genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.115.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  115  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30436519--30436569	22	2.3	22	82	0	66	39	23	21	15	1.92
30440401--30440575	46	3.8	46	71	11	142	25	28	18	28	1.98
30442719--30442775	25	2.3	25	93	0	96	38	21	8	31	1.84
30446659--30446721	30	2.1	30	93	0	108	30	4	9	55	1.52
30446885--30447268	50	7.6	50	77	3	349	27	16	23	31	1.97
30446886--30447067	101	1.8	101	86	0	265	28	16	23	31	1.96
30446886--30447117	101	2.3	101	81	2	261	28	16	24	31	1.97
30446884--30447276	151	2.6	151	92	0	624	27	17	23	31	1.97
30448132--30448177	23	2.0	23	95	0	83	30	19	10	39	1.86
30463628--30463681	26	2.1	26	100	0	108	31	3	24	40	1.72
30466102--30466162	21	3.0	21	80	2	70	11	31	29	27	1.92
30472406--30472677	46	5.8	47	75	11	186	27	17	30	24	1.97
30473922--30473961	21	2.0	21	90	5	64	10	37	30	22	1.87
30474612--30474641	6	4.8	6	95	4	51	80	3	0	16	0.85
30474733--30474768	18	2.0	18	88	0	54	38	2	0	58	1.13
30475831--30475962	10	13.3	10	67	12	51	59	3	2	34	1.25
30485817--30485860	22	2.0	22	100	0	88	31	36	13	18	1.90
30486371--30486419	21	2.3	21	82	3	53	42	4	4	48	1.40
30496624--30496834	93	2.3	93	96	1	388	26	29	18	25	1.98
30496673--30496834	44	3.6	44	75	8	180	27	29	17	24	1.98
30496588--30496793	49	4.3	48	76	7	213	24	28	19	27	1.99
30498672--30498711	21	2.0	20	85	5	53	20	25	40	15	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30500037--30500211	94	1.9	93	88	4	264	25	28	17	28	1.97
30506923--30507133	48	4.5	47	81	9	179	25	28	17	28	1.97
30506923--30507225	46	6.4	48	76	11	195	25	29	17	28	1.97
30509652--30509721	28	2.5	28	90	9	108	31	25	14	28	1.95
30513813--30513861	25	2.0	25	87	0	71	26	8	22	42	1.81
30523871--30523903	16	2.1	16	88	5	50	63	3	6	27	1.32
30523993--30524026	8	4.1	8	85	7	50	70	2	2	23	1.15
30524613--30524637	13	1.9	13	100	0	50	84	8	0	8	0.79
30530910--30531147	90	2.6	90	82	3	255	35	15	23	25	1.94
30536729--30536767	20	2.0	20	85	10	53	20	30	35	12	1.90
30538941--30539127	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
30538964--30539127	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
30538964--30539161	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
30546477--30546663	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
30546500--30546663	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
30546500--30546697	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
30548300--30548469	49	3.6	49	79	11	185	25	26	20	27	1.99
30548300--30548421	44	2.6	48	87	6	171	27	27	19	25	1.99
30548393--30548605	46	4.6	46	82	5	207	23	27	19	29	1.98
30557097--30557345	135	1.8	135	86	1	365	26	8	10	53	1.65
30557515--30557547	16	2.1	16	100	0	66	36	0	12	51	1.39
30557563--30557870	172	1.8	164	87	5	454	24	10	16	48	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30557961--30557991	12	2.6	12	100	0	62	16	45	6	32	1.72
30558549--30558580	16	2.0	16	100	0	64	37	18	6	37	1.76
30558679--30558707	15	1.9	15	100	0	58	34	0	3	62	1.12
30561987--30562482	175	2.9	168	80	5	490	25	9	15	48	1.76
30561980--30562482	170	2.9	172	81	4	550	25	9	15	49	1.76
30562840--30562868	15	1.9	15	100	0	58	34	0	3	62	1.12
30563552--30563904	188	1.9	187	83	5	462	24	15	12	47	1.79
30563989--30564075	41	2.2	41	76	13	94	25	6	12	55	1.62
30566196--30566228	12	2.8	12	90	0	57	9	18	48	24	1.76
30568012--30568179	46	3.6	46	84	7	207	26	19	30	23	1.98
30568015--30568214	46	4.3	46	82	8	201	27	19	30	23	1.98
30568015--30568211	93	2.1	93	81	10	233	27	19	30	22	1.98
30573910--30573953	23	2.0	21	86	8	61	70	6	0	22	1.11
30573923--30573955	15	2.1	16	88	5	50	75	3	0	21	0.93
30576025--30576110	43	2.0	43	100	0	172	25	20	25	27	1.99
30581379--30581531	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
30589384--30589536	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
30597402--30597548	38	3.8	41	87	10	202	25	28	21	23	1.99
30597438--30597587	78	1.9	77	85	11	209	26	27	22	24	2.00
30597402--30597587	38	4.8	41	84	12	198	26	27	22	23	2.00
30599564--30599694	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
30599564--30599694	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30607515--30607645	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
30607515--30607645	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
30614808--30614881	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
30614749--30614881	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
30619470--30619642	74	2.3	75	83	3	197	29	24	21	24	1.99
30622392--30622501	49	2.2	49	88	9	170	32	28	11	27	1.92
30622597--30622745	31	4.8	31	86	3	210	26	26	20	26	1.99
30622721--30622897	50	3.5	50	88	0	246	25	22	15	36	1.93
30626431--30626604	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
30626439--30626609	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
30628988--30629076	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
30628988--30629067	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
30628999--30629076	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
30632020--30632191	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
30632012--30632187	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
30636824--30636997	45	3.8	46	78	13	189	20	21	29	28	1.98
30636829--30637002	46	3.8	46	79	13	214	20	21	29	28	1.98
30639955--30640023	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
30639946--30640033	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
30642416--30642591	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
30642412--30642583	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
30649925--30649952	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30650499--30650704	40	5.2	40	95	1	337	22	22	27	27	1.99
30654007--30654362	81	4.4	81	91	1	502	28	24	7	39	1.82
30653993--30654362	27	13.7	27	84	5	394	27	24	7	39	1.83
30654341--30654593	27	9.3	27	77	8	149	39	19	8	32	1.83
30654355--30654592	54	4.4	54	76	6	210	40	18	8	32	1.81
30654356--30654617	81	3.2	81	74	7	242	40	18	9	31	1.83
30654624--30654688	27	2.4	27	87	5	87	30	20	27	21	1.98
30655850--30655897	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
30655940--30656000	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
30656051--30656240	23	8.1	23	89	2	272	27	22	21	27	1.99
30656049--30656242	47	4.1	47	88	2	291	28	22	21	27	1.99
30656382--30656473	42	2.2	42	86	3	123	27	10	21	40	1.87
30656497--30656563	31	2.2	31	86	0	89	37	13	23	25	1.92
30666611--30666849	48	4.9	48	88	3	352	27	20	24	28	1.99
30666611--30666849	99	2.5	96	90	2	361	27	20	24	28	1.99
30673944--30674223	48	5.8	48	85	2	366	26	20	25	27	1.99
30674170--30674261	42	2.2	42	82	0	103	25	19	26	29	1.99
30678254--30678619	108	3.4	108	89	2	533	27	21	10	40	1.85
30678254--30678609	27	13.2	27	85	3	439	27	21	10	41	1.85
30678614--30678782	27	6.3	27	84	2	214	34	17	20	27	1.95
30678981--30679063	27	3.1	26	84	5	94	20	21	20	37	1.95
30679151--30679209	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30679374--30679447	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
30679565--30679751	6	30.8	6	75	16	172	19	18	13	48	1.81
30679565--30679751	85	2.2	85	96	0	347	19	18	13	48	1.81
30679565--30679751	30	6.4	30	84	11	253	19	18	13	48	1.81
30681227--30681313	24	3.6	24	87	0	111	24	17	32	26	1.97
30688335--30688596	27	9.9	27	86	4	250	27	15	15	42	1.86
30688477--30688520	23	1.9	23	95	0	79	34	18	6	40	1.77
30691110--30691216	42	2.5	42	77	3	117	28	16	26	28	1.97
30691858--30691911	28	1.9	28	100	0	108	38	3	22	35	1.72
30691861--30691923	28	2.2	28	91	0	99	41	3	17	38	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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