genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  222  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62800153--62800224	35	2.1	34	94	2	126	23	6	9	59	1.53
62804394--62804456	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
62812243--62812305	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
62815241--62815515	46	6.0	46	93	1	426	22	24	14	38	1.92
62815241--62815515	93	3.0	92	91	2	426	22	24	14	38	1.92
62815241--62815515	139	2.0	138	89	2	426	22	24	14	38	1.92
62815880--62815909	14	2.1	14	100	0	60	50	13	6	30	1.67
62823378--62823519	51	2.9	49	85	6	196	28	26	19	25	1.99
62827167--62827261	40	2.4	40	81	0	118	20	16	27	35	1.94
62832147--62832184	20	1.9	19	85	15	51	26	23	10	39	1.87
62832606--62832645	19	2.1	19	85	0	53	45	12	10	32	1.75
62833654--62833697	22	2.0	22	95	0	79	50	9	11	29	1.69
62838006--62838180	49	3.5	49	82	3	233	30	26	17	26	1.97
62837999--62838185	100	1.9	100	93	0	320	29	26	18	25	1.98
62843630--62843816	71	2.7	68	92	5	272	18	28	18	34	1.95
62843653--62843816	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	34	1.94
62851122--62851307	71	2.7	68	93	5	279	18	28	17	34	1.94
62851145--62851307	71	2.3	71	100	0	326	19	28	17	35	1.94
62854101--62854173	24	2.9	24	89	8	101	26	15	27	31	1.95
62872172--62872212	21	1.9	22	85	5	57	46	7	7	39	1.60
62874070--62874119	9	5.7	9	79	13	50	60	2	2	36	1.20
62874070--62874123	25	2.2	25	83	6	65	59	1	1	37	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62874678--62874702	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
62878694--62878781	44	2.0	44	97	0	167	37	13	17	31	1.88
62880886--62881015	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
62880902--62881052	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
62880886--62881052	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
62882716--62882770	28	1.9	29	81	3	67	12	18	45	23	1.83
62891173--62891379	53	3.8	53	74	6	166	38	16	24	20	1.93
62899627--62899959	24	13.9	24	72	13	247	25	11	27	35	1.90
62899627--62899930	48	6.3	48	80	0	338	25	10	26	36	1.89
62899628--62899930	96	3.2	96	94	0	525	26	10	27	35	1.89
62925217--62925587	48	7.8	48	72	11	230	22	28	19	28	1.98
62925411--62925587	94	1.9	94	89	2	275	22	30	19	27	1.98
62926257--62926281	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
62935070--62935147	40	2.0	39	84	2	102	28	30	23	17	1.97
62935224--62935332	47	2.3	46	87	7	150	27	29	10	33	1.89
62937878--62937918	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
62940418--62940581	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
62940418--62940615	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
62953410--62953579	93	1.8	93	94	2	306	28	29	20	21	1.98
62953403--62953578	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
62953411--62953597	46	4.0	46	72	19	138	29	29	19	20	1.97
62958367--62958407	18	2.3	18	95	0	73	29	29	12	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62964322--62964457	43	3.2	42	76	12	134	32	25	16	26	1.96
62967017--62967041	6	4.2	6	100	0	50	48	16	16	20	1.82
62970126--62970232	55	1.9	55	80	0	124	23	26	31	18	1.97
62970387--62970412	13	2.0	13	100	0	52	23	7	30	38	1.83
62975513--62975572	30	2.0	30	83	6	77	41	5	26	26	1.76
62981438--62981552	27	4.3	27	85	4	126	39	21	21	17	1.93
62987034--62987152	43	2.8	42	80	7	150	30	14	27	27	1.95
62989326--62989509	79	2.3	81	80	10	211	26	27	22	24	2.00
62989308--62989509	40	5.1	40	81	9	218	25	26	22	25	2.00
62997401--62997583	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
62997380--62997583	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	1.99
63008090--63008252	40	4.1	40	77	7	170	25	21	25	26	1.99
63008087--63008252	80	2.1	80	83	5	203	25	21	27	26	1.99
63013837--63014008	53	3.3	52	78	8	188	33	14	23	28	1.94
63029076--63029281	53	3.9	52	83	7	238	32	15	26	25	1.96
63030943--63030979	18	2.0	19	89	5	58	59	0	32	8	1.27
63035368--63035617	53	4.8	52	80	10	246	36	17	25	21	1.95
63035369--63035619	106	2.4	106	82	7	318	35	17	25	21	1.95
63035807--63035837	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
63042918--63043171	55	4.8	54	80	9	269	36	17	25	21	1.94
63042925--63043125	108	1.8	110	90	4	327	34	17	25	22	1.96
63043361--63043391	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63045011--63045068	24	2.4	24	82	2	62	68	0	5	25	1.10
63048736--63048860	60	2.1	60	100	0	250	37	9	14	38	1.79
63050957--63050982	12	2.2	12	100	0	52	23	0	23	53	1.46
63055243--63055535	49	5.9	49	94	4	509	32	8	28	30	1.86
63055272--63055354	27	3.3	27	60	16	68	31	4	30	33	1.79
63055527--63055726	48	4.2	47	87	5	267	35	6	27	31	1.81
63055527--63055726	96	2.1	96	91	0	319	35	6	27	31	1.81
63055245--63055677	200	2.2	196	80	9	450	33	7	28	30	1.85
63055766--63055856	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
63064749--63064894	37	3.9	37	90	5	206	28	31	16	23	1.96
63064750--63064894	74	2.0	74	91	0	236	27	31	16	24	1.96
63065036--63065673	48	13.0	48	82	8	725	30	27	6	35	1.82
63065036--63065673	96	6.5	96	91	4	1051	30	27	6	35	1.82
63065036--63065673	144	4.3	144	91	5	1051	30	27	6	35	1.82
63065332--63065451	61	2.0	61	96	0	222	31	25	6	36	1.82
63068691--63068937	127	1.9	128	90	0	397	20	39	3	36	1.69
63075081--63075203	29	4.3	28	79	6	131	26	17	27	29	1.97
63078087--63078117	4	7.8	4	92	0	53	22	0	3	74	0.96
63079126--63079228	29	3.6	29	84	3	138	26	13	31	29	1.94
63085274--63085343	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
63089732--63089800	26	2.5	28	86	4	97	28	14	26	30	1.95
63097601--63097670	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63097601--63097682	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
63104417--63104486	27	2.5	28	86	2	97	28	14	27	30	1.95
63104417--63104498	27	3.0	27	77	8	94	29	13	24	32	1.93
63108023--63108084	32	1.9	32	100	0	124	22	22	6	48	1.73
63108188--63108236	23	2.1	23	88	0	71	18	22	14	44	1.85
63112496--63112536	5	8.0	5	91	2	64	0	21	2	75	0.92
63113142--63113209	12	5.6	12	71	22	61	25	1	5	67	1.21
63113857--63113921	31	2.1	31	85	0	85	61	16	6	15	1.53
63114612--63114643	13	2.4	14	94	5	57	53	9	0	37	1.34
63117093--63117135	18	2.3	19	80	15	54	44	0	13	41	1.44
63117252--63117289	19	2.1	19	85	5	51	50	2	10	36	1.51
63117866--63117912	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
63118334--63118477	23	6.2	23	75	10	78	38	25	8	27	1.84
63118482--63118538	22	2.5	23	77	2	62	50	21	0	28	1.48
63118330--63118668	69	4.9	69	76	9	282	40	23	4	30	1.75
63118387--63118668	23	12.3	23	80	7	279	41	22	3	32	1.71
63122007--63122031	12	2.1	12	100	0	50	64	8	8	20	1.46
63122251--63122331	29	2.8	29	88	7	94	28	0	11	60	1.31
63122263--63122331	29	2.4	29	95	4	122	26	0	13	60	1.32
63123941--63123990	27	2.0	25	84	11	66	58	8	6	28	1.51
63126486--63126530	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
63128351--63128619	46	5.8	44	84	8	324	43	14	23	19	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63128361--63128609	92	2.7	92	92	0	417	43	14	23	19	1.87
63128361--63128619	138	1.9	138	90	1	412	42	14	23	19	1.88
63130764--63130956	40	4.8	40	73	11	144	22	25	24	26	2.00
63130764--63130956	80	2.4	80	80	4	201	22	25	24	26	2.00
63132232--63132324	46	2.0	47	97	2	179	12	25	15	46	1.81
63137665--63137691	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
63148465--63148563	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
63155045--63155174	41	3.2	40	80	7	149	23	28	25	22	1.99
63157409--63157509	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
63157409--63157559	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427