genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  119  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31384692--31384751	28	2.3	25	74	17	59	63	1	8	26	1.32
31384561--31384751	76	2.5	76	81	11	207	61	5	5	27	1.41
31384789--31384863	24	3.2	23	84	3	87	57	1	5	36	1.30
31386551--31386878	45	7.0	44	72	17	193	29	20	16	33	1.94
31386551--31386802	45	5.5	45	76	12	235	28	22	15	33	1.95
31386461--31386878	141	3.0	139	86	4	556	29	20	16	32	1.95
31386461--31386878	96	4.4	92	74	15	288	29	20	16	32	1.95
31386761--31386995	120	2.0	120	88	0	353	29	19	15	35	1.93
31386959--31387300	45	7.8	45	72	9	222	28	21	18	31	1.97
31391457--31391493	19	1.9	20	88	5	58	45	10	18	24	1.81
31393438--31393711	26	10.6	26	70	12	179	60	5	5	28	1.40
31393437--31393719	24	11.2	24	71	15	155	60	4	5	29	1.40
31393439--31393711	50	5.3	49	70	14	183	60	5	5	28	1.41
31400336--31400423	23	3.8	23	78	0	86	25	21	21	31	1.98
31400764--31400796	14	2.5	13	90	9	50	18	18	24	39	1.92
31403056--31403093	20	1.9	20	89	10	60	50	2	5	42	1.39
31404756--31404803	20	2.3	20	85	3	60	31	6	4	58	1.42
31405996--31406033	20	1.9	20	100	0	76	36	10	15	36	1.82
31411349--31411387	12	3.1	12	86	13	60	30	0	0	69	0.89
31411349--31411385	14	2.8	14	92	8	60	29	0	0	70	0.88
31412131--31412191	28	2.2	27	91	2	95	44	32	6	16	1.73
31412138--31412198	28	2.2	28	88	2	88	47	32	4	14	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31412287--31412311	13	1.9	13	100	0	50	48	36	0	16	1.46
31412370--31412421	14	3.9	14	85	7	63	19	1	32	46	1.61
31415908--31415959	23	2.2	23	89	3	77	30	7	21	40	1.81
31418704--31418759	26	2.2	26	86	0	76	32	37	14	16	1.88
31424296--31424355	17	3.4	17	74	23	52	35	1	8	55	1.40
31424404--31424449	16	2.6	18	76	16	51	39	10	0	50	1.38
31425133--31425208	37	2.1	37	87	0	107	47	15	10	26	1.78
31427496--31427530	16	2.3	15	90	5	52	28	5	2	62	1.32
31429714--31429831	31	3.5	35	87	9	126	22	22	16	37	1.94
31429737--31429831	31	3.1	31	96	0	172	24	21	15	38	1.92
31430023--31430165	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
31430023--31430164	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
31430022--31430165	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
31430216--31430275	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
31430318--31430365	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
31431519--31431583	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
31431637--31431692	27	2.1	26	83	9	69	39	12	10	37	1.78
31431645--31431783	27	5.0	27	71	14	95	30	8	20	40	1.83
31431736--31432190	27	16.9	27	81	5	285	38	8	23	29	1.85
31431736--31432190	54	8.4	54	82	2	367	38	8	23	29	1.85
31431762--31432163	81	5.0	81	86	4	490	39	8	23	27	1.85
31432213--31432364	27	5.7	27	89	2	209	30	7	21	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31432113--31432364	27	9.4	26	82	3	189	31	8	21	38	1.84
31440663--31440923	47	5.5	48	76	10	218	28	18	29	23	1.98
31444123--31444163	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
31444724--31444759	15	2.4	15	100	0	72	50	13	0	36	1.43
31444734--31444783	24	2.1	24	82	14	59	52	10	0	38	1.35
31449811--31449974	40	4.1	40	79	6	179	24	21	28	25	1.99
31451610--31451646	18	2.1	18	100	0	74	27	16	51	5	1.66
31451793--31451827	6	6.0	6	86	6	54	17	2	0	80	0.84
31451793--31451827	17	2.0	17	88	5	52	17	2	0	80	0.84
31452828--31452888	4	15.2	4	100	0	122	50	24	0	24	1.49
31462314--31462477	40	4.1	40	79	6	179	24	21	28	25	1.99
31464113--31464149	18	2.1	18	100	0	74	27	16	51	5	1.66
31464296--31464330	6	6.0	6	86	6	54	17	2	0	80	0.84
31464296--31464330	17	2.0	17	88	5	52	17	2	0	80	0.84
31465332--31465388	4	14.2	4	100	0	114	50	24	0	24	1.49
31467146--31467277	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
31475034--31475165	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
31475767--31475791	8	3.1	8	100	0	50	52	24	0	24	1.48
31484512--31484615	52	2.0	52	100	0	208	40	23	11	25	1.88
31488309--31488342	16	2.2	15	89	5	50	29	0	2	67	1.05
31488310--31488358	25	1.9	26	84	12	66	28	2	4	65	1.22
31488415--31488448	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31488617--31488665	24	2.0	24	88	7	73	16	4	6	73	1.19
31488634--31488674	15	2.7	15	80	0	55	14	2	7	75	1.12
31489642--31489687	11	4.4	10	81	5	56	84	0	10	4	0.75
31490681--31490710	16	1.9	15	93	6	51	43	6	3	46	1.46
31493619--31493661	21	2.0	22	86	4	61	41	2	4	51	1.35
31502055--31502098	3	14.7	3	95	0	79	65	0	34	0	0.93
31502887--31503032	72	2.0	71	97	1	274	40	17	14	28	1.88
31507902--31507937	1	36.0	1	94	0	54	0	5	0	94	0.31
31507897--31507936	13	3.2	12	86	13	55	0	7	2	90	0.55
31510554--31510626	13	5.7	13	80	3	85	38	26	9	26	1.87
31512544--31512616	20	3.7	19	77	14	76	30	5	0	64	1.16
31512555--31512610	19	2.9	21	79	12	66	26	7	0	66	1.18
31512550--31512618	27	2.6	26	80	11	70	28	5	0	65	1.16
31524709--31525476	90	8.5	90	89	0	1097	30	14	26	27	1.96
31527405--31527445	21	2.0	21	85	9	57	19	2	7	70	1.22
31529996--31530044	21	2.5	20	83	12	57	10	30	2	57	1.43
31529996--31530033	19	2.0	19	85	10	51	10	31	2	55	1.48
31538611--31538748	45	3.0	45	78	5	145	42	13	19	25	1.87
31538867--31538938	34	2.1	34	86	0	99	40	12	13	33	1.83
31539227--31539443	28	7.8	28	78	10	178	56	7	12	23	1.62
31539227--31539502	84	3.3	81	76	10	238	54	6	15	23	1.65
31539227--31539504	56	5.0	55	79	7	235	54	6	15	23	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31540183--31540386	101	2.0	101	96	0	372	38	8	23	29	1.85
31540356--31540453	51	1.9	51	95	0	178	33	11	27	27	1.91
31540356--31540470	51	2.4	48	88	7	153	36	11	24	27	1.90
31540643--31540941	83	3.6	84	85	4	340	47	9	10	33	1.70
31540589--31540989	85	4.8	84	79	4	346	46	8	12	32	1.72
31543152--31543314	77	2.1	77	83	5	200	49	11	12	27	1.74
31543269--31543403	66	2.0	66	88	0	198	43	12	12	31	1.80
31543446--31543638	86	2.2	86	84	5	239	45	8	11	34	1.71
31543446--31543661	86	2.5	86	82	4	222	45	8	10	36	1.68
31544252--31544277	9	2.9	9	100	0	52	23	42	11	23	1.86
31546560--31546700	43	3.3	43	79	4	176	31	32	14	21	1.93
31546712--31546751	22	1.9	20	85	10	53	45	0	0	55	0.99
31550590--31550624	2	17.5	2	93	0	61	45	2	51	0	1.16
31550916--31550958	14	3.1	14	93	0	77	39	0	37	23	1.55
31551024--31551053	14	2.1	14	93	0	51	13	3	40	43	1.60
31551083--31551116	13	2.6	13	95	0	59	35	0	29	35	1.58
31552262--31552387	40	3.1	40	93	1	207	16	23	23	37	1.94
31552411--31552436	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
31552877--31552920	17	2.5	18	78	14	56	31	4	0	63	1.14
31553275--31553335	32	1.9	32	96	0	113	63	4	11	19	1.45
31559223--31559296	14	5.1	14	72	4	67	22	29	22	24	1.99
31559223--31559301	29	2.8	28	80	5	86	24	27	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31571515--31571658	73	2.0	73	100	0	288	33	4	8	54	1.50
31572106--31572134	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
31576021--31576142	59	2.1	59	92	0	199	37	13	0	47	1.49
31580545--31580582	19	2.0	19	100	0	76	36	10	15	36	1.82
31587014--31587057	18	2.4	18	81	7	54	61	0	2	36	1.09
31593977--31594009	7	4.7	7	96	0	57	42	9	30	18	1.81
31593933--31594104	58	3.1	58	84	10	250	33	16	23	26	1.95
31593984--31594107	51	2.4	51	91	0	212	35	14	23	26	1.93
31597424--31597539	42	2.8	42	80	2	108	31	25	14	28	1.95
31600789--31600842	9	5.6	9	78	21	56	24	3	18	53	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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