genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.134.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  134  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36098194--36098411	51	4.3	51	76	2	179	25	16	24	33	1.96
36102329--36102419	46	2.0	46	95	4	166	48	10	8	31	1.69
36103728--36103761	16	2.1	16	88	0	50	35	14	17	32	1.91
36105948--36105998	24	2.1	24	96	0	93	45	5	15	33	1.71
36106018--36106088	25	2.8	27	84	14	89	45	0	0	54	0.99
36106099--36106136	11	3.5	11	80	20	53	28	0	5	65	1.14
36106102--36106136	10	3.4	10	84	7	52	25	0	5	68	1.11
36117681--36117803	22	5.3	22	63	24	65	32	13	28	26	1.93
36117656--36117887	47	5.0	47	91	0	358	32	11	29	26	1.92
36117777--36117852	23	3.2	25	62	24	63	28	14	34	22	1.93
36118049--36118193	37	3.9	37	92	0	236	22	18	33	25	1.97
36119480--36119674	40	4.9	40	89	1	286	27	20	25	27	1.99
36119480--36120175	80	8.9	78	84	7	720	26	21	26	25	2.00
36119611--36119740	65	2.0	65	87	3	190	26	21	26	24	1.99
36119679--36120175	40	12.4	40	96	0	886	25	22	27	24	2.00
36123533--36123857	47	7.0	47	91	0	501	33	11	28	27	1.91
36124022--36124162	72	1.9	73	92	1	239	23	17	33	25	1.96
36124020--36124162	37	3.9	37	92	3	236	23	18	32	25	1.97
36129372--36129441	29	2.4	29	90	6	108	28	14	27	30	1.95
36133588--36133755	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
36133604--36133753	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
36141585--36141752	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36141601--36141750	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
36147706--36147933	48	4.9	48	80	8	263	28	25	19	26	1.99
36147706--36147933	91	2.4	94	82	6	268	28	25	19	26	1.99
36153425--36153609	40	4.7	39	80	9	196	24	22	27	25	2.00
36153459--36153642	79	2.3	77	78	10	183	26	21	26	26	1.99
36156637--36156817	46	3.9	46	82	9	242	21	21	29	27	1.99
36156639--36156809	93	1.8	93	94	0	306	21	22	29	27	1.99
36159767--36159835	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
36159758--36159845	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
36162213--36162393	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
36162215--36162385	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
36171782--36171966	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
36171782--36171964	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
36171783--36171998	79	2.7	79	78	13	239	25	21	27	25	1.99
36177230--36177347	41	3.1	41	62	28	107	32	18	28	20	1.96
36177198--36177361	71	2.3	71	98	0	319	35	18	28	18	1.94
36182135--36182315	40	4.5	39	81	8	154	25	20	26	27	1.99
36182187--36182315	40	3.2	40	87	3	172	26	20	26	26	1.99
36182187--36182338	79	1.9	79	80	7	175	27	19	25	26	1.99
36186625--36186656	15	2.1	15	100	0	64	37	25	12	25	1.91
36188676--36188700	12	2.1	12	100	0	50	44	0	48	8	1.32
36191542--36191592	26	2.0	26	84	7	68	17	25	21	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36192907--36192955	26	1.9	25	87	4	71	36	16	22	24	1.94
36192906--36192961	26	2.2	26	80	3	69	33	21	23	21	1.97
36193114--36193263	65	2.3	65	82	2	185	36	22	19	22	1.95
36202779--36202934	39	4.0	40	83	0	181	23	31	21	23	1.98
36202779--36202934	79	2.0	79	83	2	197	23	31	21	23	1.98
36208607--36208876	47	5.8	46	72	9	156	23	30	19	27	1.98
36208607--36208876	94	2.9	93	76	9	289	23	30	19	27	1.98
36210617--36210693	33	2.3	33	97	0	145	33	14	14	37	1.86
36219814--36219997	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
36219854--36220042	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
36224475--36224658	40	4.6	39	74	6	138	27	23	26	22	2.00
36224519--36224667	80	1.9	80	81	2	183	23	24	28	22	1.99
36224515--36224686	80	2.1	81	77	5	179	25	24	27	22	2.00
36231865--36231966	42	2.5	40	81	6	123	24	21	26	27	1.99
36235281--36235443	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
36235281--36235477	70	2.8	69	90	4	247	20	28	17	33	1.95
36242386--36242549	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
36242386--36242583	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
36249605--36249752	41	3.7	40	77	10	158	23	20	27	28	1.99
36250982--36251052	17	3.9	19	89	10	114	38	11	14	36	1.81
36250982--36251075	17	4.8	22	84	12	70	37	9	14	38	1.79
36251339--36251373	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36259461--36259631	44	3.9	44	79	3	175	32	13	25	29	1.94
36259461--36259631	88	1.9	88	82	4	211	32	13	25	29	1.94
36259769--36259912	44	3.3	44	84	0	164	30	14	25	29	1.95
36259319--36260123	308	2.6	308	92	0	1333	31	16	23	29	1.96
36260103--36260137	14	2.5	14	90	0	52	51	11	20	17	1.75
36259839--36260391	278	2.0	278	93	0	935	32	17	22	27	1.96
36260398--36260614	78	2.8	78	89	0	326	32	18	23	25	1.97
36260637--36260827	45	4.3	45	85	4	260	32	13	28	24	1.93
36260631--36260827	89	2.2	90	87	7	294	32	14	28	24	1.94
36261177--36261267	19	4.9	19	89	8	152	37	9	16	36	1.82
36261177--36261290	19	5.8	22	85	10	87	36	8	16	37	1.80
36261558--36261594	19	2.1	19	85	10	51	27	0	2	70	1.01
36264069--36264223	41	3.7	43	81	8	178	32	30	14	22	1.94
36264102--36264221	42	2.9	40	85	9	152	30	31	13	24	1.93
36264069--36264223	83	1.8	84	85	8	217	32	30	14	22	1.94
36265740--36265770	15	2.0	16	93	6	55	38	6	3	51	1.44
36269431--36269470	18	2.2	18	86	8	55	22	5	0	72	1.04
36269578--36269662	7	10.6	8	79	14	70	29	0	1	69	0.96
36269571--36269630	15	4.1	16	81	12	51	25	0	0	75	0.81
36269571--36269632	7	8.7	7	87	7	63	27	0	0	72	0.85
36269564--36269665	7	12.9	8	80	15	54	32	0	0	66	0.98
36270372--36270424	14	3.8	14	79	0	61	39	37	1	20	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36270485--36270510	7	3.7	7	100	0	52	46	38	0	15	1.46
36270634--36270762	14	9.3	14	70	13	54	43	35	2	18	1.63
36270610--36270717	7	15.0	7	70	9	58	42	37	1	18	1.61
36270718--36270762	22	2.0	22	82	0	54	44	33	2	20	1.63
36271064--36271152	40	2.2	40	84	7	110	30	23	23	22	1.99
36271247--36271349	40	2.6	40	79	10	113	29	17	20	33	1.95
36271090--36271486	155	2.6	155	85	3	523	33	17	18	30	1.94
36274446--36274584	60	2.3	60	85	8	176	28	19	25	26	1.99
36275880--36275930	26	2.0	26	88	7	77	31	37	5	25	1.80
36277277--36277317	2	20.0	2	85	5	55	48	2	0	48	1.14
36278941--36279227	27	10.6	27	86	4	355	33	20	20	25	1.97
36279451--36279540	28	3.3	27	86	6	119	18	22	22	36	1.95
36279451--36279561	27	4.1	26	83	5	114	20	22	19	36	1.95
36279567--36279732	78	2.1	78	89	0	251	20	19	27	32	1.97
36279754--36279829	27	2.8	28	86	4	93	19	23	21	35	1.96
36279952--36280064	6	18.3	6	70	15	79	18	21	14	46	1.84
36279952--36280043	25	3.7	25	74	12	91	18	22	14	44	1.86
36281713--36281745	16	2.1	15	94	5	57	66	0	3	30	1.06
36282337--36282372	3	12.3	3	94	5	65	69	0	0	30	0.89
36286733--36286870	42	3.3	42	80	10	131	30	17	23	28	1.97
36290246--36290278	15	2.2	15	100	0	66	45	0	36	18	1.49
36293333--36293366	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36294570--36294620	20	2.5	20	93	0	84	35	11	21	31	1.90
36294666--36294853	23	8.0	24	91	4	269	28	22	21	27	1.99
36295047--36295110	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
36301450--36301523	31	2.5	31	87	10	93	29	25	13	31	1.94
36301449--36301552	28	3.5	29	82	6	111	29	26	13	29	1.94
36307392--36307507	29	4.0	29	90	4	110	25	22	14	37	1.92
36307405--36307507	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
36307404--36307537	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
36316486--36316586	42	2.4	43	83	5	116	30	20	14	33	1.93
36324175--36324318	40	3.6	40	82	3	130	28	23	26	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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