genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  211  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59421375--59421484	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
59421375--59421524	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
59424332--59424491	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
59424332--59424491	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
59432140--59432297	30	5.5	30	86	9	204	27	25	13	32	1.94
59432140--59432297	57	2.8	57	87	6	205	27	25	13	32	1.94
59432140--59432297	29	5.5	29	86	8	198	27	25	13	32	1.94
59439596--59439755	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
59439596--59439755	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
59447405--59447564	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
59447405--59447564	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
59450373--59450442	6	11.7	6	89	0	68	44	0	55	0	0.99
59450373--59450425	18	2.8	18	91	5	79	39	0	60	0	0.97
59451067--59451104	19	2.0	19	85	10	51	36	2	0	60	1.11
59451293--59451359	27	2.4	27	95	5	116	11	20	22	44	1.84
59453790--59453824	18	1.9	18	88	0	52	62	2	0	34	1.10
59453928--59453967	21	1.9	21	85	10	55	60	2	2	35	1.24
59454056--59454100	21	2.1	21	84	8	56	57	2	2	37	1.23
59454163--59454202	20	2.0	21	90	5	64	57	2	5	35	1.34
59454413--59454463	12	4.4	12	75	9	61	29	3	0	66	1.09
59454382--59454473	18	5.1	18	74	15	75	33	3	2	60	1.25
59454459--59454498	18	2.3	17	87	12	55	42	5	2	50	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59454850--59454878	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
59457895--59457939	17	2.6	16	82	10	54	2	17	0	80	0.82
59457921--59457954	12	2.8	12	83	16	52	8	20	0	70	1.13
59460167--59460236	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
59460167--59460248	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
59462122--59462329	40	5.2	39	85	1	227	25	25	22	26	2.00
59462122--59462329	80	2.6	80	84	1	256	25	25	22	26	2.00
59470132--59470339	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
59470132--59470337	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
59476807--59476859	26	2.0	26	96	0	97	28	22	20	28	1.99
59483349--59483545	27	7.3	27	87	4	256	27	23	9	39	1.85
59483349--59483545	81	2.4	81	89	4	292	27	23	9	39	1.85
59483579--59483696	53	2.2	53	84	3	157	41	21	9	27	1.83
59483549--59483781	54	4.3	53	78	8	170	41	18	9	30	1.82
59483509--59483696	26	7.2	26	77	5	164	38	20	10	30	1.87
59483654--59483783	27	4.7	27	74	14	113	42	18	7	31	1.78
59483860--59483907	24	2.0	25	88	8	73	35	16	25	22	1.95
59484705--59484773	24	2.8	24	86	8	95	24	26	24	24	2.00
59484704--59484786	24	3.4	24	80	11	89	27	22	24	25	2.00
59484921--59485094	42	4.1	42	99	0	339	31	14	19	34	1.92
59485116--59485198	30	2.7	31	87	5	125	28	16	25	28	1.97
59487428--59487625	27	7.3	27	87	2	263	28	24	9	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59487428--59487625	81	2.4	81	90	1	299	28	24	9	37	1.86
59487657--59487775	26	4.6	26	81	9	127	43	21	6	28	1.77
59487657--59487833	52	3.3	53	80	10	166	42	19	7	29	1.80
59487657--59487751	27	3.6	27	81	9	117	42	22	6	29	1.78
59487682--59487833	25	5.8	25	74	15	94	43	19	7	29	1.79
59487788--59487839	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
59487880--59487955	26	2.9	25	77	16	82	38	22	19	19	1.94
59488764--59488833	25	2.8	24	89	4	95	24	24	24	27	2.00
59488959--59489092	42	3.2	42	95	0	232	31	14	19	34	1.92
59489116--59489230	31	3.7	31	90	1	178	27	15	26	30	1.96
59493242--59493292	13	3.8	13	75	12	50	52	11	13	21	1.72
59494853--59494884	12	2.7	12	90	0	55	31	6	12	50	1.65
59508024--59508241	79	2.7	78	82	8	260	26	26	20	26	1.99
59508024--59508248	119	1.9	120	83	8	298	26	27	21	25	1.99
59508005--59508248	40	6.1	40	83	6	275	25	27	21	25	1.99
59509810--59509900	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
59509996--59510210	49	4.4	49	96	0	376	29	32	9	29	1.88
59513004--59513167	29	5.7	29	98	0	310	24	32	16	26	1.96
59515221--59515342	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
59515444--59515658	49	4.4	49	96	0	376	29	32	9	29	1.88
59528892--59528963	28	2.6	28	86	0	81	29	26	12	31	1.93
59531628--59531685	28	2.0	29	86	3	82	31	24	6	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59533880--59533917	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
59538318--59538380	24	2.6	24	97	0	117	20	15	26	36	1.93
59540368--59540477	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
59540368--59540517	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
59548631--59548693	24	2.6	24	97	0	117	20	15	26	36	1.93
59567388--59567499	27	4.2	26	80	7	125	16	25	22	35	1.95
59567388--59567499	54	2.1	54	86	3	154	16	25	22	35	1.95
59570253--59570289	17	2.2	17	90	9	58	45	18	0	35	1.50
59571738--59571876	56	2.5	56	92	2	226	30	22	16	30	1.96
59580449--59580636	27	7.0	27	83	7	148	38	23	7	30	1.83
59580455--59580634	54	3.3	54	82	4	211	38	23	8	29	1.84
59580465--59580615	81	1.9	81	83	2	196	36	22	9	31	1.87
59580454--59580634	81	2.2	80	77	5	193	38	23	8	29	1.84
59580627--59581324	27	26.0	27	85	1	810	36	18	19	26	1.94
59582061--59582098	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
59591245--59591412	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
59591245--59591412	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
59599248--59599415	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
59599248--59599415	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
59631475--59631514	20	2.0	20	95	0	71	35	32	7	25	1.84
59632419--59632455	17	2.2	17	90	9	58	45	18	0	35	1.50
59633900--59634038	56	2.5	56	91	0	224	31	25	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59644909--59644990	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
59650779--59650888	39	2.8	38	84	6	132	22	29	24	23	1.99
59650779--59650927	40	3.8	38	80	8	140	22	27	23	26	2.00
59661489--59661589	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
59664584--59664788	79	2.6	79	89	3	308	26	28	20	23	1.99
59664584--59664788	39	5.2	39	87	5	272	26	28	20	23	1.99
59672587--59672774	40	4.7	40	89	1	270	25	30	21	23	1.99
59672574--59672778	80	2.6	80	89	0	311	26	28	20	23	1.99
59682182--59682225	21	2.1	21	87	8	63	47	0	15	36	1.46
59686107--59686418	94	3.4	90	81	9	306	27	21	29	22	1.99
59686109--59686468	47	7.7	48	71	16	186	28	21	28	21	1.99
59686249--59686471	94	2.4	94	93	1	378	29	21	28	21	1.98
59699122--59699186	32	2.0	32	96	0	121	21	30	15	32	1.94
59702028--59702223	55	3.6	53	79	8	198	35	16	25	22	1.95
59702035--59702235	108	1.8	110	85	4	282	34	16	24	23	1.95
59702351--59702395	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
59702474--59702504	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
59705676--59705704	14	2.0	15	93	6	51	20	3	20	55	1.58
59710696--59710787	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
59710935--59711004	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
59711452--59711499	20	2.4	20	100	0	96	20	39	14	25	1.91
59712007--59712096	27	3.3	26	80	10	92	26	6	22	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59712136--59712223	27	3.3	27	84	6	124	42	7	21	28	1.81
59712126--59712254	54	2.4	53	80	6	143	37	8	21	31	1.84
59720466--59720494	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
59726018--59726077	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
59752108--59752133	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
59752846--59752945	40	2.5	40	79	9	105	25	21	28	26	1.99
59752933--59752959	14	1.9	14	100	0	54	29	22	33	14	1.94
59755351--59755451	31	2.9	35	81	17	129	22	22	14	39	1.91
59755374--59755455	31	2.6	31	98	0	155	24	20	13	41	1.88
59755643--59755785	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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