genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  76  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18789719--18789770	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
18791655--18791718	32	2.0	32	93	0	110	29	20	28	21	1.98
18792532--18792609	33	2.3	35	79	16	94	26	23	17	32	1.97
18798303--18798435	53	2.5	53	85	8	164	24	24	17	33	1.96
18807684--18807735	24	2.2	24	85	0	68	32	3	9	53	1.51
18812182--18812242	16	3.7	16	73	14	61	39	3	6	50	1.45
18832164--18832205	17	2.5	17	100	0	84	33	19	4	42	1.72
18832164--18832254	17	5.4	17	76	15	80	40	12	6	40	1.68
18832190--18832287	51	1.9	51	82	0	124	44	8	7	39	1.61
18840346--18840388	21	2.0	21	95	0	77	58	18	0	23	1.40
18843774--18843850	36	2.1	36	97	0	145	27	27	12	32	1.93
18845891--18845968	40	2.0	40	82	5	95	20	14	30	34	1.92
18859474--18859499	12	2.2	12	100	0	52	46	46	7	0	1.31
18864949--18864979	14	2.2	14	94	0	53	58	6	12	22	1.58
18870990--18871050	21	2.9	21	82	0	68	24	24	27	22	2.00
18873985--18874070	6	14.0	6	73	13	68	47	15	17	19	1.82
18873985--18874085	31	3.3	31	94	0	166	49	14	16	18	1.80
18874025--18874082	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
18874230--18874331	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
18874490--18874554	22	3.0	22	75	8	69	33	21	23	21	1.97
18874982--18875121	27	5.2	27	88	2	194	26	20	17	35	1.95
18875106--18875284	27	6.7	26	85	9	234	30	9	21	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18875025--18875230	54	3.8	53	82	8	152	28	14	19	37	1.91
18874999--18875231	81	2.9	80	81	7	231	27	15	19	37	1.92
18875103--18875284	54	3.4	54	90	1	267	30	9	21	38	1.86
18878073--18878121	25	1.9	25	87	4	71	40	16	10	32	1.82
18879000--18879081	41	2.0	41	100	0	164	46	7	7	39	1.60
18879515--18879557	18	2.4	18	84	0	50	67	2	0	30	1.03
18884316--18884345	16	1.9	15	93	6	51	30	13	3	53	1.56
18885764--18885903	69	2.0	69	98	0	271	37	7	19	36	1.79
18886604--18886763	69	2.3	69	84	6	193	42	5	15	37	1.68
18889056--18889242	102	1.8	105	89	3	299	35	18	20	25	1.95
18889371--18889482	39	2.8	38	78	10	109	33	14	21	31	1.93
18889578--18889632	15	3.8	14	75	15	58	12	0	30	56	1.37
18890092--18890168	7	11.0	7	72	5	66	12	2	36	48	1.56
18890083--18890168	14	6.1	14	79	0	64	15	2	36	46	1.58
18890193--18890224	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
18891033--18891154	37	3.3	37	82	4	147	14	47	13	24	1.80
18892717--18892753	14	2.5	15	86	8	58	51	0	10	37	1.37
18893066--18893156	19	4.9	19	89	8	152	38	10	14	36	1.81
18893066--18893154	35	2.4	37	88	9	137	38	11	13	37	1.81
18893066--18893179	19	5.8	22	84	14	96	37	9	14	37	1.80
18893446--18893480	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
18896582--18896652	21	3.4	21	84	0	88	32	19	46	1	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18896881--18896961	31	2.5	33	80	8	94	12	4	20	61	1.49
18899225--18899272	22	2.3	21	86	13	64	22	4	8	64	1.38
18900534--18900662	64	2.0	64	98	0	249	25	9	18	46	1.79
18904867--18904947	41	2.0	41	100	0	162	29	0	27	43	1.55
18908711--18908781	16	4.4	16	84	7	74	38	5	23	32	1.78
18908993--18909064	38	1.9	37	88	2	108	47	4	0	48	1.21
18909014--18909089	35	2.1	37	80	11	86	51	3	1	43	1.28
18912738--18912893	78	2.0	78	94	0	276	30	24	7	37	1.83
18915270--18915315	12	3.8	12	86	11	67	28	43	19	8	1.80
18919008--18919070	23	2.7	22	70	18	56	28	6	4	60	1.42
18921574--18921748	90	1.9	90	80	0	197	28	22	14	34	1.93
18924652--18924697	20	2.3	20	82	14	60	26	15	28	30	1.96
18924718--18924801	27	2.8	29	73	23	84	25	19	28	27	1.98
18924726--18924832	28	3.7	28	70	21	76	26	19	28	26	1.99
18924718--18924862	61	2.4	61	86	8	179	26	19	26	28	1.99
18929480--18929553	36	2.1	36	94	0	130	45	8	24	21	1.78
18932346--18932396	22	2.3	22	100	0	102	29	9	15	45	1.79
18945335--18945371	17	2.2	17	90	9	58	62	13	10	13	1.55
18951741--18952024	142	2.0	142	91	1	462	35	16	14	33	1.89
18954618--18954678	25	2.4	25	83	0	68	31	22	27	18	1.97
18955657--18955698	18	2.5	17	80	7	50	40	7	4	47	1.52
18974331--18974445	44	2.6	44	84	2	140	35	13	22	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18974331--18974464	46	3.0	45	81	4	135	35	13	23	27	1.93
18977877--18977973	47	2.1	47	98	0	185	44	16	16	22	1.86
18981750--18981864	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
18981750--18981883	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
18982081--18982126	22	2.1	22	100	0	92	36	4	17	41	1.69
18984411--18984495	26	3.2	26	93	3	143	34	4	24	36	1.77
18988394--18988537	47	3.1	47	93	0	261	43	17	16	22	1.87
18992249--18992363	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
18992249--18992382	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
19001731--19001790	25	2.7	21	74	18	57	63	6	1	28	1.29
19002545--19002584	13	3.2	12	82	10	53	52	0	0	47	1.00
19002551--19002660	15	7.5	15	69	16	70	49	2	0	47	1.22
19003014--19003064	27	1.9	26	88	11	77	47	3	5	43	1.46
19003339--19003368	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
19003844--19003871	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
19011211--19011270	19	3.2	19	70	13	52	53	0	1	45	1.10
19016698--19016848	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
19016735--19016864	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
19020091--19020131	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
19026690--19026756	27	2.5	26	72	9	64	22	2	4	70	1.19
19026781--19026833	3	17.7	3	100	0	106	32	0	0	67	0.91
19029466--19029534	33	2.1	33	97	0	129	59	5	10	24	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19029829--19029892	18	3.5	19	70	18	55	62	6	1	29	1.29
19030161--19030223	19	3.2	19	75	24	60	65	1	1	31	1.12
19030259--19030314	23	2.5	22	80	11	60	58	3	3	33	1.32
19035161--19035457	3	99.7	3	68	15	125	62	4	6	27	1.37
19035161--19035337	23	7.9	23	70	16	95	62	3	5	28	1.34
19036988--19037754	96	8.3	90	73	13	463	28	21	19	30	1.97
19037202--19037757	44	12.1	44	74	10	407	28	21	19	30	1.97
19037121--19037622	140	3.6	140	89	1	713	27	22	18	31	1.97
19037574--19037754	95	1.9	95	84	4	240	29	20	19	30	1.97
19043356--19043467	40	2.8	40	91	4	174	32	23	21	23	1.98
19043830--19043877	15	3.3	15	77	11	55	16	0	33	50	1.46
19043881--19043943	22	3.0	20	76	17	56	20	0	39	39	1.53
19043844--19043943	7	14.0	7	73	8	67	21	0	38	41	1.53
19044768--19044880	41	2.8	40	90	4	172	48	17	10	23	1.78
19049235--19049343	43	2.5	44	83	5	134	28	19	25	26	1.99
19049623--19049683	32	1.9	32	100	0	122	32	4	22	39	1.76
19055785--19056183	3	132.7	3	69	19	167	62	3	5	28	1.34
19058122--19058203	7	11.9	7	75	12	55	65	2	2	29	1.18
19058125--19058183	26	2.2	27	85	8	77	64	3	0	32	1.10
19058185--19058223	17	2.3	17	90	0	60	69	2	5	23	1.21
19058170--19058213	24	1.9	22	90	9	70	70	0	6	22	1.11
19072811--19072836	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19073424--19073466	18	2.4	18	84	0	50	18	25	9	46	1.79
19074199--19074243	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
19079974--19080433	126	3.7	126	89	1	708	29	17	16	36	1.92
19080476--19080510	16	2.1	17	94	5	63	54	34	0	11	1.37
19080501--19080557	24	2.4	23	86	11	80	50	33	1	14	1.52
19080638--19080680	16	2.7	17	79	13	56	53	32	0	13	1.41
19080456--19080825	162	2.3	161	91	2	584	41	23	2	32	1.67
19080806--19080887	17	4.7	17	72	12	60	53	32	0	13	1.40
19080796--19080886	26	3.5	25	77	12	87	53	31	0	14	1.41
19080858--19080896	17	2.2	18	95	4	71	61	25	0	12	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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