genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.153.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  153  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42082524--42082587	25	2.6	25	95	5	112	32	12	34	20	1.90
42083744--42083872	7	18.1	7	70	13	68	37	40	0	22	1.54
42083899--42083992	46	2.0	46	93	0	161	44	25	2	27	1.65
42083910--42084007	7	13.4	7	72	12	63	48	24	1	25	1.57
42084164--42084383	41	5.4	40	85	1	260	17	21	24	36	1.94
42084164--42084412	123	2.0	123	84	4	324	18	21	23	36	1.94
42086058--42086091	16	2.1	16	100	0	68	47	5	0	47	1.26
42087685--42087797	30	3.8	29	79	5	127	29	12	19	38	1.88
42087685--42087797	60	1.9	60	84	0	154	29	12	19	38	1.88
42088628--42088690	9	7.2	9	74	12	60	33	4	0	61	1.17
42088629--42088684	17	3.2	17	82	9	60	32	5	0	62	1.18
42088628--42088690	18	3.6	18	81	8	69	33	4	0	61	1.17
42100151--42100378	46	5.0	46	86	2	296	41	14	23	20	1.89
42104163--42104203	17	2.4	17	91	0	64	29	21	21	26	1.99
42106845--42107004	29	5.5	29	89	0	212	30	15	30	24	1.95
42114716--42114875	29	5.5	29	90	0	221	29	15	31	24	1.95
42119678--42119841	71	2.3	71	98	0	319	18	27	17	35	1.94
42119678--42119875	71	2.8	70	90	3	249	20	27	17	34	1.95
42142446--42142512	19	3.4	19	80	15	75	35	0	7	56	1.27
42152370--42152578	54	3.8	53	78	12	192	44	7	15	32	1.74
42152423--42152595	58	3.1	57	83	10	230	46	6	13	33	1.68
42152370--42152595	112	2.0	110	84	5	294	45	6	15	32	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42161481--42161524	18	2.4	18	88	0	61	27	2	9	61	1.38
42163421--42163610	75	2.5	75	86	2	238	25	21	17	35	1.95
42164207--42164286	40	2.0	40	100	0	160	20	7	27	45	1.78
42166316--42166342	10	2.7	10	100	0	54	0	7	59	33	1.25
42167649--42167714	33	2.0	33	90	0	105	31	22	15	30	1.95
42176808--42176880	38	1.9	38	100	0	146	45	12	8	34	1.72
42179174--42179340	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
42187182--42187348	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
42194452--42194627	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
42194448--42194619	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
42197568--42197636	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
42197559--42197646	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
42200023--42200198	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
42200019--42200190	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
42203532--42203641	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
42203532--42203681	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
42211511--42211620	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
42211511--42211660	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
42217451--42217631	39	4.6	39	90	2	247	22	31	22	23	1.98
42217481--42217631	77	1.9	79	91	2	252	22	31	21	23	1.98
42217481--42217631	39	3.9	39	93	2	250	22	31	21	23	1.98
42223839--42224099	40	6.6	40	82	5	289	24	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42223839--42224099	80	3.3	80	84	3	321	24	27	23	24	2.00
42224694--42224818	38	3.3	38	97	0	241	31	27	14	27	1.95
42235399--42235614	46	4.6	46	77	12	160	24	27	18	29	1.98
42244899--42245243	49	7.0	49	95	2	593	28	9	31	30	1.89
42245219--42245264	21	2.2	21	100	0	92	28	4	36	30	1.76
42244899--42245243	148	2.3	145	94	1	519	28	9	31	30	1.89
42245394--42245508	37	3.1	37	98	0	221	27	19	33	20	1.96
42249076--42249100	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
42253223--42253254	12	2.8	11	95	4	55	0	43	3	53	1.16
42257547--42257695	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
42257588--42257695	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
42265195--42265343	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
42265236--42265343	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
42272695--42272830	68	2.0	68	94	0	236	21	28	16	33	1.95
42277206--42277366	47	3.4	45	80	11	164	25	29	18	27	1.98
42277244--42277366	46	2.7	46	81	8	135	26	30	17	26	1.97
42281246--42281286	20	2.0	21	85	4	57	9	0	36	53	1.34
42281712--42281741	12	2.5	12	94	0	51	30	40	23	6	1.80
42284937--42284962	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
42285066--42285147	41	2.0	41	95	0	146	31	8	28	31	1.87
42289305--42289371	34	2.0	34	82	5	82	23	25	25	25	2.00
42294827--42295051	79	2.8	79	82	5	267	22	24	28	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42294828--42295070	40	6.1	40	84	4	262	23	23	27	25	2.00
42294868--42295084	79	2.7	79	82	3	213	23	23	27	25	2.00
42304192--42304260	34	2.0	34	100	0	138	36	23	11	28	1.90
42313760--42313840	4	19.8	4	77	5	72	4	25	3	65	1.30
42319276--42319386	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
42320142--42320229	4	21.8	4	77	6	79	4	25	3	67	1.26
42320239--42320272	14	2.3	15	90	5	52	58	0	0	41	0.98
42327340--42327436	4	24.8	4	85	12	121	0	26	1	72	0.92
42328161--42328236	25	3.0	25	96	0	134	32	21	19	26	1.97
42330968--42331173	49	4.3	46	74	10	175	23	25	21	29	1.99
42331981--42332089	37	2.9	37	90	2	157	28	30	17	23	1.97
42332229--42332700	48	10.0	48	86	6	635	32	25	5	36	1.80
42332572--42332615	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
42335120--42335232	46	2.5	46	81	10	133	23	27	18	30	1.97
42335882--42335932	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
42338511--42338751	40	6.1	40	88	2	308	25	28	24	21	1.99
42345242--42345361	46	2.6	44	77	7	125	21	29	19	30	1.97
42349091--42349251	43	3.8	42	81	11	166	27	18	22	31	1.97
42358258--42358395	68	2.0	68	97	0	258	38	16	19	25	1.92
42359265--42359329	30	2.1	31	97	2	123	43	6	26	24	1.77
42359697--42359857	43	3.7	44	75	15	147	26	16	22	34	1.95
42370361--42370673	47	6.7	45	75	10	256	27	22	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42370361--42370676	94	3.4	93	78	12	326	27	22	28	21	1.99
42375278--42375453	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
42375274--42375446	93	1.9	93	96	0	319	20	21	30	27	1.98
42378099--42378271	93	1.9	93	96	0	319	27	30	21	20	1.98
42378092--42378267	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
42380452--42380520	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
42380443--42380530	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
42382729--42382753	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
42383234--42383278	13	3.5	13	84	3	56	40	4	2	53	1.33
42383244--42383320	26	3.0	26	78	0	73	41	6	10	41	1.65
42383516--42383556	20	2.0	20	100	0	82	46	0	0	53	1.00
42383518--42383562	20	2.2	20	92	0	72	44	2	2	51	1.26
42384182--42384224	18	2.5	17	88	7	61	0	30	2	67	1.03
42387836--42387873	2	19.5	2	89	5	60	47	0	2	50	1.15
42392209--42392358	43	3.5	43	79	5	151	34	25	16	23	1.95
42396876--42396947	32	2.2	32	92	0	117	16	29	38	15	1.89
42398839--42399043	40	5.2	39	79	4	182	25	26	21	26	2.00
42398854--42398998	77	1.9	78	84	8	197	22	28	23	26	1.99
42409958--42410058	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
42413694--42413729	17	2.1	18	90	10	58	33	0	13	52	1.41
42417505--42417735	40	5.8	40	88	1	313	25	24	27	22	2.00
42425741--42425969	40	5.8	40	88	1	309	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42432575--42432670	48	2.0	48	97	0	183	42	4	12	40	1.62
42432705--42432762	29	2.0	29	100	0	116	27	3	20	48	1.66
42438403--42438500	23	4.3	21	73	18	72	26	22	17	33	1.96
42442470--42442604	48	2.8	48	98	1	261	34	6	26	31	1.82
42445116--42445798	48	14.1	48	93	2	1118	35	6	27	31	1.82
42445116--42445798	194	3.5	192	94	2	1163	35	6	27	31	1.82
42445930--42446037	37	2.9	37	85	1	153	27	18	27	25	1.98
42446864--42447544	48	14.2	48	96	0	1155	34	7	27	30	1.84
42447691--42447792	37	2.8	37	92	1	161	24	20	29	25	1.99
42448617--42449057	48	9.2	48	96	1	794	36	7	26	29	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427