genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  28  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7415446--7415520	37	2.0	37	94	0	132	29	49	0	21	1.50
7415499--7415534	18	2.0	18	94	0	63	25	52	0	22	1.47
7415808--7415945	62	2.3	63	80	9	153	26	3	5	64	1.33
7415920--7415956	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
7415928--7415958	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
7416414--7416652	126	1.9	126	96	0	442	29	15	16	38	1.90
7418114--7418157	19	2.4	19	85	11	56	22	22	11	43	1.85
7418494--7418529	18	2.0	18	100	0	72	44	33	5	16	1.71
7420501--7420545	19	2.4	19	85	7	65	86	2	8	2	0.73
7420499--7420545	20	2.3	20	82	7	60	87	2	8	2	0.71
7421134--7421171	20	1.9	20	94	0	67	84	7	7	0	0.79
7422515--7422717	44	4.6	44	83	3	241	34	20	22	21	1.96
7422859--7423151	85	3.4	85	88	0	451	29	22	26	20	1.99
7423142--7423226	45	1.9	45	85	7	120	31	20	23	24	1.98
7423152--7423508	133	2.7	134	85	5	497	30	20	21	26	1.98
7423721--7423784	29	2.2	29	80	5	76	31	48	1	18	1.58
7423750--7423824	37	2.0	37	97	0	141	29	53	0	17	1.44
7423766--7423838	18	4.0	18	71	16	69	27	56	0	16	1.41
7424219--7424255	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
7424137--7424244	55	1.9	56	83	10	141	26	4	5	62	1.37
7424137--7424246	57	1.9	56	82	12	134	27	4	5	62	1.36
7424227--7424257	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7424712--7424951	126	1.9	126	94	0	426	29	17	15	38	1.90
7430403--7430451	25	2.0	26	84	8	66	24	16	20	38	1.92
7431935--7432016	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
7437374--7437425	25	2.0	27	85	10	74	25	13	23	38	1.91
7438894--7438975	26	3.2	26	92	0	137	36	25	7	30	1.83
7439088--7439123	17	2.1	17	89	0	54	22	16	8	52	1.70
7450814--7450852	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
7451442--7451475	14	2.4	14	90	5	50	5	0	26	67	1.13
7451441--7451514	16	4.7	16	72	9	71	4	2	22	70	1.17
7451409--7451513	47	2.2	49	94	3	187	3	4	18	73	1.16
7452140--7452717	88	7.0	83	71	15	299	36	18	16	28	1.93
7452308--7452369	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
7452465--7452499	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
7452478--7452858	72	5.0	75	79	7	362	33	19	16	30	1.94
7452887--7453048	74	2.1	75	85	7	222	32	20	18	28	1.97
7452714--7453981	165	7.9	164	76	11	873	34	20	17	26	1.96
7453052--7453191	74	1.9	75	89	3	219	27	23	20	28	1.99
7453245--7453279	14	2.5	14	95	0	61	60	8	14	17	1.58
7453339--7453367	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
7453221--7453419	88	2.2	88	96	0	362	35	21	19	23	1.96
7453255--7453983	163	4.5	159	87	7	891	35	21	17	25	1.95
7453353--7453662	75	3.9	76	71	20	253	32	21	17	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7453502--7453530	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
7453516--7453661	74	1.9	75	89	5	224	31	21	17	29	1.96
7453834--7453999	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
7453874--7454247	122	2.9	124	79	9	385	36	22	14	25	1.93
7453999--7454419	72	5.7	71	80	10	454	37	22	14	24	1.92
7454182--7454348	85	2.0	85	87	2	246	39	21	16	22	1.92
7454102--7454404	157	1.9	155	94	1	534	37	22	15	24	1.93
7453687--7454667	420	2.3	420	97	0	1827	37	22	15	24	1.93
7454419--7454682	70	3.7	71	82	4	338	38	22	13	25	1.91
7454419--7454682	71	3.7	69	82	4	321	38	22	13	25	1.91
7454531--7454898	187	2.0	187	86	5	512	35	22	15	26	1.94
7454820--7454925	54	1.9	55	83	5	135	38	19	15	26	1.91
7454905--7454939	14	2.5	14	95	0	61	60	8	14	17	1.58
7454999--7455027	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
7454874--7455079	88	2.3	88	93	0	349	35	22	18	22	1.96
7454958--7455481	164	3.2	163	90	1	829	34	20	17	28	1.95
7455013--7455176	75	2.2	76	86	8	230	34	20	17	26	1.95
7455176--7455340	76	2.2	77	86	6	232	33	19	17	29	1.95
7455326--7455354	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
7455254--7455428	88	2.0	85	87	3	251	38	19	16	25	1.92
7455334--7455481	72	2.0	73	84	5	192	36	19	14	29	1.92
7460483--7460518	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7462482--7462515	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
7463079--7463110	13	2.3	15	89	10	50	6	0	28	65	1.16
7463107--7463138	15	2.2	14	94	5	55	0	9	0	90	0.45
7463062--7463173	53	2.1	55	81	6	131	4	7	19	68	1.31
7463779--7464201	88	4.9	84	71	16	278	37	19	16	27	1.93
7463947--7464008	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
7464104--7464138	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
7471232--7471366	44	3.1	44	66	16	127	36	19	23	20	1.95
7471161--7471376	86	2.5	86	92	0	342	35	20	22	21	1.96
7471164--7471446	86	3.3	85	86	4	241	37	20	22	19	1.94
7473127--7473188	25	2.4	27	84	10	76	37	6	3	53	1.43
7475723--7475806	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
7477741--7477848	25	4.2	26	93	2	175	33	5	24	37	1.79
7477741--7477848	51	2.1	51	96	3	200	33	5	24	37	1.79
7483550--7483655	24	4.2	25	95	4	171	33	4	24	36	1.77
7483550--7483655	49	2.1	51	93	6	182	33	4	24	36	1.77
7499385--7499424	20	2.0	20	85	5	53	37	17	5	40	1.72
7506621--7506665	23	2.0	23	91	8	76	40	22	13	24	1.90
7510225--7510306	26	3.2	26	94	0	137	36	23	7	32	1.82
7513459--7513568	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
7514980--7515509	27	19.6	27	86	5	678	27	22	8	41	1.83
7516747--7516794	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7516838--7516896	20	3.0	20	92	0	100	38	10	18	32	1.84
7516944--7517089	24	6.1	24	91	4	215	28	22	21	26	1.99
7516944--7517089	47	3.0	47	91	5	213	28	22	21	26	1.99
7516947--7517090	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
7520118--7520593	27	17.7	27	86	5	599	27	22	9	41	1.84
7521822--7521869	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
7521913--7521974	19	3.3	19	93	6	108	35	9	20	33	1.86
7521917--7521971	11	5.5	11	71	20	57	36	10	20	32	1.87
7521912--7521971	20	3.0	20	95	4	113	35	10	20	35	1.86
7522018--7522138	24	5.0	24	89	5	165	28	22	22	27	1.99
7522020--7522138	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
7523797--7523855	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
7523801--7523855	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
7523903--7524032	24	5.5	24	91	5	194	30	20	22	26	1.98
7531069--7531143	24	3.1	24	92	7	125	37	24	4	34	1.74
7531105--7531155	12	4.2	12	76	18	61	35	27	1	35	1.68
7531105--7531177	36	2.0	37	97	2	139	35	27	4	32	1.76
7531140--7531236	25	3.8	26	93	4	171	36	24	5	34	1.78
7531140--7531236	51	1.9	51	100	0	194	36	24	5	34	1.78
7537029--7537224	26	7.2	26	76	13	189	35	22	6	35	1.79
7537054--7537122	35	2.0	35	91	5	113	34	18	7	39	1.79
7537029--7537148	61	2.0	60	93	1	204	35	20	6	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7537089--7537224	51	2.6	52	89	6	206	36	23	5	34	1.79
7537591--7537638	25	1.9	25	86	0	69	39	6	2	52	1.39
7538191--7538236	20	2.2	20	84	3	56	23	8	6	60	1.49
7544515--7544542	9	3.1	9	100	0	56	10	14	10	64	1.50
7547281--7547330	15	3.3	15	78	16	59	60	0	0	40	0.97
7547397--7547432	18	2.0	18	88	0	54	25	8	25	41	1.83
7548533--7548559	5	5.4	5	100	0	54	22	18	18	40	1.91
7554206--7554491	136	2.1	137	95	0	511	32	24	18	24	1.97
7556275--7556358	26	3.2	26	94	0	150	36	23	4	34	1.76
7557705--7557843	60	2.3	59	82	8	156	26	25	20	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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