genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.383.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  383  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111432965--111433322	152	2.4	152	95	0	635	43	13	15	28	1.84
111433231--111433415	98	1.9	98	95	0	334	44	11	14	28	1.81
111433322--111433781	152	3.0	152	95	1	791	43	14	15	27	1.85
111433072--111433567	250	2.0	250	94	0	877	43	13	14	27	1.83
111432965--111433716	402	1.9	402	96	0	1378	43	13	15	27	1.84
111436160--111436467	154	2.0	154	96	0	571	44	14	13	26	1.83
111437514--111437568	8	6.5	8	82	12	56	29	0	5	65	1.15
111437718--111437777	28	2.1	28	81	6	68	25	1	21	51	1.57
111437793--111437861	14	4.8	14	73	10	50	20	0	39	40	1.52
111437852--111437946	21	4.4	22	69	20	67	23	1	28	47	1.58
111437907--111438032	66	1.9	66	88	3	191	25	3	26	44	1.69
111438979--111439021	9	4.9	9	91	2	70	48	0	6	44	1.29
111443767--111443837	33	2.2	32	97	2	133	47	21	0	30	1.51
111450775--111450821	21	2.1	22	84	7	60	48	0	4	46	1.21
111452892--111453019	23	5.4	23	70	11	80	17	26	21	34	1.95
111453392--111453573	46	4.0	46	86	1	231	41	14	23	21	1.89
111456715--111456741	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94
111459591--111459645	23	2.4	23	93	0	92	41	30	21	5	1.76
111461347--111461402	3	18.3	3	96	3	103	66	0	0	33	0.92
111461737--111461843	7	15.7	7	68	20	50	57	0	4	38	1.20
111461775--111461839	21	3.1	21	78	8	62	61	0	4	33	1.16
111461777--111461837	28	2.2	29	77	19	67	59	0	4	36	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111461859--111461889	12	2.5	13	89	10	55	64	0	0	35	0.94
111461864--111461894	16	2.0	15	93	6	53	64	0	0	35	0.94
111462197--111462329	18	7.5	17	84	5	167	36	12	11	39	1.79
111462197--111462338	35	4.0	35	93	2	221	37	13	10	38	1.79
111462685--111462713	14	2.1	14	100	0	58	27	6	13	51	1.66
111468371--111468436	34	1.9	34	100	0	132	28	21	24	25	1.99
111469795--111469930	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
111474122--111474174	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
111474265--111474330	34	1.9	34	100	0	132	28	21	24	25	1.99
111475694--111475827	26	5.2	26	94	0	232	36	24	5	33	1.78
111478125--111478301	89	2.0	88	98	1	345	40	14	16	28	1.88
111482566--111482655	30	3.0	30	80	3	92	21	23	30	25	1.99
111484494--111484519	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
111484870--111484961	46	2.0	46	95	0	166	22	25	27	25	2.00
111490116--111490447	45	7.5	45	67	11	184	29	25	16	28	1.97
111490153--111490351	44	4.5	45	70	10	142	30	26	16	27	1.96
111489799--111490451	132	4.9	133	90	2	870	28	26	17	27	1.98
111490065--111490435	45	8.4	43	68	8	156	27	25	17	28	1.98
111507228--111507285	30	1.9	30	89	6	91	17	29	32	20	1.95
111510684--111510718	3	11.7	3	100	0	70	68	0	31	0	0.90
111512675--111512703	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
111519077--111519141	22	2.9	23	81	4	69	60	1	1	36	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111522256--111522290	18	1.9	18	94	0	61	68	0	0	31	0.90
111522370--111522406	16	2.2	18	90	9	60	24	8	0	67	1.17
111523136--111523178	20	2.2	20	100	0	86	53	16	9	20	1.70
111528946--111528985	18	2.2	19	86	4	55	32	20	2	45	1.64
111529145--111529298	43	3.6	41	82	5	155	31	24	18	24	1.98
111530830--111530981	38	3.9	38	86	6	182	33	26	21	18	1.96
111537738--111537763	11	2.4	11	100	0	52	84	0	7	7	0.77
111546306--111546348	4	10.8	4	100	0	86	51	23	0	25	1.49
111547805--111547851	25	2.0	23	88	12	69	23	6	0	70	1.10
111559429--111559454	12	2.2	12	100	0	52	7	50	0	42	1.31
111561624--111561649	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
111563033--111563089	18	3.2	18	73	14	55	49	1	3	45	1.29
111568418--111568512	49	2.0	47	85	4	127	55	6	12	25	1.60
111570727--111570793	31	2.1	33	86	5	93	41	5	4	47	1.48
111571331--111571389	29	2.0	29	100	0	118	47	3	13	35	1.60
111571576--111571600	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
111575338--111575366	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
111580009--111580063	24	2.2	25	74	3	58	45	1	9	43	1.46
111585344--111585402	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
111585449--111585481	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
111585719--111585754	19	1.9	18	88	5	54	33	5	0	61	1.19
111586257--111586318	26	2.4	25	80	17	65	59	1	3	35	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111604368--111604429	31	2.0	31	100	0	124	54	12	12	19	1.70
111609373--111609466	40	2.4	40	80	7	104	15	12	34	37	1.86
111612157--111612206	3	15.3	3	91	4	55	68	0	2	30	1.01
111612886--111612922	11	3.3	11	92	3	56	10	2	8	78	1.06
111613632--111613743	41	2.7	41	87	0	134	25	18	20	35	1.95
111613805--111613871	34	2.0	34	87	0	98	28	28	16	26	1.97
111613850--111614057	68	3.1	68	91	0	326	26	24	25	24	2.00
111616479--111616527	24	2.0	24	100	0	98	32	18	16	32	1.93
111622206--111622262	9	6.3	9	82	10	55	50	12	14	22	1.75
111626339--111626399	3	20.3	3	86	0	86	62	3	3	31	1.27
111626600--111626743	3	47.0	3	69	10	62	59	4	6	30	1.41
111627839--111627887	24	2.0	25	88	4	73	6	4	44	44	1.47
111630335--111630388	27	2.0	27	85	10	74	16	0	9	74	1.07
111631132--111631169	20	2.0	20	89	5	60	52	0	2	44	1.14
111631149--111631212	31	2.0	32	85	8	87	45	0	7	46	1.32
111631321--111631350	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
111632144--111632191	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
111632821--111632861	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
111634222--111634262	13	3.1	14	82	10	50	78	2	0	19	0.87
111635712--111635750	7	5.3	7	93	3	60	82	0	15	2	0.79
111635796--111635867	37	1.9	38	88	2	110	54	9	13	22	1.68
111637169--111637234	26	2.6	25	83	4	71	60	7	4	27	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111637185--111637234	25	2.0	26	84	7	68	60	8	4	28	1.43
111637516--111637567	21	2.5	21	87	0	68	42	1	17	38	1.60
111638169--111638193	13	1.9	13	100	0	50	68	8	0	24	1.16
111641874--111641920	6	7.7	6	83	11	60	38	0	59	2	1.09
111641874--111641907	11	3.0	11	87	8	50	38	0	61	0	0.96
111641874--111641920	17	2.6	18	90	10	69	38	0	59	2	1.09
111645653--111645708	28	2.0	28	100	0	112	32	14	21	32	1.93
111648983--111649033	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
111648983--111649065	15	5.6	14	84	8	87	34	0	1	63	1.02
111650578--111650643	28	2.4	28	89	2	107	43	25	21	9	1.81
111656468--111656543	9	8.1	9	77	8	71	31	0	19	48	1.49
111659959--111660138	83	2.2	83	87	2	263	29	20	16	34	1.94
111659959--111660164	83	2.5	82	83	3	218	30	21	16	31	1.95
111660469--111660522	14	3.9	14	80	4	65	44	37	1	16	1.59
111660507--111660572	21	3.2	20	67	14	53	45	28	0	25	1.54
111661820--111661904	40	2.2	40	84	2	109	27	22	24	25	2.00
111661836--111661929	40	2.3	40	85	0	116	28	24	20	26	1.99
111662792--111662842	26	2.0	26	88	3	77	27	11	7	52	1.65
111671955--111671986	6	5.3	6	100	0	64	0	15	50	34	1.45
111681053--111681080	5	5.6	5	100	0	56	0	21	35	42	1.53
111683707--111683741	17	1.9	19	88	11	56	62	0	0	37	0.95
111686101--111686185	27	3.2	26	78	9	82	40	21	8	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111686200--111686482	27	10.3	27	83	4	332	29	21	9	39	1.85
111686200--111686482	81	3.4	81	84	5	368	29	21	9	39	1.85
111686198--111686479	114	2.6	109	84	6	386	29	21	9	39	1.85
111686223--111686482	141	1.8	141	85	3	353	29	20	9	40	1.84
111686486--111686628	27	5.3	27	79	8	103	42	22	6	27	1.79
111686503--111686683	27	6.7	27	83	2	195	40	21	8	29	1.82
111686669--111686895	27	8.4	27	88	0	303	35	20	20	24	1.96
111686669--111686895	107	2.1	107	85	2	285	35	20	20	24	1.96
111686669--111686913	134	1.8	134	86	5	361	35	19	20	24	1.96
111687315--111687402	6	14.3	6	73	17	74	19	18	14	47	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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