genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  81  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20514399--20514432	18	1.9	17	94	5	59	64	0	8	26	1.22
20524724--20524775	19	2.7	19	80	11	61	57	5	3	32	1.40
20524731--20524768	20	1.9	20	89	10	60	52	2	5	39	1.38
20524764--20524799	18	1.9	18	88	5	54	50	5	2	41	1.40
20524843--20524868	12	2.2	12	100	0	52	65	0	0	34	0.93
20525506--20525574	19	3.7	18	75	14	61	24	26	0	49	1.51
20526917--20526967	20	2.5	21	75	12	52	35	1	7	54	1.40
20527306--20527350	21	2.1	22	87	4	65	35	2	2	60	1.22
20531995--20532036	17	2.5	17	80	3	50	54	9	2	33	1.46
20532044--20532106	29	2.2	28	83	13	76	61	3	4	30	1.32
20532075--20532186	18	5.8	19	72	21	67	57	0	7	34	1.32
20532096--20532148	21	2.5	22	78	9	65	58	0	3	37	1.16
20532075--20532188	20	6.0	18	73	18	67	57	0	7	34	1.34
20533550--20533597	22	2.2	22	96	3	89	39	8	10	41	1.69
20538358--20538398	16	2.5	17	80	15	50	48	14	14	21	1.80
20539067--20539094	11	2.5	11	100	0	56	14	0	7	78	0.95
20541871--20541919	22	2.2	23	82	10	57	46	0	8	44	1.33
20553735--20553799	30	2.1	31	82	2	78	41	0	4	53	1.21
20554069--20554106	20	1.9	20	84	10	51	28	2	2	65	1.19
20558375--20558550	46	3.8	45	78	10	194	20	20	30	28	1.98
20558371--20558543	93	1.9	93	93	0	301	20	20	30	27	1.98
20561530--20561590	19	3.3	19	78	15	65	54	1	3	40	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20562791--20562830	20	1.9	20	90	10	62	72	0	2	25	0.97
20567098--20567130	6	5.8	6	92	7	52	15	84	0	0	0.61
20567099--20567129	16	1.9	16	100	0	62	16	83	0	0	0.64
20584699--20584762	30	2.1	31	85	8	87	40	3	0	56	1.15
20601693--20601723	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
20602036--20602085	25	1.9	26	88	8	75	24	8	4	64	1.38
20602060--20602142	19	4.6	18	71	24	59	28	6	1	63	1.25
20602047--20602123	33	2.3	33	77	14	95	27	3	2	66	1.22
20602097--20602148	23	2.3	21	81	18	61	28	5	0	65	1.16
20603592--20603659	31	2.2	32	82	10	88	50	20	8	20	1.75
20603691--20603735	21	2.2	20	88	4	63	26	20	26	26	1.99
20604719--20604758	3	13.3	3	94	0	71	0	30	0	70	0.88
20605060--20605122	31	2.1	30	85	8	83	44	9	12	33	1.75
20606988--20607041	23	2.5	21	82	8	63	24	0	1	74	0.92
20609513--20609588	39	1.9	39	100	0	152	50	10	13	26	1.73
20611954--20612159	106	2.0	100	88	10	301	33	17	16	33	1.92
20615119--20615164	21	2.2	21	84	7	58	45	2	2	50	1.26
20615132--20615176	21	2.1	21	88	8	65	40	2	0	57	1.11
20616737--20616813	13	5.9	13	76	11	68	36	20	6	36	1.79
20619501--20619546	23	2.0	23	95	0	83	39	6	13	41	1.70
20620106--20620168	30	2.1	30	96	0	117	46	7	6	39	1.59
20620111--20620163	15	3.5	15	75	10	63	45	7	7	39	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20622649--20622761	43	2.7	42	78	1	127	27	17	23	31	1.97
20631656--20631682	11	2.5	11	100	0	54	29	29	18	22	1.97
20632746--20632785	8	4.7	9	84	9	57	27	0	0	72	0.85
20632649--20632777	47	2.7	44	76	17	116	34	3	2	60	1.25
20632737--20632785	26	1.9	25	87	4	71	30	0	0	69	0.89
20632743--20632785	17	2.6	16	89	10	68	27	0	0	72	0.85
20638819--20638858	19	2.1	19	100	0	80	40	10	15	35	1.80
20642705--20642761	15	3.9	15	90	2	89	36	0	12	50	1.40
20643146--20643241	21	4.5	21	89	2	129	13	22	27	36	1.92
20643133--20643241	42	2.5	42	85	2	137	15	22	25	35	1.94
20654131--20654184	27	2.0	27	85	7	74	29	20	18	31	1.96
20654288--20654369	27	3.1	27	77	11	89	23	20	18	37	1.94
20654371--20654443	26	2.8	26	85	0	83	13	16	23	46	1.82
20654383--20654443	26	2.3	26	91	0	95	11	18	24	45	1.82
20658045--20658151	43	2.5	43	89	0	178	21	27	21	29	1.98
20663627--20663864	56	4.2	56	90	0	350	28	13	23	35	1.92
20664910--20664942	13	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28
20664973--20665002	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
20671359--20671440	30	2.6	30	78	5	92	30	12	21	35	1.90
20673059--20673225	43	3.9	43	74	8	146	28	13	22	35	1.92
20677293--20677395	29	3.6	29	74	7	93	21	16	33	29	1.95
20683697--20683890	96	2.0	96	95	0	352	31	19	22	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20691615--20691760	40	3.7	40	91	0	240	21	23	28	26	1.99
20693929--20693975	23	2.0	23	95	0	85	36	10	17	36	1.84
20695124--20695161	18	2.2	18	95	4	69	34	31	0	34	1.58
20696923--20696948	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
20703984--20704055	3	24.0	3	97	0	135	65	0	1	33	1.02
20705752--20705796	16	2.7	16	86	6	54	42	31	0	26	1.56
20706426--20706790	182	2.0	182	98	0	703	37	7	26	29	1.83
20709794--20709946	51	3.0	51	94	0	261	33	26	9	29	1.89
20717333--20717385	21	2.5	21	84	0	70	28	5	33	32	1.81
20722060--20722111	23	2.2	24	86	6	72	42	13	7	36	1.73
20729432--20729489	24	2.4	24	88	0	80	29	12	29	29	1.93
20729971--20730006	13	2.8	13	100	0	72	19	22	16	41	1.90
20737663--20737847	43	4.3	43	86	5	275	28	28	17	25	1.97
20737697--20737875	86	2.1	86	80	6	193	31	24	14	30	1.94
20742791--20742846	26	2.2	26	81	12	62	42	3	1	51	1.29
20743050--20743099	26	1.9	26	87	0	73	42	4	4	50	1.40
20743069--20743099	16	1.9	16	93	0	53	38	3	0	58	1.15
20743222--20743290	15	4.7	15	72	13	54	36	43	1	18	1.60
20743729--20743781	22	2.4	22	81	6	63	18	1	32	47	1.60
20743867--20743902	17	2.1	17	89	5	54	5	25	36	33	1.79
20743892--20744174	41	6.9	41	84	4	338	21	24	20	33	1.97
20743892--20744174	123	2.3	123	87	2	417	21	24	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20753693--20753751	29	2.0	29	100	0	118	30	6	13	49	1.68
20753864--20753888	7	3.6	7	100	0	50	0	28	0	72	0.86
20754715--20754813	27	3.7	27	73	8	85	36	20	21	22	1.95
20757940--20757998	30	1.9	30	82	3	73	47	1	23	27	1.61
20763162--20763252	43	2.1	42	84	6	112	29	27	15	27	1.96
20765585--20765629	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
20770519--20770562	20	2.2	20	87	0	61	31	9	9	50	1.65
20771263--20771345	42	2.0	41	81	11	98	49	1	27	21	1.57
20774447--20774489	19	2.2	19	83	8	50	48	0	2	48	1.14
20776225--20776280	6	8.7	6	77	14	58	76	0	1	21	0.87
20776215--20776268	28	1.9	28	96	0	99	70	0	1	27	0.98
20776203--20776274	34	2.1	34	87	5	101	72	0	1	26	0.93
20776298--20776357	28	2.1	29	81	9	70	65	1	5	28	1.23
20776561--20776606	23	2.0	24	86	4	67	36	0	4	58	1.18
20776629--20776682	25	2.1	25	82	3	63	29	1	1	66	1.12
20778110--20778150	21	2.0	21	85	9	57	51	7	4	36	1.51
20780091--20780144	23	2.5	20	78	18	63	25	11	29	33	1.91
20780101--20780144	23	1.9	23	95	0	79	22	11	29	36	1.89
20792139--20792460	120	2.7	120	81	3	335	20	16	25	37	1.93
20792138--20792459	40	8.1	39	72	8	182	21	16	25	37	1.93
20793726--20793936	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
20793692--20793978	137	2.1	137	98	0	547	31	24	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20795758--20795893	26	5.2	26	96	0	245	35	25	6	33	1.82
20799393--20799459	18	3.8	17	70	18	57	25	2	5	65	1.29
20805670--20805725	28	2.0	28	100	0	112	25	17	10	46	1.80
20810412--20810455	21	2.2	20	87	4	61	0	25	0	75	0.81
20812035--20812084	10	5.0	10	78	9	57	20	6	2	72	1.16
20816151--20816176	13	2.0	13	100	0	52	38	38	15	7	1.76
20818553--20818725	75	2.3	75	85	3	233	30	32	11	25	1.91
20820957--20820986	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
20822069--20822321	68	3.9	64	79	9	181	24	28	16	30	1.97
20825960--20826141	40	4.6	39	81	8	181	24	28	23	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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