genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  204  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57183606--57183636	15	2.1	15	100	0	62	58	0	0	41	0.98
57183610--57183653	15	3.1	15	87	6	56	54	4	0	40	1.21
57183667--57183710	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
57185285--57185409	48	2.6	48	87	1	180	32	16	20	31	1.94
57185373--57185449	38	2.0	38	92	0	127	28	15	25	29	1.96
57191281--57191348	34	2.0	35	85	2	93	25	22	22	30	1.99
57192986--57193082	24	4.0	24	98	0	185	38	27	16	17	1.91
57200777--57200919	24	6.0	24	95	3	263	37	27	16	17	1.92
57205756--57205786	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
57205753--57205792	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
57205978--57206232	55	4.8	53	80	9	245	21	25	17	36	1.95
57206025--57206225	108	1.8	110	90	4	327	22	25	17	34	1.96
57213501--57213726	49	4.3	50	73	13	159	23	25	15	35	1.94
57213501--57213756	55	4.8	54	77	10	217	22	25	16	36	1.94
57213548--57213746	108	1.8	110	86	6	289	24	25	15	34	1.95
57216261--57216379	48	2.6	46	82	10	122	27	26	18	26	1.98
57216256--57216473	90	2.4	90	80	4	220	28	24	17	28	1.98
57219659--57219711	26	2.0	26	92	0	88	52	16	13	16	1.74
57223154--57223278	48	2.6	49	82	3	146	25	32	19	23	1.98
57226064--57226120	16	3.6	16	78	0	60	45	15	22	15	1.84
57226060--57226118	24	2.5	24	86	5	75	49	15	20	15	1.80
57226360--57226460	28	3.6	28	76	5	105	24	14	35	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57237251--57237494	40	6.1	40	85	2	276	28	26	20	25	1.99
57237581--57237769	64	3.0	64	58	16	142	33	26	11	28	1.91
57237463--57237924	123	3.8	123	97	0	825	33	25	10	30	1.90
57242995--57243037	16	2.7	16	81	0	50	48	13	23	13	1.79
57243267--57243378	29	3.9	29	69	5	93	25	15	33	25	1.95
57244203--57244382	87	2.1	87	96	0	333	28	7	13	50	1.69
57249306--57249500	51	3.8	51	91	0	300	29	26	12	31	1.92
57249545--57249636	24	3.7	24	83	11	121	23	21	16	38	1.93
57249525--57249643	52	2.3	52	89	0	184	27	23	15	33	1.95
57249525--57249640	24	4.4	27	77	15	118	27	24	14	33	1.94
57253035--57253253	37	5.9	37	96	0	393	25	31	18	24	1.98
57253394--57254227	48	17.0	48	92	3	1353	32	25	5	36	1.80
57253403--57254227	146	5.6	146	93	3	1388	32	25	5	36	1.80
57253394--57254227	98	8.5	98	94	2	1378	32	25	5	36	1.80
57255390--57255414	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
57260045--57260128	37	2.2	37	91	6	134	25	33	21	20	1.97
57260182--57260386	49	4.2	49	97	0	374	31	30	8	30	1.87
57264685--57264832	51	2.9	51	91	2	244	29	26	14	30	1.95
57264868--57264939	24	3.0	24	87	0	108	25	20	15	38	1.92
57269868--57269911	14	3.4	14	75	18	58	22	15	6	54	1.65
57269868--57269925	25	2.3	25	96	0	107	18	15	8	56	1.64
57276445--57276759	48	6.6	47	77	9	298	28	29	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57276445--57276759	96	3.3	96	85	2	393	28	29	16	25	1.97
57276483--57276760	144	1.9	144	92	1	468	28	29	16	25	1.97
57279806--57279847	14	2.9	15	79	13	52	40	2	19	38	1.64
57279983--57280139	43	3.7	42	74	6	147	29	19	22	28	1.98
57279982--57280107	41	3.0	41	75	11	121	27	19	23	29	1.98
57287022--57287075	22	2.5	22	87	0	72	20	20	27	31	1.97
57296271--57296302	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
57307310--57307335	12	2.2	12	100	0	52	34	0	30	34	1.58
57313203--57313359	43	3.7	43	78	10	187	28	27	17	26	1.98
57316676--57316748	14	5.8	13	72	23	50	35	5	0	58	1.21
57316682--57316758	29	2.6	29	80	8	93	33	3	0	62	1.14
57316689--57316746	30	2.0	29	86	3	80	34	5	0	60	1.19
57316718--57316761	21	2.1	21	87	4	63	31	4	0	63	1.14
57329748--57329945	40	4.9	40	88	5	269	26	26	19	27	1.99
57332156--57332276	44	2.8	44	84	3	163	28	13	28	29	1.94
57332215--57332342	66	1.9	66	91	1	211	31	12	28	28	1.93
57332167--57332386	110	2.0	111	87	0	316	30	13	27	28	1.94
57332278--57332544	44	6.1	44	88	4	348	30	14	26	28	1.95
57332278--57332544	87	3.1	86	86	4	342	30	14	26	28	1.95
57332278--57332544	131	2.0	131	88	5	398	30	14	26	28	1.95
57332517--57332571	27	2.0	27	89	0	83	21	16	29	32	1.95
57332925--57332960	18	2.0	18	88	0	54	75	0	2	22	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57334271--57334343	14	5.8	13	72	23	50	35	5	0	58	1.21
57334277--57334353	29	2.6	29	80	8	93	33	3	0	62	1.14
57334284--57334341	30	2.0	29	86	3	80	34	5	0	60	1.19
57334313--57334356	21	2.1	21	87	4	63	31	4	0	63	1.14
57334526--57334562	18	2.1	19	90	10	60	29	0	5	64	1.15
57335724--57335796	35	2.1	35	100	0	146	38	21	13	26	1.91
57338848--57339073	50	4.5	50	91	0	371	27	16	26	28	1.97
57350787--57350829	14	2.9	15	76	16	54	39	2	18	39	1.64
57350950--57351120	43	4.0	43	74	7	170	23	17	26	31	1.97
57355024--57355105	40	2.0	40	97	0	155	31	6	23	39	1.79
57357853--57358019	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
57365846--57365949	40	2.6	40	84	1	129	29	22	26	21	1.99
57369078--57369257	77	2.3	79	82	8	215	25	21	28	25	1.99
57369079--57369260	40	4.6	39	80	10	203	24	21	28	25	1.99
57377202--57377382	78	2.3	80	84	6	235	24	22	28	24	1.99
57377203--57377385	40	4.6	39	80	10	212	24	21	28	25	1.99
57380240--57380545	27	11.4	27	85	2	323	35	19	20	24	1.96
57380793--57380874	38	2.2	38	90	0	137	14	17	34	34	1.90
57380937--57380991	28	2.0	28	85	0	74	25	20	23	30	1.98
57390946--57390984	18	2.2	18	100	0	78	30	15	17	35	1.91
57404559--57404726	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
57408227--57408262	7	5.1	7	86	0	54	30	0	27	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57413218--57413314	48	2.0	48	95	0	176	35	8	9	47	1.66
57421576--57421657	38	2.2	38	82	6	105	13	9	39	37	1.78
57434909--57434957	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
57435775--57435941	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
57442898--57442946	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
57443698--57443733	17	2.1	17	100	0	72	58	5	16	19	1.58
57443781--57443947	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
57454516--57454639	19	6.8	19	84	10	179	37	11	13	37	1.81
57454537--57454627	18	5.5	15	76	21	76	37	10	14	37	1.81
57454524--57454639	35	3.2	35	93	3	187	37	12	12	37	1.81
57460335--57460396	7	8.7	7	81	15	74	85	0	14	0	0.60
57460335--57460396	29	2.2	28	88	8	90	85	0	14	0	0.60
57460335--57460395	21	2.9	21	90	7	88	85	0	14	0	0.60
57461349--57461489	44	3.3	44	69	9	146	30	21	20	26	1.98
57461393--57461531	41	3.3	41	70	13	129	30	24	22	23	1.99
57461339--57461704	85	4.3	85	85	7	523	30	23	21	24	1.99
57461338--57461704	167	2.2	168	87	8	523	30	23	21	24	1.99
57461711--57463039	207	6.4	207	94	0	2196	30	17	23	29	1.97
57463425--57463537	17	6.3	20	80	18	81	37	10	14	38	1.80
57463437--57463538	17	5.6	19	85	11	142	38	10	13	37	1.80
57463441--57463534	35	2.6	36	91	3	154	39	10	13	36	1.80
57472700--57472758	27	2.2	27	81	6	66	27	18	27	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57472726--57472908	27	6.8	28	85	5	216	25	11	23	39	1.88
57472726--57472909	81	2.3	80	88	1	260	25	11	23	39	1.88
57472726--57472909	54	3.4	54	87	1	244	25	11	23	39	1.88
57472766--57472933	81	2.1	81	86	2	230	28	10	23	37	1.87
57472899--57473132	27	8.7	27	86	5	312	38	8	23	29	1.84
57474830--57474932	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
57476745--57476928	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
57484710--57484893	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
57486350--57486469	48	2.5	48	95	0	222	31	26	5	35	1.80
57486476--57486553	23	3.2	25	66	23	76	29	28	10	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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