genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  11  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3191803--3191844	21	2.0	22	86	13	61	57	4	11	26	1.54
3198748--3198780	15	2.2	15	100	0	66	30	0	15	54	1.41
3199979--3200088	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
3201819--3201866	21	2.3	21	85	7	62	12	2	52	33	1.51
3203122--3203191	31	2.3	30	78	11	79	64	7	5	22	1.40
3203473--3203523	21	2.5	20	84	12	61	52	5	1	39	1.37
3203488--3203540	21	2.5	21	78	3	52	58	3	7	30	1.43
3204329--3204399	23	2.8	26	72	14	67	57	2	5	33	1.37
3204322--3204421	24	4.1	24	72	10	78	56	4	5	35	1.40
3204411--3204465	21	2.7	20	81	10	67	60	5	1	32	1.30
3204437--3204504	25	2.8	23	72	16	57	58	2	2	35	1.28
3204343--3204504	13	13.0	12	66	19	57	58	3	3	33	1.33
3204434--3204503	18	4.0	18	75	14	74	58	2	2	35	1.28
3204409--3204494	32	2.7	31	82	12	102	59	4	2	33	1.31
3211888--3212051	51	3.2	52	96	3	307	33	5	25	35	1.79
3211888--3212051	26	6.4	26	91	3	271	33	5	25	35	1.79
3211888--3212051	77	2.1	77	91	3	269	33	5	25	35	1.79
3212028--3212067	20	2.0	20	100	0	80	40	5	20	35	1.74
3213815--3214097	134	2.1	136	95	2	509	24	18	25	31	1.97
3215051--3215160	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
3216779--3216890	27	4.2	27	82	5	120	16	24	22	36	1.94
3216777--3216890	53	2.1	54	87	4	160	16	23	22	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3222558--3222595	8	4.9	8	80	6	51	63	0	0	36	0.95
3222558--3222595	15	2.4	16	86	4	51	63	0	0	36	0.95
3234370--3234491	46	2.6	46	81	5	136	27	22	13	36	1.92
3237967--3238011	23	2.0	23	100	0	90	33	17	13	35	1.89
3237970--3238020	23	2.2	23	85	0	66	33	21	11	33	1.90
3241851--3241972	46	2.6	46	81	5	136	27	22	13	36	1.92
3247973--3248094	46	2.6	46	81	5	136	27	22	13	36	1.92
3253465--3253552	43	2.0	44	88	2	133	37	21	19	21	1.94
3255622--3255677	27	2.1	26	83	3	67	23	5	3	67	1.27
3255629--3255688	27	2.2	27	78	0	66	25	5	3	66	1.27
3256341--3256388	19	2.6	18	76	6	51	35	12	6	45	1.67
3259559--3259599	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
3261335--3261364	15	2.0	15	93	0	51	30	0	10	60	1.30
3261987--3262014	7	4.0	7	100	0	56	0	14	0	85	0.59
3263443--3263473	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
3264643--3264719	38	2.0	39	97	2	147	25	25	12	35	1.92
3276564--3276715	50	2.9	53	79	14	181	31	15	18	34	1.92
3278500--3278530	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
3278743--3278781	20	2.0	20	90	10	62	33	0	5	61	1.18
3278731--3278851	48	2.7	44	75	17	106	34	4	3	57	1.37
3278792--3278849	21	2.8	20	79	7	62	37	5	3	53	1.40
3278731--3278853	23	5.3	23	72	21	73	34	4	3	57	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3279851--3279928	39	2.0	39	100	0	156	25	25	12	35	1.92
3281313--3281358	22	2.1	22	100	0	92	54	17	8	19	1.68
3281399--3281441	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
3282800--3282883	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
3283973--3285679	852	2.0	848	98	0	3279	26	16	26	30	1.97
3293066--3293475	136	3.0	136	97	0	766	32	24	17	25	1.97
3293740--3293815	26	2.8	27	82	4	82	27	13	22	36	1.91
3295258--3295341	26	3.2	26	91	0	132	36	22	5	34	1.79
3298832--3298901	17	4.2	16	82	10	79	80	0	5	14	0.89
3298832--3298907	34	2.3	33	86	6	109	78	0	7	13	0.94
3298837--3298901	8	7.8	8	79	8	67	80	0	4	15	0.88
3299989--3300177	66	2.9	65	85	5	256	32	16	12	38	1.86
3300370--3300467	45	2.2	44	80	10	101	26	18	25	29	1.98
3300814--3300910	44	2.2	46	85	10	139	29	12	25	31	1.92
3300663--3301338	177	3.8	179	85	4	773	28	16	25	29	1.97
3301346--3301667	175	1.8	178	83	4	427	31	16	23	27	1.96
3301013--3301667	330	2.0	332	85	3	883	30	16	25	27	1.97
3303301--3303379	26	3.0	26	90	3	124	34	7	21	36	1.82
3304869--3304921	26	2.0	26	85	7	72	39	22	13	24	1.90
3309521--3309545	12	2.1	12	100	0	50	24	32	8	36	1.84
3311351--3311427	40	1.9	40	86	5	111	15	12	33	37	1.86
3312907--3313040	19	7.2	19	89	8	213	38	10	14	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3312907--3313040	36	3.6	38	91	6	204	38	10	14	36	1.81
3312907--3313040	55	2.4	54	90	7	207	38	10	14	36	1.81
3313503--3313566	18	3.3	18	66	29	51	18	9	12	59	1.59
3313507--3313566	17	3.2	17	68	31	50	18	8	13	60	1.58
3313500--3313594	40	2.3	40	94	5	163	18	9	11	60	1.58
3318724--3318780	10	5.9	9	84	12	69	82	1	15	0	0.75
3318722--3318770	11	4.6	11	82	10	57	83	2	14	0	0.73
3319604--3319709	26	4.2	26	89	8	164	33	6	23	36	1.81
3322786--3323007	87	2.6	84	82	7	275	32	23	21	22	1.98
3322823--3322953	43	3.0	42	68	17	106	32	22	19	24	1.97
3323119--3323302	87	2.1	89	83	8	225	33	17	20	28	1.95
3322997--3323495	220	2.3	221	89	2	763	33	17	20	28	1.96
3323333--3323582	89	2.8	88	88	3	378	33	18	20	28	1.96
3323119--3323801	309	2.2	308	91	1	1100	33	17	20	28	1.95
3323422--3324011	219	2.7	220	89	1	887	34	17	20	27	1.95
3323929--3324097	88	1.9	87	82	3	212	31	18	23	26	1.97
3322997--3324015	529	1.9	528	89	1	1546	33	17	20	28	1.96
3323925--3324199	44	6.2	44	72	9	164	31	18	23	26	1.97
3323925--3324199	134	2.1	134	92	0	460	31	18	23	26	1.97
3324695--3324779	19	4.6	19	91	5	147	36	11	15	36	1.84
3324685--3324772	36	2.4	36	88	7	117	37	10	14	37	1.81
3330278--3330400	42	2.9	41	91	4	192	17	21	13	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3331689--3331761	36	2.0	36	97	0	137	34	16	15	34	1.90
3336007--3336116	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
3337732--3337871	27	5.2	27	89	2	192	17	25	22	35	1.95
3337732--3337871	54	2.6	55	90	2	212	17	25	22	35	1.95
3341796--3341905	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
3343522--3343661	27	5.2	27	88	2	183	17	24	22	35	1.96
3343522--3343661	54	2.6	55	89	2	203	17	24	22	35	1.96
3356313--3356374	31	2.0	31	96	0	115	41	11	11	35	1.77
3356994--3357019	10	2.6	10	100	0	52	61	0	0	38	0.96
3358659--3358712	21	2.4	23	90	6	85	37	24	1	37	1.66
3359008--3359212	45	4.6	44	79	4	162	33	16	17	32	1.93
3359189--3359244	29	1.9	29	92	0	94	25	19	23	32	1.98
3359100--3359455	117	3.0	116	86	3	464	32	15	20	32	1.94
3359218--3359318	44	2.3	44	82	3	114	29	17	18	33	1.95
3359306--3359361	29	1.9	29	89	7	87	28	17	21	32	1.96
3359335--3360345	44	21.8	44	68	14	404	32	16	19	30	1.94
3359367--3360253	96	9.4	96	72	12	619	33	16	19	30	1.94
3359510--3360253	286	2.6	287	88	2	1095	32	17	19	30	1.95
3359591--3360247	51	13.7	50	67	17	200	33	17	18	30	1.94
3361727--3361772	4	11.8	4	82	13	60	23	2	0	73	0.94
3363677--3363774	46	2.1	46	94	0	169	43	7	14	34	1.72
3364171--3364206	6	6.0	6	96	0	63	33	47	0	19	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3365838--3365896	30	2.0	30	86	6	84	37	0	44	18	1.50
3370438--3370501	32	2.0	33	93	3	112	32	6	6	54	1.50
3371843--3371912	6	11.3	6	78	15	72	14	2	2	80	0.95
3371843--3371898	13	4.4	13	79	18	64	14	3	1	80	0.93
3374939--3375030	28	3.3	28	70	8	98	36	11	11	39	1.79
3374933--3375037	55	1.9	56	96	2	194	38	13	11	37	1.81
3378476--3378524	25	2.0	26	84	8	66	24	16	20	38	1.92
3380043--3380085	21	2.0	21	95	0	77	39	23	6	30	1.81
3380000--3380102	26	4.2	26	85	12	162	36	26	6	30	1.82
3386465--3386748	134	2.1	137	96	2	520	31	25	18	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427