genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  70  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17395453--17395495	14	3.3	13	79	20	54	60	11	0	27	1.31
17396384--17396421	20	1.9	19	94	5	67	52	0	0	47	1.00
17396387--17396430	18	2.3	20	84	7	56	56	0	2	40	1.11
17401673--17401731	20	3.0	20	90	4	95	33	11	20	33	1.89
17401780--17401921	24	6.0	24	90	5	200	28	22	22	26	1.99
17401780--17401921	46	3.0	47	88	7	198	28	22	22	26	1.99
17401781--17401922	70	2.0	71	89	4	216	28	22	22	26	1.99
17402113--17402175	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
17404588--17404635	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
17404679--17404740	19	3.3	19	93	6	108	35	9	20	33	1.86
17404683--17404737	11	5.5	11	71	20	57	36	10	20	32	1.87
17404678--17404737	20	3.0	20	95	4	113	35	10	20	35	1.86
17404787--17404929	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
17404787--17404929	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
17404787--17404930	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
17405121--17405184	31	2.1	31	91	2	103	37	15	23	23	1.93
17412655--17412702	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
17412745--17412805	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
17412853--17412971	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
17412853--17412971	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
17413163--17413225	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
17420310--17420368	20	3.0	20	90	4	95	33	11	20	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17420418--17420536	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
17420418--17420536	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
17420728--17420790	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
17422094--17422158	28	2.3	26	78	14	67	63	1	7	27	1.31
17422644--17422691	25	2.0	24	83	4	60	37	0	22	39	1.55
17424187--17424244	19	3.1	19	85	5	64	37	0	6	55	1.27
17424192--17424265	20	3.7	20	85	8	89	35	0	8	56	1.29
17424177--17424264	40	2.1	43	84	16	114	39	0	6	53	1.28
17426645--17426682	20	1.9	20	100	0	76	31	0	31	36	1.58
17430464--17430535	27	2.7	27	75	16	78	37	34	5	22	1.77
17432089--17432142	26	2.1	25	89	6	81	33	14	3	48	1.62
17436466--17436601	26	5.2	26	95	0	245	33	4	25	37	1.76
17440189--17440372	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
17440229--17440417	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
17448046--17448220	40	4.5	39	74	9	135	27	24	26	22	2.00
17456152--17456335	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
17456192--17456380	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
17460233--17460274	9	4.7	9	88	11	68	35	0	0	64	0.94
17460226--17460274	5	10.6	5	79	16	61	38	0	0	61	0.96
17469958--17470006	22	2.2	22	85	10	64	36	0	0	63	0.95
17471910--17471961	21	2.4	22	77	6	61	48	0	0	51	1.00
17471911--17471949	15	2.7	14	84	15	53	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17471918--17471958	22	1.9	21	90	5	64	51	0	0	48	1.00
17473001--17473030	15	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
17474887--17474917	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
17476319--17476362	19	2.1	21	84	12	56	34	0	2	63	1.07
17494204--17494248	23	2.0	23	90	0	72	40	0	4	55	1.20
17499738--17499763	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
17499766--17499791	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
17500760--17500804	21	2.2	20	88	11	65	33	0	0	66	0.92
17500762--17500804	19	2.1	21	87	8	63	32	0	0	67	0.91
17504371--17504412	21	2.0	21	85	0	57	38	0	26	35	1.57
17504852--17504919	27	2.6	27	79	11	86	16	19	22	42	1.89
17505033--17505102	25	2.8	25	80	4	79	24	25	20	30	1.99
17505844--17505923	12	7.3	11	71	18	51	71	2	18	7	1.21
17505850--17505935	25	3.2	26	73	18	70	69	2	22	5	1.21
17506578--17506632	23	2.4	23	93	3	94	34	0	14	50	1.43
17508374--17508405	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
17510907--17510963	27	2.1	28	90	3	89	42	7	7	43	1.58
17511056--17511087	15	2.0	17	88	11	50	56	9	3	31	1.47
17511134--17511193	31	1.9	31	100	0	120	48	8	0	43	1.33
17511362--17511392	9	3.4	9	95	0	53	58	0	0	41	0.98
17511375--17511418	19	2.2	21	88	8	65	63	0	2	34	1.07
17511995--17512050	22	2.5	22	86	11	71	35	3	0	60	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17512024--17512123	14	7.0	14	69	23	57	36	2	0	62	1.07
17512016--17512119	32	3.1	33	76	17	106	36	1	0	61	1.07
17512033--17512127	34	2.8	31	75	18	84	35	1	0	63	1.02
17514765--17514792	12	2.3	12	100	0	56	78	0	7	14	0.95
17514817--17514856	17	2.4	17	84	16	57	67	0	32	0	0.91
17514804--17514853	21	2.4	20	87	12	66	68	4	28	0	1.08
17515671--17515795	37	3.2	41	76	10	134	25	16	24	33	1.95
17516493--17516539	22	2.1	22	92	7	78	36	12	27	23	1.91
17518853--17519085	49	4.7	50	81	2	254	24	17	28	29	1.97
17518958--17519041	28	3.2	27	65	25	72	25	15	29	29	1.96
17522415--17522578	41	4.1	41	81	5	165	32	25	23	19	1.98
17522507--17522588	38	2.2	38	88	2	121	31	28	24	15	1.96
17523432--17523498	33	2.0	33	97	0	125	32	17	11	37	1.87
17524413--17524525	34	3.3	34	92	0	181	29	9	16	44	1.80
17528017--17528151	26	5.2	26	97	0	227	34	5	24	36	1.78
17529628--17529680	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
17533819--17533953	26	5.2	26	97	0	227	34	5	24	36	1.78
17538115--17538194	40	2.0	40	100	0	160	37	22	0	40	1.54
17549339--17549446	26	4.2	26	90	4	173	36	23	7	33	1.83
17555432--17555473	13	3.2	13	86	0	66	14	16	9	59	1.60
17557568--17557630	31	2.0	31	100	0	126	38	19	12	30	1.89
17559636--17559685	9	5.6	9	85	0	55	44	18	8	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17559705--17559739	6	5.5	6	87	12	52	17	0	2	80	0.84
17559710--17559736	14	1.9	14	100	0	54	22	0	3	74	0.98
17559768--17559803	18	2.0	18	94	0	63	13	2	44	38	1.59
17567058--17567086	13	2.3	13	94	5	51	17	0	0	82	0.66
17574834--17574875	16	2.4	18	80	15	61	50	2	11	35	1.52
17574839--17574876	16	2.4	16	95	0	67	50	2	10	36	1.51
17591596--17591659	5	13.4	5	83	9	89	17	1	1	79	0.89
17593547--17593718	75	2.4	73	83	8	217	34	23	11	30	1.90
17593552--17593718	35	4.6	35	83	7	192	34	24	10	30	1.90
17596033--17596078	6	7.8	6	80	9	51	17	4	0	78	0.91
17596025--17596078	18	3.1	17	80	20	58	18	3	0	77	0.91
17596023--17596078	23	2.4	23	88	5	78	19	3	0	76	0.93
17599620--17599663	22	2.0	22	100	0	88	45	18	13	22	1.84
17600084--17600150	22	3.0	22	75	0	71	17	16	13	52	1.75
17600975--17601032	30	1.9	30	89	0	89	32	8	25	32	1.86
17603240--17603302	29	2.2	27	81	13	65	73	6	12	7	1.25
17604980--17605161	64	2.8	64	86	1	240	30	17	13	39	1.88
17605506--17606181	174	3.9	173	87	2	840	29	18	23	28	1.97
17608022--17608046	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
17610588--17610702	39	2.9	39	85	2	124	18	13	32	36	1.89
17614067--17614120	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
17614328--17614373	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17614328--17614388	15	4.1	14	80	16	54	67	0	6	26	1.15
17615349--17615439	44	2.1	44	80	0	101	23	27	18	30	1.98
17615470--17616707	84	14.6	85	87	3	1517	19	21	21	36	1.95
17615736--17616132	42	9.3	42	63	20	137	20	21	19	37	1.94
17616163--17616300	40	3.3	40	67	20	113	18	19	23	39	1.93
17616789--17616887	45	2.2	45	83	3	119	29	24	15	31	1.95
17616678--17617093	178	2.3	177	90	1	652	27	22	18	30	1.98
17616967--17617063	45	2.2	44	81	7	106	26	21	19	31	1.97
17618304--17618343	11	3.9	11	81	15	50	0	17	2	80	0.83
17622512--17622742	125	1.8	125	85	1	320	36	18	16	29	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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