genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  220  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62069795--62069910	60	1.9	60	81	6	137	26	15	21	36	1.93
62071659--62071747	28	3.1	29	83	4	110	29	10	29	31	1.90
62076628--62076662	14	2.4	15	90	4	54	28	14	0	57	1.38
62076952--62076997	24	1.9	24	86	8	67	36	10	2	50	1.50
62077326--62077412	41	2.1	41	95	0	156	25	22	25	26	2.00
62082075--62082109	16	2.3	15	90	5	52	25	0	2	71	1.00
62085603--62085672	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
62092193--62092218	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
62092690--62092790	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
62092719--62092790	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
62100500--62100559	28	2.2	28	96	3	113	38	15	10	36	1.80
62112962--62113008	22	2.0	22	84	8	58	38	0	46	14	1.45
62112993--62113027	16	2.1	17	89	5	54	28	0	40	31	1.57
62117100--62117149	22	2.3	22	89	0	73	26	34	32	8	1.85
62120055--62120153	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
62127684--62127782	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
62135378--62135476	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
62138053--62138270	29	7.5	29	83	2	213	26	15	33	25	1.95
62140300--62140346	8	5.9	8	89	0	76	6	38	29	25	1.81
62140294--62140349	16	3.5	16	97	0	103	5	35	32	26	1.79
62140704--62140760	27	2.1	27	83	0	69	22	26	22	28	1.99
62142264--62142301	16	2.4	16	100	0	76	31	21	13	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62142834--62142918	44	1.9	44	95	0	152	32	29	16	21	1.95
62145667--62145728	15	4.1	15	83	4	72	58	16	14	11	1.64
62147867--62147991	40	3.1	39	80	6	137	21	24	24	28	1.99
62155653--62155716	31	2.1	31	100	0	128	32	6	3	57	1.39
62157108--62157169	26	2.4	26	94	0	106	32	19	25	22	1.97
62157095--62157180	26	3.4	25	84	7	104	27	20	22	29	1.99
62157312--62157359	25	1.9	25	86	0	69	33	12	20	33	1.90
62159553--62159598	3	15.3	3	100	0	92	65	0	0	34	0.93
62167696--62167736	20	2.0	20	100	0	82	29	4	29	36	1.78
62169724--62169818	29	3.3	29	82	1	111	32	29	11	26	1.91
62170081--62170141	30	2.0	30	100	0	122	16	19	27	36	1.93
62175937--62176002	28	2.4	28	92	2	107	42	27	9	21	1.83
62182634--62182671	20	1.9	20	100	0	76	26	10	26	36	1.89
62182654--62182751	43	2.3	42	82	7	108	26	15	26	31	1.96
62189076--62189106	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
62193576--62193653	23	3.4	23	92	0	129	20	20	16	42	1.89
62193781--62193861	33	2.6	31	81	9	87	25	23	25	24	2.00
62193805--62193891	33	2.6	33	88	0	120	24	21	27	26	1.99
62195813--62195874	25	2.5	25	78	0	70	25	30	12	30	1.93
62198451--62198579	40	3.3	39	81	6	154	23	27	25	23	2.00
62206488--62206615	39	3.3	38	79	8	134	23	27	25	23	2.00
62210248--62210377	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62219459--62219647	49	3.8	48	78	4	198	28	16	25	29	1.97
62219458--62219641	100	1.8	100	94	2	325	26	17	26	29	1.97
62222294--62222624	59	5.6	59	88	2	504	45	5	3	45	1.42
62226325--62226459	43	3.1	43	70	6	112	37	19	14	28	1.91
62226303--62226505	86	2.4	86	79	6	223	35	18	17	28	1.94
62226386--62226552	43	3.9	43	77	3	124	34	16	20	28	1.95
62227548--62227606	30	2.0	30	83	6	75	55	3	8	32	1.46
62229960--62229991	16	2.0	16	100	0	64	43	6	6	43	1.54
62234531--62234741	24	8.8	24	97	0	377	35	26	18	20	1.95
62238600--62238627	14	2.0	14	100	0	56	28	7	21	42	1.79
62238972--62239198	48	4.8	48	75	8	230	27	19	25	27	1.99
62245308--62245337	14	2.1	14	93	0	51	20	16	30	33	1.94
62250635--62250821	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
62250658--62250821	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
62250658--62250855	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
62258228--62258391	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
62258228--62258425	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
62260804--62260862	19	3.2	18	73	7	55	25	20	23	30	1.98
62262912--62262954	19	2.3	19	100	0	86	48	16	4	30	1.66
62269913--62270112	53	3.7	54	80	7	221	35	17	25	22	1.95
62269912--62270112	107	1.9	109	88	4	309	34	17	24	22	1.96
62270351--62270381	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62275585--62275737	40	3.8	40	81	4	164	23	23	28	24	2.00
62278275--62278393	33	3.3	38	85	10	135	24	21	28	25	1.99
62285870--62285978	38	2.8	39	84	8	141	22	24	29	22	1.99
62285830--62285994	40	4.2	39	76	9	142	26	23	26	23	2.00
62293847--62293988	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
62293885--62294014	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
62298541--62298660	43	2.8	42	76	7	134	28	25	15	30	1.96
62300393--62300609	45	4.8	45	89	2	319	28	26	20	23	1.99
62300387--62300609	90	2.5	90	90	0	356	28	27	20	23	1.99
62305023--62305142	43	2.8	42	77	7	143	27	24	16	31	1.96
62308144--62308169	13	2.0	13	100	0	52	15	30	7	46	1.74
62309428--62309500	30	2.4	29	88	4	92	27	41	19	12	1.87
62309449--62309514	30	2.2	30	86	5	89	22	37	21	18	1.94
62314390--62314449	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
62323344--62323382	20	2.0	20	94	0	69	46	10	15	28	1.78
62326818--62326874	29	2.0	29	100	0	114	24	10	21	43	1.83
62334946--62334971	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
62335676--62335790	40	2.8	40	77	12	119	22	23	27	26	2.00
62340692--62340946	55	4.8	53	78	8	227	36	18	24	20	1.95
62340692--62340899	108	1.9	111	85	4	289	35	18	25	21	1.95
62343159--62343230	31	2.3	31	84	13	87	59	2	1	36	1.20
62349816--62349840	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62354095--62354195	45	2.2	45	85	0	130	41	18	15	23	1.89
62354230--62354352	46	2.7	46	89	0	201	46	14	19	19	1.84
62358852--62358919	28	2.4	27	81	11	84	30	2	8	57	1.44
62360265--62360289	6	4.2	6	100	0	50	0	52	16	32	1.44
62360310--62360351	6	6.8	6	84	12	50	78	0	21	0	0.75
62360315--62360350	14	2.6	13	91	8	54	80	0	19	0	0.71
62360310--62360350	20	2.1	19	95	4	73	80	0	19	0	0.71
62370317--62370346	5	6.0	5	96	0	51	20	3	0	76	0.92
62376420--62376451	12	2.7	12	95	0	55	37	3	46	12	1.57
62377627--62377778	40	3.8	40	88	5	209	23	24	28	24	2.00
62377627--62377845	80	2.7	79	77	10	223	24	23	26	24	2.00
62389609--62389789	49	3.7	47	76	12	145	26	30	16	26	1.97
62389607--62389872	46	5.6	49	76	12	166	25	29	17	27	1.98
62389749--62389877	46	2.8	44	84	9	170	24	30	19	25	1.98
62395989--62396119	50	2.7	49	81	5	142	23	30	18	27	1.98
62396044--62396208	46	3.5	47	80	12	171	25	30	15	27	1.96
62400545--62400951	202	2.0	202	96	0	753	28	13	20	37	1.90
62403436--62403660	40	5.7	40	83	7	244	23	21	28	27	1.99
62403517--62403679	40	4.1	40	88	3	145	23	21	28	25	1.99
62403436--62403693	80	3.2	80	80	8	208	24	20	27	26	1.99
62407277--62407332	23	2.4	23	100	0	112	33	14	12	39	1.83
62413613--62413762	40	3.8	39	77	14	130	26	24	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62421582--62421732	40	3.8	40	78	6	155	27	23	27	21	1.99
62421619--62421748	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
62421582--62421748	80	2.1	79	82	7	205	26	23	27	22	2.00
62429571--62429721	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
62429608--62429737	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
62429570--62429737	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
62431096--62431198	51	2.0	52	88	5	156	21	34	20	23	1.96
62432431--62432532	41	2.5	41	90	0	141	36	26	18	18	1.94
62438358--62438626	47	5.7	46	72	12	174	26	21	29	22	1.99
62443791--62443884	47	2.0	47	97	0	179	35	15	14	34	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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