Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  413  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
120046310--120046336
14
1.9
14
100
0
54
81
0
0
18
0.69
120049301--120049358
29
2.0
29
96
0
107
22
10
17
50
1.76
120051898--120051944
10
4.7
10
79
7
51
76
2
4
17
1.04
120051881--120051948
10
6.7
10
72
12
50
70
2
2
23
1.15
120052833--120052873
2
20.5
2
100
0
82
48
0
0
51
1.00
120055760--120055861
37
2.6
38
75
20
95
57
4
4
32
1.41
120056054--120056084
2
15.5
2
93
0
53
48
0
3
48
1.17
120056661--120056694
15
2.4
14
95
5
59
5
0
29
64
1.17
120056660--120056743
15
5.7
16
71
21
58
3
3
22
70
1.19
120057370--120057947
88
7.0
83
71
15
299
36
18
16
27
1.93
120057538--120057599
30
2.1
30
90
6
99
41
29
9
19
1.83
120057695--120057729
14
2.6
14
90
4
54
51
5
14
28
1.65
120057749--120058087
79
4.5
74
82
7
366
33
18
17
30
1.94
120058022--120058197
98
1.8
95
81
3
217
31
19
18
31
1.95
120058117--120058278
74
2.1
75
85
7
222
32
20
18
28
1.97
120057944--120058421
165
2.9
164
90
3
703
31
20
18
29
1.96
120058282--120058421
74
1.9
75
89
3
219
27
23
20
28
1.99
120058486--120058651
72
2.3
71
88
4
244
41
21
15
22
1.89
120058526--120058772
122
2.0
124
90
3
392
39
22
13
24
1.90
120058651--120059070
70
5.7
71
80
11
447
37
22
15
24
1.93
120058754--120059055
156
1.9
155
92
3
509
37
22
15
24
1.93
120058451--120059318
419
2.1
421
99
0
1706
37
22
15
24
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
120059070--120059333
70
3.7
71
84
4
356
37
22
14
25
1.92
120059070--120059333
71
3.7
69
84
4
339
37
22
14
25
1.92
120058910--120059500
263
2.3
256
94
4
1015
36
22
14
25
1.93
120061465--120061566
37
2.6
38
75
20
95
57
4
4
32
1.41
120061729--120061859
39
3.3
38
75
14
108
53
4
5
36
1.44
120061760--120061786
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
120062381--120062417
17
2.2
17
90
9
58
0
8
2
89
0.58
120063061--120063638
88
7.0
83
71
15
299
36
18
16
27
1.93
120063229--120063290
30
2.1
30
90
6
99
41
29
9
19
1.83
120063386--120063420
14
2.6
14
90
4
54
51
5
14
28
1.65
120063440--120063962
72
6.8
75
78
12
463
32
19
17
30
1.95
120063635--120064105
165
2.9
164
89
2
664
31
21
18
29
1.96
120063801--120063962
74
2.1
75
85
7
222
32
20
18
28
1.97
120063966--120064105
74
1.9
75
89
3
219
27
23
20
28
1.99
120064074--120064178
53
1.9
54
87
11
153
38
17
15
29
1.90
120064169--120064325
71
2.2
72
88
3
239
40
21
15
22
1.91
120064331--120064586
64
3.7
67
82
12
299
37
23
14
24
1.92
120064260--120064958
116
5.6
115
74
16
630
37
23
14
25
1.92
120064621--120064843
70
3.1
70
83
5
306
38
22
14
24
1.92
120064172--120065010
257
3.3
257
94
4
1448
36
23
14
25
1.93
120064586--120064843
70
3.7
69
81
7
294
36
23
14
25
1.93
120073281--120073316
12
3.0
12
87
0
54
41
5
27
25
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
120073277--120073308
16
1.9
17
93
6
57
40
6
28
25
1.79
120075282--120075380
39
2.6
39
77
4
103
53
4
6
36
1.45
120075901--120075938
16
2.3
17
81
4
51
7
0
31
60
1.25
120075934--120075967
12
2.9
11
91
8
50
0
8
2
88
0.62
120075934--120075970
17
2.2
17
90
9
58
0
8
2
89
0.58
120079009--120079049
10
4.1
10
87
9
57
53
0
7
39
1.29
120079132--120079171
2
20.0
2
94
0
71
50
2
0
47
1.14
120086890--120086930
12
3.4
12
86
0
55
43
21
7
26
1.79
120090312--120090344
2
16.5
2
100
0
66
48
0
0
51
1.00
120093424--120093473
25
2.0
25
100
0
100
44
8
12
36
1.71
120098456--120098496
19
2.2
19
86
8
57
0
31
0
68
0.90
120098702--120098765
31
2.0
32
85
8
87
45
9
0
45
1.36
120099279--120099307
13
2.1
14
93
6
51
44
3
0
51
1.18
120101715--120101746
15
2.1
15
100
0
64
43
0
18
37
1.51
120112370--120112412
22
2.0
22
90
0
68
58
9
11
20
1.61
120112970--120113012
22
2.0
22
86
9
61
65
6
2
25
1.30
120113651--120113683
15
2.3
15
89
5
50
39
6
0
54
1.25
120115259--120115321
33
1.9
33
90
6
101
34
0
6
58
1.23
120117497--120117523
3
9.0
3
100
0
54
33
0
0
66
0.92
120130341--120130371
16
1.9
16
93
0
53
0
19
3
77
0.90
120131348--120131789
115
3.8
115
91
3
669
32
1
14
51
1.50
120131847--120131878
15
2.1
16
94
5
57
37
0
6
56
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
120131852--120131915
22
2.9
22
73
17
60
34
0
3
62
1.11
120133343--120133547
46
4.4
46
86
2
259
21
25
14
38
1.91
120136282--120136487
46
4.6
44
77
12
152
24
29
20
26
1.99
120139031--120139200
46
3.7
46
75
13
168
31
29
18
20
1.96
120139039--120139209
93
1.8
93
87
0
252
30
29
18
21
1.97
120139763--120139799
20
1.9
18
89
10
56
35
21
0
43
1.53
120143477--120143572
33
2.9
32
77
9
95
17
44
12
25
1.84
120147589--120147690
50
2.0
52
90
5
163
44
12
18
24
1.85
120149076--120149120
13
3.5
12
82
14
54
75
0
13
11
1.05
120163443--120163580
69
2.0
69
98
0
267
21
25
13
39
1.89
120164336--120164366
3
10.3
3
100
0
62
32
0
0
67
0.91
120164885--120164969
21
4.0
21
71
0
71
11
45
10
31
1.75
120169456--120169485
15
2.0
15
93
0
51
30
0
0
70
0.88
120169520--120169547
11
2.5
11
100
0
56
21
7
17
53
1.67
120169871--120169897
12
2.2
12
100
0
54
55
0
14
29
1.40
120174121--120174158
18
2.1
18
100
0
76
34
28
10
26
1.90
120179039--120179118
20
4.2
20
65
20
55
35
10
6
48
1.62
120184174--120184289
31
3.9
31
75
13
84
31
8
11
49
1.69
120184205--120184290
26
3.1
26
73
14
73
29
8
11
51
1.67
120188464--120188512
12
4.5
11
76
23
50
65
6
0
28
1.16
120188470--120188510
20
2.0
21
86
13
59
65
4
0
29
1.13
120188470--120188567
27
3.6
25
75
17
81
62
7
2
28
1.33
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
120188485--120188575
27
3.3
27
78
14
112
61
7
2
28
1.35
120194382--120194464
41
2.0
41
93
2
141
36
9
13
40
1.77
120195163--120195200
20
1.9
20
88
0
58
55
0
5
39
1.23
120196509--120196668
51
3.2
50
91
1
248
30
23
14
32
1.94
120201645--120201826
46
4.0
46
90
1
258
21
23
14
40
1.91
120203957--120204008
11
4.7
11
76
9
52
63
3
0
32
1.12
120205066--120205113
19
2.8
17
75
15
53
37
2
4
56
1.30
120205067--120205115
16
2.8
18
81
9
57
36
2
4
57
1.30
120209520--120209560
17
2.4
17
87
0
55
31
0
4
63
1.15
120209515--120209585
27
2.7
27
79
14
76
29
0
2
67
1.05
120209986--120210022
18
2.1
18
89
0
56
43
0
0
56
0.99
120219593--120219617
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
120222579--120222709
62
2.1
62
83
6
160
21
9
12
57
1.62
120228940--120228994
27
2.1
27
96
3
87
36
9
7
47
1.63
120231198--120231234
20
1.9
18
89
10
56
43
0
21
35
1.53
120233015--120233119
50
2.1
50
96
1
194
31
7
20
40
1.81
120235439--120235485
21
2.3
19
77
22
51
53
17
4
25
1.62
120243120--120243174
22
2.5
23
77
14
62
36
1
5
56
1.33
120252210--120252252
22
2.0
22
86
9
61
30
11
16
41
1.83
120252210--120252252
21
2.0
23
82
17
56
30
11
16
41
1.83
120264337--120264391
26
2.1
27
86
10
78
38
7
1
52
1.40
120265084--120265114
15
2.1
15
100
0
62
48
6
25
19
1.72
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
120273527--120273573
24
2.0
24
91
0
76
53
6
10
29
1.60
120274934--120274966
14
2.3
15
90
10
52
21
6
6
66
1.35
120278965--120279064
50
2.0
50
96
0
182
25
17
15
43
1.87
120280215--120280250
18
1.9
19
88
5
56
55
2
0
41
1.14
120280220--120280301
9
9.2
9
69
12
53
52
2
0
45
1.14
120280241--120280301
18
3.4
18
78
10
72
52
1
0
45
1.10
120284581--120284610
14
2.1
14
100
0
60
33
20
6
40
1.78
120289002--120289041
19
2.0
20
85
4
55
50
7
0
42
1.30
120292580--120292651
23
3.1
23
82
6
74
47
2
5
44
1.41
120296902--120297011
47
2.4
46
83
7
143
35
22
16
25
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427