genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.144.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  144  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39040264--39040311	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
39040357--39040412	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
39040347--39040412	20	3.3	20	91	2	107	34	12	19	33	1.89
39040462--39040604	24	6.0	24	88	4	191	27	22	20	28	1.99
39040461--39040604	72	2.0	72	87	5	211	27	22	20	28	1.99
39040797--39040860	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
39042434--39042470	19	2.0	18	94	5	65	0	27	2	70	1.01
39042503--39042544	18	2.3	19	80	12	52	33	0	2	64	1.07
39045899--39045925	14	1.9	14	100	0	54	29	22	11	37	1.89
39050048--39050084	19	2.0	18	94	5	65	0	27	2	70	1.01
39050135--39050176	18	2.3	19	80	12	52	33	0	4	61	1.17
39052641--39052684	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
39052708--39052744	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
39053280--39053313	14	2.3	15	90	5	52	26	8	8	55	1.59
39058615--39058670	23	2.6	23	83	8	73	48	1	0	50	1.11
39058615--39058668	20	2.5	20	85	8	63	48	1	0	50	1.11
39059338--39059390	21	2.5	21	93	6	90	15	0	35	49	1.45
39059465--39059526	19	3.3	19	78	10	65	33	1	22	41	1.64
39059474--39059532	19	3.1	19	82	4	75	35	1	20	42	1.62
39059656--39059948	126	2.3	126	93	0	505	35	17	20	26	1.94
39059947--39060228	126	2.4	107	76	19	330	34	19	20	25	1.97
39059783--39060155	207	1.8	207	95	0	683	35	18	20	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39059990--39060232	126	1.9	126	94	1	425	35	19	20	24	1.95
39062043--39062077	13	2.5	14	90	9	54	57	8	5	28	1.52
39063070--39063122	21	2.7	20	88	11	83	58	3	5	32	1.39
39064542--39064587	10	4.3	11	86	10	51	13	0	6	80	0.89
39064557--39064591	6	6.2	6	96	3	56	17	0	0	82	0.66
39068484--39068526	6	7.0	6	80	15	52	79	0	4	16	0.90
39080228--39080330	28	3.5	30	82	6	120	32	13	24	30	1.93
39082823--39082847	12	2.1	12	100	0	50	0	32	16	52	1.44
39087093--39087194	38	2.7	38	82	8	127	34	5	17	42	1.74
39093567--39093712	51	2.9	50	78	6	170	26	21	25	27	1.99
39096716--39096780	15	4.4	15	78	16	73	9	12	13	64	1.49
39096711--39096780	30	2.4	30	81	15	92	8	11	17	62	1.52
39098875--39099057	51	3.6	51	88	2	264	26	20	24	28	1.99
39107201--39107253	24	2.2	24	93	0	88	18	15	20	45	1.85
39107211--39107268	24	2.4	24	82	0	62	24	15	18	41	1.89
39121093--39121126	11	3.1	11	86	0	50	64	11	8	14	1.49
39124071--39124116	12	4.0	12	75	11	51	36	26	4	32	1.76
39124073--39124116	22	2.0	22	95	0	79	34	27	4	34	1.77
39124413--39124458	13	3.3	14	81	9	58	52	8	6	32	1.58
39132653--39132831	99	1.8	99	90	2	288	25	15	27	30	1.96
39137225--39137264	5	8.4	5	79	20	50	17	2	0	80	0.83
39137231--39137274	18	2.5	18	85	3	63	20	2	0	77	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39137227--39137275	15	3.4	14	80	11	55	20	2	0	77	0.87
39138000--39138197	99	2.0	100	90	1	317	28	14	26	29	1.95
39138834--39138863	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
39139809--39139838	12	2.5	12	100	0	60	16	10	6	66	1.41
39140930--39140984	25	2.2	25	96	0	101	23	18	10	47	1.80
39151675--39151715	11	3.8	11	84	15	59	2	0	12	85	0.70
39169847--39169910	26	2.5	26	94	0	119	37	25	21	15	1.93
39170631--39170710	7	11.4	7	75	10	65	18	1	36	43	1.58
39170621--39170710	21	4.3	20	71	13	65	17	1	37	43	1.57
39171130--39171163	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
39171539--39171614	39	1.9	39	83	0	98	42	14	22	21	1.89
39171703--39171851	72	2.1	72	89	0	226	10	35	4	48	1.59
39172057--39172086	15	2.0	15	100	0	60	40	0	6	53	1.27
39174779--39174957	43	4.2	43	90	0	259	24	15	29	30	1.96
39177579--39177631	24	2.2	24	86	0	70	24	16	15	43	1.87
39179870--39179941	35	2.1	35	100	0	144	25	12	33	29	1.92
39183087--39183141	27	2.1	26	83	16	69	3	1	30	63	1.22
39191748--39191797	16	3.2	16	72	13	50	48	2	0	50	1.12
39191885--39191929	24	2.0	23	82	8	56	42	4	4	48	1.43
39193764--39193813	24	2.1	24	96	0	91	46	28	4	22	1.70
39194170--39194230	31	1.9	31	83	3	77	40	8	8	42	1.64
39196037--39196069	16	2.0	17	94	5	59	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39200098--39200131	11	3.1	11	86	0	50	64	11	8	14	1.49
39210300--39210343	17	2.6	17	92	3	72	25	15	6	52	1.68
39219637--39219689	24	2.2	25	77	16	58	35	20	3	39	1.71
39221395--39221462	35	1.9	35	85	5	93	29	25	8	36	1.86
39223322--39223422	41	2.4	41	75	4	96	16	20	16	45	1.85
39225130--39225203	31	2.5	29	87	10	98	31	13	25	29	1.94
39232919--39233019	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
39232948--39233019	29	2.5	28	91	6	110	30	13	26	29	1.94
39248097--39248226	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
39248113--39248264	40	3.8	40	80	6	148	22	26	24	26	2.00
39248113--39248264	80	1.9	80	82	8	193	22	26	24	26	2.00
39248315--39248342	12	2.3	12	100	0	56	42	17	7	32	1.77
39256065--39256194	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
39256081--39256232	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
39256081--39256232	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
39275423--39275525	29	3.6	29	80	5	111	28	25	16	30	1.97
39286287--39286520	48	5.0	48	77	8	248	27	26	19	26	1.99
39291602--39291747	51	2.9	50	86	3	213	28	26	19	26	1.99
39296989--39297121	51	2.7	49	85	4	178	30	24	18	26	1.97
39301476--39301549	33	2.2	33	100	0	148	43	16	10	29	1.82
39307480--39307547	29	2.3	29	94	0	118	22	30	26	20	1.98
39307992--39308042	24	2.1	24	100	0	102	33	23	11	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39308685--39308796	47	2.4	47	82	5	129	34	30	11	23	1.90
39316801--39316974	52	3.4	51	87	4	237	28	30	13	27	1.94
39329717--39329987	85	3.2	86	88	4	395	30	24	19	24	1.98
39329717--39329987	43	6.3	43	90	2	386	30	24	19	24	1.98
39330285--39330325	21	2.0	21	95	0	73	0	51	19	29	1.47
39331759--39331819	30	2.0	30	93	0	104	40	16	16	26	1.89
39335223--39335273	7	7.1	7	77	4	57	41	37	0	21	1.54
39335342--39335384	14	2.9	15	79	6	61	46	27	2	23	1.64
39335342--39335389	14	3.4	14	82	2	60	47	25	2	25	1.62
39335663--39335765	54	1.9	53	86	5	145	22	0	25	51	1.54
39335797--39336057	41	6.4	41	87	0	344	21	23	21	33	1.97
39336432--39336468	19	1.9	19	100	0	74	40	10	16	32	1.83
39338208--39338531	165	2.0	165	91	0	522	31	13	22	31	1.93
39346963--39347036	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
39347020--39347094	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
39346963--39347094	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
39354837--39354910	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
39354894--39354968	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
39354837--39354968	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
39357300--39357343	7	6.1	7	83	2	52	36	0	50	13	1.42
39357301--39357342	21	2.0	22	85	4	59	38	0	47	14	1.44
39366648--39366772	43	2.9	43	80	10	123	27	19	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39370409--39370447	20	1.9	21	89	5	62	15	30	38	15	1.88
39370707--39370746	21	1.9	21	84	0	53	15	30	35	20	1.93
39376111--39376157	17	2.7	17	90	3	58	23	6	8	61	1.48
39376119--39376157	17	2.3	17	95	0	69	20	5	10	64	1.44
39389567--39389635	27	2.6	27	86	4	95	30	26	14	28	1.95
39397482--39397551	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
39399688--39399834	39	3.8	39	76	5	122	27	23	25	23	2.00
39407718--39407848	40	3.3	40	78	2	147	25	23	27	23	2.00
39418889--39419052	40	4.1	40	76	9	163	25	20	28	26	1.99
39426196--39426225	15	1.9	15	93	6	51	46	0	3	50	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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