genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  232  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65720619--65720768	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	1.99
65728090--65728218	40	3.3	39	78	4	143	24	28	23	24	1.99
65728106--65728256	40	3.8	40	76	8	130	22	27	23	27	1.99
65729968--65730076	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
65729968--65730076	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
65734173--65734277	27	3.9	28	84	9	128	17	23	23	35	1.95
65734173--65734282	54	2.0	54	84	3	141	17	23	22	36	1.95
65737626--65737748	61	2.0	61	100	0	246	32	13	26	27	1.93
65740068--65740241	46	3.7	47	84	11	209	25	19	31	22	1.98
65741227--65741284	21	2.8	21	89	0	98	18	29	24	27	1.98
65742481--65742584	23	4.4	23	79	10	88	27	21	18	32	1.96
65743559--65743694	65	2.1	65	91	0	218	25	27	24	22	2.00
65743559--65743742	65	2.8	66	83	4	198	25	25	25	23	2.00
65746255--65746418	71	2.3	71	98	0	319	34	18	28	18	1.95
65753786--65753948	71	2.3	70	98	1	317	34	17	28	19	1.94
65763607--65763787	40	4.5	41	77	10	162	25	22	26	25	2.00
65771690--65771789	40	2.5	40	83	1	130	24	26	29	21	1.99
65776223--65776419	43	4.6	43	84	7	249	28	28	17	25	1.98
65776225--65776419	86	2.3	86	91	0	309	28	28	17	25	1.97
65776367--65776533	83	2.0	83	100	0	334	32	25	13	28	1.93
65777307--65777337	6	5.3	6	92	7	55	0	16	0	83	0.64
65780691--65780811	23	5.2	23	75	13	86	24	26	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65780682--65780821	45	3.0	45	80	11	140	25	25	18	30	1.98
65780735--65780841	49	2.2	49	93	0	178	28	25	19	27	1.99
65783149--65783354	29	7.1	29	74	3	137	27	25	11	35	1.90
65783227--65783370	58	2.5	59	77	6	159	25	21	13	39	1.90
65783169--65783328	87	1.8	87	84	5	216	25	25	11	38	1.89
65789463--65789621	43	3.7	43	85	6	155	33	25	16	24	1.95
65789503--65789621	43	2.8	44	90	2	170	33	25	15	25	1.95
65793066--65793180	29	4.0	29	84	8	92	25	23	15	35	1.94
65793078--65793180	29	3.5	29	92	2	170	23	25	15	35	1.94
65794516--65794554	21	2.0	20	85	14	55	7	15	0	76	0.99
65799314--65799345	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
65799556--65799732	50	3.5	50	79	4	221	31	25	17	25	1.97
65799548--65799733	101	1.8	101	94	0	327	30	25	18	25	1.98
65800093--65800134	19	2.2	20	86	4	59	50	14	0	35	1.43
65804035--65804331	142	2.1	143	98	0	578	21	10	29	39	1.86
65804972--65805103	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
65811989--65812285	143	2.1	143	99	0	585	21	10	29	39	1.86
65812926--65813057	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
65814388--65814460	27	2.6	29	77	14	80	21	35	20	21	1.96
65814444--65814516	28	2.6	29	91	4	130	26	31	15	27	1.95
65822250--65822324	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
65822308--65822381	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65823926--65824142	27	8.1	27	83	5	239	35	17	19	26	1.94
65823923--65824130	81	2.6	80	87	6	294	36	18	19	25	1.94
65824348--65824430	25	3.4	25	84	1	105	31	19	21	27	1.97
65828842--65828899	30	1.9	30	89	0	89	29	3	12	55	1.53
65829009--65829044	17	2.1	17	89	0	54	58	0	0	41	0.98
65832122--65832156	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
65832060--65832271	92	2.4	90	89	6	324	42	4	14	38	1.65
65832214--65832248	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
65834171--65834279	54	2.0	54	96	0	200	24	19	15	40	1.90
65835606--65835719	56	2.0	56	96	0	210	51	3	12	32	1.56
65839070--65839253	40	4.6	39	84	6	212	23	22	28	25	1.99
65841807--65841958	42	3.6	42	78	7	182	30	15	24	30	1.95
65844666--65844743	32	2.4	32	93	0	129	44	25	20	8	1.80
65844880--65844992	27	4.2	26	78	10	111	37	22	24	15	1.93
65851870--65852037	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
65855977--65856077	27	3.7	27	80	10	116	37	20	24	16	1.93
65857270--65857302	16	2.1	16	94	0	57	54	6	33	6	1.50
65862236--65862268	17	1.9	17	100	0	66	42	21	18	18	1.89
65865371--65865422	17	3.1	17	77	2	52	34	19	17	28	1.94
65874375--65874444	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
65874375--65874456	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
65879563--65879632	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65879563--65879644	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
65881190--65881256	25	2.7	25	85	0	80	32	25	19	22	1.97
65881215--65881272	24	2.4	25	78	16	68	32	18	22	25	1.97
65881481--65881592	31	3.7	30	82	9	131	32	16	25	25	1.97
65886181--65886239	6	9.7	6	77	17	59	52	16	13	16	1.75
65886363--65886470	27	4.0	26	82	5	108	39	21	20	18	1.92
65886363--65886470	54	2.0	54	83	1	137	39	21	20	18	1.92
65886629--65886692	22	2.9	22	81	9	85	32	21	23	21	1.98
65887083--65887323	27	8.9	27	87	0	329	25	20	18	35	1.95
65887352--65887645	81	3.6	80	76	7	290	30	9	21	38	1.85
65887368--65887654	54	5.3	53	82	2	288	29	8	22	39	1.84
65887368--65887654	27	10.7	27	82	3	217	29	8	22	39	1.84
65887422--65887670	134	1.9	134	80	3	295	31	8	21	38	1.82
65889604--65889697	6	15.3	6	72	16	77	48	15	15	19	1.81
65889619--65889697	31	2.5	31	93	4	133	49	16	16	17	1.80
65889817--65889909	27	3.5	26	85	5	105	38	20	21	19	1.93
65889817--65889924	27	4.0	27	80	5	103	38	21	21	18	1.93
65889817--65889924	54	2.0	53	81	1	126	38	21	21	18	1.93
65890083--65890146	22	2.9	22	79	9	76	31	21	25	21	1.98
65890523--65890636	54	2.1	53	80	6	122	28	20	21	30	1.98
65890563--65890767	107	1.9	108	88	1	313	25	20	18	35	1.95
65890537--65890776	27	8.9	27	85	0	302	25	20	18	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65890537--65890783	134	1.8	134	86	0	359	26	20	18	35	1.95
65890551--65890783	80	2.9	80	85	5	211	26	19	19	35	1.95
65890772--65891059	27	10.7	27	76	6	190	31	9	20	38	1.84
65890875--65891080	107	1.9	108	83	6	267	29	8	21	40	1.82
65890822--65891080	27	9.6	27	82	2	216	29	8	22	39	1.84
65890848--65891096	134	1.9	134	79	5	288	30	8	21	39	1.83
65896161--65896202	21	2.0	21	100	0	84	42	14	9	33	1.78
65910989--65911029	18	2.3	18	86	0	55	21	2	7	68	1.26
65914642--65915060	48	8.7	48	98	0	811	33	6	28	31	1.82
65915212--65915317	37	2.9	37	95	0	185	23	17	32	26	1.97
65916575--65916853	40	7.0	40	89	0	414	20	22	29	26	1.99
65917017--65917071	25	2.2	25	90	6	85	29	12	30	27	1.93
65918654--65918679	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
65920295--65920357	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
65923567--65923849	48	5.9	48	98	0	548	33	6	29	30	1.83
65923994--65924098	37	2.8	37	92	0	174	23	19	31	25	1.98
65927558--65927588	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
65927555--65927594	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
65927837--65928034	55	3.7	53	77	6	184	21	24	17	37	1.94
65930053--65930131	41	1.9	41	94	0	140	43	8	18	29	1.81
65937545--65937773	48	4.8	48	78	3	228	18	18	28	34	1.95
65947023--65947204	46	3.9	46	78	9	149	30	19	26	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65948455--65948494	21	2.0	21	90	5	64	10	37	30	22	1.87
65954326--65954409	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
65958107--65958244	40	3.3	40	76	16	111	28	16	24	30	1.97
65958105--65958285	41	4.4	42	76	16	139	28	16	24	29	1.97
65958190--65958309	41	2.9	41	87	4	154	29	17	25	27	1.98
65959638--65959686	23	2.2	22	82	10	55	28	0	24	46	1.53
65969367--65969403	19	1.9	19	100	0	74	32	43	13	10	1.79
65970751--65970958	40	5.2	40	81	2	202	25	25	23	26	2.00
65970751--65970920	80	2.1	80	84	4	227	24	26	23	25	2.00
65973387--65973481	31	3.1	31	90	0	145	25	24	14	35	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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