genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  254  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72613692--72613758	34	1.9	36	93	6	120	31	31	17	19	1.95
72613727--72613812	46	1.9	45	88	4	129	30	29	19	20	1.97
72620878--72620912	18	2.0	18	88	5	54	54	0	22	22	1.45
72623216--72623326	31	3.7	29	83	6	87	32	11	15	40	1.83
72623238--72623326	31	3.0	30	85	4	117	31	11	16	40	1.84
72630753--72630795	18	2.4	18	81	14	54	13	44	30	11	1.80
72643219--72643334	39	3.0	39	90	0	178	27	27	20	24	1.99
72648195--72648737	48	11.1	48	90	3	818	36	6	26	31	1.81
72648884--72648992	37	2.9	37	93	0	182	23	19	30	26	1.98
72650248--72650689	40	11.1	40	86	0	542	25	20	27	27	1.99
72650249--72650691	160	2.8	160	91	0	690	24	20	27	27	1.99
72650851--72650901	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
72653715--72654351	48	13.1	48	92	4	1012	36	6	26	31	1.81
72654498--72654606	37	2.9	37	91	0	173	24	19	29	26	1.98
72658405--72658503	28	3.5	29	79	6	105	30	25	15	29	1.95
72660936--72661120	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
72660929--72661120	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
72668970--72669154	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
72668963--72669154	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
72673620--72673804	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
72673613--72673804	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
72681987--72682084	28	3.5	28	85	4	117	30	24	15	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72683779--72683964	89	2.1	89	92	2	311	27	13	18	39	1.89
72688091--72688122	16	2.0	16	93	0	55	6	12	9	71	1.29
72694795--72694970	46	3.8	46	74	12	153	30	27	19	21	1.98
72694846--72694989	46	3.1	46	69	22	113	30	27	19	22	1.98
72698410--72698451	7	6.1	7	80	5	50	23	2	2	71	1.10
72701861--72702028	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
72701877--72702026	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
72709863--72710029	40	4.2	40	77	4	151	22	26	23	27	2.00
72718475--72718516	21	2.0	21	100	0	84	33	14	9	42	1.78
72725491--72725793	49	6.3	49	93	1	456	30	7	31	30	1.86
72731078--72731207	47	2.8	47	86	0	170	21	14	30	33	1.93
72733121--72733155	17	2.1	17	88	0	52	20	20	14	45	1.85
72737591--72737692	50	2.0	50	100	0	204	43	19	7	29	1.79
72739709--72739750	14	3.1	14	79	3	50	71	4	4	19	1.22
72751190--72751266	24	3.2	24	90	0	91	42	12	20	23	1.87
72751170--72751223	18	3.1	17	81	7	63	44	14	20	20	1.86
72751580--72751793	27	8.0	27	81	0	241	42	18	14	24	1.87
72755338--72755364	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
72755372--72755585	27	8.0	27	84	0	250	42	19	13	24	1.87
72755370--72755585	81	2.7	81	86	0	281	43	18	13	24	1.86
72763650--72763675	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
72765413--72765444	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72776338--72776544	53	3.8	53	76	3	207	38	17	23	20	1.93
72781365--72781407	21	2.0	21	95	0	77	44	4	30	20	1.72
72789847--72789949	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
72797818--72797918	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
72800946--72801048	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
72808362--72808500	52	2.6	53	79	7	147	39	19	22	18	1.92
72816555--72816628	27	2.8	26	80	6	87	35	14	5	44	1.69
72822800--72822974	46	3.8	45	79	10	201	28	29	20	21	1.98
72822807--72822978	93	1.8	93	93	2	301	27	29	20	22	1.99
72824681--72824757	29	2.7	29	81	0	91	23	18	33	24	1.96
72824788--72824824	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
72832592--72832664	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
72832755--72832785	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
72838145--72838226	26	3.2	26	92	0	137	36	23	7	32	1.82
72845185--72845266	26	3.2	26	89	0	128	35	23	8	32	1.85
72855893--72855954	27	2.3	27	88	0	88	19	24	19	37	1.94
72855939--72855990	27	1.9	27	84	0	68	21	15	15	48	1.81
72855939--72855998	27	2.2	27	81	0	66	21	16	15	46	1.83
72857814--72857859	20	2.3	20	96	0	83	30	13	15	41	1.85
72857888--72857990	18	5.4	18	67	17	64	13	26	23	36	1.92
72857908--72858011	20	5.2	21	69	17	87	13	25	21	39	1.90
72857890--72858029	39	3.6	39	90	1	210	15	26	21	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72858713--72858766	3	16.0	3	96	3	54	70	0	0	29	0.88
72858711--72858766	12	4.1	14	84	15	73	69	0	0	30	0.89
72858734--72858762	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
72866647--72866683	18	2.1	18	100	0	74	45	10	21	21	1.82
72867547--72867590	20	2.3	19	88	4	61	47	9	13	29	1.74
72867555--72867633	39	2.0	40	82	2	97	49	8	10	31	1.67
72867555--72867633	20	4.0	20	85	3	97	49	8	10	31	1.67
72875260--72875349	44	2.0	44	100	0	180	22	21	28	27	1.99
72879818--72879847	9	3.3	9	95	0	51	23	0	16	60	1.36
72879835--72879869	10	3.5	10	92	0	52	40	0	2	57	1.14
72879885--72879931	10	4.8	10	77	15	53	29	2	2	65	1.15
72879969--72880015	10	5.3	10	78	21	52	25	0	0	74	0.82
72879969--72880016	9	5.6	9	79	18	57	27	0	0	72	0.84
72880447--72880481	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
72880572--72880640	31	2.2	31	82	14	81	49	10	1	39	1.46
72883562--72883599	20	1.9	20	88	0	58	28	23	31	15	1.96
72884541--72884589	24	2.0	24	81	14	57	46	12	0	40	1.41
72885690--72885736	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
72886086--72886125	19	2.0	20	85	4	55	55	0	0	45	0.99
72888539--72888590	26	2.0	26	88	0	77	46	3	5	44	1.45
72888638--72888705	20	3.4	20	74	11	59	44	10	7	38	1.67
72893119--72893240	2	61.5	2	98	1	237	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72893807--72893869	24	2.7	24	85	2	74	19	4	7	68	1.33
72894317--72894360	2	22.0	2	95	0	79	50	0	2	47	1.13
72894556--72894585	16	1.9	15	93	6	51	23	3	0	73	0.98
72897960--72897994	18	1.9	18	94	0	61	74	0	8	17	1.06
72898168--72898226	31	2.0	29	83	6	73	57	6	1	33	1.35
72907767--72907864	24	4.0	24	87	1	142	36	4	37	21	1.73
72915568--72915664	24	4.0	24	90	2	142	37	5	38	19	1.74
72917282--72917362	33	2.4	34	75	8	85	28	17	24	29	1.97
72919434--72919511	40	2.0	40	92	2	131	14	17	32	35	1.90
72921026--72921198	47	3.7	47	99	0	337	23	20	28	27	1.99
72927065--72927148	43	2.0	43	85	0	114	28	30	17	22	1.97
72933164--72933281	55	2.1	55	79	0	128	24	27	29	18	1.98
72939364--72939535	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
72939356--72939531	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
72941913--72942001	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
72941913--72941992	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
72941924--72942001	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
72944954--72945125	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
72944946--72945121	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
72950374--72950578	47	4.4	47	91	0	320	28	29	8	32	1.87
72950552--72950783	48	4.8	48	97	1	419	34	26	6	32	1.82
72950403--72950783	96	4.0	97	87	6	369	31	28	7	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72953935--72954181	40	6.2	40	95	0	413	25	27	22	24	2.00
72955617--72955765	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
72955658--72955765	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
72960129--72960333	47	4.4	47	91	0	320	28	29	8	32	1.87
72960307--72960585	48	5.8	48	95	1	479	33	27	6	32	1.83
72966335--72966368	17	1.9	18	88	5	52	5	11	0	82	0.83
72966353--72966469	57	2.1	57	90	3	182	29	17	5	47	1.71
72969690--72969844	43	3.7	42	75	13	122	30	25	18	25	1.98
72971262--72971386	46	2.8	44	87	7	162	30	18	29	21	1.97
72971448--72971626	49	3.7	48	81	2	216	30	21	24	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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