genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  40  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9908803--9908833	15	2.1	15	100	0	62	61	0	6	32	1.21
9908949--9908977	6	4.8	6	100	0	58	82	0	0	17	0.66
9908887--9908998	33	3.3	33	72	8	84	64	0	8	26	1.27
9909149--9909353	3	67.7	3	71	13	109	61	3	7	26	1.40
9909850--9909907	26	2.3	26	88	5	84	53	18	3	24	1.60
9910106--9910144	14	2.8	14	88	11	62	5	2	5	87	0.75
9910107--9910144	13	2.8	13	96	4	67	5	2	5	86	0.76
9912207--9912275	35	2.0	35	91	5	113	34	2	8	53	1.47
9914266--9914299	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
9917455--9917482	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
9918980--9919016	10	3.7	10	86	13	58	70	2	8	18	1.25
9920807--9920865	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
9920912--9920944	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
9924799--9925204	210	1.9	210	85	1	553	32	14	22	31	1.93
9929291--9929458	84	2.0	84	92	2	284	39	20	14	25	1.90
9930394--9930435	18	2.3	18	91	0	66	33	2	0	64	1.07
9932686--9933098	203	2.0	203	97	0	772	38	15	26	18	1.91
9938061--9938110	25	2.0	25	84	4	64	26	10	8	56	1.60
9942384--9942524	40	3.5	40	83	0	176	25	25	23	25	2.00
9945043--9945073	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
9945147--9945175	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
9945861--9946107	115	2.1	115	82	4	284	46	10	14	27	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9947065--9947098	18	1.9	18	88	5	52	58	8	0	32	1.29
9947996--9948037	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
9949053--9949101	26	1.9	26	87	4	73	16	2	30	51	1.56
9949508--9949569	17	3.6	17	70	20	56	50	1	1	46	1.20
9951457--9951491	18	1.9	18	88	11	54	37	0	0	62	0.95
9953510--9953596	42	2.1	41	84	2	111	42	10	5	41	1.63
9954311--9954354	17	2.5	17	85	10	54	61	2	0	36	1.09
9959115--9959207	43	2.2	44	90	3	145	51	12	6	29	1.65
9959229--9959268	19	2.2	18	90	4	62	42	17	2	37	1.63
9959521--9959566	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
9959528--9959572	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
9966218--9966360	73	2.0	73	100	0	286	26	21	12	39	1.89
9966882--9966979	43	2.3	44	89	3	146	48	13	6	31	1.66
9966996--9967035	19	2.2	18	90	4	62	42	17	2	37	1.63
9972574--9972619	23	2.0	23	100	0	92	26	4	17	52	1.63
9975604--9975635	3	10.7	3	100	0	64	34	31	0	34	1.58
9979601--9979626	6	4.3	6	100	0	52	0	34	19	46	1.50
9984222--9984384	79	2.1	79	98	1	319	32	22	16	28	1.96
9987834--9987884	16	3.4	15	76	23	54	39	9	27	23	1.86
9988346--9988375	14	2.1	14	93	0	51	43	20	6	30	1.77
9989810--9989858	26	2.0	24	84	8	62	63	8	0	28	1.23
9991316--9991374	12	4.9	12	91	0	82	59	15	0	25	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9991316--9991358	4	10.8	4	94	0	77	53	20	0	25	1.46
9991307--9991374	8	8.5	8	93	0	73	60	13	1	25	1.42
9992085--9992148	22	2.8	22	76	13	58	54	6	7	31	1.54
9997049--9997106	30	1.9	30	96	0	107	32	3	12	51	1.56
10001211--10001313	54	1.9	54	100	0	206	60	5	3	30	1.38
10003070--10003230	43	3.8	42	80	5	126	32	15	25	26	1.96
10003074--10003252	86	2.1	84	81	6	207	29	16	26	27	1.97
10003310--10003376	31	2.2	30	81	10	73	59	14	7	17	1.58
10003624--10003696	21	3.5	22	79	9	80	0	43	21	34	1.53
10004111--10004139	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
10007456--10007481	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
10009266--10009587	9	37.0	9	68	14	108	34	0	16	47	1.52
10009362--10009641	52	5.3	52	88	2	391	33	0	16	50	1.45
10009505--10009592	43	2.0	45	80	8	101	34	0	15	50	1.45
10009585--10009619	13	2.6	13	95	4	61	37	0	8	54	1.31
10009538--10009669	65	2.0	65	92	0	219	34	0	14	51	1.42
10009661--10009712	22	2.5	21	72	9	52	50	7	0	42	1.31
10012115--10012166	19	2.7	20	84	6	70	32	1	38	26	1.68
10013456--10013511	29	1.9	29	85	0	76	19	10	32	37	1.86
10014102--10014295	41	4.8	41	84	5	241	20	18	20	40	1.91
10014102--10014295	81	2.4	82	82	4	241	20	18	20	40	1.91
10017255--10017314	3	20.3	3	76	10	61	61	0	36	1	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10017859--10017992	59	2.3	59	92	0	223	38	13	17	30	1.88
10018398--10018451	21	2.6	21	84	0	72	24	7	40	27	1.81
10019161--10019293	40	3.2	43	87	6	168	44	19	9	26	1.82
10019161--10019294	42	3.2	44	86	8	174	44	19	9	26	1.82
10021271--10021418	48	3.1	48	92	2	228	42	16	13	27	1.86
10021629--10021674	19	2.5	19	89	3	76	73	0	10	15	1.08
10023673--10023731	31	1.9	31	86	6	84	62	1	8	27	1.33
10025859--10025896	18	2.1	18	85	9	51	26	2	5	65	1.27
10026040--10026114	29	2.6	29	81	8	80	38	2	4	54	1.33
10026056--10026113	30	1.9	31	85	3	82	41	1	3	53	1.28
10030604--10030662	30	2.0	30	96	0	109	27	27	18	27	1.98
10042218--10042248	9	3.4	9	95	0	53	19	0	6	74	1.03
10043887--10043930	21	2.1	21	82	0	52	34	25	2	38	1.68
10043955--10044003	21	2.3	21	85	3	62	32	4	0	63	1.13
10044087--10044204	54	2.2	53	93	4	202	32	1	4	61	1.25
10044128--10044212	25	3.3	24	73	14	71	32	1	3	62	1.20
10045725--10045749	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
10046903--10047056	42	3.7	42	81	6	136	18	19	26	35	1.95
10048380--10048406	12	2.2	12	100	0	54	7	14	29	48	1.71
10048452--10048775	41	7.9	41	92	0	506	32	21	24	21	1.98
10048933--10049031	14	6.8	14	71	8	72	28	1	25	45	1.60
10048944--10049025	21	3.7	21	76	12	92	26	1	28	43	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10048948--10049041	46	2.0	46	95	0	170	29	3	24	42	1.70
10048938--10049031	7	12.9	7	71	8	53	27	1	26	44	1.61
10049127--10049197	22	3.3	21	68	5	61	19	0	42	38	1.52
10054836--10054876	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
10055052--10055100	26	2.0	23	88	11	71	28	8	6	57	1.52
10055823--10055893	30	2.4	30	85	0	97	32	40	15	11	1.83
10057982--10058487	125	4.0	125	86	4	678	28	16	17	37	1.92
10058569--10058729	30	5.1	28	73	19	115	40	17	3	38	1.65
10058586--10058800	34	6.6	32	73	19	146	40	16	2	40	1.61
10058569--10058795	64	3.5	63	89	3	328	40	17	2	39	1.63
10058657--10058755	30	3.2	28	73	13	72	38	19	3	39	1.67
10058780--10058836	22	2.6	22	85	0	69	42	12	1	43	1.52
10058746--10058847	53	1.9	54	86	6	145	44	11	0	43	1.47
10059472--10059501	15	1.9	16	93	6	53	46	0	6	46	1.29
10067417--10067469	26	2.0	26	85	7	72	24	13	22	39	1.90
10073598--10073653	15	3.9	14	81	13	53	50	1	1	46	1.22
10074835--10074894	10	6.0	10	81	11	70	20	6	3	70	1.25
10075614--10075647	17	1.9	18	88	5	52	26	8	5	58	1.51
10078574--10078627	25	2.3	24	81	12	67	18	1	0	79	0.82
10079366--10079540	96	1.8	95	83	3	235	23	15	28	33	1.95
10080163--10080202	20	2.0	20	90	9	64	20	7	2	70	1.24
10100088--10100194	54	2.0	54	98	0	205	34	15	12	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10109191--10109256	25	3.0	21	75	16	78	28	1	15	54	1.50
10110819--10110885	14	4.7	14	92	3	107	35	19	8	35	1.83
10110819--10110885	29	2.4	28	94	2	116	35	19	8	35	1.83
10114997--10115048	25	2.1	25	82	7	61	34	0	38	26	1.57
10115300--10115328	9	3.2	9	100	0	58	31	0	10	58	1.31
10116233--10116342	26	4.2	26	90	0	166	34	5	22	37	1.78
10117708--10117837	24	5.2	24	96	3	224	33	3	24	37	1.74
10119317--10119369	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
10123314--10123357	19	2.3	19	84	0	52	27	6	0	65	1.17
10123326--10123371	22	2.1	22	83	0	56	30	4	0	65	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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