genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  255  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72971315--72971669	92	3.7	94	75	9	292	28	20	26	25	1.99
72975415--72975585	49	3.5	49	84	2	220	29	19	26	23	1.99
72975417--72975534	48	2.4	48	91	1	191	29	22	28	19	1.98
72978050--72978078	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
72990365--72990582	40	5.5	40	93	1	359	25	27	22	23	2.00
72992389--72992593	39	5.2	38	82	7	173	22	30	21	24	1.99
72992444--72992606	39	4.2	39	91	0	254	24	31	20	23	1.98
72997998--72998062	27	2.4	30	73	19	70	36	4	23	35	1.75
72998561--72998663	42	2.4	42	82	4	118	26	20	26	27	1.99
73007427--73007490	31	2.1	31	96	0	119	50	3	3	43	1.33
73007926--73007996	20	3.8	20	81	14	96	33	0	22	43	1.54
73007934--73007987	17	3.1	17	79	10	72	37	0	22	40	1.54
73008531--73008911	126	3.0	126	91	0	602	34	16	19	29	1.94
73014595--73014623	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
73016822--73016963	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
73016860--73016989	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
73024853--73024994	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
73024891--73025020	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
73032854--73032878	7	3.6	7	100	0	50	56	16	0	28	1.41
73032854--73032909	14	3.9	14	81	6	51	55	14	3	26	1.55
73033883--73034011	46	2.8	44	78	13	127	51	6	8	32	1.59
73033883--73034011	45	2.8	48	80	6	135	51	6	8	32	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73034128--73034202	11	6.9	11	76	3	80	40	1	17	41	1.58
73047386--73047412	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
73054844--73054929	42	2.0	42	86	0	118	27	18	23	30	1.98
73060387--73061392	335	3.0	336	98	0	1928	38	8	20	32	1.83
73061447--73061601	47	3.3	48	82	4	181	25	13	25	35	1.93
73062950--73063110	24	6.6	24	72	7	119	32	30	13	24	1.93
73068588--73068754	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
73076594--73076761	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
73079595--73079702	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
73085715--73085822	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
73090959--73091482	261	2.0	260	93	0	904	30	17	25	26	1.97
73092909--73093156	40	6.2	40	82	5	252	25	27	21	25	2.00
73092926--73093150	120	1.9	120	83	5	294	24	28	21	25	1.99
73105650--73105914	27	9.8	27	88	0	251	29	22	7	40	1.82
73105650--73105914	54	4.9	54	87	0	350	29	22	7	40	1.82
73105550--73106115	27	20.9	27	78	8	163	35	20	8	34	1.83
73105650--73105943	81	3.6	80	86	2	363	30	22	7	39	1.82
73105704--73106041	81	4.2	80	81	6	252	34	21	8	36	1.83
73105935--73106059	53	2.3	55	82	6	150	42	22	8	27	1.81
73106174--73106266	27	3.4	27	88	2	125	35	20	24	19	1.96
73107514--73107570	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
73107512--73107574	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73107629--73107795	47	3.5	47	84	4	203	29	22	20	27	1.98
73107629--73107780	71	2.1	71	90	1	232	30	21	20	27	1.98
73107629--73107794	24	7.0	24	84	4	212	29	22	20	27	1.98
73107987--73108050	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
73109478--73109588	26	4.3	26	88	5	165	27	23	20	27	1.99
73109638--73109714	20	3.8	20	91	0	127	31	19	14	35	1.92
73109638--73109713	11	7.5	11	70	16	65	30	19	14	35	1.92
73109761--73109808	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
73114269--73114476	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
73114269--73114475	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
73122315--73122522	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
73122315--73122521	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
73126629--73126757	40	3.2	40	86	2	152	24	22	27	25	2.00
73134591--73134757	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
73141020--73141187	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
73145976--73146136	24	6.6	24	72	10	130	31	30	14	23	1.94
73149582--73149619	13	2.9	13	96	0	67	7	18	44	28	1.78
73158432--73158607	46	3.8	45	78	11	196	21	19	29	29	1.98
73158429--73158599	93	1.8	93	92	2	290	21	20	29	28	1.98
73161025--73161060	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
73162056--73162095	21	1.9	21	90	10	64	37	0	12	50	1.41
73165697--73165760	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73165952--73166094	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
73165952--73166093	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
73165951--73166094	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
73166145--73166204	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
73166145--73166199	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
73166247--73166294	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
73171745--73171915	93	1.8	93	94	1	308	29	29	20	21	1.98
73171741--73171920	45	3.9	45	75	15	165	30	28	20	21	1.98
73178048--73178214	40	4.2	40	79	4	160	23	26	22	27	2.00
73186037--73186165	40	3.3	39	77	6	143	24	27	24	24	2.00
73186052--73186202	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	2.00
73186052--73186200	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
73190507--73190678	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
73190500--73190675	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
73195323--73195385	31	2.1	31	93	3	110	23	22	15	38	1.93
73195577--73195719	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
73195577--73195718	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
73195576--73195719	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
73195770--73195829	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
73195770--73195824	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
73195872--73195919	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
73203633--73203803	46	3.7	47	81	10	174	27	18	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73210417--73210709	148	2.0	148	94	0	514	39	11	18	30	1.86
73213040--73213081	17	2.4	18	80	11	52	45	23	0	30	1.53
73214026--73214151	43	2.9	43	78	4	164	26	25	15	33	1.95
73220909--73220950	17	2.4	18	80	11	52	45	23	0	30	1.53
73238077--73238216	55	2.5	57	78	6	153	32	17	21	29	1.96
73240107--73240156	26	1.9	26	87	0	73	34	10	2	54	1.45
73245105--73245143	19	2.1	19	85	9	53	64	0	7	28	1.21
73245338--73245390	23	2.3	23	78	21	58	66	1	5	26	1.25
73245471--73245605	4	33.5	4	65	12	53	63	0	10	25	1.31
73246747--73246797	20	2.5	22	81	12	63	15	5	15	62	1.50
73246968--73247472	44	11.3	43	69	15	231	29	19	17	33	1.95
73246974--73247356	136	2.8	136	87	1	516	29	17	18	33	1.94
73249288--73249327	20	2.0	20	100	0	80	30	35	5	30	1.79
73252023--73252131	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
73252023--73252131	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
73260787--73260894	40	2.7	40	83	0	144	21	17	25	35	1.95
73260881--73261016	28	4.9	28	88	0	191	25	11	33	30	1.90
73262455--73262489	18	2.0	18	94	5	63	17	31	40	11	1.85
73266498--73266556	30	2.0	29	86	3	82	28	25	6	38	1.81
73272171--73272355	40	4.6	40	76	9	180	25	27	21	25	2.00
73272171--73272356	79	2.3	81	82	6	227	26	26	21	25	1.99
73277202--73277259	30	1.9	31	89	3	91	25	24	8	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73281486--73284192	906	3.0	908	92	2	4588	24	17	24	33	1.96
73287087--73287164	25	3.2	25	63	23	67	28	10	32	29	1.90
73287086--73287323	47	5.1	47	95	0	413	30	11	31	26	1.91
73287297--73287387	46	2.0	46	88	0	137	34	8	30	26	1.87
73290871--73290973	29	3.6	28	77	9	109	22	16	32	29	1.96
73298605--73298871	24	11.1	24	97	0	471	36	25	17	20	1.95
73302734--73302836	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
73322519--73322565	23	2.0	23	88	8	69	19	8	10	61	1.53
73323203--73323304	40	2.5	40	87	3	134	25	16	23	34	1.95
73323294--73323403	28	3.9	28	84	0	139	25	9	30	35	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427