genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.348.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  348  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101241399--101241655	136	1.9	133	81	7	304	56	6	7	29	1.53
101241485--101242394	153	6.1	151	73	15	633	55	6	7	30	1.53
101241670--101241730	30	2.1	29	87	9	88	67	3	4	24	1.26
101241826--101241860	12	2.9	12	91	0	61	77	0	0	22	0.78
101241535--101242444	302	3.1	288	85	9	1154	55	6	7	30	1.53
101247110--101247171	15	3.8	16	74	17	56	1	32	0	66	1.02
101248819--101248845	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
101250546--101250784	35	6.8	34	73	9	158	20	22	23	33	1.97
101250489--101250786	143	2.1	136	84	6	375	22	22	22	32	1.98
101250527--101250788	69	3.7	74	74	10	242	21	22	22	33	1.98
101255954--101256052	52	1.9	52	93	0	171	28	17	14	40	1.88
101256226--101256264	20	1.9	20	84	5	51	46	7	15	30	1.74
101257469--101257517	23	2.1	23	96	0	89	61	8	2	28	1.36
101258665--101258695	16	1.9	16	100	0	62	32	16	6	45	1.72
101260417--101260497	32	2.5	32	76	4	83	28	3	16	51	1.61
101260902--101260975	36	2.1	36	100	0	148	31	17	13	37	1.89
101261790--101261824	14	2.5	14	95	0	61	48	0	0	51	1.00
101264430--101264461	15	2.1	15	100	0	64	34	0	25	40	1.56
101272132--101272218	3	29.0	3	100	0	174	0	33	0	66	0.92
101280693--101280762	9	7.1	9	71	17	50	32	1	4	61	1.24
101280692--101280762	30	2.4	30	81	9	90	32	1	5	60	1.29
101280693--101280762	19	3.5	19	73	19	54	32	1	4	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101280793--101280835	19	2.3	18	85	14	61	25	2	0	72	0.97
101285689--101285740	18	3.0	17	86	5	70	40	1	1	55	1.22
101288265--101288300	18	1.9	19	88	5	56	19	25	27	27	1.99
101290733--101290854	63	1.9	63	84	0	163	25	23	30	20	1.99
101291102--101291688	316	1.9	316	98	0	1129	28	12	20	37	1.90
101293801--101293846	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
101307427--101307502	37	2.1	37	97	0	143	38	15	15	30	1.89
101309152--101309185	17	1.9	18	88	5	52	52	2	0	44	1.16
101315876--101316051	47	3.7	47	86	0	235	21	16	28	33	1.95
101315876--101316050	94	1.9	95	89	3	273	21	16	28	33	1.95
101319848--101319897	23	2.2	23	85	0	64	28	10	4	58	1.49
101329097--101329345	125	2.0	126	88	0	374	29	15	16	38	1.89
101329470--101329558	33	2.7	33	93	5	146	42	12	0	44	1.42
101331183--101331245	33	1.9	33	96	0	117	23	15	25	34	1.95
101334453--101334490	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
101341748--101341777	14	2.1	14	93	0	51	66	0	26	6	1.16
101342338--101342375	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
101356080--101356122	18	2.4	18	88	3	61	27	48	13	9	1.73
101361798--101361898	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
101369731--101369831	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
101373159--101373330	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
101373152--101373327	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101378777--101378955	40	4.5	40	79	6	184	25	24	26	24	2.00
101378779--101378955	80	2.2	80	81	4	205	25	23	26	23	2.00
101378898--101378981	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
101378812--101378981	80	2.1	79	79	3	180	27	24	25	22	2.00
101386858--101387035	40	4.5	40	75	4	137	25	23	25	25	2.00
101389205--101389368	43	3.8	43	81	7	183	28	28	17	26	1.97
101389185--101389371	43	4.4	42	77	12	166	28	27	16	27	1.97
101391260--101391367	44	2.5	44	81	0	135	37	19	21	22	1.95
101397917--101397967	25	2.0	25	100	0	102	56	19	3	19	1.57
101403679--101403722	8	5.4	8	86	5	61	31	0	2	65	1.05
101403688--101403718	15	2.1	15	93	0	53	35	0	0	64	0.94
101404535--101404584	25	2.0	25	84	7	66	36	0	2	62	1.07
101405844--101405902	31	1.9	31	82	6	75	45	6	1	45	1.40
101406782--101406819	19	2.0	19	89	0	58	26	2	5	65	1.27
101407448--101407500	18	2.9	18	80	20	65	77	1	15	5	1.04
101408665--101408747	29	2.9	29	98	0	157	28	14	30	26	1.95
101410500--101410626	61	2.1	61	84	0	164	37	18	3	41	1.66
101411213--101411251	15	2.6	15	92	8	62	20	5	28	46	1.72
101423579--101423643	30	2.2	30	83	5	78	35	15	4	44	1.67
101431521--101431551	16	1.9	16	100	0	62	64	0	29	6	1.18
101443055--101443092	15	2.4	16	83	16	53	50	0	5	44	1.24
101443035--101443102	29	2.4	28	76	16	68	50	0	4	45	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101443547--101443592	9	5.1	9	84	10	58	73	2	4	19	1.10
101443547--101443585	17	2.2	19	81	13	55	74	2	2	20	1.06
101444596--101444695	27	3.6	27	79	4	110	22	5	33	40	1.75
101445625--101445662	19	2.0	19	100	0	76	26	31	0	42	1.56
101452464--101452575	56	2.0	56	89	3	172	39	9	19	31	1.84
101453714--101453891	83	2.1	84	89	4	270	43	20	8	26	1.82
101453714--101453891	43	4.2	43	89	2	265	43	20	8	26	1.82
101453718--101453891	85	2.1	83	89	4	260	43	20	9	26	1.82
101455546--101455592	15	3.1	15	93	0	85	38	38	6	17	1.75
101455875--101456262	62	6.2	63	92	1	485	47	14	13	25	1.80
101455875--101456262	124	3.1	125	88	2	535	47	14	13	25	1.80
101456070--101456174	32	3.2	34	64	24	89	46	15	14	23	1.82
101456080--101456182	34	3.1	34	64	25	85	46	16	11	25	1.80
101456187--101456217	16	1.9	16	93	0	53	54	22	9	12	1.67
101456401--101456434	18	1.9	17	88	5	50	58	11	2	26	1.47
101457075--101457147	31	2.4	29	77	8	83	23	10	19	46	1.81
101475431--101475527	39	2.6	37	75	16	103	40	1	2	56	1.18
101475492--101475548	20	2.8	20	79	15	62	40	1	1	56	1.20
101475792--101475822	3	10.3	3	92	0	53	35	0	0	64	0.94
101475829--101475866	13	2.8	14	84	4	51	76	0	7	15	1.01
101476931--101477031	44	2.3	45	82	5	116	21	18	16	42	1.89
101480825--101481284	229	2.0	229	96	0	848	31	18	15	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101487707--101487739	16	2.1	16	100	0	66	45	24	12	18	1.83
101488423--101488505	41	2.0	41	100	0	166	44	19	16	19	1.87
101493346--101493387	20	2.0	20	86	9	57	33	0	0	66	0.92
101493335--101493391	23	2.5	22	77	5	60	31	0	0	68	0.90
101493733--101493791	25	2.5	23	86	5	82	35	3	0	61	1.13
101497649--101497673	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
101497778--101497845	34	2.0	34	94	0	118	26	13	13	47	1.79
101500223--101500263	2	20.5	2	94	0	73	46	0	2	51	1.14
101503003--101503061	27	2.2	27	87	0	82	52	1	8	37	1.42
101503424--101503471	24	2.0	24	87	0	69	37	6	10	45	1.64
101506864--101506932	31	2.2	31	87	7	95	33	5	17	43	1.73
101507367--101507396	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
101515975--101516226	47	5.2	48	76	8	208	32	26	15	25	1.96
101516699--101516739	21	2.0	21	100	0	82	43	21	9	24	1.83
101526159--101526192	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
101526190--101526229	19	2.0	20	86	13	57	77	2	5	15	1.04
101526445--101526529	30	2.8	30	94	0	152	24	5	51	17	1.67
101527903--101527959	12	5.0	12	75	18	50	29	0	5	64	1.15
101527918--101527984	21	3.2	20	76	17	66	26	0	2	70	1.02
101527950--101528007	25	2.3	25	88	5	82	27	0	1	70	0.97
101532325--101532368	18	2.4	18	96	0	79	63	25	0	11	1.27
101532678--101532706	14	2.0	15	93	6	51	55	3	0	41	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101536317--101536370	26	2.1	26	85	0	72	33	9	7	50	1.62
101546098--101546136	16	2.4	16	86	0	51	23	30	17	28	1.97
101546762--101546898	33	4.3	33	76	10	106	32	19	10	37	1.87
101546798--101546890	28	3.2	27	77	16	96	34	19	11	34	1.88
101546767--101546890	60	2.0	61	82	1	151	34	18	12	34	1.88
101546755--101546965	93	2.2	95	77	7	234	30	21	12	35	1.91
101547714--101547756	20	2.0	22	86	8	63	30	23	0	46	1.52
101557645--101557670	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
101559067--101559200	66	2.0	66	100	0	268	49	20	2	26	1.64
101562204--101562242	14	2.9	13	88	11	53	46	0	0	53	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427