genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.396.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  396  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114742569--114742603	18	1.9	18	88	0	52	40	17	25	17	1.90
114744066--114744120	20	2.7	20	81	16	67	56	1	1	40	1.21
114750168--114750209	6	6.8	6	91	2	57	42	16	21	19	1.89
114750193--114750299	45	2.4	45	88	3	162	42	19	17	20	1.90
114750682--114750817	26	5.2	26	95	0	236	33	3	24	38	1.73
114752585--114752870	136	2.1	137	97	0	538	24	18	25	31	1.98
114756593--114756727	26	5.2	26	97	0	227	34	5	24	36	1.78
114758202--114758254	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
114758501--114758786	136	2.1	137	97	0	538	24	18	25	31	1.98
114760495--114760538	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
114760537--114760562	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
114760812--114760866	20	2.7	20	81	16	67	56	1	1	40	1.21
114763041--114763095	4	14.0	4	74	11	51	72	3	5	18	1.18
114763117--114763216	9	11.1	9	93	0	137	66	7	1	26	1.24
114763120--114763216	6	16.2	6	86	0	131	65	6	1	26	1.22
114764576--114764922	183	1.9	183	85	0	478	28	22	19	29	1.98
114764675--114765471	44	17.7	44	71	14	362	28	21	18	31	1.97
114764813--114765070	96	2.8	93	78	12	293	29	20	17	32	1.96
114764817--114765146	181	1.8	181	88	2	509	30	20	17	31	1.96
114765042--114765146	43	2.4	43	82	4	122	34	20	17	27	1.95
114764804--114765416	224	2.7	224	85	3	811	29	21	18	31	1.96
114766296--114766365	9	8.4	9	76	21	55	0	57	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114766300--114766346	3	15.7	3	90	0	76	0	65	0	34	0.93
114774341--114774571	3	76.3	3	81	3	266	62	0	6	31	1.23
114775214--114775271	9	6.4	9	78	7	64	41	20	10	27	1.85
114775291--114775331	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
114783618--114783732	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
114783618--114783751	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
114789754--114789868	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
114789754--114789887	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
114802747--114802861	44	2.6	45	84	2	142	36	13	21	27	1.92
114806604--114806647	22	2.0	22	100	0	88	45	27	4	22	1.72
114809544--114809584	6	6.8	6	82	0	55	14	4	2	78	1.03
114814520--114814561	19	2.2	19	100	0	84	23	4	4	66	1.30
114830418--114830874	229	2.0	233	82	3	564	31	16	20	31	1.95
114833328--114833387	22	2.7	22	82	10	77	43	18	20	18	1.88
114835180--114835234	25	2.2	25	90	0	83	18	32	18	30	1.95
114837755--114837798	18	2.3	20	81	18	58	31	20	0	47	1.50
114837888--114837916	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
114838408--114838433	12	2.2	12	100	0	52	69	0	23	7	1.14
114840559--114840596	14	2.7	14	88	8	51	60	0	39	0	0.97
114845895--114845965	36	2.0	35	88	2	106	33	12	22	30	1.91
114846837--114846882	5	9.4	5	97	2	85	19	0	63	17	1.32
114854749--114854796	23	2.1	23	84	0	60	64	6	2	27	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114860437--114860468	15	2.1	16	94	5	57	0	9	0	90	0.45
114879683--114879744	26	2.4	26	81	2	72	37	20	19	22	1.95
114879783--114879970	65	2.9	63	78	9	200	35	23	19	21	1.96
114881779--114881818	13	2.9	13	85	7	53	37	0	2	60	1.11
114884247--114884562	43	7.3	43	88	2	413	24	18	31	25	1.98
114886849--114886965	9	12.3	9	77	10	117	33	0	21	44	1.58
114886849--114886965	48	2.4	48	83	5	139	33	0	21	44	1.58
114886884--114886959	39	1.9	39	94	0	134	34	0	19	46	1.51
114886851--114886963	57	2.0	57	89	0	172	31	0	22	45	1.59
114886990--114888096	242	4.6	242	98	0	2133	33	14	17	35	1.90
114888476--114888577	26	4.0	25	91	3	159	34	6	23	35	1.82
114888472--114888577	52	2.0	52	94	0	185	35	6	22	34	1.80
114890354--114890640	138	2.1	137	94	1	504	25	18	24	32	1.97
114894451--114894484	13	2.6	13	90	0	59	38	0	38	23	1.55
114895067--114895141	26	2.9	27	88	4	109	45	4	6	44	1.48
114895531--114895620	29	3.1	27	81	12	92	34	37	1	26	1.64
114895990--114896044	28	1.9	29	82	10	69	58	7	0	34	1.26
114896331--114896452	40	3.1	39	80	11	142	26	21	20	31	1.98
114898688--114898757	35	1.9	37	88	5	108	50	4	8	37	1.53
114899795--114899823	12	2.4	12	100	0	58	37	0	13	48	1.43
114909426--114909470	21	2.1	21	91	0	72	40	20	11	28	1.86
114909510--114909544	13	2.6	13	86	4	52	42	31	0	25	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114909522--114909570	21	2.3	21	89	0	80	42	34	0	22	1.54
114909575--114909625	7	7.4	7	73	4	50	27	1	27	43	1.66
114912980--114913015	18	2.0	18	89	10	56	61	0	5	33	1.19
114925421--114925445	12	2.1	12	100	0	50	92	0	8	0	0.40
114925736--114925766	16	1.9	16	100	0	62	3	0	12	83	0.75
114936930--114937138	111	1.9	109	90	3	332	32	11	5	51	1.59
114938618--114938647	15	1.9	16	93	6	53	46	0	0	53	1.00
114938604--114938650	14	3.3	14	82	11	51	44	2	0	53	1.12
114946539--114946564	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
114948684--114948762	39	2.0	39	100	0	158	40	10	29	20	1.85
114953954--114954020	34	2.0	34	87	0	98	16	4	41	37	1.69
114960831--114960896	29	2.3	30	78	7	73	45	0	0	54	0.99
114960971--114961046	27	2.8	27	97	0	143	25	23	28	22	1.99
114961204--114961266	30	2.1	30	100	0	126	38	9	11	41	1.73
114961887--114961947	31	1.9	33	83	6	81	72	1	1	24	1.03
114966051--114966098	24	2.0	24	100	0	96	37	25	12	25	1.91
114969580--114969609	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
114988870--114989049	89	2.0	89	97	0	342	40	16	12	30	1.86
114996370--114996394	8	3.1	8	100	0	50	52	12	0	36	1.39
115002506--115002672	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
115002501--115002672	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
115004485--115004523	16	2.4	17	91	8	64	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115005288--115005329	18	2.3	18	84	8	50	66	2	0	30	1.04
115006318--115006358	21	2.0	21	85	0	55	34	0	14	51	1.43
115007433--115007527	46	2.1	46	95	0	172	45	13	7	33	1.72
115008405--115008466	30	2.1	30	90	3	99	22	3	14	59	1.49
115009804--115009832	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
115010624--115010693	31	2.3	30	80	4	79	40	10	10	40	1.72
115013102--115013237	40	3.4	40	86	0	182	30	12	22	35	1.91
115013204--115013433	78	2.9	78	96	0	406	33	12	21	32	1.91
115015603--115015653	26	2.0	25	84	3	66	58	0	1	39	1.09
115015724--115015748	12	2.1	12	100	0	50	48	8	16	28	1.74
115023294--115023418	63	2.0	63	96	0	232	30	22	19	28	1.98
115028806--115028846	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
115036091--115036209	57	2.0	60	80	13	133	58	0	3	36	1.20
115039785--115039813	13	2.3	13	94	5	51	51	0	6	41	1.28
115039758--115039855	45	2.1	46	83	5	117	50	3	3	43	1.33
115039825--115039860	18	2.0	18	88	0	54	47	0	2	50	1.15
115042926--115042977	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
115043450--115043507	22	2.8	20	78	7	62	62	3	0	34	1.12
115043475--115043499	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
115046815--115046846	13	2.5	13	94	0	55	56	21	18	3	1.56
115048967--115049011	4	10.8	4	83	9	54	31	0	2	66	1.04
115050021--115050045	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115052246--115052279	18	1.9	18	88	5	52	52	11	0	35	1.38
115053560--115053611	25	2.1	25	85	0	68	42	13	7	36	1.73
115054837--115054861	11	2.3	11	100	0	50	64	0	28	8	1.22
115056682--115056726	18	2.5	18	92	0	72	53	6	20	20	1.67
115061004--115061164	42	3.7	42	79	9	153	29	24	15	31	1.96
115061087--115061255	47	3.6	46	84	3	194	29	26	15	28	1.96
115061046--115061255	95	2.3	94	82	8	236	29	25	15	29	1.96
115061278--115061362	31	2.7	31	85	7	127	25	28	18	27	1.98
115061376--115061515	50	2.8	50	96	0	262	27	21	16	35	1.95
115064728--115064887	52	3.1	52	80	4	196	28	26	19	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427