genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  87  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22743242--22743303	27	2.3	27	86	10	99	19	9	27	43	1.82
22745093--22745136	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
22747506--22747567	27	2.3	27	83	10	90	20	9	25	43	1.83
22749358--22749401	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
22750053--22750140	45	2.0	45	97	0	167	22	13	26	37	1.91
22762726--22762812	45	1.9	45	90	0	138	20	13	25	40	1.89
22765655--22765691	19	1.9	19	88	0	56	21	5	5	67	1.31
22767344--22767559	40	5.4	40	86	4	296	25	27	22	24	2.00
22775370--22775545	40	4.4	40	84	6	234	25	27	22	23	2.00
22775370--22775545	79	2.2	79	86	6	232	25	27	22	23	2.00
22776036--22776273	50	4.7	50	77	7	230	29	26	17	26	1.98
22776038--22776226	101	1.9	101	94	0	333	29	25	18	26	1.98
22776626--22776672	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
22782853--22783089	50	4.7	50	78	8	230	30	26	16	26	1.97
22782848--22783042	101	1.9	101	91	0	318	29	25	17	28	1.97
22785770--22785829	27	2.3	27	79	2	68	21	21	20	36	1.95
22792065--22792230	40	4.2	40	78	8	153	26	21	27	24	1.99
22797128--22797234	40	2.7	40	81	12	123	23	25	29	21	1.99
22797165--22797266	40	2.5	40	85	0	123	23	25	28	22	1.99
22802631--22802772	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
22802670--22802798	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
22811937--22812104	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22819914--22820081	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
22828939--22829068	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
22833238--22833405	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
22841199--22841366	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
22850400--22850663	79	3.3	80	87	4	322	26	26	21	25	2.00
22850400--22850663	40	6.6	39	83	4	298	26	26	21	25	2.00
22850400--22850663	119	2.2	120	80	9	317	26	26	21	25	2.00
22854087--22854209	27	4.6	27	79	9	137	43	21	6	28	1.78
22854087--22854210	53	2.3	55	81	9	141	42	21	6	29	1.78
22854221--22854272	27	1.9	27	96	0	95	42	9	11	36	1.74
22854313--22854390	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
22855190--22855312	26	4.8	26	89	1	178	27	24	21	26	1.99
22855457--22855548	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
22855572--22855650	31	2.5	31	97	0	149	29	18	25	26	1.98
22858051--22858146	27	3.6	26	84	5	129	41	21	7	29	1.80
22858051--22858231	54	3.3	55	78	9	147	40	19	7	31	1.80
22858140--22858229	27	3.3	27	74	22	80	42	17	7	32	1.78
22858152--22858237	27	3.1	27	79	14	86	38	16	9	36	1.81
22859152--22859274	26	4.8	26	86	2	169	26	19	23	30	1.98
22859152--22859274	52	2.4	52	90	2	196	26	19	23	30	1.98
22859419--22859509	42	2.2	42	89	0	137	29	12	21	36	1.90
22859534--22859643	31	3.5	31	96	0	193	30	19	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22863413--22863494	34	2.4	34	81	4	94	26	24	26	21	2.00
22864286--22864314	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
22866740--22866803	29	2.3	26	80	17	67	32	4	25	37	1.77
22866747--22866803	29	2.0	27	83	12	71	35	5	24	35	1.78
22887579--22887736	44	3.7	43	71	16	112	29	18	20	30	1.97
22891741--22892316	288	2.0	288	100	0	1152	34	20	11	34	1.88
22894637--22894664	13	2.2	13	100	0	56	14	7	53	25	1.66
22896896--22896958	33	1.9	33	87	6	92	30	12	26	30	1.93
22896850--22897161	101	3.1	101	87	0	446	30	14	25	29	1.95
22897086--22897175	33	2.7	33	82	3	92	33	17	24	24	1.96
22898189--22898347	27	5.9	27	81	2	167	27	19	10	42	1.84
22898190--22898338	81	1.8	81	81	5	185	27	18	11	42	1.84
22898189--22898339	54	2.8	54	85	2	205	27	19	11	42	1.85
22898360--22898555	27	7.3	27	83	0	230	35	18	19	26	1.95
22898360--22898556	54	3.6	54	85	2	261	35	18	19	25	1.95
22898754--22898836	27	3.1	26	86	8	105	19	22	20	37	1.94
22898808--22898860	21	2.5	21	90	0	79	22	22	15	39	1.91
22898952--22899003	22	2.3	23	80	9	63	19	25	23	32	1.97
22899160--22899236	27	2.9	27	86	3	93	16	23	23	36	1.94
22899343--22899516	6	28.7	6	71	15	126	20	17	13	49	1.79
22899343--22899493	73	2.1	73	94	0	266	21	17	12	48	1.80
22899477--22899537	24	2.6	23	84	5	77	16	16	14	52	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22901533--22901780	27	9.2	27	87	1	345	25	22	10	41	1.86
22901785--22901961	27	6.6	27	84	0	219	36	18	18	25	1.94
22901785--22901951	54	3.1	54	88	0	244	37	17	18	26	1.93
22902179--22902261	27	3.1	26	89	5	121	19	22	21	36	1.95
22902349--22902407	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
22902547--22902611	27	2.5	27	82	9	73	18	24	20	36	1.94
22902564--22902642	27	3.0	27	82	10	92	16	24	21	37	1.93
22902762--22902930	6	27.8	6	76	15	161	20	17	13	49	1.80
22902762--22902907	67	2.2	67	96	0	265	20	17	13	48	1.80
22902762--22902951	30	6.1	30	80	11	186	20	17	13	48	1.80
22907553--22907684	54	2.4	54	85	0	174	35	15	10	38	1.82
22907553--22907663	18	6.2	18	82	0	105	36	13	9	40	1.76
22909108--22909135	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
22915091--22915191	29	3.5	29	90	2	150	26	15	31	25	1.96
22919961--22920130	46	3.7	47	78	13	190	29	29	21	20	1.98
22919968--22920140	93	1.9	93	91	2	285	28	29	20	21	1.98
22928016--22928044	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
22930212--22930325	40	2.8	40	84	6	124	23	21	28	27	1.99
22930227--22930325	40	2.5	40	96	0	180	21	23	28	27	1.99
22930339--22930478	43	3.3	43	84	0	172	13	20	32	32	1.92
22930597--22930651	25	2.2	25	90	6	85	29	12	30	27	1.93
22933853--22933879	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22935436--22935612	39	4.5	39	92	0	273	22	18	29	29	1.98
22935438--22935646	39	5.4	39	87	1	240	22	19	29	28	1.98
22935436--22935646	117	1.8	117	83	4	282	22	19	28	28	1.98
22935436--22935682	117	2.1	117	80	7	270	22	19	28	29	1.98
22943577--22943736	39	4.2	39	89	4	236	21	18	30	28	1.97
22943577--22943754	75	2.3	75	86	4	214	21	20	30	27	1.98
22943577--22943774	39	5.2	39	85	5	208	21	20	30	27	1.98
22945013--22945051	15	2.6	15	91	0	69	58	20	12	7	1.58
22944975--22945051	30	2.5	30	79	10	86	57	16	15	10	1.65
22947458--22947505	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
22947544--22947600	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
22947542--22947604	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
22947657--22947776	24	5.0	24	84	11	149	29	23	21	25	1.99
22947659--22947777	47	2.5	47	86	9	161	29	22	21	26	1.99
22949822--22950004	27	6.8	27	89	0	177	34	22	7	36	1.81
22949833--22949989	81	1.9	81	85	0	215	32	22	7	38	1.81
22949820--22950215	54	7.4	54	77	5	255	38	21	8	32	1.83
22949941--22950215	81	3.4	79	79	7	259	40	21	8	29	1.82
22949955--22950187	27	8.7	26	79	4	187	42	20	7	29	1.80
22949820--22950214	27	14.6	28	81	4	158	38	21	8	32	1.83
22949955--22950293	54	6.2	53	75	7	252	41	19	9	30	1.82
22950319--22950392	27	2.7	27	76	12	71	36	20	20	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22950332--22950396	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
22951193--22951315	52	2.4	51	93	2	203	25	22	23	28	1.99
22951193--22951315	26	4.8	26	87	1	169	25	22	23	28	1.99
22951460--22951551	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
22951575--22951651	31	2.5	31	95	0	136	31	19	20	28	1.97
22954600--22954767	93	1.8	89	86	9	241	29	29	18	22	1.97
22954601--22954764	42	3.7	43	77	13	154	30	29	18	21	1.97
22959160--22959240	27	3.0	27	83	8	94	39	16	9	34	1.81
22959169--22959258	27	3.3	27	83	6	103	41	16	8	33	1.80
22959253--22959311	27	2.2	26	79	5	64	33	25	8	32	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427