	2	134	31	18	21	28	1.96
13251149--13251186	19	2.0	19	100	0	76	31	21	10	36	1.87
13252733--13252779	15	3.2	15	84	6	60	0	21	0	78	0.75
13252739--13252782	5	8.6	5	80	14	54	0	20	0	79	0.73
13260002--13260031	12	2.5	12	94	0	51	53	0	10	36	1.35
13271655--13271715	32	1.9	32	93	0	104	26	3	9	60	1.43
13272940--13273508	61	9.3	61	83	2	642	33	17	19	29	1.95
13275945--13276012	34	2.0	34	97	0	127	25	32	1	41	1.64
13280856--13280977	40	3.0	40	97	0	235	27	6	9	55	1.57
13300254--13300304	26	2.0	26	84	7	68	29	7	7	54	1.57
13300711--13300740	15	1.9	15	93	6	51	36	6	0	56	1.26
13300945--13301002	25	2.2	27	87	6	84	27	12	3	56	1.51
13301189--13301230	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
13305655--13305710	28	2.0	28	82	0	67	23	10	8	57	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13306178--13306225	6	8.0	6	80	0	51	16	43	2	37	1.60
13306172--13306225	18	2.9	18	83	2	54	16	42	1	38	1.59
13306961--13306994	13	2.8	12	82	8	50	52	2	0	44	1.16
13309524--13309739	107	2.0	108	96	0	398	41	9	6	43	1.61
13311023--13311099	35	2.2	34	84	6	100	75	14	5	5	1.15
13313613--13313648	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
13320527--13320684	71	2.2	72	87	5	232	22	15	21	41	1.90
13320625--13321243	139	4.5	140	94	3	1096	25	17	20	36	1.94
13321165--13321386	71	3.0	72	83	12	274	30	17	18	33	1.94
13321339--13321442	49	2.1	50	96	1	192	32	16	19	31	1.94
13321269--13321506	120	2.0	120	94	1	415	31	16	18	33	1.94
13321389--13321736	74	4.7	76	83	9	409	32	16	18	31	1.94
13321389--13321668	153	1.8	150	86	2	407	35	15	17	31	1.92
13321662--13321828	90	1.8	91	83	5	221	28	20	17	33	1.95
13321752--13321949	77	2.6	75	84	4	245	30	18	18	31	1.95
13321958--13321992	13	2.7	13	81	0	52	28	14	8	48	1.73
13321516--13322304	241	3.3	236	82	9	835	29	17	18	34	1.94
13322086--13322140	27	2.0	27	86	13	78	21	7	27	43	1.79
13321808--13322206	157	2.5	159	76	12	383	28	16	17	36	1.92
13321516--13322304	237	3.3	237	82	9	719	29	17	18	34	1.94
13329510--13329545	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
13336356--13336521	72	2.3	71	88	4	244	22	15	21	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13336454--13337080	140	4.5	140	97	1	1168	24	17	20	37	1.94
13336916--13336940	13	1.9	13	100	0	50	24	12	0	64	1.27
13336454--13337080	279	2.2	280	96	1	1168	24	17	20	37	1.94
13337000--13337224	72	3.0	72	84	10	283	30	16	18	33	1.94
13337177--13337273	49	2.0	49	97	0	185	30	16	20	31	1.95
13337106--13337345	121	2.0	121	94	0	426	31	16	18	33	1.93
13337227--13337581	79	4.7	76	86	6	454	32	16	18	32	1.94
13337227--13337578	151	2.3	148	86	4	465	31	16	19	32	1.94
13337561--13337587	14	1.9	14	100	0	54	14	14	7	62	1.51
13337562--13337595	14	2.4	14	90	0	50	17	20	5	55	1.62
13337503--13337675	94	1.8	94	86	2	249	27	19	19	32	1.96
13337597--13338168	88	7.0	77	71	18	370	28	16	19	36	1.93
13337597--13337959	79	4.5	76	75	11	260	29	17	19	34	1.94
13337355--13338168	253	3.3	241	83	7	930	29	16	19	35	1.94
13337942--13338001	30	2.0	30	90	6	95	20	6	28	45	1.76
13338822--13338922	35	2.9	34	80	5	130	74	16	4	3	1.15
13339687--13339788	37	2.6	37	75	20	93	32	4	4	57	1.41
13342088--13342117	13	2.3	13	94	0	51	36	0	0	63	0.95
13343446--13343483	18	2.2	18	90	4	60	26	0	0	73	0.83
13343473--13343517	18	2.5	19	76	23	53	37	0	0	62	0.96
13346339--13346382	22	2.0	23	90	4	72	50	2	0	47	1.13
13353473--13353517	20	2.2	20	85	14	58	44	31	0	24	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13353473--13353530	20	2.9	20	82	10	57	41	31	3	24	1.71
13353739--13353790	17	3.3	17	76	20	67	30	50	0	19	1.48
13353750--13353775	13	2.0	13	100	0	52	38	46	0	15	1.46
13353723--13353790	30	2.3	29	87	7	93	32	50	1	16	1.54
13354124--13354184	24	2.7	22	82	12	70	27	11	1	59	1.42
13355012--13355323	125	2.5	125	88	2	457	27	15	19	37	1.92
13355028--13355364	125	2.7	125	86	2	453	27	16	17	37	1.92
13356888--13356924	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
13358131--13358170	15	2.4	16	84	16	55	70	0	0	30	0.88
13358138--13358167	5	5.8	5	96	4	51	76	0	0	23	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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