genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.393.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  393  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113927662--113927687	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
113929291--113929330	19	2.1	19	85	0	53	15	7	35	42	1.75
113944920--113944968	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
113945108--113945153	20	2.3	20	88	3	67	39	0	0	60	0.97
113945302--113945340	21	1.9	20	84	5	51	41	10	0	48	1.37
113945874--113945904	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
113947959--113948060	50	2.0	50	90	0	159	37	4	21	36	1.75
113953975--113954106	35	3.6	36	82	9	151	33	24	10	31	1.89
113961429--113961560	35	3.6	36	82	9	151	33	24	10	31	1.89
113968886--113968929	22	2.0	22	90	0	70	54	0	0	45	0.99
113968950--113968991	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
113968954--113968990	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
113968883--113969045	73	2.2	75	80	10	174	50	2	0	47	1.14
113969023--113969079	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
113970222--113970274	24	2.2	24	96	0	97	60	0	15	24	1.35
113975998--113976023	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
113978596--113978706	42	2.7	42	81	2	118	48	14	18	18	1.81
113978596--113978687	21	4.5	21	75	2	71	46	17	18	17	1.84
113978627--113978700	21	3.5	21	79	0	85	45	12	21	20	1.83
113981259--113981289	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
113982671--113982701	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
113996768--113996857	40	2.2	40	88	3	137	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113996768--113996894	40	3.2	40	82	1	130	23	26	21	28	1.99
114000309--114000346	13	2.9	13	80	11	51	50	0	5	44	1.24
114001874--114001900	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
114004417--114004505	39	2.3	39	86	5	119	22	25	22	29	1.99
114005154--114005194	21	2.0	21	100	0	82	43	14	2	39	1.59
114005495--114005593	50	2.0	50	82	4	119	42	20	8	29	1.80
114017564--114017611	25	1.9	25	82	0	60	22	22	14	39	1.91
114022045--114022094	24	2.1	24	81	7	57	38	20	14	28	1.91
114028613--114028836	46	4.8	46	88	2	288	42	14	22	20	1.88
114028616--114028836	93	2.4	92	85	2	282	42	14	22	20	1.88
114031497--114031568	31	2.3	31	87	0	99	31	13	2	51	1.56
114039366--114039391	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
114043783--114043809	3	9.0	3	100	0	54	33	33	33	0	1.58
114047350--114047377	3	9.3	3	100	0	56	0	64	0	35	0.94
114054033--114054132	51	2.1	47	80	10	105	56	3	9	32	1.46
114054227--114054348	52	2.4	52	78	15	137	63	0	7	28	1.21
114054281--114054364	15	5.5	16	74	22	65	61	0	8	29	1.25
114054272--114054392	29	4.2	28	70	17	79	64	0	6	28	1.24
114054271--114054389	15	8.1	15	71	17	58	64	0	6	27	1.24
114054272--114054402	44	3.1	41	74	18	115	63	1	6	28	1.29
114054664--114054765	43	2.4	43	96	0	186	27	31	21	19	1.97
114054780--114054833	28	2.0	27	85	3	72	64	3	3	27	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114057879--114057953	27	2.9	27	84	4	82	22	24	37	16	1.93
114057889--114057975	25	3.4	25	82	4	95	22	20	39	17	1.92
114058737--114058775	14	2.8	14	80	0	51	51	25	0	23	1.49
114058894--114058952	22	2.8	21	76	2	64	47	37	0	15	1.45
114058926--114058965	15	2.6	15	84	4	53	50	35	0	15	1.44
114058970--114059012	21	2.0	20	82	13	50	44	30	0	25	1.55
114059268--114059409	41	3.5	41	90	5	218	20	26	23	29	1.99
114059440--114059465	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
114061155--114061198	19	2.2	20	92	4	72	29	11	9	50	1.69
114064412--114064451	20	1.9	22	85	10	57	35	0	7	57	1.27
114069339--114069410	3	25.0	3	77	13	71	34	0	4	61	1.16
114069344--114069411	34	2.0	34	85	5	93	36	0	4	58	1.18
114071685--114071722	20	2.0	20	89	5	60	39	2	13	44	1.57
114071912--114071956	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
114076941--114077000	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
114077535--114077583	22	2.3	22	80	16	59	77	0	22	0	0.77
114077526--114077584	20	2.9	20	83	14	68	72	0	27	0	0.84
114077526--114077584	21	2.8	20	79	18	66	72	0	27	0	0.84
114080945--114081029	33	2.6	33	75	0	80	15	41	14	29	1.86
114084486--114084552	27	2.5	27	90	0	98	20	25	22	31	1.98
114086375--114086400	6	4.3	6	100	0	52	38	0	61	0	0.96
114086552--114086578	14	1.9	14	100	0	54	37	14	18	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114090770--114090826	30	1.9	30	82	13	73	45	1	1	50	1.22
114095101--114095152	7	7.4	7	80	0	50	25	0	25	50	1.50
114095207--114095318	7	15.7	7	69	12	59	21	0	40	38	1.54
114100848--114101253	209	1.9	209	98	1	787	36	11	16	36	1.84
114101252--114101297	13	3.8	13	72	21	55	32	13	15	39	1.85
114107791--114107836	20	2.3	21	85	14	62	39	0	4	56	1.19
114107982--114108035	23	2.3	23	81	9	65	40	12	5	40	1.67
114111023--114111053	12	2.7	11	95	5	53	35	0	0	64	0.94
114111128--114111185	3	18.0	3	86	10	55	32	0	5	62	1.18
114111128--114111185	12	4.7	13	78	16	61	32	0	5	62	1.18
114118995--114119038	21	2.1	21	91	0	70	43	6	18	31	1.76
114119857--114119890	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
114121136--114121198	31	2.0	31	100	0	126	39	12	3	44	1.59
114121141--114121213	31	2.4	31	88	4	103	41	12	4	42	1.61
114123356--114123411	30	1.9	30	85	3	78	51	10	8	28	1.66
114123555--114123769	89	2.4	88	81	6	227	42	16	6	33	1.74
114123852--114123877	11	2.4	11	100	0	52	69	0	15	15	1.20
114123837--114123907	37	1.9	36	86	8	99	67	0	8	23	1.18
114128343--114128381	19	2.0	20	90	10	62	46	0	7	46	1.31
114143991--114144084	21	4.5	21	72	5	73	41	14	23	20	1.89
114144006--114144104	42	2.4	42	87	0	144	42	17	21	19	1.89
114144004--114144138	21	6.5	21	72	2	85	42	14	20	22	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114145773--114145816	17	2.5	18	77	3	54	13	6	2	77	1.07
114153646--114153769	66	1.9	66	85	5	171	36	21	14	27	1.93
114155213--114155275	30	2.1	30	96	0	117	36	4	7	50	1.53
114160326--114160368	21	2.0	21	100	0	86	67	9	13	9	1.42
114163066--114163102	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
114173808--114173845	3	12.7	3	94	0	67	31	0	2	65	1.06
114179832--114179903	35	2.1	35	100	0	144	26	25	23	25	2.00
114180532--114180707	87	2.0	87	100	0	352	20	25	8	45	1.79
114187048--114187094	13	3.5	13	77	13	51	51	6	2	40	1.39
114188363--114189015	325	2.0	324	98	0	1261	43	13	11	31	1.79
114192625--114192659	18	1.9	18	88	0	52	40	17	25	17	1.90
114192643--114192746	45	2.3	45	91	0	163	40	18	20	21	1.92
114193301--114193344	6	7.2	6	81	2	52	0	25	0	75	0.81
114193301--114193344	12	3.6	12	87	3	61	0	25	0	75	0.81
114193306--114193340	18	1.9	18	94	0	61	0	28	0	71	0.86
114193301--114193355	24	2.2	24	84	9	67	0	29	1	69	0.99
114199837--114199871	18	1.9	18	88	0	52	40	17	25	17	1.90
114199855--114199961	45	2.4	45	81	6	128	40	17	18	23	1.91
114204358--114204395	19	2.0	20	94	5	69	15	0	10	73	1.09
114206514--114206570	19	2.9	19	73	2	51	64	1	0	33	1.04
114207094--114207119	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
114207447--114207503	26	2.1	27	96	3	107	24	19	19	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114208768--114208815	16	2.9	17	75	6	53	64	6	29	0	1.18
114209547--114209585	6	6.5	6	93	0	69	48	0	30	20	1.50
114209547--114209592	18	2.6	18	92	0	74	47	0	28	23	1.52
114209543--114209581	12	3.2	12	92	0	69	53	0	25	20	1.45
114217075--114217114	20	2.0	21	90	5	64	42	10	12	35	1.76
114217172--114217211	20	2.0	20	100	0	80	30	15	15	40	1.87
114222303--114222368	19	3.6	18	78	11	62	3	21	3	72	1.11
114222337--114222373	18	2.2	17	90	9	58	8	16	5	70	1.30
114222339--114222394	19	3.0	18	79	7	58	8	12	5	73	1.24
114222398--114222430	13	2.5	13	90	0	57	36	0	0	63	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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