genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  196  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54588429--54588483	21	2.5	22	88	2	76	16	30	32	20	1.94
54594623--54594653	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
54595574--54595617	19	2.3	18	84	7	52	47	2	15	34	1.58
54612729--54612754	11	2.4	11	100	0	52	34	19	19	26	1.95
54613029--54613211	39	4.7	40	86	0	192	23	30	21	24	1.99
54613059--54613211	39	3.9	39	89	0	234	24	30	20	24	1.99
54615063--54615163	27	3.8	28	80	7	102	18	23	19	37	1.94
54615063--54615170	54	2.0	53	85	5	146	18	23	20	37	1.94
54615080--54615191	53	2.1	54	81	5	129	18	24	19	37	1.94
54615295--54615355	25	2.4	25	80	0	68	22	21	9	45	1.81
54615311--54615386	31	2.5	31	86	0	98	19	21	13	46	1.84
54615339--54615407	6	11.3	6	76	14	70	17	17	14	50	1.78
54621114--54621156	23	1.9	22	86	13	61	25	6	23	44	1.78
54630104--54630333	53	4.2	54	73	6	171	37	17	24	20	1.93
54633405--54633463	32	1.9	29	90	10	91	69	5	3	22	1.23
54633830--54633907	27	2.9	25	79	9	66	34	21	23	20	1.97
54633924--54633975	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
54634614--54634726	27	4.4	26	81	7	133	23	21	18	36	1.95
54640099--54640151	27	2.0	27	84	0	70	32	20	24	22	1.98
54640083--54640234	67	2.3	67	93	2	252	29	22	28	19	1.98
54640887--54641041	27	5.7	27	85	3	213	24	20	20	35	1.96
54640868--54641040	54	3.2	54	84	4	222	25	19	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54645909--54646054	43	3.4	42	79	4	123	23	18	24	33	1.97
54645943--54646054	43	2.6	43	81	2	127	21	17	25	34	1.95
54645954--54646054	42	2.4	42	81	1	121	23	17	25	32	1.97
54648467--54648540	22	3.4	22	80	0	85	13	25	25	35	1.93
54651896--54651969	22	3.4	22	78	0	76	13	25	27	33	1.93
54654648--54654959	155	2.0	155	99	0	615	34	8	19	36	1.83
54658132--54658249	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
54658100--54658263	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
54665143--54665260	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
54665111--54665274	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
54667268--54667315	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
54667358--54667410	9	5.4	9	75	16	52	32	9	20	37	1.85
54667352--54667418	20	3.3	20	89	0	107	32	11	20	34	1.90
54667467--54667656	24	8.0	24	87	3	251	30	22	21	26	1.98
54667467--54667635	47	3.6	47	90	1	266	30	21	20	27	1.98
54667466--54667656	71	2.7	71	86	7	253	30	21	20	26	1.98
54667848--54667911	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
54669273--54669327	22	2.5	22	81	0	65	18	27	21	32	1.96
54670534--54670570	19	1.9	19	88	0	56	27	2	10	59	1.44
54671080--54671145	34	1.9	34	96	0	123	39	15	3	42	1.62
54673598--54673728	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
54673597--54673728	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54681174--54681304	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
54681173--54681304	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
54691039--54691228	48	4.0	47	76	4	166	25	28	16	29	1.97
54698061--54698214	27	5.5	27	82	4	173	28	14	25	31	1.95
54698111--54698214	55	1.9	55	100	0	208	26	13	24	35	1.92
54699903--54699951	21	2.3	21	89	0	71	14	24	36	24	1.93
54702583--54702751	43	4.0	43	79	7	175	31	25	14	28	1.94
54706556--54706588	15	2.3	15	89	5	50	66	6	12	15	1.42
54708663--54708835	93	1.9	93	92	0	292	27	30	20	21	1.98
54708656--54708831	46	3.8	46	78	10	187	28	29	20	21	1.98
54708711--54708850	46	3.0	46	75	13	135	29	30	19	21	1.97
54712173--54712370	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
54712239--54712356	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
54712207--54712370	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
54713927--54714015	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
54713927--54714009	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
54713938--54714015	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
54716961--54717132	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
54716953--54717128	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
54721424--54721567	46	3.1	46	68	14	116	30	28	18	22	1.97
54724349--54724472	46	2.7	47	86	9	166	29	19	28	23	1.98
54724349--54724661	47	6.6	48	74	12	174	27	18	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54727374--54727528	43	3.6	43	85	3	179	36	23	12	27	1.90
54727309--54727528	86	2.6	86	77	7	205	34	24	12	28	1.92
54732624--54732689	29	2.3	28	84	5	78	31	25	1	40	1.65
54733095--54733141	23	2.0	23	95	0	85	48	27	8	14	1.73
54739580--54739656	26	3.0	26	86	0	100	38	22	19	19	1.93
54739612--54739662	26	2.0	26	88	0	75	37	25	21	15	1.93
54739652--54739704	27	2.0	27	92	0	88	37	18	20	22	1.94
54739830--54739888	27	2.2	27	90	0	91	18	18	20	42	1.90
54742544--54742581	20	1.9	20	84	10	51	55	13	5	26	1.59
54743603--54743678	29	2.6	29	83	6	100	26	27	14	31	1.95
54748090--54748156	29	2.3	30	81	2	73	26	28	14	29	1.96
54748101--54748167	29	2.3	29	78	0	71	25	26	17	29	1.98
54751607--54751774	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
54759615--54759781	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
54763150--54763371	124	1.8	122	83	3	293	31	11	23	32	1.90
54763330--54763480	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
54763331--54763480	80	1.9	80	84	5	205	26	24	27	21	1.99
54763329--54763496	40	4.2	40	74	7	139	26	23	26	22	2.00
54763329--54763496	80	2.1	80	81	6	198	26	23	26	22	2.00
54767203--54767437	71	3.3	71	100	0	470	19	28	17	35	1.94
54767288--54767405	41	3.1	41	60	28	98	21	28	17	32	1.96
54767203--54767471	142	1.9	141	91	3	445	20	28	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54774382--54774545	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
54774382--54774579	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
54783896--54783950	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
54784011--54784078	25	2.9	24	82	6	77	58	5	5	29	1.45
54784092--54784179	2	45.5	2	78	15	87	53	1	3	42	1.25
54784744--54784871	30	4.3	30	97	0	229	17	6	50	25	1.69
54787649--54787681	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
54787966--54788555	46	12.8	46	90	1	808	21	23	14	41	1.90
54794762--54794821	31	2.0	30	83	3	75	48	6	11	33	1.66
54798371--54798456	45	1.9	45	90	4	138	25	15	24	34	1.94
54802972--54803336	48	7.7	47	72	13	218	23	28	19	28	1.98
54803170--54803339	94	1.8	93	83	5	227	24	27	18	29	1.98
54808210--54808365	42	3.7	42	81	2	168	30	25	15	29	1.96
54811657--54811702	22	2.1	22	83	0	56	50	4	0	45	1.21
54813570--54813788	40	5.6	40	90	4	322	26	23	27	21	1.99
54813570--54813788	78	2.8	79	88	4	327	26	23	27	21	1.99
54821672--54821892	40	5.6	40	92	2	340	26	23	27	21	1.99
54823340--54823706	184	2.0	183	98	0	716	38	20	14	27	1.91
54831059--54831091	16	2.1	16	100	0	66	48	33	6	12	1.65
54832435--54832482	19	2.6	19	86	3	62	29	16	35	18	1.93
54832566--54832643	29	2.7	30	80	9	92	30	16	28	24	1.97
54832550--54832667	28	4.2	29	75	8	109	30	13	27	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54836288--54836325	18	2.2	18	85	4	51	44	2	0	52	1.14
54836374--54836436	15	4.0	15	73	16	56	52	0	1	46	1.10
54837536--54837569	7	4.9	7	100	0	68	44	0	0	55	0.99
54839198--54839262	23	2.8	25	75	9	66	41	23	16	18	1.90
54841852--54841884	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
54842782--54842855	27	2.7	27	75	8	69	44	18	17	18	1.87
54842964--54842990	9	3.0	9	100	0	54	11	44	33	11	1.75
54843297--54843377	28	3.0	27	87	3	117	30	9	20	38	1.86
54844972--54845310	123	2.8	123	95	0	597	30	11	25	33	1.91
54845279--54845482	40	5.1	40	87	0	237	24	21	26	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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