genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.347.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  347  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100905910--100905969	21	2.9	21	87	0	84	21	0	30	48	1.51
100906121--100906175	14	3.9	14	85	4	74	20	0	32	47	1.50
100906183--100906247	14	4.4	15	75	12	55	18	3	30	47	1.64
100908966--100909016	26	2.0	26	84	0	66	43	3	1	50	1.31
100914195--100914227	17	1.9	17	93	0	57	6	3	24	66	1.28
100918374--100918878	35	13.8	36	69	13	216	30	20	13	35	1.91
100918489--100918878	37	10.7	35	71	10	185	30	21	12	35	1.90
100918518--100918799	38	7.7	38	74	7	174	29	20	12	37	1.89
100918500--100918864	75	4.9	75	73	10	218	31	21	12	35	1.90
100935234--100935271	13	2.9	13	96	0	67	50	0	5	44	1.24
100937744--100937794	23	2.2	24	82	3	59	43	0	1	54	1.11
100938829--100938878	6	8.0	6	88	4	55	14	12	2	72	1.22
100938830--100938878	19	2.6	18	81	9	62	14	10	2	73	1.18
100944013--100944043	6	5.0	6	96	4	53	3	16	0	80	0.83
100950777--100951013	98	2.4	97	80	4	262	33	21	10	34	1.88
100950777--100951013	65	3.6	64	75	7	199	33	21	10	34	1.88
100950777--100951013	33	7.2	33	74	11	173	33	21	10	34	1.88
100951006--100951074	29	2.4	29	97	0	129	26	30	8	34	1.86
100951727--100951769	20	2.0	22	82	8	54	32	23	0	44	1.54
100952104--100952148	16	2.8	16	80	9	56	31	15	0	53	1.43
100952637--100952672	15	2.4	15	95	0	63	30	8	0	61	1.26
100959539--100959645	26	4.2	26	91	1	171	31	7	24	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100966202--100966307	26	4.1	25	89	7	158	33	8	21	35	1.84
100966202--100966307	52	2.0	52	92	0	176	33	8	21	35	1.84
100971213--100971250	18	2.1	18	100	0	76	44	10	23	21	1.83
100977180--100977224	21	2.1	21	100	0	90	42	4	17	35	1.70
100979119--100979326	40	5.2	40	86	0	274	26	27	20	24	1.99
100979119--100979330	80	2.7	80	89	0	318	26	27	20	25	1.99
100985515--100985566	21	2.3	23	77	12	63	19	23	23	34	1.96
100989736--100989761	11	2.4	11	100	0	52	30	7	15	46	1.74
100992785--100992831	14	2.9	18	71	28	52	38	4	0	57	1.18
101000255--101000284	11	2.6	11	94	5	51	90	0	10	0	0.47
101000255--101000284	15	2.1	14	93	6	51	90	0	10	0	0.47
101002411--101002675	47	5.6	48	75	12	237	22	30	20	27	1.98
101002419--101002725	141	2.2	140	79	7	309	23	28	19	28	1.98
101002517--101002727	94	2.3	91	79	7	221	24	28	18	27	1.98
101006181--101006352	49	3.5	49	85	3	254	25	18	26	29	1.98
101006176--101006368	100	1.9	100	95	0	350	25	19	25	29	1.98
101009644--101009693	6	8.3	6	100	0	100	50	32	0	18	1.47
101009706--101009731	6	4.3	6	100	0	52	30	53	0	15	1.42
101013818--101013846	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
101014400--101014437	12	3.2	12	96	0	67	10	57	7	23	1.58
101017016--101017062	23	2.0	23	87	0	67	21	4	19	55	1.60
101019447--101019629	91	2.0	91	93	0	312	39	10	16	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101020496--101020532	17	2.2	18	85	9	51	67	0	24	8	1.17
101022213--101022237	12	2.1	12	100	0	50	16	16	44	24	1.86
101024244--101024306	32	2.0	32	100	0	126	31	15	9	42	1.79
101041556--101041605	6	8.2	6	86	4	64	44	16	22	18	1.87
101045125--101045158	17	1.9	18	88	5	52	64	5	2	26	1.30
101047435--101047573	54	2.6	54	75	17	144	38	18	24	17	1.92
101047582--101047680	27	3.7	26	72	5	74	37	15	27	20	1.92
101052499--101052618	60	2.0	61	83	1	152	41	4	12	41	1.62
101086156--101086182	8	3.4	8	100	0	54	44	0	0	55	0.99
101086607--101086631	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
101097894--101098190	131	2.3	132	80	7	311	34	17	18	29	1.94
101097973--101098227	131	1.9	131	88	1	377	32	17	19	30	1.95
101106156--101106192	18	2.1	18	100	0	74	43	16	5	35	1.71
101111035--101111414	137	2.8	138	79	9	368	50	12	10	26	1.72
101114202--101114272	26	2.8	25	80	6	81	38	23	22	15	1.93
101125912--101125936	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
101126889--101126971	31	2.6	31	76	1	85	32	20	10	36	1.87
101127562--101127586	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
101128868--101128892	12	2.1	12	100	0	50	60	32	0	8	1.26
101133427--101133479	24	2.2	24	89	0	79	13	28	13	45	1.80
101135518--101135569	25	2.0	26	88	3	79	36	5	1	55	1.35
101135937--101135977	21	2.0	21	100	0	82	7	29	9	53	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101136113--101136163	18	2.8	18	90	0	84	25	21	3	49	1.67
101139793--101139828	19	1.9	19	88	5	56	58	8	0	33	1.28
101140052--101140096	22	2.0	22	83	8	56	33	6	4	55	1.46
101142750--101142795	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
101144502--101144793	41	6.6	44	74	13	233	28	21	18	31	1.97
101144501--101144750	137	1.8	137	92	0	419	28	20	18	32	1.96
101144684--101144793	44	2.6	41	82	7	123	30	23	17	28	1.97
101154556--101154663	44	2.4	44	85	3	135	29	22	13	34	1.93
101161887--101161994	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
101168314--101168386	27	2.7	27	100	0	146	23	4	32	39	1.74
101169302--101169440	24	5.7	24	71	15	88	31	7	4	56	1.48
101169386--101169451	22	3.0	22	72	12	64	30	4	4	60	1.37
101181486--101181659	89	2.0	86	86	3	240	25	17	19	37	1.93
101181571--101181845	100	2.8	99	90	1	399	24	17	18	39	1.91
101181861--101182595	74	10.0	74	86	3	995	30	16	21	32	1.95
101181861--101182595	147	5.0	147	90	2	1036	30	16	21	32	1.95
101181873--101182595	220	3.3	220	89	3	1046	29	16	21	32	1.95
101182666--101182698	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
101182521--101183084	87	6.3	89	77	10	388	29	16	17	37	1.91
101182522--101182855	183	1.8	178	82	5	420	28	17	18	35	1.94
101182591--101182949	94	3.9	92	81	8	320	29	17	16	37	1.91
101183727--101183855	30	4.3	30	88	0	195	26	48	5	20	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101184332--101184377	25	1.9	24	91	8	76	34	2	0	63	1.07
101184397--101184467	25	2.8	25	79	8	83	36	7	2	53	1.43
101184606--101184661	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
101186429--101186482	17	3.2	17	78	19	60	35	0	0	64	0.94
101186431--101186488	16	3.6	16	78	17	57	32	0	0	67	0.91
101186469--101186533	23	2.9	22	75	6	58	32	1	1	64	1.12
101187887--101187927	20	2.0	20	90	0	64	58	9	0	31	1.31
101191366--101191416	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
101192481--101192680	23	8.6	23	83	5	251	32	24	17	26	1.97
101193652--101193698	23	2.0	23	100	0	94	29	8	17	44	1.78
101195772--101195809	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
101197765--101197810	18	2.6	18	86	6	58	67	2	0	30	1.03
101201534--101201574	11	3.6	11	87	6	55	31	12	0	56	1.36
101206150--101206189	20	2.0	20	85	0	53	40	5	10	45	1.60
101206879--101206919	2	20.5	2	94	0	73	46	0	2	51	1.14
101211519--101211548	12	2.4	13	94	5	53	46	10	16	26	1.78
101222848--101222891	21	2.2	20	83	4	52	36	0	2	61	1.09
101223447--101223494	21	2.3	22	82	10	64	27	0	27	45	1.54
101223764--101223875	32	3.5	32	79	9	129	42	10	10	35	1.74
101227405--101227472	22	3.2	20	80	12	64	42	26	1	29	1.64
101227785--101227821	19	2.0	18	89	5	56	81	2	10	5	0.96
101234740--101234778	2	20.0	2	86	5	53	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101235750--101235788	21	1.9	20	84	5	51	46	5	7	41	1.55
101239029--101239107	21	3.6	22	80	10	81	54	5	5	35	1.44
101239093--101239131	14	3.1	13	85	14	55	61	2	0	35	1.10
101239407--101239451	3	15.0	3	85	0	63	64	2	4	28	1.25
101240776--101240848	3	25.0	3	71	15	55	63	0	36	0	0.95
101240794--101240832	8	4.9	8	96	0	69	53	0	46	0	1.00
101240777--101240833	8	7.1	8	84	7	62	59	0	40	0	0.97
101240772--101240848	19	4.5	16	71	20	50	64	0	35	0	0.93
101241389--101241447	30	1.9	31	89	3	93	69	1	3	25	1.13
101241391--101241456	15	4.3	15	77	12	64	71	1	3	24	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427