genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  228  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64399686--64399752	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
64399803--64399967	23	7.0	24	92	4	257	27	21	22	27	1.99
64399803--64399967	47	3.5	48	90	6	257	27	21	22	27	1.99
64400160--64400223	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
64401368--64401395	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
64408899--64409029	48	2.7	48	80	4	149	28	25	19	26	1.98
64413475--64413672	71	2.8	70	87	5	258	32	17	28	21	1.96
64413509--64413672	71	2.3	71	96	0	301	34	18	28	19	1.95
64415428--64415513	29	3.0	29	81	1	102	25	15	29	30	1.96
64422151--64422246	28	3.4	28	72	16	90	29	32	15	22	1.95
64422151--64422272	56	2.2	56	82	2	147	28	30	15	25	1.96
64436833--64436911	28	2.8	29	84	3	97	30	35	15	18	1.92
64436810--64436911	29	3.6	28	79	10	100	28	34	16	20	1.95
64444761--64444862	29	3.5	28	76	7	89	27	34	17	20	1.95
64454833--64455016	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
64454873--64455061	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
64456489--64456668	35	5.1	35	77	0	153	42	19	11	27	1.85
64462263--64462287	9	2.8	9	100	0	50	72	12	0	16	1.13
64474039--64474244	40	5.2	40	81	3	209	25	24	23	26	2.00
64474039--64474246	80	2.6	80	83	3	231	25	24	23	26	2.00
64477092--64477187	27	3.6	27	73	8	97	36	13	17	32	1.89
64480598--64480724	63	2.0	63	96	0	236	26	20	11	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64482486--64482554	28	2.5	28	88	6	97	27	14	27	30	1.95
64482486--64482564	28	2.9	27	85	9	81	27	15	25	31	1.95
64490195--64490263	28	2.5	28	88	6	97	27	14	27	30	1.95
64490195--64490273	28	2.9	27	85	9	81	27	15	25	31	1.95
64493753--64493825	25	2.9	25	88	8	112	30	26	20	23	1.99
64493753--64493837	25	3.4	23	83	13	98	31	23	21	23	1.98
64493753--64493851	50	2.0	50	84	7	130	31	24	21	23	1.98
64494379--64494420	22	1.9	22	85	0	57	40	11	2	45	1.54
64501723--64501753	16	1.9	16	93	0	53	35	9	19	35	1.85
64501729--64501768	21	1.9	21	89	0	62	37	10	20	32	1.85
64501814--64501886	25	2.9	25	91	0	110	31	24	19	24	1.98
64502404--64502445	22	1.9	22	85	0	57	40	11	2	45	1.54
64504331--64504481	43	3.5	43	78	6	171	31	23	13	30	1.94
64507963--64508054	29	3.2	29	87	3	125	28	14	31	26	1.94
64507970--64508064	29	3.3	29	86	2	113	25	13	34	26	1.93
64507986--64508079	28	3.3	28	79	7	91	27	12	34	25	1.92
64510309--64510437	49	2.7	49	79	3	145	21	25	22	30	1.99
64510498--64510621	46	2.7	46	82	9	148	23	25	19	31	1.98
64512832--64512884	23	2.3	23	86	0	70	20	22	24	32	1.98
64513003--64513095	33	2.8	33	88	1	125	22	21	29	26	1.99
64517139--64517289	46	3.3	47	79	13	136	28	17	28	25	1.98
64518013--64518046	12	2.8	12	86	0	50	35	23	29	11	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64518288--64518345	29	2.0	28	87	9	82	18	22	43	15	1.88
64527386--64527595	46	4.5	48	77	12	161	27	16	29	27	1.97
64529830--64530452	50	12.4	50	79	4	610	29	24	18	27	1.98
64529822--64530360	150	3.6	150	85	2	706	30	25	17	26	1.98
64529824--64530411	301	2.0	301	84	4	774	29	24	18	26	1.98
64532134--64532173	13	3.2	13	92	7	73	7	12	0	80	0.91
64534529--64534584	24	2.4	23	87	3	76	23	7	3	66	1.33
64536955--64536998	21	2.1	21	86	0	61	29	6	0	63	1.20
64541705--64541899	50	3.9	50	78	2	178	26	18	26	28	1.98
64547864--64547940	40	1.9	40	91	0	127	12	14	35	37	1.84
64550031--64550060	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
64558994--64559217	40	5.6	40	82	6	265	26	25	22	24	2.00
64558994--64559216	83	2.8	80	83	4	270	26	26	22	24	2.00
64563639--64563668	14	2.1	14	100	0	60	23	20	13	43	1.86
64568671--64568893	40	5.7	40	88	7	305	27	26	21	24	1.99
64568672--64568893	117	1.9	119	86	7	319	27	26	21	24	1.99
64576934--64577155	40	5.6	39	89	6	299	27	27	20	24	1.99
64576934--64577155	38	5.7	40	89	6	296	27	27	20	24	1.99
64576934--64577155	78	2.8	79	86	8	310	27	27	20	24	1.99
64587830--64588001	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
64587822--64587997	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
64590362--64590450	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64590362--64590441	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
64590373--64590450	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
64593365--64593536	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
64593357--64593532	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
64596966--64597117	40	3.8	40	81	4	180	25	26	23	25	2.00
64596966--64597116	80	1.9	81	86	4	216	24	27	23	25	2.00
64601954--64602013	30	2.0	30	83	6	77	31	23	8	36	1.84
64609497--64609557	30	2.0	30	84	6	79	32	22	8	36	1.84
64614992--64615150	35	4.5	35	80	0	174	29	9	18	42	1.82
64614992--64615150	70	2.3	70	83	0	192	29	9	18	42	1.82
64618997--64619176	68	2.6	67	77	13	181	32	15	30	22	1.95
64636010--64636088	25	3.3	25	64	10	74	32	27	5	34	1.79
64635960--64636329	49	7.7	48	93	1	557	27	29	9	33	1.88
64640535--64640621	45	1.9	45	95	0	156	24	12	25	37	1.90
64645000--64645116	42	2.7	43	80	7	132	29	29	16	25	1.97
64650878--64650922	22	2.0	22	100	0	90	42	8	17	31	1.80
64650982--64651118	45	3.0	45	89	0	211	22	13	27	36	1.92
64652333--64652363	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
64652330--64652369	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
64652565--64652808	53	4.6	53	79	9	232	21	25	16	36	1.94
64653146--64653204	30	2.0	30	83	6	75	30	25	3	40	1.72
64653514--64653556	18	2.4	18	92	0	77	65	11	9	13	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64653521--64653552	9	3.4	10	83	16	50	65	9	6	18	1.42
64655919--64655971	26	2.0	26	100	0	106	37	15	15	32	1.88
64662261--64662361	28	3.5	28	87	4	130	28	12	27	30	1.93
64669613--64669713	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
64669642--64669713	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
64675205--64675271	34	2.0	34	85	5	91	29	23	19	26	1.98
64679066--64679093	14	2.0	14	100	0	56	42	7	21	28	1.79
64680798--64680952	53	3.0	52	78	0	166	38	18	24	18	1.93
64689523--64689655	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
64689553--64689655	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
64691397--64691589	55	3.6	54	78	3	201	37	20	22	19	1.94
64697045--64697107	28	2.2	28	88	0	90	31	22	20	25	1.98
64697131--64697176	21	2.1	22	88	4	67	43	50	0	6	1.28
64697263--64697322	27	2.2	27	82	5	77	36	20	21	21	1.95
64697487--64697698	27	7.9	26	85	3	253	24	22	17	35	1.95
64710145--64710369	79	2.8	78	86	5	299	26	28	21	24	1.99
64710145--64710369	119	1.9	120	85	6	314	26	28	21	24	1.99
64710145--64710369	40	5.7	40	83	6	287	26	28	21	24	1.99
64718061--64718189	38	3.4	38	87	1	177	24	20	28	25	1.99
64722825--64722958	47	2.9	47	84	8	166	26	29	11	32	1.92
64722845--64722991	47	3.1	47	89	0	204	27	28	10	33	1.90
64724875--64724939	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64732884--64732948	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
64735267--64735375	53	2.1	53	100	0	218	24	19	16	39	1.91
64747609--64747765	28	5.5	28	75	6	145	30	28	18	22	1.97
64747636--64747737	29	3.6	29	80	7	127	29	30	16	23	1.96
64747609--64747769	57	2.8	57	92	0	250	30	29	18	22	1.97
64747797--64748051	40	6.4	40	94	0	447	27	25	19	27	1.99
64750716--64750844	38	3.4	38	89	1	186	24	21	28	25	1.99
64760783--64760850	28	2.4	28	95	0	127	32	16	23	27	1.96
64774134--64774245	39	2.9	39	93	1	181	28	28	22	20	1.98
64801323--64801352	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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