genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  37  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9256552--9256635	26	3.2	26	91	0	132	36	22	5	34	1.79
9257799--9257851	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
9259335--9259494	26	6.2	26	96	2	270	36	24	5	33	1.79
9259540--9260109	286	2.0	286	94	0	1007	29	22	13	34	1.93
9260107--9260313	64	3.2	64	96	0	378	39	10	3	46	1.55
9261472--9261599	9	13.6	9	76	9	121	46	21	1	30	1.61
9261489--9261566	39	2.0	39	100	0	156	46	23	0	30	1.53
9261488--9261597	57	1.9	57	90	0	175	45	23	0	30	1.59
9261472--9261584	39	3.1	37	85	9	133	46	22	1	30	1.62
9267465--9267549	31	2.6	31	79	5	89	16	4	18	60	1.53
9267628--9267961	43	7.7	42	81	6	323	27	26	17	27	1.98
9267643--9267962	87	3.7	86	83	3	387	27	26	17	28	1.98
9270840--9270879	21	1.9	21	89	0	62	37	12	0	50	1.41
9272122--9272182	24	2.7	22	82	12	70	27	11	1	59	1.42
9273029--9273324	125	2.4	125	89	1	441	28	15	17	38	1.91
9273029--9273365	125	2.7	125	86	2	408	28	16	16	37	1.91
9275808--9275855	18	2.6	17	78	15	51	50	0	0	50	1.00
9276634--9276735	37	2.6	38	75	20	95	57	4	4	32	1.41
9276922--9277019	39	2.6	37	77	4	99	54	4	6	35	1.45
9277516--9277568	26	2.0	27	96	3	99	3	5	30	60	1.37
9278291--9278352	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
9278499--9280541	75	25.5	78	68	19	458	33	19	17	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9278716--9278858	74	1.9	75	89	2	225	27	22	18	31	1.97
9278567--9279026	168	2.7	168	93	1	771	29	20	19	30	1.97
9278716--9278879	74	2.1	76	85	8	217	29	20	19	30	1.97
9279261--9279322	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
9279304--9279573	78	3.5	76	81	6	326	33	19	17	29	1.95
9279450--9279908	167	2.7	167	93	2	751	29	20	19	30	1.97
9279599--9279741	74	1.9	75	91	2	234	26	23	18	31	1.98
9278474--9280486	882	2.3	883	94	2	3508	33	19	17	28	1.95
9280143--9280200	30	1.9	30	89	6	91	43	25	8	22	1.82
9280505--9280615	54	2.0	54	83	8	136	37	18	16	27	1.92
9280650--9280754	53	1.9	54	83	11	135	39	19	14	27	1.90
9280466--9281363	140	6.5	140	83	10	1084	36	20	17	25	1.94
9280473--9281375	279	3.3	279	87	7	1142	36	20	16	25	1.94
9281033--9281240	72	2.9	72	85	3	258	34	23	17	24	1.96
9280904--9281443	272	1.9	273	90	4	857	35	21	17	26	1.95
9281267--9281451	72	2.5	73	85	4	239	33	23	16	27	1.95
9291771--9291802	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
9291824--9291875	15	3.6	15	74	7	54	53	3	5	36	1.43
9292480--9292557	27	2.9	28	90	3	115	3	3	23	69	1.22
9293407--9293432	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
9295346--9295399	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
9297503--9297619	39	3.0	37	79	6	126	30	25	21	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9309311--9309335	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
9317310--9317595	136	2.1	137	96	0	529	32	25	17	24	1.97
9319381--9319516	26	5.2	26	92	0	227	36	25	5	33	1.78
9322503--9322553	26	2.0	26	88	3	77	50	7	0	41	1.31
9322626--9322714	44	2.0	46	82	8	112	38	22	5	33	1.78
9322700--9322754	16	3.4	16	87	0	83	30	29	5	34	1.80
9324532--9324578	22	2.1	22	84	7	60	53	2	6	38	1.39
9329181--9329226	19	2.2	20	81	18	58	34	0	4	60	1.16
9330247--9330274	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
9330654--9330700	23	2.0	23	91	0	76	42	6	2	48	1.40
9335544--9335580	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
9337937--9338238	137	2.2	138	79	4	324	27	11	7	52	1.66
9348144--9348221	12	6.8	11	80	15	79	15	0	0	84	0.62
9348144--9348225	8	10.1	8	83	11	96	15	0	0	84	0.63
9348144--9348221	20	3.8	20	78	20	88	15	0	0	84	0.62
9348150--9348225	28	2.8	28	88	6	111	15	0	0	84	0.63
9348163--9348233	35	2.0	36	86	2	99	21	0	0	78	0.74
9349182--9349410	118	2.0	116	90	1	359	23	17	30	29	1.97
9353666--9353798	44	3.0	43	83	6	151	34	15	19	30	1.93
9353797--9354019	94	2.4	93	79	3	259	30	18	20	30	1.96
9354133--9354243	44	2.5	44	82	5	127	28	18	19	33	1.95
9356831--9356941	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9359645--9359709	15	4.7	13	74	22	53	73	1	3	21	1.05
9363432--9363464	10	3.3	10	91	0	57	66	0	9	24	1.20
9369563--9369596	12	2.8	12	81	0	50	70	0	0	29	0.87
9371027--9371094	30	2.3	30	92	5	111	22	2	39	35	1.69
9371851--9371986	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
9374847--9374906	31	1.9	31	100	0	120	31	5	23	40	1.76
9376385--9376433	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
9378033--9378063	12	2.6	12	94	0	53	9	22	51	16	1.73
9382645--9382706	32	1.9	32	100	0	124	30	3	25	40	1.72
9384189--9384237	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
9385662--9385693	13	2.5	13	94	0	55	43	0	3	53	1.16
9390301--9390333	15	2.1	16	88	5	50	24	3	0	72	0.98
9395076--9395271	90	2.2	86	80	9	207	37	20	8	33	1.83
9395293--9395375	25	3.2	26	80	15	91	61	0	1	37	1.04
9395773--9395985	87	2.5	86	78	5	232	32	9	18	39	1.83
9396656--9396696	2	21.5	2	85	9	59	48	0	0	51	1.00
9397779--9397806	9	3.1	9	100	0	56	78	0	0	21	0.75
9397937--9397974	18	2.1	18	100	0	76	26	15	5	52	1.64
9401722--9401755	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
9403901--9404146	70	3.5	70	81	3	251	31	23	16	27	1.96
9404164--9404190	14	1.9	14	100	0	54	51	7	14	25	1.68
9404212--9404367	54	3.0	52	81	13	178	35	19	15	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9404553--9404857	74	4.2	73	77	7	296	32	21	16	29	1.96
9417278--9417309	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
9417415--9417472	24	2.4	24	79	2	62	70	0	5	24	1.07
9420951--9421088	45	2.8	50	74	13	126	20	19	18	41	1.91
9420974--9421078	45	2.3	45	85	0	138	20	19	18	41	1.90
9421252--9421547	18	16.1	18	76	7	227	36	10	13	38	1.80
9429752--9429799	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
9433677--9433716	20	2.0	20	90	0	62	45	2	0	52	1.14
9433795--9433841	25	1.9	24	86	4	67	55	0	2	42	1.12
9446039--9446090	23	2.2	24	89	3	79	42	3	1	51	1.31
9455630--9455672	20	2.2	20	100	0	86	53	0	4	41	1.21
9456576--9456636	28	2.2	29	91	8	108	44	13	6	36	1.69
9456583--9456639	28	2.0	28	100	0	114	43	14	7	35	1.72
9459731--9459883	32	4.8	32	86	0	225	46	9	12	32	1.73
9459731--9459883	64	2.4	64	92	0	252	46	9	12	32	1.73
9462173--9462208	19	1.9	19	94	5	65	38	13	19	27	1.90
9462433--9462568	61	2.2	61	89	3	211	49	14	13	22	1.78
9464681--9464733	25	2.2	22	81	15	61	64	1	7	26	1.31
9468025--9468053	13	2.1	14	93	6	51	62	0	0	37	0.96
9474211--9474237	12	2.2	12	100	0	54	29	7	0	62	1.22
9475659--9475693	18	1.9	18	94	0	61	80	0	8	11	0.92
9476394--9476432	11	3.4	11	82	10	51	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9476394--9476444	23	2.2	23	80	16	61	62	0	0	37	0.95
9476546--9476578	16	2.1	16	100	0	66	33	30	18	18	1.94
9488279--9488381	54	1.9	54	87	0	152	28	19	22	30	1.98
9503946--9503992	18	2.6	18	96	0	85	48	4	2	44	1.34
9505610--9505675	29	2.3	28	80	12	71	36	3	3	57	1.29
9510118--9510165	21	2.3	21	78	7	53	50	0	2	47	1.12
9512614--9512662	25	1.9	26	84	12	66	26	10	0	63	1.26
9518108--9519682	150	10.5	149	86	5	2083	32	19	16	31	1.94
9518108--9519689	75	21.1	75	85	5	1881	32	19	16	31	1.94
9517824--9519682	446	4.1	446	91	3	2714	32	19	16	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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