genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  290  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83468467--83468530	32	2.0	33	93	3	112	26	43	9	20	1.82
83479118--83479244	64	2.0	64	89	3	193	30	18	15	34	1.93
83479434--83479521	45	2.0	45	86	4	124	32	18	20	28	1.96
83479535--83479677	45	3.2	45	86	4	193	29	19	23	27	1.98
83479556--83480014	134	3.4	132	79	7	514	30	18	22	28	1.97
83479358--83480033	223	3.0	221	82	8	707	29	19	21	28	1.98
83479835--83479945	45	2.5	45	78	10	122	33	18	20	27	1.96
83479869--83480049	88	2.0	88	86	5	249	31	19	20	28	1.97
83479892--83480085	88	2.2	88	86	1	264	28	20	18	32	1.96
83482281--83482560	126	2.2	126	82	3	323	26	16	20	37	1.93
83483098--83483248	42	3.6	41	75	8	124	33	23	12	31	1.92
83484960--83485033	29	2.6	29	87	6	89	35	25	14	24	1.94
83484970--83485251	29	10.0	28	77	6	223	36	21	15	25	1.93
83484970--83485207	57	4.2	57	80	3	253	37	21	15	26	1.92
83484960--83485207	86	2.9	86	79	3	259	37	22	14	25	1.92
83484976--83485197	115	1.9	115	83	0	282	39	20	16	23	1.92
83505289--83505635	173	2.0	174	98	0	669	32	21	19	26	1.97
83511207--83511279	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
83519257--83519329	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
83522202--83522268	33	2.0	33	100	0	134	53	5	23	16	1.65
83524929--83525035	55	1.9	55	83	10	139	21	28	32	17	1.96
83535192--83535226	15	2.3	15	100	0	70	74	0	0	25	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83539385--83539465	41	2.0	41	100	0	162	41	17	9	30	1.82
83540911--83541074	43	3.8	42	81	10	181	31	22	15	29	1.95
83540911--83541074	86	1.9	85	82	6	206	31	22	15	29	1.95
83545370--83545588	40	5.6	40	92	3	331	26	23	27	21	1.99
83552786--83552810	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
83553402--83553618	40	5.6	40	90	5	322	27	23	28	21	1.99
83561463--83561720	39	6.6	40	92	2	375	26	24	27	21	1.99
83575796--83575935	39	3.6	39	95	0	235	26	20	28	24	1.99
83575796--83575964	39	4.3	39	93	2	232	25	21	28	24	1.99
83577846--83577991	40	3.7	40	80	7	136	26	26	21	26	2.00
83581838--83582001	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
83589412--83589575	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
83589412--83589609	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
83591485--83591539	6	10.2	5	81	18	58	78	0	3	18	0.90
83591485--83591539	16	3.4	16	85	12	76	78	0	3	18	0.90
83591473--83591539	22	3.0	23	85	10	95	79	0	5	14	0.92
83596633--83596657	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
83610280--83610350	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
83610280--83610373	48	1.9	48	81	10	111	35	4	37	23	1.75
83610416--83610528	27	4.0	27	83	13	154	26	12	30	30	1.93
83611450--83611561	27	4.2	26	82	7	125	15	23	23	38	1.92
83611450--83611561	54	2.1	54	86	3	154	15	23	23	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83616960--83616989	14	2.1	14	93	0	51	73	6	0	20	1.05
83620344--83620646	49	6.3	49	94	1	456	31	8	30	29	1.86
83642100--83642190	43	2.1	43	82	11	107	27	27	18	26	1.98
83666195--83666254	28	2.2	27	88	5	93	20	10	26	43	1.83
83666202--83666260	28	2.1	28	96	0	109	18	11	23	45	1.83
83667343--83667367	13	1.9	13	100	0	50	68	0	32	0	0.90
83670167--83670229	28	2.2	28	97	0	117	41	26	19	12	1.87
83672073--83672105	8	4.1	8	100	0	66	0	39	36	24	1.56
83672870--83672970	50	2.0	50	98	0	193	39	20	8	30	1.83
83685478--83685515	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
83687143--83687208	28	2.4	28	87	7	91	45	25	7	21	1.78
83699736--83700196	48	9.6	48	78	3	480	28	26	16	28	1.97
83699736--83700196	96	4.8	96	88	1	681	28	26	16	28	1.97
83705283--83705343	27	2.3	27	79	0	68	31	16	13	39	1.87
83705337--83705435	27	3.7	27	83	5	121	41	18	15	25	1.89
83714352--83714574	79	2.8	80	85	8	285	25	22	27	24	2.00
83714352--83714576	40	5.7	40	84	5	253	25	22	27	24	2.00
83714352--83714576	119	1.9	120	80	8	271	25	22	27	24	2.00
83714352--83714599	79	3.1	79	82	8	229	26	21	27	25	2.00
83715892--83715920	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
83720881--83721081	55	3.7	53	80	5	206	23	23	15	36	1.93
83720892--83721081	54	3.5	54	82	5	231	24	23	15	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83721268--83721351	44	1.9	44	82	4	107	26	23	11	38	1.90
83722899--83723270	185	2.0	184	98	0	717	37	14	20	28	1.91
83725060--83725257	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
83725126--83725243	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
83725094--83725257	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
83732626--83732823	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
83732692--83732809	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
83732660--83732823	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
83734353--83734619	48	5.6	47	73	13	208	26	19	29	24	1.98
83734345--83734619	96	2.9	96	82	1	300	26	18	29	25	1.98
83734357--83734628	144	1.9	142	82	8	336	26	19	29	24	1.98
83757706--83757902	105	1.9	101	92	4	331	27	12	22	36	1.91
83760341--83760516	46	3.8	46	78	15	200	19	19	29	31	1.97
83760337--83760507	93	1.8	93	94	0	306	20	19	29	30	1.97
83772632--83772691	3	20.0	3	96	0	111	35	0	0	65	0.93
83776136--83776253	45	2.6	45	87	9	161	22	32	18	26	1.97
83776331--83776398	31	2.2	32	97	2	129	44	22	0	33	1.53
83776340--83776406	31	2.2	31	94	0	116	47	22	0	29	1.51
83779548--83779818	48	5.6	48	73	9	214	28	21	28	22	1.99
83779551--83779816	144	1.8	144	81	7	335	28	21	28	21	1.99
83781009--83781084	34	2.2	34	97	0	143	30	25	23	21	1.99
83786979--83787017	18	2.1	19	90	4	62	2	56	0	41	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83797310--83797342	14	2.4	14	94	0	57	15	21	0	63	1.30
83802941--83803066	29	4.3	29	81	3	155	23	13	30	32	1.93
83805495--83805593	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
83813171--83813269	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
83815552--83815576	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
83817746--83817778	15	2.1	16	88	5	50	27	3	6	63	1.32
83818079--83818207	43	3.0	42	81	13	156	23	19	27	29	1.98
83824587--83824694	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
83829496--83829582	28	3.1	28	93	0	138	33	10	27	28	1.90
83829496--83829602	28	3.8	28	88	0	133	33	11	25	29	1.90
83838828--83838945	24	4.9	24	83	6	141	29	21	19	29	1.97
83838819--83838945	49	2.6	48	81	9	141	29	21	18	31	1.96
83838997--83839062	20	3.3	20	93	2	116	33	19	12	34	1.89
83838997--83839052	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
83846568--83846631	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
83846850--83846943	25	3.8	25	94	2	156	29	22	21	26	1.99
83846995--83847055	20	3.0	20	95	0	113	34	19	11	34	1.88
83846995--83847050	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
83866218--83866259	17	2.5	17	96	0	75	40	7	4	47	1.52
83873317--83873343	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
83875939--83875976	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
83876095--83876150	27	2.1	27	96	0	103	19	12	7	60	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83887067--83887280	49	4.4	49	92	2	369	33	7	27	31	1.86
83901317--83901365	24	2.0	24	100	0	98	32	4	16	46	1.65
83905399--83905441	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
83911090--83911143	26	2.0	26	89	10	83	53	12	11	22	1.70
83912116--83912151	17	2.2	17	95	5	65	66	0	8	25	1.19
83912739--83912811	3	24.3	3	100	0	146	67	0	0	32	0.91
83915918--83915950	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
83916072--83916280	38	5.4	38	84	3	222	33	27	19	20	1.97
83916072--83916237	76	2.2	78	88	2	246	34	27	19	19	1.96
83923415--83923537	43	2.9	43	87	2	185	32	32	21	13	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427