genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.369.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  369  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107149008--107149046	21	1.9	20	94	5	69	61	0	0	38	0.96
107149415--107149439	6	4.2	6	100	0	50	0	0	16	84	0.63
107151945--107151985	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
107153599--107153733	70	1.9	70	84	0	180	33	20	19	27	1.96
107155062--107155096	15	2.3	15	90	0	52	22	0	0	77	0.78
107155467--107155493	12	2.2	12	100	0	54	33	7	0	59	1.25
107155778--107155816	11	3.7	11	80	13	55	51	0	5	43	1.24
107155778--107155817	20	2.0	20	95	0	71	52	0	5	42	1.23
107160540--107160754	49	4.3	50	84	1	236	28	24	18	28	1.98
107160540--107160711	49	3.5	49	90	0	245	29	26	17	27	1.98
107164494--107164518	8	3.1	8	100	0	50	24	12	0	64	1.27
107174580--107174722	71	2.0	71	100	0	286	33	28	9	27	1.89
107175116--107175149	17	2.1	16	88	5	50	76	5	11	5	1.14
107178747--107178822	21	3.5	23	78	12	88	39	26	21	13	1.89
107179940--107179996	23	2.5	23	83	13	73	36	12	5	45	1.64
107179982--107180334	170	2.1	170	97	0	670	43	9	3	43	1.54
107180362--107180448	30	3.0	28	77	12	77	56	9	1	33	1.39
107180381--107180453	30	2.4	30	88	2	101	57	8	1	32	1.37
107180381--107180463	30	2.8	29	85	7	96	60	7	1	31	1.32
107181767--107181817	5	9.8	5	81	10	50	47	0	0	52	1.00
107193683--107193756	25	3.0	25	83	0	94	17	24	20	37	1.93
107196071--107196116	22	2.1	21	88	4	65	39	0	2	58	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107196497--107196521	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
107202534--107202567	17	2.1	17	89	10	54	35	32	0	32	1.58
107203113--107203141	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
107203682--107203715	16	2.1	16	88	5	50	32	14	0	52	1.42
107204014--107204316	46	6.6	46	89	0	390	21	24	12	42	1.87
107204152--107204223	21	3.2	21	64	21	56	23	26	8	41	1.82
107204159--107204230	22	3.2	22	64	21	58	23	25	9	41	1.84
107205850--107205899	24	2.1	24	100	0	100	40	8	0	52	1.31
107207013--107207088	34	2.2	34	81	4	82	46	23	11	18	1.82
107216351--107216396	23	2.0	22	88	12	67	36	4	10	47	1.58
107227040--107227077	18	2.1	18	90	0	58	55	5	0	39	1.23
107227301--107227349	25	1.9	25	83	4	62	32	0	8	59	1.27
107227693--107227726	8	4.4	8	96	3	61	8	0	0	91	0.43
107232197--107232330	46	3.0	45	82	4	153	35	12	23	28	1.92
107234598--107234640	13	3.3	13	83	9	52	72	0	11	16	1.13
107234594--107234640	17	2.7	18	86	6	69	72	0	10	17	1.12
107234606--107234640	9	4.0	9	88	7	54	71	0	11	17	1.14
107234633--107234678	24	2.0	23	88	12	69	73	6	15	4	1.19
107236443--107236682	45	5.3	45	93	0	372	18	20	21	40	1.92
107236662--107236695	6	5.7	6	100	0	68	17	17	14	50	1.79
107236873--107237055	18	10.2	18	75	13	144	34	12	15	37	1.85
107236861--107237143	72	3.8	72	78	10	196	36	12	14	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107237102--107237143	18	2.3	18	87	0	57	38	11	16	33	1.86
107236861--107237143	36	7.6	36	70	12	169	36	12	14	37	1.84
107238401--107238433	5	6.6	5	86	13	50	18	0	0	81	0.68
107245175--107245204	8	3.8	8	95	0	51	60	0	3	36	1.14
107245159--107245248	19	4.5	19	67	22	51	54	2	2	41	1.25
107247266--107247304	16	2.4	16	86	4	51	23	0	25	51	1.49
107248268--107248532	132	2.0	132	94	0	467	23	16	30	29	1.96
107258285--107258347	24	3.0	21	77	15	67	42	7	14	34	1.75
107264265--107264306	21	2.1	20	86	8	59	64	2	0	33	1.07
107266238--107266274	2	18.0	2	88	5	56	48	0	5	45	1.25
107268055--107268106	21	2.5	21	82	11	63	32	0	3	63	1.12
107269914--107269951	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
107272192--107272268	21	3.5	21	69	19	66	31	12	14	41	1.83
107272181--107272274	46	2.0	46	97	0	179	31	11	13	42	1.81
107276168--107276198	16	1.9	16	93	0	53	48	3	25	22	1.66
107277422--107277462	21	2.0	21	85	0	55	26	14	31	26	1.95
107282570--107282602	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
107283606--107283647	20	2.0	21	86	4	59	21	4	7	66	1.35
107284561--107284628	29	2.3	29	89	0	109	66	7	1	25	1.26
107284639--107284736	48	2.0	48	100	0	196	38	0	8	53	1.31
107308122--107308152	5	6.4	5	92	7	55	41	0	0	58	0.98
107309421--107309477	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107309849--107309935	21	4.0	23	79	10	83	16	21	24	37	1.93
107311707--107311778	25	2.9	25	75	8	74	37	22	22	18	1.94
107317037--107317589	271	2.0	271	94	0	971	23	14	15	46	1.83
107321277--107321331	20	3.0	19	87	10	71	41	0	0	58	0.98
107321275--107321341	15	4.6	15	74	22	63	43	0	0	56	0.99
107326724--107326761	12	3.0	13	78	21	53	31	2	0	65	1.06
107336755--107336834	40	2.0	40	97	0	151	52	23	10	13	1.71
107338690--107338732	21	2.0	21	86	0	59	58	4	2	34	1.32
107340746--107340786	15	2.8	15	85	3	57	68	7	0	24	1.15
107341108--107341152	21	2.1	21	83	4	54	40	4	0	55	1.20
107342639--107342674	19	1.9	19	88	5	56	72	2	5	19	1.17
107345192--107345231	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
107345305--107345343	20	2.0	20	89	0	60	33	5	0	61	1.18
107345471--107345500	3	10.0	3	100	0	60	33	33	0	33	1.58
107345543--107345595	22	2.3	23	75	9	56	15	9	7	67	1.39
107354153--107354710	133	4.2	133	93	0	963	26	21	22	29	1.99
107354230--107354701	43	10.7	43	67	14	228	25	22	21	29	1.99
107361697--107361741	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
107361980--107362085	35	3.0	35	95	0	194	22	12	49	16	1.78
107364194--107364218	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
107371135--107371168	16	2.0	17	88	11	52	38	0	0	61	0.96
107374799--107374832	16	2.1	17	88	5	52	50	11	0	38	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107379629--107379699	32	2.4	29	88	11	101	28	2	15	53	1.56
107379642--107379702	32	1.9	32	100	0	122	29	3	16	50	1.61
107380953--107380995	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
107381100--107381130	14	2.2	14	94	0	53	38	6	9	45	1.63
107384724--107384782	30	2.0	29	96	3	109	20	13	35	30	1.91
107384841--107384884	22	2.0	22	100	0	88	31	0	18	50	1.47
107385252--107385290	19	2.1	19	100	0	78	64	10	5	20	1.44
107385647--107385768	57	2.1	58	90	4	194	27	16	6	49	1.70
107388039--107388063	13	1.9	13	100	0	50	52	8	0	40	1.31
107389637--107389771	60	2.2	60	81	5	148	26	24	20	28	1.99
107392629--107392673	22	2.0	22	91	0	72	13	8	28	48	1.72
107396102--107396166	28	2.3	28	91	0	103	33	26	7	32	1.85
107396272--107396361	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
107396272--107396386	55	2.1	56	82	8	137	19	23	21	35	1.96
107403837--107403901	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
107404007--107404096	27	3.2	28	87	7	130	20	24	23	32	1.98
107404007--107404121	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
107411945--107412116	40	4.3	40	80	3	186	25	26	22	26	2.00
107420003--107420156	40	3.8	40	85	5	177	22	26	23	27	2.00
107423594--107423655	26	2.3	26	83	5	70	33	27	11	27	1.91
107423788--107423845	27	2.1	27	84	6	73	13	25	25	34	1.93
107423796--107423870	27	2.8	26	82	6	78	18	25	17	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107425191--107425221	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
107432388--107432488	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
107440343--107440443	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
107442848--107442879	16	2.1	15	94	5	55	50	28	18	3	1.62
107443296--107443404	27	4.1	27	78	5	114	17	23	21	37	1.94
107445046--107445109	27	2.3	27	91	2	101	31	29	12	26	1.93
107448640--107448669	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
107448916--107448980	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
107449086--107449175	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
107449086--107449200	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
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