genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  203  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56857282--56857426	24	6.0	24	99	0	281	37	28	16	17	1.91
56861686--56861893	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
56861687--56861893	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
56869831--56870038	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
56869832--56870038	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
56872761--56872886	40	3.2	40	94	3	211	22	23	28	26	1.99
56874773--56874880	42	2.6	42	82	5	121	33	25	15	25	1.95
56877825--56877955	40	3.3	40	85	2	174	35	17	26	20	1.95
56883347--56883406	25	2.4	25	85	0	84	25	28	18	28	1.98
56883337--56883413	25	3.1	24	77	5	73	32	24	16	25	1.96
56884184--56884260	38	2.0	38	92	0	127	16	33	18	31	1.93
56891242--56891301	25	2.4	25	88	0	93	23	28	20	28	1.99
56891242--56891308	25	2.7	24	81	6	80	28	25	17	28	1.98
56893746--56894044	46	6.5	44	73	15	160	26	16	30	26	1.97
56893746--56894044	138	2.2	139	83	6	367	26	16	30	26	1.97
56898818--56898947	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
56900559--56900710	78	1.9	78	98	0	295	22	21	19	36	1.95
56904272--56904445	45	3.8	44	80	9	206	21	20	29	28	1.98
56907376--56907444	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
56907367--56907454	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
56915820--56915908	6	14.5	6	71	17	58	49	14	15	20	1.79
56915866--56915912	25	1.9	24	86	4	67	46	12	19	21	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56915829--56915939	31	3.5	31	86	1	123	49	13	16	20	1.79
56916076--56916177	27	3.8	27	90	3	152	34	21	24	19	1.96
56916336--56916400	22	3.0	22	80	8	78	35	21	21	21	1.96
56916819--56917174	27	13.3	26	83	6	385	26	22	19	32	1.97
56916820--56917174	54	6.6	54	87	1	491	26	22	19	32	1.97
56916848--56917174	81	4.1	81	87	2	462	26	22	19	32	1.97
56920026--56920054	9	3.3	9	95	4	51	68	0	24	6	1.13
56920069--56920116	13	3.5	14	83	11	64	72	0	20	6	1.05
56929014--56929175	43	3.8	42	78	8	148	22	16	26	34	1.95
56933258--56933321	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
56933529--56933704	24	7.4	24	88	3	248	27	21	21	29	1.98
56933536--56933704	47	3.6	47	91	1	275	28	20	21	29	1.98
56933515--56933705	71	2.7	72	86	4	271	28	21	20	29	1.98
56933763--56933839	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
56933759--56933845	20	4.3	20	97	0	165	32	19	12	35	1.89
56933878--56933925	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
56935169--56935563	27	14.6	27	85	5	485	41	9	21	28	1.84
56937689--56937753	28	2.4	28	94	2	114	27	9	12	50	1.70
56943113--56943155	22	2.0	22	90	0	68	27	18	18	34	1.95
56944701--56944741	22	1.9	21	85	14	57	34	14	7	43	1.73
56975759--56975856	42	2.3	42	81	6	110	31	25	18	24	1.97
56979498--56979727	50	4.6	50	82	4	259	29	26	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56981628--56981859	50	4.6	50	73	5	180	31	25	16	26	1.96
56981738--56981905	51	3.3	51	75	5	178	32	23	18	25	1.97
56981688--56981956	101	2.7	101	88	0	376	30	25	17	26	1.97
56989125--56989315	55	3.6	54	83	2	233	21	24	18	35	1.95
56989492--56989595	47	2.2	47	96	0	190	25	24	14	35	1.93
56989230--56989595	195	1.9	193	87	3	545	23	23	16	36	1.94
56991597--56991638	11	3.9	11	81	3	50	40	35	0	23	1.55
56998384--56998534	40	3.8	40	75	13	125	27	23	26	23	2.00
56998421--56998550	40	3.2	40	75	4	129	24	23	27	24	2.00
57001375--57001516	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
57001414--57001542	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
57004959--57005032	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
57005016--57005091	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
57004959--57005091	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
57011817--57011946	57	2.3	58	85	4	165	25	32	16	26	1.96
57011788--57011946	29	5.5	29	81	5	171	25	31	16	26	1.97
57019044--57019232	29	6.5	29	85	3	238	25	30	16	26	1.97
57025211--57025235	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
57025542--57025602	30	2.0	30	100	0	122	32	9	19	37	1.85
57026043--57026072	4	7.5	4	100	0	60	26	0	23	50	1.50
57027789--57027837	15	3.4	15	68	21	50	10	10	36	42	1.73
57027789--57027844	28	2.0	28	96	0	103	10	12	35	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57030070--57030143	37	2.0	37	100	0	148	29	5	18	45	1.72
57030178--57030210	15	2.1	16	88	5	50	24	0	12	63	1.28
57033837--57034044	40	5.2	40	79	7	199	23	22	29	25	1.99
57045737--57045986	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
57053842--57054091	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
57057970--57058003	16	2.1	17	88	5	52	2	11	2	82	0.89
57059017--57059063	24	2.0	24	91	0	76	29	21	6	42	1.77
57059300--57059364	30	2.2	30	86	5	96	46	1	1	50	1.20
57059539--57059784	9	28.0	9	74	12	147	47	16	1	34	1.54
57059534--57059776	52	4.6	52	82	7	285	48	16	1	34	1.56
57059548--57059708	43	3.5	43	87	7	187	51	13	1	33	1.49
57059643--57059801	63	2.6	61	85	4	219	45	16	1	35	1.56
57061572--57061597	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
57065600--57065684	43	2.0	43	92	0	143	27	17	24	30	1.97
57065590--57065789	109	1.8	109	85	0	283	25	16	23	35	1.94
57066434--57066727	41	7.1	41	87	1	392	31	22	22	23	1.98
57066434--57066727	83	3.6	82	86	5	378	31	22	22	23	1.98
57066798--57066831	16	2.1	17	88	5	52	52	32	0	14	1.42
57067282--57067342	21	2.9	21	79	13	63	18	0	45	36	1.49
57067252--57067338	32	2.8	32	77	8	83	20	0	40	39	1.53
57067285--57067342	14	4.1	14	80	4	64	18	0	44	36	1.50
57067499--57067546	7	6.9	7	80	0	51	18	2	33	45	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57067919--57068003	41	2.1	40	84	6	109	36	12	24	25	1.92
57070536--57070722	101	1.9	101	95	0	338	33	8	12	45	1.72
57072566--57072606	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
57072880--57072923	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
57074869--57074926	30	2.0	30	86	3	82	44	10	10	34	1.73
57085651--57085688	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
57085913--57086085	46	3.7	46	77	7	188	30	27	20	22	1.98
57085918--57086088	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	22	1.98
57100216--57100433	47	4.7	48	77	11	222	24	29	18	27	1.98
57100216--57100436	92	2.4	91	83	11	270	24	29	18	27	1.98
57108759--57108809	21	2.4	21	87	6	68	41	3	31	23	1.73
57111821--57111934	41	2.8	41	79	10	115	29	27	20	22	1.98
57115666--57115712	24	2.0	24	86	0	67	38	23	14	23	1.92
57121428--57121630	49	4.1	49	97	0	370	29	7	31	31	1.86
57121463--57121669	98	2.1	96	82	9	274	30	8	30	29	1.86
57121701--57121787	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
57124196--57124410	46	4.6	46	79	9	224	22	30	19	26	1.98
57124047--57124415	94	3.9	97	76	11	322	24	28	18	27	1.98
57128031--57128197	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
57136000--57136166	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
57139127--57139228	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
57147012--57147113	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57149305--57149374	28	2.5	28	93	6	115	38	21	7	32	1.81
57153010--57153233	40	5.6	40	87	6	319	25	26	23	24	2.00
57153010--57153233	83	2.8	80	89	4	326	25	26	23	24	2.00
57156734--57156773	22	1.9	22	85	10	57	30	0	7	62	1.23
57157180--57157218	15	2.4	16	91	8	62	28	10	2	58	1.44
57160158--57160240	34	2.5	34	94	5	145	36	26	6	31	1.81
57161875--57162099	100	2.3	97	80	7	231	24	17	25	31	1.97
57181022--57181190	24	7.0	24	91	4	252	26	21	23	28	1.99
57181239--57181305	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
57181239--57181294	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427