genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  261  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75036541--75036596	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
75036929--75037081	43	3.6	43	81	2	148	26	15	24	33	1.95
75040598--75040719	45	2.7	44	83	10	149	27	22	30	20	1.98
75047618--75047886	46	5.7	47	75	11	198	26	20	30	22	1.98
75047620--75047890	94	2.9	94	80	11	315	26	20	29	22	1.98
75048994--75049034	22	1.9	22	90	5	66	12	36	29	21	1.90
75050655--75050738	43	2.0	43	83	9	109	26	28	16	28	1.97
75051901--75051929	14	2.0	15	93	6	51	55	20	0	24	1.44
75063841--75064024	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
75063881--75064069	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
75071973--75072017	23	1.9	23	81	4	54	33	22	28	15	1.95
75083278--75083487	40	5.2	40	88	2	296	22	28	23	25	1.99
75088808--75088855	23	2.1	23	100	0	96	31	4	20	43	1.71
75097832--75097961	27	4.8	27	75	3	100	27	19	17	35	1.94
75098305--75098347	18	2.4	18	80	0	50	20	18	13	46	1.83
75100531--75100594	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
75100786--75100928	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
75100786--75100927	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
75100785--75100928	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
75100978--75101038	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
75101081--75101128	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
75102369--75102950	27	21.6	27	86	3	744	40	9	22	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75111505--75111771	47	5.6	47	74	10	208	27	19	28	25	1.98
75111551--75111771	96	2.3	95	82	14	251	26	18	29	25	1.98
75113758--75113841	41	2.0	41	97	0	159	33	17	4	44	1.70
75116886--75117061	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
75116882--75117053	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
75120013--75120081	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
75120004--75120091	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
75122473--75122648	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
75122469--75122640	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
75125824--75125946	43	2.9	42	81	8	151	27	15	26	30	1.96
75126560--75126588	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
75134472--75134695	47	4.8	46	75	10	190	25	29	18	26	1.98
75136439--75136656	47	4.6	47	76	13	182	27	19	28	24	1.98
75143669--75143709	14	2.8	14	85	7	55	14	4	0	80	0.87
75143670--75143708	20	1.9	21	89	5	62	15	5	0	79	0.90
75148251--75148358	25	4.4	24	82	8	119	28	21	21	28	1.98
75148406--75148472	20	3.3	20	87	4	100	34	19	8	37	1.83
75148391--75148470	40	2.0	39	83	13	101	36	18	8	36	1.82
75156056--75156119	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
75156313--75156502	24	8.0	24	88	4	260	27	21	22	28	1.99
75156312--75156503	47	4.0	48	88	4	273	27	21	21	29	1.99
75156313--75156502	95	2.0	96	90	3	303	27	21	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75156561--75156637	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
75156557--75156639	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
75156557--75156628	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
75156676--75156723	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
75157880--75157957	27	2.9	26	78	14	86	21	19	21	37	1.95
75158088--75158227	54	2.6	54	82	4	183	31	7	21	39	1.82
75157975--75158281	27	11.3	27	77	6	147	33	8	19	37	1.83
75158179--75158402	54	4.1	54	83	3	161	39	7	21	31	1.81
75158204--75158410	27	7.7	27	82	7	224	40	7	22	29	1.82
75158206--75158413	54	3.9	53	83	6	249	39	7	23	29	1.82
75158422--75158511	27	3.3	26	83	6	108	32	10	17	40	1.83
75158422--75158526	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
75160330--75160437	25	4.4	25	86	5	132	27	21	22	28	1.99
75160485--75160587	20	5.3	20	78	15	119	35	21	9	33	1.86
75160485--75160540	11	5.5	11	71	16	57	33	21	10	33	1.88
75160502--75160557	9	5.7	10	76	16	55	35	19	8	35	1.83
75160547--75160604	18	3.4	16	69	17	53	39	20	8	31	1.83
75168741--75168905	40	4.1	40	82	6	192	25	27	21	24	1.99
75170703--75170831	62	2.1	62	94	0	222	20	24	12	42	1.86
75172706--75172734	10	2.9	10	100	0	58	20	41	0	37	1.53
75178237--75178501	40	6.7	40	86	4	331	24	20	27	26	1.99
75184443--75184650	40	5.2	40	85	0	227	26	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75184445--75184650	80	2.6	80	84	1	252	26	22	26	25	2.00
75189412--75189591	40	4.5	40	88	5	233	27	21	25	26	1.99
75189435--75189624	80	2.4	80	79	11	203	29	20	24	25	1.99
75193396--75193445	22	2.3	22	82	10	66	22	26	28	24	1.99
75193396--75193451	22	2.6	22	78	18	64	19	25	28	26	1.99
75197523--75197576	2	27.5	2	77	17	51	48	3	1	46	1.30
75199475--75199625	24	6.3	24	69	12	105	36	21	23	18	1.95
75201496--75202325	412	2.0	412	99	0	1626	30	20	13	35	1.92
75213612--75213651	21	1.9	21	84	0	53	50	5	7	37	1.53
75221423--75221596	45	3.9	45	78	1	152	39	14	20	24	1.91
75223928--75224112	40	4.6	39	87	5	221	26	21	25	26	1.99
75223975--75224145	79	2.2	78	84	9	213	29	19	25	25	1.99
75227650--75227830	78	2.3	80	84	6	235	24	22	28	24	1.99
75227651--75227833	40	4.6	39	80	10	212	24	21	28	25	1.99
75235387--75235570	39	4.6	40	84	11	218	26	20	26	26	1.99
75235383--75235570	40	4.7	40	84	11	217	25	21	26	26	1.99
75241266--75241397	29	4.6	29	78	3	124	24	33	15	26	1.95
75242911--75243077	48	3.4	48	92	3	264	29	25	7	36	1.84
75243047--75243240	47	4.1	47	87	0	253	26	28	11	33	1.91
75257076--75257299	46	4.8	46	79	5	236	24	20	25	29	1.99
75257123--75257292	93	1.8	93	90	0	277	24	20	25	28	1.99
75261303--75261478	46	3.8	45	75	14	171	19	19	30	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75261299--75261471	93	1.9	93	90	4	278	20	20	30	28	1.97
75274240--75274282	22	2.0	22	90	0	68	41	4	0	53	1.21
75278117--75278267	27	5.7	26	72	5	88	41	24	7	26	1.82
75278109--75278287	54	3.3	53	75	7	155	41	23	7	27	1.82
75278263--75278592	27	12.2	27	85	2	394	31	21	6	40	1.78
75278263--75278592	81	4.1	81	87	0	462	31	21	6	40	1.78
75279032--75279110	31	2.5	31	83	0	104	18	17	12	50	1.77
75279032--75279119	6	14.3	6	72	17	56	19	17	13	50	1.79
75280717--75280820	50	2.1	50	85	5	140	15	27	36	20	1.93
75286749--75286794	20	2.3	20	88	0	65	34	10	2	52	1.49
75288302--75288618	45	7.1	45	91	1	444	27	27	20	24	1.99
75295674--75296300	48	13.0	48	94	2	1053	34	6	27	31	1.82
75296441--75296543	37	2.8	37	90	0	170	24	19	31	25	1.98
75297815--75298129	40	7.9	40	92	1	517	26	22	25	25	2.00
75298137--75298268	57	2.3	57	84	3	169	24	20	28	27	1.99
75302335--75302926	48	12.1	48	92	2	914	35	5	26	31	1.81
75302335--75302926	98	6.1	97	92	2	929	35	5	26	31	1.81
75304268--75304366	28	3.5	29	94	5	168	32	27	12	28	1.92
75305842--75305923	37	2.2	37	100	0	164	32	7	28	31	1.84
75305879--75306024	48	3.0	48	98	0	283	33	6	29	30	1.82
75309040--75309142	37	2.8	37	93	0	170	23	21	31	24	1.99
75311040--75311266	45	5.1	45	90	2	309	26	29	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75313813--75313911	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
75321484--75321582	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
75328628--75328662	17	2.1	16	89	5	52	42	0	22	34	1.54
75329133--75329199	18	3.8	17	78	4	62	31	19	11	37	1.88
75334001--75334070	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
75334001--75334082	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
75336695--75336732	20	1.9	20	100	0	76	21	15	15	47	1.82
75336917--75336988	24	3.0	24	67	25	71	38	12	8	40	1.73
75345717--75345792	27	2.8	27	85	0	116	34	19	19	26	1.96
75352811--75353002	52	3.7	51	89	6	255	37	14	23	24	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
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