genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.358.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  358  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103987126--103987189	32	2.0	32	100	0	128	15	18	31	34	1.93
103991826--103991896	35	2.0	35	97	0	133	16	32	8	42	1.79
103996874--103996920	11	4.3	11	84	15	62	27	34	0	38	1.57
103996914--103996953	22	1.9	21	85	10	55	25	20	7	47	1.75
103998097--103998179	7	12.0	7	90	2	132	27	0	18	54	1.44
103998097--103998179	34	2.4	35	89	4	132	27	0	18	54	1.44
103998786--103998823	18	2.1	18	90	0	58	21	26	10	42	1.85
103999667--103999704	20	2.0	20	89	5	60	28	2	0	68	1.03
103999236--103999878	261	2.4	261	91	2	1038	34	3	5	56	1.40
103999741--103999770	14	2.1	15	93	6	53	23	0	0	76	0.78
103999235--103999878	131	4.9	131	92	1	1024	34	3	5	56	1.40
103999907--103999934	9	3.1	9	100	0	56	35	0	0	64	0.94
104005048--104005075	14	2.0	14	100	0	56	42	0	28	28	1.56
104005259--104005284	13	2.0	13	100	0	52	30	7	0	61	1.24
104005366--104005560	67	2.9	67	79	7	198	40	6	17	35	1.75
104018413--104018779	46	8.0	46	89	1	504	38	15	23	21	1.92
104028152--104028193	21	2.0	22	95	4	77	45	0	7	47	1.30
104030318--104030494	47	3.8	46	80	13	218	20	20	29	29	1.98
104035725--104035785	30	2.0	30	96	0	113	34	13	21	31	1.91
104039975--104040042	34	2.0	34	97	0	127	41	16	5	36	1.72
104041267--104041309	13	3.1	13	78	18	50	41	0	0	58	0.98
104041276--104041307	8	4.0	8	91	0	55	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104041273--104041310	16	2.4	16	95	4	69	44	0	0	55	0.99
104042293--104042357	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
104043887--104043939	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
104047090--104047306	47	4.6	47	83	2	220	32	27	15	24	1.96
104052307--104052337	16	1.9	16	93	0	53	6	29	38	25	1.81
104054917--104054941	9	2.8	9	100	0	50	64	0	24	12	1.27
104061565--104061730	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
104064807--104064915	51	2.1	52	78	11	118	33	2	0	62	1.16
104064854--104064995	7	20.9	7	70	24	83	33	4	0	61	1.21
104064853--104065013	20	8.2	19	74	20	120	32	4	0	62	1.20
104065294--104065342	14	3.8	13	76	15	57	44	2	0	53	1.12
104073293--104073319	13	2.1	13	100	0	54	22	0	29	48	1.51
104075305--104075354	22	2.3	22	96	3	93	24	30	6	40	1.79
104077183--104078352	205	5.7	205	94	0	1903	32	18	20	28	1.97
104079706--104079752	24	2.0	24	83	8	60	46	2	0	51	1.13
104079800--104079839	18	2.3	18	86	4	55	27	2	2	67	1.16
104081759--104081787	13	2.1	14	93	6	51	65	0	0	34	0.93
104098162--104098195	18	1.9	17	88	5	50	64	2	11	20	1.39
104103094--104103143	22	2.2	24	82	7	59	18	0	10	72	1.12
104103565--104103607	22	2.0	21	81	4	50	30	4	4	60	1.37
104105363--104105416	27	2.0	27	82	13	67	29	18	20	31	1.96
104106766--104106811	24	1.9	24	81	0	56	13	43	4	39	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104116618--104116745	48	2.7	48	90	0	193	36	7	25	30	1.84
104116629--104116772	48	3.0	47	84	6	182	35	8	26	29	1.86
104116901--104116971	37	1.9	37	97	0	133	22	22	32	22	1.98
104119831--104119925	42	2.3	41	80	7	102	34	20	17	27	1.95
104126110--104126186	27	2.9	27	77	14	95	22	25	16	35	1.95
104127538--104127650	55	2.1	55	93	0	190	32	24	7	34	1.85
104131484--104131566	41	2.0	41	83	2	103	37	19	14	28	1.91
104137695--104137745	14	3.6	14	81	7	50	3	25	1	68	1.17
104138969--104139169	63	3.2	62	74	9	174	26	7	32	33	1.85
104140388--104140492	52	2.0	51	82	10	124	49	7	1	40	1.42
104141645--104141675	14	2.2	14	100	0	62	58	0	0	41	0.98
104141914--104141945	15	2.1	15	94	0	55	65	0	3	31	1.08
104141906--104141938	3	11.0	3	87	12	50	66	0	0	33	0.92
104142134--104142185	26	2.0	26	88	0	77	59	3	7	28	1.43
104142519--104142572	14	4.0	13	83	13	65	64	1	0	33	1.04
104142532--104142588	19	3.1	18	80	9	62	63	1	0	35	1.05
104142741--104142782	21	2.0	21	90	0	66	69	0	7	23	1.13
104143481--104143514	16	2.2	16	89	5	52	85	0	11	2	0.71
104146201--104146314	28	3.9	28	72	19	81	25	27	21	26	1.99
104146178--104146322	61	2.4	61	85	8	172	26	26	20	26	1.99
104146343--104146398	19	2.9	19	81	2	58	32	23	17	26	1.97
104150937--104150989	28	1.9	28	88	3	81	24	26	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104150915--104151058	61	2.3	61	83	8	161	27	25	20	27	1.99
104150949--104151086	61	2.3	60	87	5	188	25	25	21	28	1.99
104151079--104151134	19	2.9	19	81	2	58	32	23	17	26	1.97
104160380--104160433	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
104175401--104175434	17	1.9	17	88	5	50	79	0	20	0	0.73
104175413--104175543	51	2.5	50	80	9	122	61	11	20	6	1.50
104178058--104178110	4	13.2	4	88	7	81	75	0	1	22	0.90
104181509--104181641	44	3.0	45	81	5	144	35	14	24	26	1.93
104188878--104188992	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
104188878--104189011	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
104194701--104194729	14	2.0	15	93	6	51	31	0	6	62	1.22
104198341--104198462	63	1.9	63	83	6	158	60	3	6	29	1.38
104200160--104200918	44	16.6	44	65	13	214	28	19	19	32	1.96
104200117--104200876	182	4.1	182	89	1	1106	29	18	19	32	1.96
104200117--104200876	365	2.1	371	88	3	1140	29	18	19	32	1.96
104200841--104200967	44	2.9	44	84	0	173	29	24	18	28	1.98
104215571--104215845	137	2.0	137	96	0	505	32	24	17	25	1.97
104217624--104217680	25	2.2	26	96	3	107	38	22	3	35	1.72
104221440--104221713	137	2.0	136	97	0	512	31	24	18	24	1.97
104223494--104223551	26	2.2	26	93	6	100	39	22	3	34	1.71
104224078--104224117	19	2.1	19	100	0	80	37	10	15	37	1.80
104226265--104226304	20	2.0	20	85	5	53	20	17	5	57	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104228086--104228122	13	2.8	14	84	12	51	45	0	2	51	1.15
104228628--104228693	33	2.0	33	85	5	89	4	9	21	65	1.39
104228629--104228705	33	2.3	33	82	6	84	3	7	23	64	1.36
104229737--104229761	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
104253147--104253396	129	1.9	128	89	0	383	42	8	7	41	1.62
104254561--104254601	20	2.0	21	85	4	57	41	19	17	21	1.90
104255674--104255708	17	2.0	18	94	5	63	45	5	14	34	1.68
104259831--104259860	6	5.0	6	91	0	51	16	3	16	63	1.44
104264463--104264639	47	3.8	47	79	12	211	31	28	18	22	1.97
104264471--104264641	94	1.8	93	91	1	279	30	28	19	22	1.98
104265061--104265120	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
104265971--104266001	14	2.2	14	100	0	62	41	0	38	19	1.51
104268729--104268761	17	2.0	17	88	5	50	21	6	15	57	1.59
104270144--104270191	18	2.8	17	87	6	69	45	0	2	52	1.12
104283080--104283128	26	2.0	24	84	8	62	63	8	0	28	1.23
104290866--104290898	16	2.1	16	94	5	59	57	0	27	15	1.38
104291178--104291257	27	3.0	26	80	7	88	52	11	13	22	1.72
104293870--104294037	61	2.7	62	79	15	143	44	1	1	52	1.19
104293897--104293964	24	2.9	24	70	12	61	44	1	0	54	1.09
104293981--104294007	7	3.9	7	100	0	54	29	0	0	70	0.88
104293894--104294037	65	2.3	61	86	11	188	44	1	0	53	1.14
104299559--104299612	27	2.0	27	82	10	65	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104303327--104303366	13	3.3	13	73	20	50	55	2	12	30	1.50
104303321--104303367	23	2.0	23	100	0	94	57	4	12	25	1.54
104306627--104307063	147	3.0	146	89	4	646	56	6	8	29	1.53
104307208--104307253	18	2.5	18	85	3	65	6	8	8	76	1.17
104310109--104310138	13	2.4	13	94	5	53	63	20	3	13	1.43
104310175--104310207	17	2.0	17	88	5	50	45	3	0	51	1.16
104314079--104314105	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
104316864--104316926	5	11.8	5	81	11	72	42	0	1	55	1.09
104316867--104316927	12	5.5	12	82	11	69	42	0	1	55	1.09
104318243--104318281	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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