genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.147.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  147  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40232388--40232510	55	2.2	57	80	9	148	38	21	8	32	1.83
40232305--40232587	54	5.2	53	76	5	192	32	21	8	37	1.83
40232619--40232770	27	5.6	27	77	7	137	41	23	7	27	1.82
40232639--40232770	55	2.4	54	83	1	147	40	21	8	29	1.82
40233180--40233221	20	2.0	22	90	9	70	19	19	35	26	1.95
40233575--40233661	20	4.3	20	89	2	131	40	9	18	32	1.82
40233711--40233899	26	7.3	26	89	3	269	28	21	23	26	1.99
40233711--40233886	78	2.3	78	94	3	302	26	22	23	27	2.00
40234032--40234123	42	2.2	42	84	0	112	32	13	19	34	1.90
40234147--40234225	31	2.5	31	95	0	140	29	18	27	24	1.98
40237216--40237268	26	2.0	26	100	0	106	35	11	11	41	1.77
40240743--40240884	24	5.9	24	91	4	207	26	22	22	28	1.99
40240743--40240886	47	3.0	48	88	5	211	27	22	22	27	1.99
40240742--40240884	71	2.0	72	89	4	218	26	22	22	28	1.99
40240934--40240993	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
40240934--40240988	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
40241036--40241083	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
40242317--40242602	27	10.6	27	84	6	330	40	8	22	28	1.83
40242316--40242601	81	3.5	81	87	3	382	40	8	21	28	1.83
40245626--40245768	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
40245626--40245767	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
40245625--40245768	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40245818--40245871	11	5.4	11	70	20	55	31	20	11	37	1.88
40245818--40245876	19	3.0	20	95	5	111	33	20	10	35	1.86
40245919--40245966	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
40247203--40247488	27	10.6	27	83	6	339	40	9	22	27	1.84
40247203--40247487	81	3.5	81	86	3	380	41	9	21	28	1.84
40247222--40247521	81	3.7	81	84	4	304	39	9	23	27	1.86
40251936--40251974	20	2.0	20	94	0	69	28	7	17	46	1.76
40254666--40254729	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
40254922--40255042	24	5.0	24	89	8	174	26	21	21	30	1.98
40255096--40255158	20	3.2	20	93	0	108	31	17	12	38	1.87
40255195--40255242	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
40261494--40261700	53	3.8	53	78	3	225	37	17	25	19	1.93
40269728--40269951	40	5.6	40	88	3	308	27	26	22	23	2.00
40269728--40269951	81	2.8	80	88	4	317	27	26	22	23	2.00
40271353--40271395	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
40271353--40271391	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
40273369--40273512	39	3.7	40	89	0	202	22	22	31	23	1.99
40273385--40273550	79	2.1	79	79	4	174	24	21	30	23	1.99
40280561--40280754	40	4.8	40	91	1	307	26	27	22	23	1.99
40280531--40280755	81	2.8	80	88	4	319	27	27	21	24	1.99
40283070--40283273	53	3.8	53	73	5	131	37	17	23	22	1.94
40285957--40286132	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40285953--40286124	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
40290152--40290259	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
40296498--40296538	19	2.2	19	90	0	64	36	12	17	34	1.87
40297365--40297437	20	3.7	20	66	14	53	31	8	0	60	1.26
40297744--40297782	2	19.5	2	94	0	69	48	0	0	51	1.00
40297981--40298039	28	2.1	28	100	0	118	42	13	20	23	1.88
40298976--40299032	17	3.3	17	76	11	62	63	3	1	31	1.22
40299241--40299371	69	1.9	67	84	9	176	41	9	9	38	1.72
40299377--40299405	12	2.4	12	100	0	58	72	6	0	20	1.07
40301272--40301312	6	6.7	6	88	5	64	39	14	14	31	1.87
40301272--40301312	19	2.2	18	91	4	64	39	14	14	31	1.87
40301272--40301319	25	1.9	25	86	0	69	39	12	18	29	1.88
40312477--40312501	10	2.5	10	100	0	50	0	56	0	44	0.99
40313359--40313400	17	2.5	17	96	0	75	21	23	35	19	1.96
40316430--40316465	18	2.0	18	88	0	54	50	0	5	44	1.25
40319136--40319179	22	1.9	24	86	9	65	38	4	2	54	1.33
40320565--40320700	9	14.9	9	70	13	66	61	2	1	34	1.20
40321067--40321277	10	22.0	9	65	18	63	35	1	3	59	1.25
40321218--40321277	9	6.7	9	70	14	52	31	3	3	61	1.28
40321256--40321294	16	2.4	16	95	0	69	35	0	2	61	1.10
40321408--40321474	7	8.0	8	82	17	59	40	0	0	59	0.97
40321378--40321437	29	2.1	29	81	6	68	31	0	1	66	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40323604--40323677	17	4.5	17	68	21	50	40	2	1	55	1.22
40324714--40324751	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
40331403--40331435	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
40331863--40331909	21	2.1	21	81	14	51	42	0	25	31	1.55
40338475--40338646	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	20	1.98
40338467--40338645	46	3.9	46	82	10	238	27	29	21	21	1.99
40340403--40340455	28	1.9	27	84	3	70	26	26	18	28	1.98
40340417--40340551	60	2.2	59	83	8	157	25	25	20	27	1.99
40340544--40340589	20	2.3	20	85	3	67	28	26	17	28	1.98
40348222--40348255	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
40349502--40349583	26	3.2	25	91	3	128	32	6	24	36	1.80
40363193--40363237	23	2.0	23	82	8	56	71	2	20	6	1.20
40376278--40376312	17	2.1	17	88	0	52	40	20	5	34	1.76
40379051--40379153	52	2.0	52	94	0	179	35	18	20	25	1.95
40380017--40380084	30	2.3	30	97	0	127	20	25	33	20	1.97
40390773--40390805	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
40391283--40391384	41	2.4	42	83	6	127	22	27	18	31	1.97
40397003--40397061	23	2.5	24	76	15	61	61	3	0	35	1.13
40396975--40397086	30	3.8	29	75	12	95	60	3	0	34	1.20
40397451--40397626	67	2.6	67	91	0	271	42	13	4	39	1.65
40397991--40398259	67	4.0	67	87	3	373	40	14	4	39	1.68
40398648--40398990	67	5.1	66	89	2	499	41	15	4	38	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40404070--40404201	67	2.0	67	96	0	246	42	15	3	37	1.66
40404262--40404304	21	2.0	21	100	0	86	23	23	9	44	1.82
40415292--40415351	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
40421703--40421738	17	2.1	17	100	0	72	19	22	16	41	1.90
40423299--40423475	47	3.8	47	79	12	202	21	19	28	30	1.98
40427608--40427681	30	2.4	31	88	4	114	47	20	5	27	1.72
40428495--40428553	29	2.0	29	90	6	93	47	5	15	32	1.67
40428571--40428907	175	1.9	174	83	4	428	27	15	20	37	1.92
40428840--40428907	31	2.2	32	79	10	79	20	4	26	48	1.68
40433606--40433686	21	3.9	21	83	0	90	43	17	22	17	1.88
40433594--40433678	42	2.0	42	88	0	125	40	17	24	17	1.91
40433621--40433723	42	2.5	42	85	0	125	42	17	22	17	1.89
40433594--40433714	63	1.9	63	84	3	163	42	19	22	15	1.88
40439143--40439225	30	2.8	30	83	7	89	12	20	42	25	1.86
40439150--40439201	24	2.2	24	92	0	86	9	19	44	26	1.81
40442299--40442362	29	2.2	29	83	2	76	32	25	23	18	1.97
40448511--40448669	80	2.0	80	97	0	300	37	30	11	21	1.88
40448427--40448783	195	1.8	197	88	3	549	35	28	10	24	1.89
40449377--40449416	21	1.9	21	100	0	80	17	20	7	55	1.66
40449761--40449822	19	3.2	18	78	17	61	38	0	3	58	1.15
40449757--40449812	12	4.8	13	73	20	52	41	0	1	57	1.09
40450266--40450303	18	2.1	19	85	5	51	36	0	10	52	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40451544--40451607	19	3.4	19	71	0	65	23	17	25	34	1.96
40453882--40453967	3	29.7	3	72	15	65	34	1	4	59	1.26
40454428--40454492	5	12.4	5	73	20	53	73	3	4	18	1.13
40454439--40454492	22	2.6	20	83	11	72	75	3	5	14	1.12
40454539--40454574	16	2.2	17	90	5	56	69	2	22	5	1.22
40455557--40455581	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
40455559--40455671	45	2.5	45	82	2	147	21	21	18	38	1.93
40459683--40459717	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
40462028--40462066	17	2.3	17	86	8	53	23	17	43	15	1.87
40469699--40469756	25	2.3	25	84	0	71	29	29	18	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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