genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.384.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  384  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111687315--111687393	31	2.5	31	91	0	122	18	18	13	48	1.81
111689381--111689475	27	3.5	26	74	8	75	40	21	8	30	1.83
111689480--111689755	27	10.3	27	87	0	365	30	20	9	39	1.84
111689759--111689901	27	5.3	26	80	8	126	41	22	6	29	1.80
111689776--111689956	27	6.7	27	83	2	204	40	21	7	29	1.81
111689749--111689956	54	3.9	54	80	4	208	40	20	7	31	1.81
111689942--111690248	27	11.4	27	88	2	458	34	20	20	24	1.96
111689942--111690248	80	3.8	80	90	2	438	34	20	20	24	1.96
111690668--111690755	6	14.3	6	72	17	65	20	18	13	47	1.82
111690668--111690771	31	3.4	31	81	4	113	20	17	13	49	1.80
111690768--111690832	34	2.0	32	82	14	80	24	18	24	32	1.97
111697023--111697151	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
111701339--111701383	23	1.9	23	90	4	72	24	0	13	62	1.31
111701340--111701387	24	2.1	23	84	7	62	25	0	16	58	1.38
111702281--111702324	10	4.6	10	80	8	56	75	0	0	25	0.81
111702284--111702331	9	5.3	9	82	9	62	70	0	0	29	0.87
111702284--111702325	17	2.3	19	88	8	61	73	0	0	26	0.83
111703350--111703387	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
111703952--111704021	15	4.6	15	75	18	65	50	2	1	45	1.25
111704822--111704865	18	2.4	18	85	11	54	54	0	0	45	0.99
111711037--111711061	11	2.3	11	100	0	50	0	20	36	44	1.52
111713678--111713792	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111713678--111713811	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
111719624--111719738	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
111719624--111719757	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
111725476--111725509	16	2.1	16	88	0	50	38	2	5	52	1.41
111726132--111726169	18	2.1	18	100	0	76	39	10	28	21	1.86
111726993--111727040	24	2.0	24	87	0	69	29	2	8	60	1.37
111728093--111728152	24	2.4	25	78	16	61	50	8	1	40	1.43
111736214--111736247	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
111736640--111736690	26	2.0	26	88	0	75	37	25	19	17	1.94
111737895--111737942	23	2.1	23	100	0	96	43	16	8	31	1.78
111748253--111748300	25	1.9	25	82	0	60	52	2	4	41	1.32
111748744--111748800	30	1.9	30	85	3	80	10	15	3	70	1.29
111748820--111748852	4	8.2	4	87	12	50	21	0	0	78	0.75
111748814--111748848	9	3.9	9	88	11	54	20	2	0	77	0.90
111748811--111748852	17	2.5	17	88	11	68	19	2	0	78	0.86
111748875--111748941	23	2.8	23	79	4	71	35	0	4	59	1.18
111748937--111749000	21	3.2	20	80	6	67	42	0	3	54	1.16
111749341--111749390	25	2.0	25	84	0	64	40	6	0	54	1.25
111749334--111749375	20	2.0	22	90	9	70	40	7	0	52	1.29
111749908--111749943	14	2.6	13	91	8	54	16	0	5	77	0.94
111749918--111749957	17	2.4	17	91	8	64	20	0	2	77	0.88
111749917--111749962	13	3.5	13	78	21	51	21	0	2	76	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111750021--111750096	21	3.5	22	80	10	68	43	1	1	53	1.17
111750029--111750096	22	3.1	22	83	10	86	44	1	0	54	1.09
111750029--111750096	21	3.1	21	83	10	75	44	1	0	54	1.09
111750129--111750174	10	4.5	10	75	24	51	36	0	0	63	0.95
111750019--111750178	21	7.6	21	67	24	61	40	1	1	55	1.21
111750131--111750194	31	2.1	30	80	11	69	39	0	1	59	1.07
111750478--111750533	15	3.7	15	83	7	78	14	16	8	60	1.57
111752930--111753105	46	3.8	46	79	10	205	21	21	28	28	1.98
111752927--111753098	93	1.8	93	93	0	299	21	22	29	27	1.99
111754775--111754803	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
111755285--111755317	14	2.3	15	94	5	59	81	0	0	18	0.68
111755328--111755386	30	2.0	30	83	6	75	74	5	10	10	1.20
111755448--111755497	26	2.0	26	88	11	77	64	6	0	30	1.18
111755539--111755606	21	3.1	21	85	10	84	55	0	1	42	1.08
111755553--111755614	21	3.0	20	86	11	81	58	1	1	38	1.18
111755704--111755747	19	2.3	19	76	0	52	79	2	6	11	1.01
111756432--111756471	21	1.9	21	84	0	53	52	2	0	45	1.14
111785109--111785214	52	2.0	52	98	0	203	54	3	9	32	1.50
111791480--111791646	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
111791475--111791646	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
111798966--111799132	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
111798961--111799132	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111801532--111801567	7	5.0	7	86	6	54	66	0	2	30	1.06
111801532--111801567	15	2.5	14	86	8	54	66	0	2	30	1.06
111801526--111801685	29	5.2	29	70	21	89	61	1	6	30	1.28
111801589--111801657	17	4.2	16	78	9	68	62	0	4	33	1.15
111801585--111801678	40	2.2	42	83	9	111	63	1	3	31	1.17
111801585--111801685	21	5.0	20	71	17	75	63	0	2	32	1.16
111804683--111804738	3	18.7	3	76	7	51	32	3	5	58	1.37
111804729--111804769	17	2.5	17	80	11	50	31	0	12	56	1.36
111805038--111805120	3	28.7	3	71	18	52	30	4	1	63	1.22
111805243--111805285	3	14.0	3	86	13	61	32	2	0	65	1.06
111809325--111809458	44	3.0	45	81	4	144	35	13	23	26	1.92
111814494--111814652	32	4.9	32	89	3	185	34	22	10	32	1.88
111814646--111814798	29	5.3	29	96	0	270	25	28	12	33	1.92
111814646--111814956	62	5.2	58	87	5	279	26	28	15	30	1.96
111814689--111814953	31	8.7	31	92	1	305	26	28	16	29	1.97
111816070--111816110	11	3.5	11	86	6	55	39	14	12	34	1.84
111816662--111816716	27	2.1	27	77	19	62	40	5	3	50	1.43
111816697--111816730	12	2.8	12	95	4	59	35	0	0	64	0.94
111818446--111818480	17	2.1	17	88	0	52	20	0	5	74	1.02
111822191--111822233	19	2.5	16	85	14	59	34	0	0	65	0.93
111822202--111822237	19	1.9	19	88	5	56	38	0	0	61	0.96
111823640--111823744	51	2.1	51	98	0	201	27	23	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111842425--111842470	11	4.1	11	82	2	56	67	0	6	26	1.15
111847918--111847943	12	2.2	12	100	0	52	38	11	0	50	1.39
111855468--111855526	31	1.9	31	89	0	91	32	10	13	44	1.77
111864277--111864463	49	3.8	49	83	2	239	27	17	26	28	1.98
111864271--111864458	100	1.9	100	92	0	313	26	18	27	28	1.98
111865308--111865345	19	2.0	19	100	0	76	31	10	5	52	1.58
111867000--111867143	46	3.2	46	84	3	166	19	20	15	44	1.87
111867023--111867157	46	2.9	46	85	2	173	20	22	14	42	1.87
111869039--111869189	53	2.8	53	88	4	205	30	27	15	25	1.96
111873867--111873903	3	12.3	3	100	0	74	0	67	0	32	0.91
111874913--111874947	13	2.7	13	90	0	61	25	8	25	40	1.84
111877106--111877171	13	5.1	13	77	0	69	34	9	21	34	1.85
111877108--111877171	26	2.5	26	78	0	83	34	9	21	34	1.86
111884769--111884797	15	1.9	15	100	0	58	41	3	6	48	1.47
111900745--111901094	178	2.0	178	94	1	621	30	14	18	36	1.90
111902803--111902853	25	2.0	25	84	0	66	11	13	3	70	1.29
111908028--111908177	52	2.8	53	86	6	196	30	28	16	26	1.96
111911643--111911682	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
111911743--111911856	27	4.2	26	82	5	120	37	22	22	16	1.93
111911743--111911856	54	2.1	54	86	3	158	37	22	22	16	1.93
111913468--111913628	26	6.2	26	97	0	279	36	24	5	34	1.79
111917433--111917472	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111917533--111917646	27	4.2	26	84	7	138	35	22	24	16	1.95
111917533--111917646	54	2.1	54	86	3	158	35	22	24	16	1.95
111919263--111919398	26	5.2	26	97	0	236	36	24	5	33	1.78
111919705--111919743	17	2.3	17	95	0	69	28	10	25	35	1.89
111922562--111922731	49	3.5	47	77	13	159	28	17	30	24	1.97
111925222--111925282	31	2.0	31	96	0	113	37	14	29	18	1.90
111947987--111948228	79	3.1	79	87	2	344	31	23	13	30	1.93
111948193--111948330	40	3.5	40	83	0	168	36	21	10	30	1.88
111949968--111950001	11	3.2	11	95	4	61	73	0	0	26	0.83
111949967--111950005	18	2.3	16	91	8	60	74	0	0	25	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
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