genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  86  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22409779--22409824	24	1.9	24	82	8	58	56	10	19	13	1.66
22414035--22414096	24	2.5	25	76	10	65	54	4	4	35	1.43
22414468--22414530	23	2.7	23	85	4	74	61	6	4	26	1.40
22414484--22414530	23	2.0	23	91	0	76	63	8	2	25	1.34
22414554--22414595	20	2.2	20	87	12	61	61	2	4	30	1.29
22416178--22416281	44	2.4	44	77	7	122	24	16	22	37	1.93
22416440--22416681	44	5.5	44	67	9	161	21	23	20	34	1.97
22416438--22416673	89	2.7	88	92	2	384	21	23	19	34	1.96
22417190--22417309	55	2.2	55	96	0	222	50	11	18	19	1.76
22421397--22421607	40	5.3	40	81	3	239	26	26	22	25	2.00
22429517--22429564	25	2.0	24	83	4	60	47	10	6	35	1.63
22441235--22441306	29	2.5	29	100	0	144	26	15	31	26	1.95
22446828--22446891	31	2.1	31	87	0	92	26	20	12	40	1.88
22447083--22447198	23	5.0	23	87	5	162	29	22	20	27	1.99
22447249--22447315	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
22447249--22447304	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
22453785--22453848	31	2.1	31	84	0	83	26	21	12	39	1.89
22454052--22454175	23	5.3	23	86	4	169	29	21	20	28	1.98
22454038--22454175	23	6.0	23	83	5	154	30	21	20	27	1.98
22454052--22454175	45	2.7	46	88	3	169	29	21	20	28	1.98
22454227--22454265	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
22454228--22454272	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22456208--22456305	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
22463886--22463983	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
22466955--22467004	24	2.1	24	92	3	84	40	20	16	24	1.91
22468457--22468565	43	2.5	44	82	5	125	33	21	17	27	1.95
22475485--22475666	78	2.3	81	85	6	248	25	27	22	24	2.00
22475464--22475666	40	5.1	40	83	9	247	25	27	22	24	2.00
22483491--22483672	78	2.3	81	85	6	248	25	27	22	24	2.00
22483470--22483672	40	5.1	40	83	9	247	25	27	22	24	2.00
22486674--22486821	23	6.3	23	90	2	224	30	21	19	28	1.98
22495664--22495733	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
22500276--22500342	31	2.2	31	89	5	100	23	25	13	37	1.92
22500534--22500672	23	6.0	23	90	4	208	30	23	20	25	1.99
22500723--22500789	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
22500723--22500778	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
22509968--22510003	18	2.1	18	89	5	56	27	13	13	44	1.82
22511748--22511883	50	2.8	49	80	7	168	29	27	16	27	1.97
22511748--22511931	101	1.8	99	83	4	244	28	27	16	26	1.97
22515008--22515238	40	5.8	40	92	0	338	22	21	29	26	1.99
22516904--22516968	15	4.4	15	74	16	55	63	16	13	6	1.50
22520087--22520139	27	2.0	26	88	3	79	15	15	22	47	1.82
22522826--22522967	48	3.0	48	95	0	257	36	6	25	31	1.81
22523102--22523222	37	3.3	37	94	0	215	23	18	33	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22524311--22524399	28	3.1	28	84	6	108	29	29	12	29	1.93
22525796--22525826	16	1.9	16	100	0	62	29	25	12	32	1.93
22525858--22525927	25	2.8	25	91	0	104	22	27	25	24	2.00
22526074--22526165	42	2.2	42	94	0	157	28	14	21	35	1.92
22526189--22526297	29	3.5	30	75	14	89	29	20	25	24	1.99
22528954--22529014	25	2.5	25	86	2	88	26	24	24	24	2.00
22529170--22529261	42	2.2	42	92	0	148	29	13	21	35	1.91
22529285--22529363	31	2.5	31	93	0	122	30	17	24	27	1.97
22531045--22531086	21	2.0	21	95	0	75	50	7	33	9	1.62
22545546--22545669	48	2.8	43	77	15	126	24	25	21	29	1.99
22547881--22548102	90	2.4	95	83	6	267	28	19	27	24	1.99
22547786--22548093	48	6.6	47	74	11	215	29	19	26	23	1.98
22549435--22549530	47	2.1	46	90	5	149	27	19	22	30	1.98
22549414--22549531	23	5.0	24	84	11	154	26	21	22	29	1.99
22549585--22549646	20	3.2	20	80	13	83	33	17	14	33	1.90
22549683--22549730	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
22557476--22557594	23	5.0	24	81	13	131	25	21	23	30	1.99
22557497--22557592	47	2.1	46	90	5	149	26	19	22	31	1.98
22557647--22557709	20	3.2	20	90	0	108	33	17	12	36	1.88
22560189--22560242	21	2.6	21	87	0	72	12	33	27	25	1.93
22568843--22569061	46	4.7	46	75	7	199	29	20	27	22	1.99
22568893--22569063	94	1.8	94	84	5	238	29	21	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22571379--22571403	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
22574581--22574645	28	2.3	28	78	0	76	27	32	13	26	1.94
22575143--22575181	20	1.9	21	84	5	53	38	23	7	30	1.83
22577381--22577590	43	4.9	44	87	3	259	28	14	23	33	1.94
22580711--22580788	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
22580709--22580788	30	2.6	31	83	11	103	56	15	17	11	1.67
22582673--22582736	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
22582928--22583046	24	5.0	24	87	5	161	27	22	21	28	1.99
22582942--22583046	47	2.2	48	89	3	158	27	22	20	29	1.98
22583097--22583156	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
22583097--22583151	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
22585633--22585750	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
22585656--22585750	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
22585941--22586059	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
22585941--22586059	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
22586110--22586169	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
22586110--22586164	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
22586212--22586259	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
22592565--22592595	12	2.6	12	94	0	53	25	45	19	9	1.81
22609260--22609445	40	4.7	40	86	5	209	25	20	26	26	1.99
22617038--22617223	40	4.7	40	84	5	191	26	21	26	25	2.00
22626677--22626734	29	2.0	28	83	9	73	32	15	25	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22626684--22626800	29	4.0	29	79	0	117	29	14	29	26	1.95
22632637--22632785	48	3.1	48	85	0	201	27	24	22	25	2.00
22637326--22637382	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
22637324--22637394	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
22637335--22637389	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
22637439--22637568	24	5.4	24	93	2	208	29	22	21	26	1.99
22646127--22646329	53	3.8	53	76	3	199	37	19	22	20	1.94
22651117--22651265	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
22651158--22651265	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
22659219--22659367	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
22659260--22659367	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
22668824--22668924	29	3.6	28	78	5	105	28	33	16	20	1.95
22676782--22676882	29	3.6	28	78	5	105	28	33	16	20	1.95
22683454--22683522	29	2.4	29	95	0	120	26	34	15	23	1.95
22684907--22684981	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
22692050--22692124	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
22692160--22692186	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
22702397--22702466	21	3.2	21	68	18	61	20	14	27	38	1.91
22702406--22702476	21	3.2	22	66	18	65	21	12	28	38	1.90
22702389--22702476	45	2.0	45	97	0	167	22	13	26	37	1.91
22709444--22709513	21	3.2	21	64	18	52	22	12	24	40	1.89
22709436--22709523	45	2.0	45	95	0	158	25	12	23	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22711503--22711533	14	2.2	14	100	0	62	12	12	0	74	1.08
22715458--22715623	39	4.3	39	88	1	199	34	19	22	22	1.96
22722865--22723040	46	3.8	46	79	12	207	20	21	28	28	1.98
22722862--22723033	93	1.8	93	94	0	308	20	22	29	27	1.99
22725808--22725953	40	3.7	40	83	0	166	23	27	21	26	1.99
22725840--22725991	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
22731928--22732088	81	2.0	79	97	2	304	28	17	21	32	1.96
22734225--22734392	46	3.6	45	78	13	189	20	21	28	29	1.98
22734222--22734393	93	1.8	93	93	0	299	20	21	29	28	1.98
22737300--22737467	39	4.3	39	88	1	221	33	20	23	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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