genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  201  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56106620--56106796	98	1.8	94	86	4	255	22	31	18	28	1.97
56110436--56110504	32	2.1	33	97	2	131	30	11	34	23	1.90
56110479--56110751	48	5.7	48	78	6	248	27	17	28	26	1.98
56110478--56110751	146	1.9	145	84	5	365	27	17	28	26	1.98
56121241--56121267	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
56128333--56128434	27	3.6	28	84	7	116	30	27	14	27	1.95
56129950--56130024	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
56130008--56130081	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
56134446--56134542	38	2.5	39	83	6	108	25	26	22	24	2.00
56142420--56142552	40	3.3	39	80	10	135	22	24	24	28	1.99
56142453--56142567	40	2.9	39	81	2	149	23	26	22	27	2.00
56144803--56145050	40	6.2	40	83	1	293	27	28	22	22	1.99
56144830--56145054	120	1.9	120	86	1	326	25	28	23	23	2.00
56163864--56163916	27	2.0	27	85	7	72	28	26	26	18	1.98
56167542--56167594	27	2.0	27	85	7	72	28	26	26	18	1.98
56172889--56172922	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
56174193--56174283	28	3.2	28	87	3	130	27	30	14	27	1.95
56178853--56178950	28	3.5	28	85	0	124	26	31	14	27	1.95
56179164--56179195	16	2.0	16	93	0	55	6	15	25	53	1.65
56187100--56187332	39	6.0	39	93	0	394	24	29	24	21	1.99
56203670--56203698	14	2.1	14	100	0	58	13	13	37	34	1.85
56204243--56204463	40	5.6	40	92	1	347	22	21	30	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56212299--56212518	40	5.6	40	91	1	336	22	20	30	26	1.98
56216917--56216951	16	2.2	16	100	0	70	45	25	5	22	1.74
56217017--56217062	22	2.0	23	83	4	58	45	8	6	39	1.61
56221650--56221792	50	2.9	50	90	0	223	27	27	18	26	1.98
56225019--56225338	47	6.9	47	75	10	250	26	29	18	26	1.98
56225064--56225329	142	1.9	142	82	6	342	26	28	17	27	1.98
56225019--56225329	95	3.3	91	81	9	328	26	28	17	26	1.98
56225116--56225373	142	1.8	144	80	9	314	25	29	17	26	1.98
56227982--56228125	50	2.9	50	90	0	207	26	27	20	26	1.99
56246010--56246063	27	2.0	27	96	0	99	48	12	29	9	1.73
56246339--56246450	46	2.5	44	82	7	127	28	20	30	20	1.98
56246646--56246693	24	2.0	24	100	0	96	33	12	16	37	1.86
56252358--56252396	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
56254029--56254076	24	2.0	24	100	0	96	37	8	20	33	1.83
56254346--56254485	41	3.5	40	86	3	167	33	26	15	24	1.95
56254297--56254485	40	4.7	41	82	2	213	32	26	15	24	1.96
56257893--56258041	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
56257934--56258041	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
56266030--56266137	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
56265989--56266137	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
56269735--56270009	43	6.4	43	94	0	460	11	24	33	30	1.91
56270910--56271049	47	2.9	48	96	2	264	32	26	5	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56278814--56278983	46	3.7	45	78	9	200	20	20	30	28	1.98
56281922--56281965	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
56283752--56283808	30	1.9	30	85	0	78	42	8	22	26	1.83
56284233--56284408	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
56284230--56284400	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
56287353--56287408	15	3.7	15	85	7	78	14	16	8	60	1.57
56289801--56289931	46	2.8	45	76	11	149	21	19	29	29	1.98
56293417--56293441	8	3.1	8	100	0	50	24	40	12	24	1.88
56294881--56294949	34	2.0	34	97	0	129	36	8	26	28	1.86
56302795--56302847	27	2.0	27	88	0	79	35	20	13	30	1.91
56303122--56303167	22	2.1	22	87	0	65	15	32	21	30	1.94
56331435--56331604	48	3.5	49	83	4	175	27	17	28	27	1.98
56331530--56331638	42	2.4	45	83	8	125	28	13	25	32	1.94
56331557--56331779	42	5.2	42	73	6	158	27	19	26	26	1.99
56331622--56331828	90	2.3	90	93	0	342	30	21	24	23	1.99
56331668--56331827	48	3.5	48	71	10	161	32	22	21	23	1.98
56331622--56331864	90	2.7	90	88	3	312	30	20	25	24	1.99
56337881--56337940	16	3.7	16	70	16	52	46	1	8	43	1.43
56338817--56338851	17	2.0	18	88	5	54	37	0	20	42	1.52
56338957--56339002	19	2.4	19	85	0	65	15	17	30	36	1.91
56348253--56348386	26	5.2	26	95	0	241	32	7	24	35	1.83
56349562--56349590	8	3.6	8	100	0	58	55	20	24	0	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56350009--56350147	27	5.1	27	78	11	142	18	21	23	36	1.95
56350009--56350165	54	2.9	53	84	2	199	19	21	22	36	1.95
56355116--56355202	29	3.0	29	98	0	165	27	27	12	32	1.93
56355072--56355202	58	2.3	58	83	2	156	25	31	15	27	1.96
56363078--56363237	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
56366179--56366338	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
56374209--56374368	29	5.5	29	82	4	171	25	31	16	26	1.96
56377536--56377578	5	8.8	5	87	7	54	41	0	0	58	0.98
56377539--56377572	16	2.1	16	94	0	59	41	0	0	58	0.98
56377677--56377719	14	3.1	14	86	3	61	72	0	11	16	1.13
56379396--56379676	45	6.2	45	92	0	454	18	19	21	40	1.92
56379856--56380046	18	10.6	18	78	10	122	34	10	16	38	1.84
56379844--56380126	36	7.6	36	71	12	189	35	11	15	37	1.84
56379912--56380047	54	2.5	53	80	9	141	36	11	14	36	1.83
56380063--56380139	18	4.3	18	80	1	75	36	9	14	40	1.77
56381872--56382021	22	6.4	22	70	12	86	26	22	16	34	1.95
56385926--56385967	19	2.2	20	91	4	68	38	0	4	57	1.20
56389358--56389419	30	2.1	30	93	0	106	24	16	6	53	1.66
56396175--56396217	22	2.0	22	90	0	68	25	27	2	44	1.66
56397217--56397258	21	2.0	21	95	0	75	21	33	16	28	1.95
56397320--56397452	54	2.5	54	80	4	153	24	26	21	27	1.99
56407384--56407415	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56407383--56407775	50	7.8	50	76	4	277	26	17	24	31	1.97
56407432--56407714	101	2.8	101	88	0	395	26	18	24	31	1.97
56407427--56407763	101	3.3	100	84	3	383	27	18	23	31	1.97
56413602--56413851	137	1.8	135	80	8	299	41	10	5	43	1.61
56415111--56415213	23	4.5	23	77	8	93	35	14	23	26	1.93
56426999--56427038	21	1.9	21	100	0	80	12	50	5	32	1.62
56433739--56433771	16	2.1	16	94	0	57	24	9	6	60	1.49
56435178--56435270	38	2.4	38	96	0	168	27	16	23	32	1.96
56435716--56435847	29	4.6	29	78	3	124	24	17	33	25	1.96
56442358--56442409	24	2.3	22	83	12	61	25	15	28	30	1.96
56442887--56443018	29	4.6	29	78	3	124	24	17	33	25	1.96
56448113--56448185	34	2.2	34	90	7	114	27	24	21	26	2.00
56448134--56448211	34	2.3	34	84	4	95	26	26	21	24	1.99
56448507--56448535	15	1.9	15	100	0	58	27	31	6	34	1.83
56461822--56461973	40	3.8	40	89	5	202	23	24	28	23	2.00
56461822--56462013	40	4.8	40	85	6	187	23	23	28	24	2.00
56461822--56462040	80	2.7	79	77	10	214	24	23	27	24	2.00
56464865--56464951	6	14.3	6	75	10	79	50	10	18	20	1.76
56464850--56464919	24	2.9	24	82	0	68	54	8	17	20	1.68
56465219--56465288	25	2.8	25	91	0	113	28	22	22	25	1.99
56465320--56465384	11	6.1	11	71	5	53	32	20	13	33	1.91
56465334--56465384	21	2.4	21	86	0	66	31	21	11	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56465662--56465911	27	9.3	27	90	0	365	24	20	19	35	1.95
56465761--56465957	27	7.3	26	88	2	115	27	17	19	36	1.94
56465691--56465938	81	3.1	78	87	6	309	26	18	18	36	1.94
56465661--56465958	81	3.7	81	87	2	296	26	19	18	35	1.95
56465893--56465967	27	2.8	26	85	4	96	34	10	16	38	1.83
56470080--56470209	40	3.3	39	83	9	156	22	26	25	26	2.00
56470078--56470259	79	2.3	81	82	7	212	23	27	23	25	2.00
56472750--56472810	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
56474787--56474840	25	2.2	25	100	0	108	46	31	3	18	1.67
56480490--56480541	26	2.0	26	85	7	70	36	17	5	40	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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