genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.399.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  399  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115665116--115665280	51	3.0	57	84	12	234	32	15	23	28	1.95
115672959--115673090	35	3.6	36	82	9	151	33	24	10	31	1.89
115680422--115680588	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
115680417--115680588	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
115683388--115683421	5	7.0	5	86	6	52	41	2	0	55	1.15
115693001--115693058	14	4.2	14	78	8	57	34	0	1	63	1.04
115697603--115697636	4	8.2	4	87	6	50	29	2	23	44	1.68
115707107--115707154	24	2.0	24	84	8	62	33	0	4	62	1.14
115707264--115707338	30	2.5	30	75	12	82	50	5	8	36	1.54
115708614--115708672	31	1.9	31	85	0	82	28	13	13	44	1.82
115715770--115715847	22	3.4	21	81	12	75	47	1	0	51	1.09
115717855--115717896	22	1.9	22	90	9	68	38	4	2	54	1.34
115727583--115727702	61	2.0	61	81	6	145	40	7	15	35	1.76
115730975--115731022	13	3.8	12	78	15	53	56	2	0	41	1.11
115732434--115732463	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
115743473--115743524	12	4.5	12	76	16	56	26	1	0	71	0.97
115743455--115743525	35	2.1	33	89	5	106	26	4	1	67	1.17
115748903--115748953	25	2.0	25	100	0	102	11	25	35	27	1.91
115755285--115755330	22	2.2	20	84	7	56	26	0	2	71	0.97
115755284--115755330	23	2.2	20	85	11	58	25	0	2	72	0.96
115755437--115755495	27	2.2	27	87	0	82	22	28	23	25	1.99
115757839--115757973	44	3.0	44	92	2	207	34	13	23	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115757846--115757997	44	3.4	44	88	1	205	32	13	23	30	1.92
115758145--115758181	17	2.2	17	90	0	56	51	2	32	13	1.55
115762134--115762174	20	2.0	20	90	9	66	26	39	9	24	1.86
115764579--115764611	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
115764906--115765215	46	6.7	46	93	0	451	21	23	14	40	1.89
115767811--115767870	25	2.4	23	74	15	57	30	13	3	53	1.56
115769117--115769327	92	2.3	92	91	0	341	18	25	13	42	1.87
115769107--115769329	46	4.8	46	87	1	295	19	24	14	41	1.88
115775302--115775535	78	3.1	77	85	2	292	53	10	7	28	1.61
115777794--115777829	15	2.3	16	90	4	56	63	2	2	30	1.22
115777803--115778381	88	5.9	101	79	12	561	54	14	1	29	1.48
115777846--115778309	199	2.3	201	88	4	695	53	13	1	31	1.48
115778220--115778470	88	2.8	86	86	6	315	56	15	0	27	1.44
115778643--115778672	4	7.8	4	92	7	53	0	23	0	76	0.78
115779509--115779593	38	2.2	39	95	2	154	28	18	3	49	1.64
115787172--115787230	25	2.2	27	80	17	70	49	6	1	42	1.39
115787178--115787231	25	2.2	25	86	6	74	48	5	1	44	1.37
115787589--115787640	19	2.6	19	74	17	52	30	1	1	65	1.14
115790946--115791005	25	2.4	25	88	0	93	41	20	20	18	1.90
115793484--115793510	12	2.2	12	100	0	54	25	22	0	51	1.48
115794669--115794780	18	6.2	18	74	8	84	34	16	13	35	1.87
115794669--115794780	36	3.1	35	80	5	118	34	16	13	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115794940--115795029	44	2.0	44	85	12	123	32	25	21	21	1.98
115795792--115795851	29	2.2	28	82	14	72	33	0	1	65	1.03
115796171--115796260	14	6.2	14	75	12	67	68	0	31	0	0.89
115796177--115796259	24	3.6	23	75	16	82	69	0	30	0	0.88
115796171--115796258	23	3.9	21	76	16	79	68	0	31	0	0.90
115796219--115796249	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
115796430--115796537	33	3.4	33	71	20	104	36	0	11	52	1.37
115796414--115796547	60	2.2	61	88	4	200	31	0	11	56	1.35
115799781--115799888	33	3.3	33	90	0	153	15	50	11	23	1.76
115807903--115807949	19	2.5	19	86	6	69	6	14	4	74	1.17
115807963--115808003	21	2.0	21	85	0	55	51	2	0	46	1.14
115807959--115808004	13	3.5	13	80	19	51	54	2	0	43	1.12
115808085--115808126	5	8.6	5	80	15	52	57	0	0	42	0.99
115808077--115808130	19	2.9	19	82	17	69	55	0	0	44	0.99
115811758--115812053	18	16.1	18	70	9	141	36	14	11	38	1.81
115811851--115812053	72	2.8	71	77	8	198	36	12	10	39	1.79
115812217--115812322	45	2.4	45	85	0	140	43	18	17	19	1.88
115812303--115812327	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
115813301--115813361	25	2.4	25	86	0	77	40	16	22	19	1.90
115814674--115814708	15	2.2	16	90	5	54	11	17	2	68	1.31
115820243--115820326	31	2.8	30	78	15	93	45	10	10	33	1.74
115824826--115824875	20	2.5	20	78	9	57	40	0	2	58	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115824880--115824934	24	2.3	24	75	9	60	47	3	3	45	1.38
115825840--115825890	2	25.5	2	100	0	102	49	50	0	0	1.00
115832026--115832058	11	2.9	12	91	8	52	66	0	0	33	0.92
115832243--115832288	3	15.3	3	95	0	83	67	2	0	30	1.03
115851786--115851996	99	2.1	99	97	0	395	36	18	30	15	1.92
115861137--115861193	17	3.1	19	74	23	66	49	3	0	47	1.18
115861990--115862019	15	2.0	15	93	0	51	43	6	6	43	1.57
115867609--115867754	35	4.0	35	83	10	177	34	23	11	30	1.91
115871029--115871087	31	1.9	31	89	0	91	37	22	3	37	1.71
115872784--115873383	133	4.5	133	90	1	905	28	22	20	29	1.98
115872778--115873384	268	2.3	265	89	2	928	28	22	20	28	1.98
115874407--115874477	24	3.0	24	77	6	74	0	23	2	73	0.97
115874423--115874496	17	4.5	16	75	17	71	0	18	1	79	0.80
115874441--115874492	11	4.4	12	83	11	72	0	21	0	78	0.74
115874423--115874491	35	1.9	37	88	5	106	0	20	1	78	0.83
115874423--115874493	13	5.7	12	77	14	72	0	19	1	78	0.82
115874423--115874491	37	1.9	37	88	5	97	0	20	1	78	0.83
115878275--115878741	46	10.0	46	87	3	547	20	24	15	40	1.90
115880706--115880742	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
115883385--115883804	46	9.0	46	85	4	491	20	23	15	41	1.89
115883363--115883794	139	3.1	139	87	6	602	19	22	15	41	1.89
115885963--115885999	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115887714--115887765	21	2.5	21	84	3	61	63	3	5	26	1.34
115888040--115888070	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
115888042--115888078	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
115888498--115888568	37	1.9	37	91	0	115	18	1	50	29	1.55
115888536--115888591	29	1.9	29	85	7	78	21	1	42	33	1.63
115888534--115888597	29	2.2	29	77	5	76	18	1	48	31	1.58
115893720--115893748	9	3.2	9	100	0	58	58	0	0	41	0.98
115895684--115895794	55	2.0	55	91	0	177	38	9	17	34	1.83
115900641--115900707	34	2.0	34	93	0	116	50	16	11	20	1.76
115906654--115906694	9	4.6	9	84	0	55	0	19	34	46	1.50
115908075--115908709	130	4.9	128	78	5	580	34	16	10	38	1.83
115908123--115908709	260	2.3	258	81	5	671	34	16	10	38	1.83
115910377--115910425	3	16.3	3	91	0	80	67	0	0	32	0.91
115910570--115910705	3	45.3	3	79	8	134	66	1	2	29	1.12
115911032--115911080	23	2.1	24	92	3	82	18	4	53	24	1.62
115911075--115911108	17	2.0	17	100	0	68	17	5	35	41	1.74
115918475--115918518	16	2.9	15	83	6	61	70	6	2	20	1.21
115918475--115918518	15	2.9	15	83	12	54	70	6	2	20	1.21
115923740--115923771	6	5.3	6	96	0	55	62	0	0	37	0.95
115926915--115926975	31	2.0	30	84	6	79	54	0	1	44	1.10
115928042--115928072	16	1.9	16	100	0	62	51	0	22	25	1.48
115930945--115930989	24	1.9	24	86	4	65	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115931419--115931617	108	1.8	108	96	0	371	43	9	4	43	1.56
115934579--115934633	25	2.3	23	81	12	58	49	1	9	40	1.45
115939162--115939207	16	2.8	16	86	6	56	41	28	2	28	1.68
115939109--115939240	70	1.9	70	81	9	162	37	25	5	31	1.79
115939925--115939987	30	2.1	30	100	0	126	30	3	34	31	1.74
115940243--115940321	33	2.4	33	79	8	81	25	2	45	26	1.66
115940275--115940366	33	2.8	34	77	9	102	31	3	43	21	1.69
115940484--115940641	51	3.1	51	86	0	235	24	8	30	36	1.86
115941469--115941518	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
115941489--115941547	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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