genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  253  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72323202--72323235	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
72323237--72323276	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
72323358--72323420	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
72323449--72323481	14	2.4	14	94	0	57	69	12	0	18	1.18
72323480--72323504	11	2.3	11	100	0	50	52	8	32	8	1.60
72325203--72325244	23	1.9	22	85	9	59	23	30	30	14	1.94
72328738--72328782	23	2.0	23	87	8	67	11	4	42	42	1.60
72331586--72331614	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
72332092--72332219	33	3.9	32	70	7	87	25	26	17	30	1.97
72332159--72332351	105	1.9	101	84	4	260	27	24	15	32	1.96
72337221--72337300	40	2.0	41	90	2	126	27	22	17	32	1.96
72340726--72340837	57	2.0	57	90	0	179	24	14	22	39	1.91
72347651--72348141	27	18.3	27	78	6	408	40	17	10	31	1.83
72358109--72358153	18	2.5	18	82	13	65	13	6	2	77	1.05
72360099--72360177	38	2.1	39	85	2	106	53	7	2	36	1.43
72363397--72363483	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
72363397--72363505	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
72363397--72363505	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
72363909--72363958	25	2.0	25	100	0	100	24	28	20	28	1.99
72365632--72365689	30	1.9	30	96	0	107	32	24	17	25	1.96
72366672--72366707	13	2.8	13	95	0	63	30	25	8	36	1.85
72367180--72367223	20	2.2	20	84	4	54	22	2	2	72	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72371177--72371234	30	1.9	30	82	0	71	22	39	22	15	1.91
72373280--72373442	42	3.9	42	77	4	157	28	23	19	28	1.98
72375699--72375878	89	2.0	89	87	0	261	27	15	18	38	1.91
72379295--72379409	46	2.5	46	83	9	130	24	28	20	26	1.99
72384503--72384566	31	2.1	31	87	0	92	25	25	14	35	1.93
72384823--72384988	23	7.1	23	91	2	269	27	21	22	27	1.99
72384821--72384988	47	3.6	47	94	0	284	27	22	22	27	1.99
72384823--72384990	70	2.4	71	92	2	277	27	21	23	27	1.99
72385039--72385099	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
72385142--72385189	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
72386352--72386416	27	2.4	27	87	5	87	21	27	20	30	1.98
72386467--72386685	27	8.0	27	77	6	181	32	9	17	40	1.81
72386447--72386685	54	4.4	54	78	6	221	32	9	18	39	1.83
72386447--72386699	27	9.3	27	76	8	167	32	9	19	38	1.83
72386447--72386699	81	3.1	80	74	11	226	32	9	19	38	1.83
72386678--72387047	27	13.7	27	83	5	385	40	8	23	27	1.83
72386678--72387047	81	4.6	81	89	3	471	40	8	23	27	1.83
72389377--72389417	21	2.0	21	85	0	55	46	14	12	26	1.80
72389801--72389871	33	2.2	33	100	0	142	36	5	14	43	1.68
72394193--72394321	46	2.8	46	91	0	204	28	27	22	21	1.99
72396828--72396917	44	2.0	44	100	0	180	50	4	11	34	1.58
72412313--72412430	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72412281--72412444	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
72415283--72415557	39	7.1	39	88	2	412	23	28	23	24	1.99
72415283--72415557	77	3.6	77	89	2	408	23	28	23	24	1.99
72415283--72415557	116	2.4	116	94	1	473	23	28	23	24	1.99
72421438--72421596	47	3.4	47	76	11	200	28	28	18	23	1.98
72421391--72421656	93	2.9	92	90	3	417	27	29	20	22	1.98
72421384--72421652	46	5.8	46	71	13	210	28	29	20	21	1.98
72424049--72424128	30	2.7	30	82	7	99	56	15	17	11	1.67
72424049--72424119	15	4.7	15	81	6	90	57	12	18	11	1.64
72424051--72424128	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
72426624--72426889	93	2.9	93	91	1	399	28	30	19	21	1.97
72426671--72426829	47	3.4	47	76	11	182	29	30	17	22	1.97
72426617--72426885	46	5.8	46	72	16	214	29	30	18	21	1.97
72429785--72429823	19	2.1	18	85	4	51	53	0	7	38	1.30
72429841--72429890	19	2.7	18	78	3	55	62	0	6	32	1.20
72429907--72429972	7	9.0	7	73	15	53	60	1	1	36	1.15
72429906--72429971	10	6.4	10	74	19	64	62	1	1	34	1.14
72429905--72429971	16	4.3	16	80	14	70	62	1	1	34	1.13
72429998--72430038	20	2.0	20	86	9	57	63	2	0	34	1.08
72433190--72433409	40	5.6	40	81	4	241	25	26	22	25	2.00
72448637--72448692	24	2.4	23	82	11	62	62	3	7	26	1.38
72448733--72448772	19	2.1	19	85	0	53	55	0	7	37	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72448816--72448922	15	7.6	14	67	15	69	59	3	1	34	1.26
72448855--72448912	29	2.1	29	87	6	84	62	3	1	32	1.22
72451860--72451896	19	1.9	19	88	0	56	32	13	35	18	1.90
72451991--72452093	29	3.6	29	77	6	120	30	14	31	24	1.95
72461590--72461756	40	4.2	40	77	5	160	26	22	26	23	2.00
72465365--72465394	12	2.5	12	94	0	51	26	23	43	6	1.78
72474617--72474688	28	2.6	28	95	2	128	43	27	9	19	1.82
72476090--72476261	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
72476082--72476257	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
72478639--72478727	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
72478639--72478718	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
72478650--72478727	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
72481634--72481768	46	2.9	49	78	16	167	29	28	20	21	1.98
72485395--72485432	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
72485925--72485949	12	2.1	12	100	0	50	0	32	0	68	0.90
72487033--72487101	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
72493375--72493412	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
72495036--72495104	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
72498377--72498746	48	7.8	48	79	6	376	27	19	30	23	1.98
72498377--72498742	96	3.9	95	83	5	427	27	19	30	23	1.98
72502418--72502615	27	7.4	27	88	0	272	36	19	19	24	1.95
72502813--72502878	27	2.4	27	80	5	71	21	24	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72508870--72508961	42	2.2	42	83	11	109	31	14	23	30	1.94
72515852--72516029	40	4.5	40	83	6	175	25	28	20	25	1.99
72515852--72516029	80	2.2	80	82	4	200	25	28	20	25	1.99
72519935--72520046	27	4.1	27	79	7	120	15	22	23	39	1.91
72519935--72520046	54	2.1	54	86	3	154	15	22	23	39	1.91
72521197--72521337	49	2.8	49	86	2	201	26	19	24	28	1.99
72521192--72521337	51	2.9	51	85	2	206	26	19	26	28	1.99
72522790--72522833	21	2.0	22	91	4	72	29	4	22	43	1.73
72529677--72529703	6	4.5	6	100	0	54	66	0	0	33	0.92
72529994--72530178	81	2.3	81	80	5	185	57	0	8	34	1.28
72530139--72530178	18	2.1	18	90	9	62	65	0	7	27	1.20
72530079--72530224	8	18.0	8	68	16	61	58	0	5	34	1.26
72530207--72530264	25	2.2	26	82	11	66	60	3	1	34	1.24
72532517--72532572	22	2.5	22	94	0	94	14	26	35	23	1.93
72540263--72540436	96	1.8	96	85	0	249	24	27	21	27	1.99
72540233--72540440	48	4.4	48	71	4	152	24	25	22	27	2.00
72541527--72541590	24	2.7	24	97	0	119	54	10	3	31	1.51
72541541--72541591	11	4.5	11	78	9	57	52	9	3	33	1.53
72541528--72541572	13	3.6	13	76	11	58	55	6	2	35	1.38
72553686--72553935	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
72561780--72561867	43	2.0	43	80	8	99	23	20	26	29	1.99
72561811--72561920	43	2.6	43	77	13	118	24	16	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72563231--72563402	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
72563224--72563399	46	3.8	46	76	12	198	29	28	20	21	1.98
72566456--72566620	39	4.2	39	82	4	172	24	27	22	26	2.00
72572469--72572635	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
72580479--72580645	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
72583017--72583147	63	2.1	63	82	2	156	25	22	25	25	2.00
72594432--72594461	6	5.0	6	100	0	60	66	0	16	16	1.25
72606055--72606226	93	1.8	93	97	0	326	28	29	20	20	1.98
72606048--72606223	46	3.8	46	80	12	225	29	29	20	20	1.98
72613592--72613800	46	4.8	46	75	19	189	29	30	20	20	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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