Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  390  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113147827--113147867
2
20.5
2
100
0
82
48
0
0
51
1.00
113147881--113147922
15
2.6
16
85
14
52
50
9
0
40
1.35
113148548--113148600
23
2.3
23
81
9
56
69
0
13
16
1.18
113148912--113148968
26
2.1
27
87
3
80
59
5
5
29
1.41
113149522--113149573
15
3.2
15
73
19
50
46
0
0
53
1.00
113149535--113149571
19
1.9
19
88
0
56
51
0
0
48
1.00
113149603--113149641
16
2.4
17
83
12
55
46
2
0
51
1.14
113150511--113150606
30
3.2
30
81
8
108
36
2
8
53
1.43
113150642--113150692
23
2.1
23
82
7
57
49
9
1
39
1.47
113153182--113153269
44
2.0
44
95
0
158
46
12
14
26
1.80
113153366--113153418
3
18.0
3
88
11
83
32
1
0
66
1.03
113153544--113153574
16
1.9
16
93
0
53
74
0
9
16
1.07
113154936--113154972
13
2.8
13
91
4
56
27
0
21
51
1.48
113155470--113155528
20
3.0
20
97
0
109
23
35
27
13
1.92
113160070--113160109
21
1.9
21
89
0
62
27
15
30
27
1.96
113161899--113162039
21
6.7
21
73
3
104
19
20
13
46
1.84
113161898--113162066
42
4.0
42
82
3
196
20
20
13
45
1.84
113161898--113162066
84
2.0
83
86
4
232
20
20
13
45
1.84
113162197--113162246
18
2.8
18
81
0
64
40
20
12
28
1.87
113162265--113162311
6
7.5
6
86
9
67
19
0
2
78
0.85
113162265--113162319
20
2.8
20
86
8
78
23
0
1
74
0.91
113162606--113162731
21
6.0
21
77
0
126
19
17
16
46
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113162606--113162728
42
2.9
42
87
0
174
19
17
16
47
1.83
113167556--113167631
40
1.9
40
100
0
152
52
1
13
32
1.48
113168175--113168252
25
3.1
25
86
0
111
17
16
19
46
1.85
113178643--113178704
25
2.4
25
78
2
70
38
16
1
43
1.57
113180487--113180526
16
2.3
18
83
12
57
30
0
17
52
1.45
113189334--113189365
16
2.0
16
100
0
64
31
6
25
37
1.81
113191765--113191845
24
3.2
24
73
10
72
27
18
40
13
1.88
113194467--113194516
3
16.7
3
100
0
100
34
0
0
66
0.92
113194809--113194873
31
2.2
31
86
10
93
27
0
1
70
0.96
113194826--113194868
23
2.0
23
86
9
63
32
0
0
67
0.91
113201692--113201735
2
22.5
2
95
4
81
47
0
0
52
1.00
113202293--113202641
127
2.7
126
83
7
377
28
15
18
38
1.91
113215576--113215612
18
2.0
18
89
5
56
56
2
8
32
1.43
113218756--113218780
13
1.9
13
100
0
50
8
24
16
52
1.70
113221299--113221579
47
5.9
48
78
11
222
27
14
27
31
1.95
113221495--113221620
42
3.0
41
84
2
144
28
11
26
32
1.92
113223813--113224023
46
4.6
46
88
2
298
20
23
13
42
1.88
113226984--113227061
20
3.8
21
76
6
63
39
11
17
30
1.86
113226980--113227061
41
2.0
41
85
4
112
39
10
19
30
1.86
113226988--113227055
20
3.3
20
76
10
66
42
10
17
29
1.82
113232886--113232919
3
11.3
3
100
0
68
0
32
0
67
0.91
113246675--113246848
46
3.8
46
75
13
176
22
20
27
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113246670--113246841
93
1.8
93
88
2
265
23
21
27
27
1.99
113251560--113251603
17
2.7
16
82
6
52
61
0
2
36
1.09
113252660--113252703
2
22.0
2
100
0
88
50
0
0
50
1.00
113261141--113261167
14
1.9
14
100
0
54
51
7
3
37
1.48
113266923--113266990
35
1.9
35
100
0
136
44
8
2
44
1.50
113269993--113270103
56
2.0
56
100
0
222
27
23
13
36
1.92
113273313--113273480
46
3.6
46
75
13
173
29
27
20
22
1.98
113273314--113273484
93
1.8
93
92
0
288
29
28
21
21
1.98
113275810--113275901
44
2.1
45
95
2
168
30
18
14
36
1.90
113276033--113276113
41
2.0
41
100
0
162
22
17
19
40
1.91
113280474--113280511
3
12.7
3
100
0
76
68
0
0
31
0.90
113284421--113284450
8
3.6
8
91
8
51
26
0
33
40
1.57
113285694--113285802
35
3.1
35
85
2
130
33
9
23
33
1.87
113300643--113300683
16
2.5
17
84
11
59
39
0
0
60
0.96
113305042--113305129
43
2.0
43
82
4
106
46
2
3
47
1.31
113305953--113305984
15
2.1
16
94
5
57
59
0
0
40
0.97
113308124--113308180
26
2.3
24
82
11
62
43
10
0
45
1.38
113308132--113308180
26
1.9
25
87
4
71
42
12
0
44
1.41
113309389--113309417
13
2.2
13
100
0
58
51
31
0
17
1.45
113313227--113313262
2
18.0
2
100
0
72
0
50
0
50
1.00
113324622--113324651
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
113326409--113326583
96
1.8
97
85
3
246
43
2
13
40
1.57
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113326689--113327224
126
4.3
126
89
2
781
33
17
21
27
1.96
113328558--113328724
35
4.6
35
85
7
201
33
24
10
31
1.90
113328553--113328724
75
2.4
73
84
8
226
33
23
11
31
1.90
113332922--113333302
54
6.5
61
67
20
199
48
8
3
39
1.52
113332920--113333302
116
3.3
116
95
0
676
48
8
3
39
1.52
113335466--113335496
15
2.1
15
93
0
53
70
0
6
22
1.09
113335523--113335572
20
2.4
22
86
10
77
40
0
30
30
1.57
113335523--113335574
11
4.9
11
83
9
72
42
0
28
28
1.56
113335523--113335586
31
2.1
31
85
5
85
42
0
26
31
1.56
113339498--113339527
10
3.1
10
95
4
53
0
20
0
80
0.72
113345151--113345190
19
2.0
22
85
14
59
32
47
2
17
1.61
113345252--113345366
27
4.3
26
87
5
149
36
23
23
16
1.94
113345252--113345366
54
2.1
54
88
3
169
36
23
23
16
1.94
113345780--113345816
8
4.6
8
93
0
65
2
24
21
51
1.61
113347300--113347331
11
2.8
12
90
9
50
0
50
0
50
1.00
113347757--113347790
16
2.1
16
88
0
50
26
2
5
64
1.30
113347850--113347893
13
3.5
13
75
12
56
36
0
6
56
1.26
113348011--113348069
3
19.7
3
84
6
75
33
1
3
61
1.23
113352697--113352763
1
67.0
1
72
0
53
86
4
8
0
0.69
113355152--113355304
72
2.1
73
87
2
227
26
18
22
32
1.97
113355284--113355318
14
2.5
14
90
0
52
20
22
2
54
1.58
113355315--113355457
75
1.9
75
95
0
259
31
16
23
29
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113354896--113355637
164
4.4
163
85
9
832
27
17
20
34
1.95
113355448--113355482
14
2.5
14
100
0
70
17
20
5
57
1.60
113355377--113355637
90
2.9
89
90
1
423
27
17
19
34
1.95
113355703--113355845
74
1.9
73
90
4
223
25
18
24
31
1.97
113356004--113356183
73
2.5
73
93
0
308
29
15
25
30
1.96
113356206--113356368
89
1.8
89
90
2
265
26
19
22
31
1.97
113356423--113356451
14
2.1
14
100
0
58
13
13
6
65
1.45
113356201--113356652
161
2.8
161
84
5
540
26
18
21
33
1.97
113356523--113356728
88
2.3
86
81
7
225
28
15
18
37
1.91
113357708--113357742
11
3.2
11
88
11
54
0
54
0
45
0.99
113358172--113358205
16
2.1
16
88
0
50
26
2
5
64
1.30
113358434--113358498
3
21.7
3
85
6
87
33
1
3
61
1.21
113358829--113358877
22
2.3
21
76
13
55
28
2
2
67
1.13
113360083--113360192
26
4.2
26
96
0
175
36
23
6
33
1.80
113362059--113362536
236
2.0
235
92
0
785
33
22
8
35
1.84
113362593--113362640
3
16.0
3
100
0
96
66
0
0
33
0.92
113363240--113363284
18
2.4
19
82
10
58
0
28
0
71
0.87
113363298--113363344
4
11.5
4
81
4
58
6
17
0
76
0.98
113363317--113363341
13
1.9
13
100
0
50
12
16
0
72
1.13
113363301--113363349
8
6.4
8
79
15
50
8
14
0
77
0.98
113367450--113367518
21
3.4
21
71
15
72
36
1
7
55
1.37
113367505--113367535
15
2.1
14
94
5
53
35
3
6
54
1.42
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113370717--113370849
18
7.5
18
88
5
200
39
11
12
36
1.79
113370708--113370849
35
4.0
35
95
2
239
38
10
13
37
1.79
113371333--113371391
16
3.5
16
74
23
50
35
1
0
62
1.05
113371326--113371400
30
2.6
29
76
17
75
36
1
0
62
1.04
113371368--113371417
26
1.9
26
83
0
64
36
4
0
60
1.16
113377177--113377236
14
4.4
13
81
8
57
83
0
11
5
0.80
113377188--113377235
13
3.7
12
76
17
51
83
0
12
4
0.79
113377178--113377236
21
2.9
21
85
9
70
83
0
11
5
0.81
113377183--113377237
22
2.6
21
78
13
58
81
0
12
5
0.84
113378120--113378459
119
2.9
119
95
0
617
33
16
20
30
1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427