genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  120  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31608019--31608143	24	5.3	23	79	13	105	27	20	19	32	1.97
31608019--31608143	23	5.3	23	82	10	130	27	20	19	32	1.97
31608018--31608122	45	2.3	45	83	8	124	26	20	19	33	1.96
31611875--31613362	753	2.0	752	91	0	2433	36	15	12	35	1.85
31615550--31615693	73	2.0	73	100	0	288	33	4	8	54	1.50
31616141--31616167	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
31619763--31619798	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
31620878--31620911	15	2.3	15	90	5	52	67	0	0	32	0.91
31622731--31622760	14	2.1	15	93	6	53	40	0	6	53	1.27
31629278--31629752	252	1.9	253	88	0	718	29	13	18	38	1.89
31641052--31641524	45	10.4	45	65	17	181	29	16	24	28	1.97
31640822--31641127	133	2.3	132	80	7	345	28	17	24	29	1.97
31641226--31641446	51	4.7	49	67	19	137	29	15	23	31	1.95
31641048--31641624	274	2.1	275	89	0	886	31	16	22	29	1.96
31641060--31641578	137	3.8	137	92	0	806	31	16	23	28	1.96
31643909--31644380	248	1.9	250	86	3	680	28	13	19	38	1.89
31648018--31648080	30	2.1	29	82	11	74	49	17	17	15	1.80
31649946--31650021	37	2.1	37	83	14	95	43	22	9	25	1.82
31659724--31659768	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
31660493--31660573	40	2.0	40	97	0	153	43	6	13	37	1.69
31666591--31666738	74	2.0	74	95	0	269	37	30	9	22	1.86
31677057--31677236	89	2.0	89	98	0	351	38	6	5	49	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31692929--31693007	40	2.0	40	90	5	124	26	13	24	35	1.93
31703125--31703201	38	2.0	38	94	0	136	37	14	16	31	1.89
31709497--31709718	118	1.9	119	82	8	283	25	26	22	26	2.00
31709476--31709718	40	6.1	40	88	5	275	25	26	21	26	2.00
31717677--31717900	40	5.7	40	87	6	264	25	26	21	25	1.99
31717679--31717900	118	1.9	119	82	8	283	25	26	21	26	2.00
31722742--31722781	14	2.9	14	92	0	62	35	20	10	35	1.86
31731669--31732079	131	3.2	131	79	7	424	39	13	15	31	1.86
31747090--31747148	9	6.6	9	84	0	64	42	25	8	23	1.82
31747090--31747148	18	3.3	18	80	0	73	42	25	8	23	1.82
31747168--31747213	6	7.3	6	85	9	65	17	0	4	78	0.91
31758450--31760098	550	3.0	545	91	2	2677	36	18	21	24	1.95
31762585--31762614	13	2.3	13	94	0	51	23	0	3	73	0.98
31765828--31766052	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
31766047--31766176	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
31775952--31776010	25	2.4	25	94	0	100	22	28	25	23	1.99
31775982--31776182	43	4.6	43	91	1	312	24	32	18	23	1.97
31784551--31784688	41	3.2	41	68	18	127	24	17	26	31	1.97
31784498--31784718	88	2.6	88	93	2	369	26	17	28	27	1.97
31784532--31784679	47	3.3	47	68	18	150	27	18	26	27	1.98
31784710--31784748	19	2.1	19	95	0	69	38	10	25	25	1.87
31784729--31785792	43	24.7	44	89	8	1656	27	17	33	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31784729--31785792	87	12.4	87	89	8	1605	27	17	33	21	1.95
31785304--31785457	44	3.0	54	80	20	220	24	17	37	20	1.94
31787284--31787321	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
31792924--31792981	19	3.1	19	76	18	75	31	34	17	17	1.93
31792924--31792993	20	3.6	19	76	16	72	30	32	20	17	1.95
31794939--31795027	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
31794939--31795021	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
31794950--31795027	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
31797698--31797728	13	2.5	13	94	5	55	32	16	6	45	1.72
31797983--31798208	47	4.9	45	82	10	203	29	29	19	21	1.98
31798061--31798139	27	3.2	27	62	29	66	26	29	20	24	1.99
31798037--31798208	47	3.7	47	85	9	228	28	29	20	22	1.98
31804731--31804958	48	4.9	48	74	9	218	28	24	20	26	1.99
31806779--31807181	44	8.9	44	75	13	323	30	16	22	31	1.95
31807100--31807214	44	2.6	44	84	5	135	27	19	23	29	1.98
31808192--31808223	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
31808751--31808792	4	11.0	4	80	10	52	23	2	0	73	0.94
31808752--31808792	15	2.7	15	84	0	55	24	2	0	73	0.96
31812595--31812629	13	2.8	12	91	4	52	80	0	5	14	0.89
31812970--31813007	12	3.2	12	88	3	51	36	0	10	52	1.36
31813929--31813968	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
31828848--31828924	24	3.2	24	69	20	70	22	25	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31831303--31831510	40	5.2	40	82	2	211	25	25	22	26	2.00
31833739--31833776	16	2.5	15	84	16	51	57	2	10	28	1.45
31834083--31834128	20	2.3	20	84	0	56	43	2	17	36	1.61
31835915--31835957	22	2.0	22	81	9	52	39	9	18	32	1.83
31845230--31845267	18	2.2	18	86	9	53	68	2	7	21	1.28
31849563--31849638	29	2.6	29	91	0	125	30	11	25	32	1.91
31852432--31852469	15	2.5	16	87	8	53	0	26	0	73	0.83
31852490--31852535	24	1.9	24	86	0	65	21	34	17	26	1.95
31852669--31852710	21	2.0	21	95	0	75	9	21	16	52	1.72
31852639--31852865	105	2.2	105	95	1	402	13	26	13	46	1.80
31852874--31852910	18	2.1	18	94	0	65	5	18	16	59	1.55
31852897--31852931	18	1.9	18	94	0	61	0	25	11	62	1.28
31852898--31852931	9	3.8	9	88	0	50	0	26	11	61	1.30
31853600--31853638	21	1.9	20	84	5	51	30	10	0	58	1.31
31853869--31853921	24	2.2	24	86	0	70	39	0	1	58	1.09
31854213--31854258	18	2.5	19	82	10	60	73	0	26	0	0.83
31854198--31854262	4	16.2	4	78	9	62	72	0	27	0	0.85
31854376--31854415	18	2.3	18	91	4	64	25	0	7	67	1.16
31854424--31854587	80	2.0	81	91	1	267	28	0	16	54	1.42
31854571--31854607	16	2.3	16	86	13	58	32	0	8	59	1.27
31856618--31856672	21	2.6	22	80	8	60	23	5	0	70	1.07
31864311--31864362	26	2.0	25	82	14	61	36	3	28	30	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31864822--31864944	42	2.9	42	75	2	122	30	13	24	31	1.94
31871883--31872017	51	2.6	51	85	2	173	35	16	17	30	1.92
31871896--31872180	44	6.1	49	84	5	225	34	16	18	30	1.93
31871981--31872180	44	4.5	44	89	0	310	33	17	18	31	1.94
31871981--31872208	44	5.2	44	88	0	294	35	16	17	29	1.92
31872012--31872239	88	2.6	88	82	4	228	35	16	17	29	1.93
31871981--31872247	132	2.0	132	84	2	349	35	16	17	29	1.93
31873932--31873968	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
31879056--31879221	64	2.6	64	89	0	269	41	13	19	25	1.88
31881341--31881389	22	2.2	23	82	10	57	34	26	0	38	1.57
31882031--31882203	43	4.0	43	75	11	131	32	23	16	27	1.96
31886701--31887014	49	6.6	48	78	11	240	24	29	19	26	1.98
31887404--31887489	30	2.9	30	92	0	136	31	27	12	27	1.93
31893382--31893499	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
31893350--31893513	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
31900952--31901069	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
31900920--31901083	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
31904533--31904896	47	7.7	48	70	12	172	24	27	19	28	1.99
31904541--31904898	141	2.6	138	79	8	361	25	27	18	28	1.98
31908339--31908448	48	2.3	48	80	3	114	28	20	25	26	1.99
31909323--31909412	45	2.0	45	95	0	162	34	3	23	38	1.71
31918710--31918769	31	1.9	31	100	0	120	33	6	13	46	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31918870--31919114	55	4.6	52	78	11	250	35	18	24	21	1.95
31918877--31919077	108	1.8	110	89	4	318	34	17	24	22	1.96
31919315--31919345	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
31926347--31926602	55	4.8	54	79	9	271	35	17	25	20	1.95
31926355--31926555	108	1.8	110	88	6	311	34	17	25	21	1.95
31926794--31926824	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
31928891--31928979	27	3.3	26	81	6	97	28	22	29	20	1.98
31932785--31932831	23	2.0	23	100	0	94	46	8	8	36	1.65
31944018--31944093	39	1.9	39	94	0	134	46	17	9	27	1.78
31950874--31950995	64	1.9	65	86	3	174	37	9	3	49	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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