genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.386.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  386  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112217839--112217918	31	2.6	31	85	0	115	26	26	21	26	1.99
112217901--112218127	50	4.5	50	94	0	391	25	21	16	37	1.94
112222959--112223038	31	2.6	31	85	0	115	26	26	21	26	1.99
112223021--112223347	50	6.5	50	94	0	564	25	21	16	36	1.94
112230934--112231109	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
112230931--112231102	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
112244633--112244682	15	3.4	15	75	8	50	58	0	0	42	0.98
112249913--112250148	131	1.8	131	83	3	314	31	17	17	33	1.94
112249912--112250180	131	2.1	131	79	4	292	31	17	16	35	1.92
112250091--112250386	129	2.3	132	79	7	293	25	19	19	35	1.95
112261804--112262073	44	6.1	44	92	0	396	27	14	30	27	1.95
112264595--112265052	131	3.5	132	75	9	339	27	20	19	32	1.97
112266629--112266680	3	18.7	3	74	21	51	63	1	0	34	1.06
112266633--112266680	8	5.9	8	79	20	55	62	2	0	35	1.07
112266628--112266674	16	2.8	16	87	6	58	63	2	0	34	1.06
112266653--112266679	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95
112267607--112267631	12	2.1	12	100	0	50	20	8	16	56	1.65
112267820--112267855	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
112273106--112273154	21	2.3	21	79	10	55	57	4	0	38	1.18
112273223--112273271	22	2.2	22	81	3	53	59	6	2	32	1.34
112273969--112274002	6	5.8	6	89	6	52	91	0	8	0	0.43
112273970--112274002	11	2.9	11	95	4	57	90	0	9	0	0.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112273969--112274002	17	2.1	16	94	5	59	91	0	8	0	0.43
112275631--112275713	42	2.0	42	97	0	157	21	24	26	27	1.99
112279069--112279111	14	2.9	15	72	6	52	27	0	9	62	1.25
112284322--112284354	5	6.6	5	100	0	66	18	0	60	21	1.36
112288919--112288965	23	2.0	23	95	0	85	21	25	29	23	1.99
112289708--112289741	17	1.9	17	94	5	59	2	17	0	79	0.86
112293905--112293981	30	2.6	30	83	4	93	27	29	18	24	1.98
112302006--112302262	46	5.9	39	74	20	183	37	15	24	22	1.93
112302045--112302305	46	5.7	46	91	1	382	39	14	23	21	1.91
112302045--112302305	91	2.9	92	89	1	382	39	14	23	21	1.91
112301996--112302305	137	2.3	130	86	6	408	38	15	23	21	1.92
112302186--112302328	45	3.2	45	85	3	135	44	16	20	18	1.87
112302566--112302612	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
112303556--112303605	25	2.0	25	92	0	82	22	22	18	38	1.94
112307409--112307589	46	4.0	46	89	2	249	40	14	23	21	1.90
112307424--112307612	91	2.1	90	81	7	222	41	15	21	20	1.90
112310785--112310954	46	4.0	40	80	16	175	37	15	24	22	1.93
112310827--112310994	46	3.7	46	87	1	230	41	14	23	20	1.90
112311255--112311301	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
112318585--112318629	3	15.3	3	95	4	83	68	0	0	31	0.89
112320975--112321042	27	2.5	27	100	0	136	42	10	7	39	1.67
112326778--112326929	41	3.8	40	81	6	171	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112326778--112326929	40	3.8	40	84	4	180	30	20	22	26	1.98
112329057--112329095	20	2.0	20	85	10	53	25	12	25	35	1.92
112330258--112330314	31	1.9	31	83	16	77	63	5	1	29	1.27
112330498--112330530	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
112330993--112331021	7	4.1	7	100	0	58	13	0	58	27	1.36
112332425--112332580	34	4.6	34	89	2	215	39	22	10	26	1.87
112333909--112333974	30	2.2	31	94	5	125	40	19	3	36	1.67
112334183--112334441	46	5.6	46	91	0	383	17	25	15	41	1.89
112337138--112337195	24	2.4	24	91	5	91	31	8	3	56	1.46
112340823--112340881	25	2.6	21	80	17	64	67	0	0	32	0.91
112340823--112340884	23	2.8	23	77	15	60	66	0	0	33	0.92
112351388--112351433	20	2.2	20	88	3	65	2	23	0	73	0.94
112351402--112351431	14	2.2	13	94	5	51	0	20	0	80	0.72
112357250--112357315	29	2.3	29	94	0	114	37	10	27	24	1.88
112357320--112357535	33	6.6	33	87	1	238	34	11	19	34	1.88
112357308--112357429	32	3.8	32	86	1	154	30	10	22	36	1.88
112360425--112360836	46	9.0	46	90	2	560	20	24	14	40	1.90
112364043--112364069	6	4.5	6	100	0	54	33	0	18	48	1.49
112364910--112364954	15	2.9	15	83	3	54	15	15	17	51	1.77
112366995--112367063	29	2.4	29	97	0	129	33	10	31	24	1.89
112367089--112367149	32	1.9	32	89	0	95	29	8	24	37	1.84
112369625--112369717	25	3.7	25	76	11	100	30	20	24	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112371388--112371432	23	2.0	23	87	8	67	28	0	0	71	0.87
112375938--112376114	50	3.5	50	89	0	273	35	14	22	27	1.93
112376090--112376237	31	4.8	31	90	0	233	27	18	27	26	1.98
112376262--112376478	47	4.7	48	83	8	195	28	14	27	29	1.95
112376399--112376512	42	2.7	41	87	2	147	31	14	26	28	1.94
112380373--112380397	12	2.1	12	100	0	50	8	24	0	68	1.16
112384340--112384396	11	4.9	11	79	10	60	47	1	10	40	1.48
112385058--112385114	9	5.9	9	76	15	60	29	1	5	63	1.27
112388344--112388420	26	3.0	25	78	12	68	57	3	0	38	1.17
112392357--112392495	40	3.5	40	79	3	145	30	11	20	37	1.88
112392460--112392611	78	1.9	78	91	0	250	32	13	21	32	1.93
112396414--112396456	21	2.0	21	100	0	86	48	13	13	23	1.79
112400178--112400227	2	25.0	2	91	0	82	0	46	0	54	1.00
112401618--112401665	18	2.7	18	80	0	51	72	2	16	8	1.18
112403387--112403436	18	2.7	18	84	9	57	66	2	2	30	1.14
112419974--112420000	11	2.5	11	100	0	54	48	18	0	33	1.49
112419942--112420003	32	1.9	32	83	6	81	41	16	1	40	1.57
112420138--112420272	48	2.8	46	83	10	164	31	9	5	52	1.58
112421207--112421253	7	6.7	7	95	0	85	29	0	12	57	1.36
112421249--112421287	7	5.6	7	93	0	69	30	0	15	53	1.42
112421243--112421287	21	2.1	22	84	12	67	31	0	13	55	1.38
112425359--112425936	126	4.6	126	86	2	730	28	18	17	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112425359--112426001	252	2.5	253	84	4	756	28	17	16	37	1.92
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112447772--112447920	31	4.8	31	85	3	201	28	18	25	26	1.98
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112454735--112454915	46	3.9	46	90	1	265	41	13	23	20	1.88
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112455780--112455929	55	2.7	56	90	3	243	28	27	12	32	1.92
112467116--112467149	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
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112478603--112478792	43	4.6	41	73	6	116	28	19	27	24	1.98
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112482560--112482617	24	2.4	24	85	8	73	17	27	18	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112482577--112482658	24	3.4	24	78	8	85	18	29	17	35	1.93
112489261--112489446	93	2.0	93	94	0	327	34	12	11	41	1.78
112492054--112492129	37	2.1	37	100	0	152	35	5	30	28	1.79
112497348--112497448	31	2.9	35	81	17	129	22	22	14	39	1.91
112497371--112497465	31	3.1	31	96	0	172	24	22	14	38	1.91
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112497657--112497798	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
112497656--112497799	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
112497850--112497909	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
112497952--112497999	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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