genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  12  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3388476--3388611	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
3392306--3392587	132	2.1	137	94	3	502	31	25	18	24	1.97
3394370--3394504	26	5.2	26	92	1	227	37	24	5	33	1.78
3395623--3395820	42	4.7	42	91	1	317	21	19	33	25	1.97
3395894--3395976	31	2.6	31	82	3	85	62	18	2	16	1.43
3401774--3401881	18	5.6	20	71	18	77	30	1	24	43	1.65
3401787--3401899	9	12.2	9	79	5	118	30	0	22	46	1.58
3401772--3401899	57	2.2	57	83	0	157	31	1	21	45	1.62
3402020--3402665	241	2.7	241	98	0	1238	31	15	18	34	1.92
3402449--3403411	373	2.6	373	98	0	1854	37	11	14	35	1.83
3405759--3405798	20	2.0	20	95	0	71	45	17	20	17	1.86
3408114--3408163	18	2.7	18	84	9	66	48	2	4	46	1.32
3408469--3408575	41	2.6	41	95	0	187	24	30	20	24	1.98
3408549--3408682	40	3.3	40	82	8	137	17	22	24	35	1.95
3409085--3409192	26	4.2	26	97	0	207	36	26	6	30	1.82
3410417--3410595	91	2.0	91	87	1	259	27	15	25	31	1.95
3410417--3410598	92	2.0	91	86	1	256	27	15	24	31	1.96
3410508--3411139	132	4.8	132	92	0	996	25	15	25	34	1.95
3412393--3412445	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
3413928--3414050	26	4.8	25	93	4	194	38	24	4	32	1.77
3418175--3418226	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
3419707--3419771	24	2.6	26	90	9	107	36	23	6	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3419871--3420088	70	3.1	71	84	7	309	37	22	14	25	1.93
3419773--3420254	256	1.9	255	95	2	878	35	23	14	26	1.93
3425238--3425273	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
3426944--3427045	37	2.6	38	75	20	95	57	4	4	32	1.41
3427226--3427288	33	1.9	33	83	6	83	50	1	7	39	1.41
3427749--3427777	11	2.5	12	94	5	51	44	0	44	10	1.38
3427807--3427845	17	2.4	17	84	16	55	5	2	10	82	0.93
3427803--3427854	26	1.9	28	81	14	65	5	5	11	76	1.13
3427827--3427916	37	2.3	40	88	9	132	4	7	21	66	1.35
3427827--3427917	41	2.3	38	87	7	128	4	7	20	67	1.34
3427966--3428020	21	2.7	21	94	2	94	25	3	40	30	1.73
3431506--3431629	63	2.0	62	88	4	187	40	15	12	32	1.84
3434615--3434710	45	2.1	45	88	5	140	34	7	21	36	1.82
3443544--3443622	33	2.3	36	80	12	94	48	1	5	45	1.32
3446981--3447014	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
3450021--3450074	19	2.8	19	77	8	56	14	7	5	72	1.26
3450053--3450118	22	3.0	21	79	18	55	15	4	3	77	1.06
3450047--3450133	19	4.5	19	74	18	63	18	3	3	74	1.10
3450134--3450232	23	5.0	20	65	30	61	42	0	3	54	1.15
3450128--3450203	23	3.4	22	79	13	84	43	0	3	52	1.19
3450161--3450562	35	11.2	34	77	12	310	42	1	1	53	1.21
3450184--3450283	13	8.3	12	69	22	59	39	1	2	58	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3450123--3450210	23	3.9	22	74	16	81	40	0	3	55	1.16
3450197--3450240	22	2.1	20	87	8	61	38	0	2	59	1.10
3450267--3450342	23	3.3	23	80	10	68	39	1	2	56	1.21
3450291--3450337	22	2.1	23	84	11	62	42	0	0	57	0.98
3450542--3450566	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
3450172--3450583	219	1.9	220	86	4	591	42	1	1	53	1.20
3450528--3450590	20	3.0	22	82	17	80	44	0	0	55	0.99
3450521--3450625	20	5.2	19	69	21	54	41	0	0	56	1.12
3450777--3450806	11	2.7	11	94	0	51	20	0	0	80	0.72
3450780--3450817	20	1.9	20	89	10	60	18	2	0	78	0.86
3450779--3450822	10	4.4	10	82	8	54	15	2	2	79	0.93
3450803--3450875	17	4.7	14	75	20	58	17	2	2	76	1.02
3450801--3450857	16	3.4	17	87	7	80	17	3	1	77	1.00
3450801--3450866	17	3.9	17	84	9	73	16	3	3	77	1.02
3450801--3450869	34	2.1	34	83	8	88	17	2	2	76	1.03
3450941--3450983	22	2.0	22	91	8	72	39	0	0	60	0.97
3450935--3451016	35	2.3	36	91	4	132	39	0	1	59	1.05
3450960--3450997	14	2.6	16	88	12	55	36	0	0	63	0.95
3450987--3451026	21	1.9	21	89	0	62	40	0	2	57	1.12
3450952--3451036	21	4.3	20	67	19	54	40	0	1	58	1.05
3450977--3451034	21	2.7	23	74	15	61	39	0	1	58	1.08
3451173--3451200	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3451239--3451277	12	3.2	12	85	7	60	35	0	0	64	0.94
3451241--3451278	13	3.0	13	82	17	53	39	0	0	60	0.97
3451315--3451428	35	3.6	29	77	15	93	55	1	1	41	1.20
3451478--3451525	14	3.4	14	80	11	53	77	4	2	16	1.03
3451527--3451587	19	3.3	18	79	6	68	75	3	9	11	1.16
3451505--3451594	38	2.4	36	80	9	99	75	2	8	13	1.13
3452505--3452550	23	2.0	24	83	12	60	50	13	8	28	1.70
3465945--3465977	16	2.1	15	94	5	57	30	0	0	69	0.88
3466195--3466267	30	2.5	28	82	8	74	42	5	4	47	1.45
3471133--3471167	12	2.9	12	91	0	52	40	17	11	31	1.85
3475750--3475822	29	2.5	29	81	0	101	24	6	13	54	1.63
3477033--3477166	64	2.1	65	87	1	189	23	9	26	39	1.86
3482619--3482670	25	2.2	25	82	6	63	51	9	9	28	1.66
3487504--3487563	31	1.9	31	86	6	86	50	15	10	25	1.74
3488726--3488753	10	2.8	10	100	0	56	28	0	21	50	1.49
3490577--3490626	19	2.6	18	81	12	55	42	0	2	56	1.11
3491668--3491716	24	2.0	25	88	4	73	26	4	4	65	1.29
3494166--3494195	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
3494219--3494266	10	4.9	10	76	2	53	25	6	2	66	1.26
3494219--3494266	20	2.5	20	89	3	71	25	6	2	66	1.26
3502525--3502594	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
3505310--3505339	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3507136--3507162	12	2.2	12	100	0	54	51	0	0	48	1.00
3518748--3518815	29	2.3	29	87	12	95	51	7	8	32	1.61
3522228--3522275	11	4.2	11	74	10	51	62	2	8	27	1.35
3526132--3526171	19	2.0	22	85	14	59	55	0	5	40	1.22
3527727--3527778	26	2.0	26	100	0	104	50	7	3	38	1.50
3530541--3530590	24	2.1	24	100	0	100	40	0	4	56	1.18
3532776--3532833	18	3.2	18	78	14	57	39	1	1	56	1.19
3541362--3541399	20	1.9	20	88	0	58	57	0	2	39	1.12
3549486--3549607	60	2.0	61	87	1	174	33	22	28	14	1.94
3553396--3553447	4	13.0	4	87	0	68	23	5	1	69	1.20
3554628--3554672	23	1.9	23	86	4	63	53	2	13	31	1.52
3557227--3557284	30	1.9	30	89	0	89	20	41	27	10	1.85
3568908--3569043	26	5.2	26	92	0	227	33	5	24	36	1.78
3570823--3571107	135	2.1	137	96	1	520	24	18	24	31	1.98
3576167--3576354	26	7.2	26	93	0	322	32	5	25	36	1.78
3576167--3576354	52	3.6	52	98	0	358	32	5	25	36	1.78
3578133--3578416	136	2.1	135	94	2	498	25	18	23	32	1.97
3580626--3580669	21	2.1	21	86	0	61	40	18	15	25	1.90
3584033--3584111	39	2.0	39	100	0	158	36	15	25	22	1.93
3584430--3584466	19	1.9	19	100	0	74	27	27	10	35	1.90
3592612--3592679	16	4.3	15	85	7	91	41	5	25	27	1.78
3592608--3592679	32	2.3	32	88	7	103	41	5	25	27	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3593045--3593210	81	2.0	82	98	1	325	24	20	4	50	1.67
3595979--3596129	40	3.8	39	77	6	126	25	22	28	23	1.99
3595979--3596163	79	2.3	82	81	9	213	24	23	27	23	2.00
3596032--3596161	40	3.3	39	82	7	140	26	25	26	21	1.99
3598139--3598167	15	1.9	15	100	0	58	48	20	3	27	1.66
3598756--3598780	12	2.1	12	100	0	50	8	16	32	44	1.76
3598805--3599134	41	8.1	42	84	6	396	36	21	22	19	1.95
3598805--3599134	123	2.7	122	86	4	443	36	21	22	19	1.95
3599292--3599389	7	13.4	7	71	8	61	26	1	25	46	1.59
3599292--3599389	14	6.7	14	75	9	79	26	1	25	46	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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