genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  85  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22113090--22113116	14	1.9	14	100	0	54	51	14	3	29	1.60
22117449--22117616	40	4.2	39	78	3	147	23	26	22	27	2.00
22121311--22121356	1	46.0	1	100	0	92	0	0	0	100	0.00
22125342--22125508	40	4.2	39	78	3	147	23	26	22	27	1.99
22134143--22134349	53	3.8	53	73	8	175	36	18	24	20	1.94
22138327--22138402	39	1.9	39	83	0	98	31	22	22	23	1.98
22138383--22138609	40	5.7	40	84	1	296	29	26	22	22	1.99
22138383--22138609	79	2.9	79	86	2	321	29	26	22	22	1.99
22156803--22156922	24	5.0	24	90	3	179	26	21	22	29	1.99
22156973--22157032	20	3.0	20	92	0	102	33	18	10	38	1.84
22156973--22157027	11	5.4	11	70	16	55	30	18	10	40	1.85
22157075--22157122	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
22158298--22158369	27	2.7	27	77	0	81	29	8	22	40	1.83
22158361--22158556	27	7.3	27	86	5	236	40	7	22	29	1.81
22158361--22158556	54	3.6	54	88	1	277	40	7	22	29	1.81
22159917--22160046	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
22159933--22160084	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
22159933--22160084	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
22169456--22169585	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
22169472--22169623	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
22169472--22169623	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
22172660--22172790	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22172660--22172790	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
22180439--22180536	30	3.3	30	84	5	128	31	13	25	29	1.93
22180512--22180559	23	2.0	24	96	4	89	41	12	18	27	1.86
22182161--22182370	27	7.8	27	86	6	273	41	10	20	26	1.86
22185252--22185347	24	4.0	24	90	4	140	26	21	22	29	1.99
22185398--22185457	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
22185398--22185452	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
22185500--22185547	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
22186786--22187179	27	14.6	27	86	3	364	40	8	22	28	1.84
22186787--22187182	54	7.4	54	85	4	487	40	8	22	28	1.84
22186788--22187182	81	4.9	81	85	4	494	40	8	22	28	1.84
22188223--22188418	39	5.0	39	85	1	149	29	27	23	19	1.99
22188226--22188478	79	3.2	79	86	1	319	27	26	23	21	1.99
22188222--22188480	119	2.2	119	83	3	324	27	26	24	21	1.99
22188226--22188480	40	6.4	40	85	2	300	27	27	23	21	1.99
22195023--22195250	39	5.8	39	80	5	131	30	26	21	21	1.99
22195080--22195312	77	3.0	79	85	3	319	27	27	22	21	1.99
22195080--22195312	40	5.9	40	85	5	280	27	27	22	21	1.99
22201954--22202188	39	6.0	39	83	3	175	28	27	22	20	1.99
22202016--22202250	79	3.0	79	88	1	355	27	28	22	20	1.99
22201957--22202250	40	7.4	39	83	4	313	27	27	22	21	1.99
22208905--22209079	39	4.5	39	80	1	125	29	25	23	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22208967--22209201	40	5.9	40	84	2	287	27	27	22	22	1.99
22208967--22209201	79	3.0	79	87	1	337	27	27	22	22	1.99
22208939--22209170	40	5.9	39	80	4	232	28	27	21	21	1.99
22215861--22216114	78	3.2	79	84	3	298	27	27	22	22	1.99
22215861--22216114	39	6.4	39	85	5	269	27	27	22	22	1.99
22222752--22222988	39	6.1	39	82	1	186	27	25	24	22	2.00
22222802--22223045	78	3.1	79	86	2	330	27	27	22	22	1.99
22222814--22223047	40	5.9	40	84	3	305	27	27	22	22	1.99
22229108--22229171	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
22229384--22229459	23	3.1	26	83	12	115	28	19	18	32	1.96
22229513--22229573	20	3.0	20	90	0	104	31	19	13	36	1.90
22236540--22236602	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
22236815--22236890	23	3.1	26	87	12	124	27	19	19	32	1.96
22236948--22237004	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
22236944--22237004	20	3.0	20	95	0	113	32	19	11	36	1.88
22237043--22237090	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
22248521--22248619	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
22259438--22259510	28	2.6	28	93	2	128	26	31	15	27	1.95
22259380--22259510	29	4.6	29	81	2	131	24	32	17	25	1.97
22268887--22269057	93	1.8	93	93	2	299	29	26	21	22	1.99
22268882--22269054	46	3.7	46	75	14	185	30	25	21	23	1.99
22269475--22269534	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22279562--22279636	27	2.8	27	87	4	98	25	16	18	40	1.91
22281173--22281207	3	11.3	3	87	6	52	62	0	2	34	1.10
22284208--22284253	24	1.9	24	90	0	74	30	26	15	28	1.96
22284293--22284331	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
22284292--22284331	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
22290126--22290171	23	2.0	23	82	0	56	47	15	8	28	1.74
22296970--22297031	30	2.1	30	93	0	106	59	9	3	27	1.44
22297074--22297138	22	3.0	22	76	13	62	60	7	13	18	1.57
22306082--22306242	46	3.5	45	76	16	150	21	20	27	29	1.98
22307603--22308051	47	9.6	47	94	0	682	25	27	12	34	1.92
22307651--22307728	22	3.4	22	68	22	70	24	28	12	34	1.92
22307841--22307962	22	5.3	22	62	30	58	27	28	10	32	1.90
22307863--22307940	25	3.2	25	64	29	69	30	26	8	33	1.87
22307863--22307987	24	5.2	25	63	30	76	29	28	9	32	1.89
22310838--22311242	48	8.4	48	91	2	625	29	26	7	36	1.84
22310823--22311242	193	2.2	192	89	3	646	30	27	7	35	1.84
22310838--22311243	145	2.8	146	93	1	685	29	26	7	36	1.84
22314948--22315226	40	7.0	40	92	0	414	25	30	23	20	1.99
22316769--22316846	22	3.4	22	68	16	68	23	28	12	35	1.91
22316769--22316893	22	5.4	22	64	20	67	24	28	12	35	1.91
22317006--22317081	22	3.3	22	67	22	66	25	28	13	32	1.93
22316721--22317263	47	11.6	47	95	0	888	25	27	12	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22320227--22320254	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22323727--22323963	39	6.1	39	93	0	402	21	24	29	24	1.99
22332419--22332568	39	3.9	39	92	4	254	21	27	29	22	1.99
22332419--22332565	77	1.9	74	94	4	258	21	27	29	21	1.99
22338481--22338745	40	6.6	40	92	1	401	27	27	21	23	1.99
22346281--22346540	40	6.5	40	91	3	384	26	27	22	23	1.99
22347855--22347916	30	2.1	30	96	0	115	16	14	1	67	1.31
22352336--22352438	29	3.6	29	80	6	120	31	29	12	27	1.93
22354964--22355023	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
22354978--22355049	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
22359954--22360245	54	5.3	56	90	5	445	29	35	17	17	1.93
22359988--22360243	28	9.3	28	71	12	174	30	34	18	16	1.93
22362206--22362265	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
22362220--22362291	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
22367174--22367264	29	3.2	29	81	4	105	29	29	16	24	1.96
22368666--22368811	43	3.4	43	92	0	220	25	31	23	19	1.98
22373973--22374035	23	2.8	22	73	22	67	57	6	0	36	1.24
22374500--22374561	21	3.0	21	79	11	74	35	41	0	22	1.54
22374625--22374709	21	3.9	21	75	11	89	45	24	1	28	1.60
22374609--22374702	46	2.0	46	91	0	152	43	24	2	29	1.66
22374874--22375133	41	6.4	41	86	4	357	17	23	23	35	1.95
22377670--22377746	40	1.9	40	91	0	127	35	18	16	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22380432--22380540	43	2.6	42	80	8	114	28	23	21	26	1.99
22382766--22382796	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
22386367--22386474	40	2.7	41	81	8	132	23	24	27	25	2.00
22396792--22396838	24	2.0	24	91	0	76	36	23	12	27	1.91
22396885--22396922	11	3.6	11	79	13	53	36	13	18	31	1.89
22396970--22397039	24	2.8	25	80	6	88	27	24	20	28	1.99
22397020--22397066	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
22397259--22397341	30	2.7	31	87	3	125	31	19	26	22	1.98
22397259--22397336	31	2.6	30	89	2	120	30	20	26	21	1.98
22403549--22403726	40	4.5	40	93	2	297	24	23	27	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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