genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.316.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  316  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92000107--92000185	31	2.5	31	95	0	140	26	22	18	31	1.97
92000209--92000300	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
92000445--92000541	25	3.8	26	91	1	153	26	23	23	25	2.00
92000445--92000541	51	1.9	51	93	4	169	26	23	23	25	2.00
92001437--92001740	27	11.3	27	76	8	93	31	7	20	40	1.81
92001437--92001740	54	5.6	54	76	7	253	31	7	20	40	1.81
92001439--92001727	81	3.6	79	80	6	303	31	7	19	41	1.80
92001718--92001848	27	4.9	27	85	3	183	41	8	20	29	1.81
92001691--92001848	54	2.9	54	86	0	208	39	8	20	31	1.82
92001708--92001886	81	2.2	81	76	4	189	37	8	20	33	1.83
92007443--92007535	26	3.5	26	88	1	123	31	12	8	47	1.72
92009623--92009651	15	1.9	15	100	0	58	37	13	13	34	1.85
92011387--92011553	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
92019388--92019554	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
92027689--92027729	20	2.0	20	95	0	73	36	21	9	31	1.86
92029520--92029579	29	2.1	29	93	0	102	53	13	20	13	1.72
92034774--92034810	18	2.1	18	89	0	56	51	16	2	29	1.58
92040426--92040517	44	2.1	45	93	2	159	31	27	19	21	1.97
92049463--92049540	33	2.4	32	80	6	84	26	20	17	34	1.95
92062407--92062484	33	2.4	33	79	12	88	26	23	17	32	1.97
92063697--92063848	27	5.7	27	86	0	180	40	20	7	30	1.81
92063691--92063848	54	2.9	54	85	6	205	39	20	8	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92063697--92063920	81	2.8	80	77	8	229	39	20	8	30	1.84
92063697--92063920	54	4.2	54	77	6	204	39	20	8	30	1.84
92063832--92063906	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
92063898--92064299	27	14.9	27	86	3	452	27	24	8	39	1.84
92063871--92064351	27	17.8	27	82	5	330	29	23	8	37	1.85
92064195--92064416	27	8.1	27	79	5	115	35	20	9	35	1.85
92064478--92064542	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
92065700--92065747	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
92065791--92065849	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
92065900--92066042	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
92065900--92066042	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
92065900--92066043	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
92066232--92066326	31	3.1	31	96	0	172	38	15	21	24	1.92
92069129--92069280	27	5.7	27	86	0	180	40	20	7	30	1.81
92069123--92069280	54	2.9	54	85	6	205	39	20	8	31	1.82
92069129--92069352	81	2.8	80	77	8	229	39	20	8	30	1.84
92069129--92069352	54	4.2	54	77	6	204	39	20	8	30	1.84
92069264--92069338	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
92069330--92069731	27	14.9	27	86	4	463	27	23	8	40	1.84
92069303--92069758	54	8.4	54	81	7	362	29	23	8	38	1.84
92069303--92069757	27	16.9	27	82	6	305	29	23	8	38	1.84
92069708--92069794	27	3.2	27	79	8	88	40	25	6	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92069801--92069856	27	2.1	26	83	9	69	37	10	12	39	1.78
92069910--92069974	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
92071132--92071179	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
92071223--92071281	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
92071332--92071498	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
92071332--92071499	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
92071690--92071784	31	3.1	31	96	0	172	38	15	21	24	1.92
92074980--92075010	13	2.4	13	94	0	53	9	25	32	32	1.88
92076048--92076131	44	1.9	43	82	2	105	29	23	17	28	1.97
92076097--92076211	40	2.9	42	77	17	111	30	25	17	26	1.97
92079001--92079124	27	4.6	27	80	2	142	42	20	7	29	1.79
92078968--92079102	54	2.5	54	79	4	139	38	19	11	30	1.87
92079136--92079187	27	1.9	27	84	7	70	42	5	11	40	1.65
92080112--92080178	25	2.7	25	92	0	107	28	26	22	22	1.99
92080399--92080480	31	2.7	31	86	3	114	31	14	23	30	1.94
92082660--92082724	27	2.4	27	92	0	103	26	27	9	36	1.87
92082716--92082858	27	5.3	26	76	9	117	37	20	11	30	1.88
92082723--92082857	54	2.5	54	80	4	148	39	19	11	30	1.86
92082756--92082963	27	7.6	27	78	7	154	39	19	9	31	1.83
92082756--92082963	54	3.8	54	78	6	204	39	19	9	31	1.83
92083398--92083440	17	2.5	17	100	0	86	11	32	34	20	1.89
92083886--92083968	25	3.4	24	85	8	105	30	21	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92083886--92083980	50	1.9	50	80	8	113	28	23	23	25	1.99
92084175--92084257	31	2.7	31	96	3	152	28	16	26	27	1.97
92084269--92084325	29	2.0	28	83	6	71	22	21	24	31	1.98
92096023--92096088	32	2.1	32	88	5	98	25	19	27	27	1.99
92097302--92097339	18	2.1	18	100	0	76	26	0	39	34	1.57
92097556--92097648	40	2.3	40	85	7	118	29	15	26	29	1.96
92098228--92098265	20	1.9	20	89	10	60	34	2	15	47	1.60
92106047--92106136	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
92106047--92106153	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
92106131--92106191	27	2.3	27	79	0	68	32	27	8	31	1.86
92106142--92106460	27	11.8	27	86	2	417	28	22	8	40	1.83
92106439--92106524	27	3.2	27	86	6	86	41	24	5	27	1.78
92106453--92106579	54	2.4	53	79	11	141	43	19	9	27	1.82
92106453--92106551	27	3.7	27	87	5	121	45	20	7	27	1.76
92106478--92106596	27	4.4	27	83	5	116	41	18	12	27	1.87
92110963--92111004	13	3.0	14	83	16	52	45	0	0	54	0.99
92112598--92112644	23	2.0	23	100	0	94	25	21	12	40	1.89
92113640--92113820	40	4.5	40	88	2	229	24	26	23	24	2.00
92118221--92118352	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
92126167--92126298	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
92131078--92131186	40	2.8	40	84	1	139	23	26	22	26	2.00
92136092--92136230	40	3.5	40	85	4	181	28	25	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92144160--92144213	26	2.1	26	100	0	108	31	18	14	35	1.91
92146011--92146122	43	2.6	42	76	16	129	30	25	17	26	1.97
92151746--92151868	48	2.6	46	80	11	115	33	24	17	24	1.97
92156193--92156271	39	2.0	39	95	0	140	36	15	21	26	1.93
92156511--92156665	42	3.7	41	87	5	213	30	15	25	29	1.96
92156511--92156665	85	1.8	84	87	6	233	30	15	25	29	1.96
92159625--92159658	3	11.3	3	100	0	68	35	0	32	32	1.58
92160665--92160833	43	3.9	44	75	4	148	28	12	24	33	1.92
92164376--92164437	25	2.5	25	92	5	99	25	19	22	32	1.97
92170523--92170552	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
92170760--92171111	176	2.0	176	99	0	695	35	8	28	27	1.86
92172864--92172977	58	1.9	58	82	8	142	48	3	4	43	1.40
92172968--92173022	25	2.2	25	81	12	60	49	7	1	41	1.41
92178914--92179012	49	2.0	49	100	0	198	55	6	16	22	1.62
92180479--92180526	17	2.5	19	80	12	55	14	16	14	54	1.72
92183436--92183499	31	2.1	31	96	0	119	34	18	21	25	1.96
92201436--92201490	28	2.0	28	92	0	92	47	20	9	23	1.78
92203566--92203623	16	4.1	14	77	18	59	22	0	6	70	1.10
92205225--92205269	6	7.7	6	87	7	58	17	0	2	80	0.82
92209079--92209256	51	3.5	50	80	6	198	27	28	15	28	1.96
92220081--92220113	16	2.1	16	88	11	50	48	0	9	42	1.35
92222286--92222335	3	16.7	3	95	0	91	0	32	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92223259--92223301	16	2.8	15	79	6	50	65	2	0	32	1.06
92233259--92233306	21	2.3	21	82	7	62	27	25	33	14	1.94
92235031--92235139	40	2.7	40	91	0	191	25	24	22	26	2.00
92235037--92235178	40	3.5	40	85	0	122	26	26	22	25	2.00
92237616--92237660	22	2.0	22	87	8	65	51	0	4	44	1.21
92237855--92237888	16	2.1	16	100	0	68	41	0	0	58	0.98
92239351--92239390	15	2.5	17	80	15	50	37	2	25	35	1.69
92239674--92239834	43	3.8	42	79	8	146	24	16	24	35	1.95
92239674--92239811	42	3.2	42	78	12	138	22	14	24	38	1.92
92241060--92241141	41	2.0	41	97	0	155	32	12	20	34	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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