Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  63  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15414960--15414993
9
3.7
9
88
4
50
17
0
2
79
0.86
15415050--15415083
17
2.0
17
94
0
59
20
5
0
73
1.04
15415954--15415978
13
1.9
13
100
0
50
24
4
8
64
1.38
15422312--15422363
25
2.1
25
89
7
79
13
15
5
65
1.44
15423793--15423825
2
16.0
2
93
6
57
48
0
3
48
1.17
15423935--15423964
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
15440160--15440342
40
4.6
39
74
8
129
26
24
26
22
2.00
15445565--15445615
20
2.5
20
87
0
75
23
39
27
9
1.86
15458598--15458649
24
2.2
24
77
19
56
11
11
3
73
1.23
15466909--15467032
39
3.2
39
90
0
194
21
21
29
27
1.99
15467016--15467090
39
1.9
39
81
5
89
22
22
26
28
1.99
15466909--15467066
78
2.0
78
81
2
183
22
21
27
27
1.99
15468218--15468254
2
18.5
2
100
0
74
51
0
0
48
1.00
15472233--15472281
25
1.9
25
87
4
71
61
4
0
34
1.15
15472385--15472415
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
15474091--15474115
11
2.3
11
100
0
50
16
0
48
36
1.46
15486236--15486309
3
23.3
3
73
10
58
60
4
2
32
1.29
15486445--15486489
3
15.0
3
100
0
90
66
0
0
33
0.92
15487726--15487753
11
2.5
11
100
0
56
53
0
0
46
1.00
15487722--15487761
11
3.3
12
83
13
55
52
0
0
47
1.00
15487781--15487818
3
12.7
3
88
0
58
31
0
5
63
1.17
15489063--15489130
23
3.0
23
76
8
77
44
23
17
14
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15491017--15491054
3
12.7
3
88
0
58
63
5
0
31
1.17
15491078--15491111
11
2.8
12
86
13
52
47
0
0
52
1.00
15491082--15491109
11
2.5
11
100
0
56
46
0
0
53
1.00
15497574--15497651
38
2.1
38
100
0
156
43
23
2
30
1.67
15499790--15499840
21
2.4
21
84
9
68
39
0
1
58
1.09
15499806--15499845
21
1.9
22
85
10
57
40
0
2
57
1.12
15500446--15500519
37
2.0
37
97
0
139
36
28
5
29
1.79
15503337--15503502
45
3.6
45
77
13
185
29
28
20
21
1.98
15503390--15503554
47
3.5
47
76
11
185
29
28
19
22
1.98
15503345--15503552
93
2.2
92
93
0
353
29
27
20
22
1.98
15505590--15505649
30
2.0
30
100
0
120
46
20
13
20
1.83
15507393--15507441
21
2.5
19
78
15
55
48
12
18
20
1.79
15507483--15507551
20
3.4
20
73
15
61
63
4
14
17
1.45
15509959--15510065
30
3.8
28
68
23
73
52
4
0
42
1.22
15518528--15518588
29
2.1
29
81
6
70
52
6
8
32
1.57
15520570--15520630
28
2.2
28
96
0
113
21
22
39
16
1.92
15522235--15522361
67
1.9
67
88
0
191
37
16
9
36
1.81
15524791--15524824
3
11.3
3
87
0
50
61
0
35
2
1.11
15525368--15525434
25
3.0
24
81
18
74
65
8
0
25
1.21
15525362--15525434
19
3.5
21
75
24
66
68
8
0
23
1.16
15526915--15527022
3
36.0
3
92
0
180
0
33
0
66
0.92
15527136--15527203
30
2.2
31
82
7
86
20
7
20
51
1.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15531330--15531571
81
3.0
81
90
0
385
30
24
21
23
1.99
15543461--15543523
31
2.1
31
90
3
101
23
23
15
36
1.94
15543714--15543855
24
6.0
24
90
5
200
26
21
22
28
1.99
15543714--15543854
46
3.0
48
88
7
198
26
21
22
28
1.99
15543713--15543855
70
2.0
72
87
5
211
26
21
22
29
1.99
15543905--15543965
20
3.0
20
92
0
104
32
21
11
34
1.89
15544008--15544055
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
15551832--15551955
23
5.4
23
87
9
164
27
23
19
29
1.98
15552008--15552063
20
2.9
20
92
7
98
33
19
10
35
1.87
15552282--15552340
28
2.0
30
93
6
104
20
35
15
28
1.93
15558712--15558903
40
4.8
40
77
7
133
24
27
22
25
2.00
15558686--15558903
40
5.5
39
72
10
129
25
27
22
25
2.00
15565387--15565455
35
2.0
35
97
0
129
44
5
18
30
1.73
15565761--15565936
50
3.5
50
89
5
284
35
17
22
25
1.95
15565912--15566060
31
4.8
31
89
0
226
27
20
26
26
1.99
15566078--15566172
49
1.9
50
93
2
165
28
14
27
29
1.95
15566079--15566242
42
3.7
43
79
11
147
29
14
26
28
1.95
15568511--15568578
25
2.7
25
79
0
73
16
29
20
33
1.94
15571277--15571404
47
2.7
47
81
2
141
32
27
15
24
1.95
15574290--15574465
42
4.0
42
81
12
187
29
27
13
29
1.94
15574360--15574514
49
3.2
49
84
6
183
31
27
12
28
1.93
15574376--15574543
47
3.6
46
85
3
183
29
27
14
28
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15574334--15574543
95
2.3
95
82
8
229
29
27
14
29
1.95
15574552--15574587
7
5.1
7
100
0
72
13
27
13
44
1.82
15574586--15574765
31
5.8
31
86
2
236
25
26
19
28
1.99
15574586--15574765
93
1.9
93
87
0
261
25
26
19
28
1.99
15574741--15574917
50
3.5
50
91
2
275
25
22
16
35
1.95
15583028--15583088
32
1.9
31
83
9
79
62
1
1
34
1.15
15583062--15583104
19
2.3
19
88
8
61
72
2
2
23
1.08
15583062--15583105
20
2.2
20
88
4
63
72
2
2
22
1.07
15589712--15589745
17
2.0
17
88
11
52
26
0
2
70
1.01
15590536--15590575
2
20.0
2
100
0
80
50
0
0
50
1.00
15594240--15594290
20
2.6
20
88
11
79
35
0
1
62
1.06
15601558--15601667
39
2.8
39
85
0
148
27
28
27
17
1.97
15604737--15604793
27
2.1
28
90
3
89
38
7
3
50
1.46
15604839--15604877
20
1.9
21
94
5
71
41
10
2
46
1.51
15605153--15605194
22
2.0
22
90
4
68
40
9
2
47
1.49
15607602--15607653
9
5.8
9
80
14
63
67
3
1
26
1.18
15607602--15607653
19
2.9
18
78
18
63
67
3
1
26
1.18
15607556--15607637
42
2.0
42
80
4
94
60
3
2
32
1.27
15607613--15607663
19
2.6
20
81
9
61
68
3
1
25
1.17
15624050--15624087
6
6.3
6
100
0
76
15
0
84
0
0.63
15624694--15624731
18
2.1
18
100
0
76
31
34
0
34
1.58
15624832--15624882
17
2.9
17
88
5
66
13
3
3
78
1.03
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15627101--15627206
44
2.4
45
80
3
108
31
16
21
30
1.96
15629939--15629982
22
2.0
23
86
4
63
59
0
6
34
1.24
15637688--15637788
28
3.5
28
84
4
103
28
13
27
29
1.95
15637717--15637788
29
2.5
29
91
6
112
30
13
26
29
1.94
15645677--15645777
28
3.5
28
84
4
103
28
13
27
29
1.95
15645706--15645777
29
2.5
29
91
6
112
30
13
26
29
1.94
15648986--15649017
5
6.6
5
92
7
57
81
0
0
18
0.70
15648987--15649017
9
3.3
9
95
4
53
80
0
0
19
0.71
15649630--15649756
39
3.3
39
90
0
191
20
20
29
29
1.98
15649630--15649774
78
1.9
78
85
2
202
20
22
29
27
1.98
15649647--15649790
39
3.7
38
81
3
153
20
21
29
27
1.98
15658054--15658169
39
3.0
39
93
0
196
21
19
30
28
1.98
15658054--15658217
39
4.2
39
85
2
179
21
21
29
26
1.99
15669395--15669825
127
3.4
126
86
1
524
25
15
18
40
1.90
15670674--15670699
13
2.0
13
100
0
52
15
30
38
15
1.88
15674789--15674915
55
2.3
55
86
0
173
26
29
28
15
1.96
15676959--15676994
6
6.0
6
100
0
72
16
0
0
83
0.65
15678005--15678058
28
1.9
28
100
0
108
53
12
3
29
1.56
15681698--15681781
26
3.2
26
94
3
143
35
3
23
36
1.73
15683399--15683538
27
5.2
27
88
2
183
17
24
22
35
1.96
15683399--15683538
54
2.6
55
89
2
203
17
24
22
35
1.96
15690733--15690781
20
2.5
20
93
0
80
46
4
8
40
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15696721--15696798
23
3.4
23
76
0
75
39
23
12
24
1.89
15698038--15698274
128
1.9
128
85
3
307
29
20
11
38
1.88
15698487--15698568
38
2.1
39
90
2
130
43
10
20
24
1.84
15705921--15705953
15
2.2
15
94
0
57
15
6
3
75
1.11
15714560--15714593
3
11.3
3
93
0
59
64
0
35
0
0.94
15715600--15715628
14
2.1
14
100
0
58
27
13
0
58
1.36
15724921--15724972
26
2.0
26
100
0
104
38
3
11
46
1.59
15725895--15725925
10
3.1
10
90
0
53
64
0
0
35
0.94
15725920--15725953
17
1.9
18
88
5
52
70
0
5
23
1.09
15725944--15725991
18
2.7
18
80
6
53
56
6
6
31
1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427